◆「分子の形と性質」学習帳 ◆
Jmol版(Internet Explorer 7,Windows Vista利用者名こちらへ)


 分子表示 plug-in,ChemscapeChime による分子モデル集

ChemscapeChime(Chime)のダウンロード方法はこちらをご参照ください!
【緊急】 2006/04のInternet Explorer(IE)用修正パッチ KB912812 MS06-013 により(関連情報),
一部ChimeコンテンツをIEで参照するとエラーになる場合がありますのでご注意ください。
トラブルを回避したい場合は下記のように別ブラウザを使うかJmol版をご利用ください。
★別ブラウザのFirefoxでは問題ないのでそちらを推奨します。
京都女子大・小波先生の情報MolviZ.Orgの情報参照
※なお,MDLではFirefoxでのChimeの動作は保障していませんのでご留意ください。
IE7ではさらにいくつかの問題があるようですのでIE7にChimeをインストールしないでください!(配布元で対応検討中)
★2007/01/30に発売されたWindows Vistaでは標準ブラウザがIE7なので,Chimeインストールは避けてください!

[TOPIC] Chimeに続く分子表示ツールJmolを利用したJmolによる分子モデル表示を公開!!
分子モデルで見るノーベル賞コドンと遺伝暗号表[UPDATE!]生体分子の構成元素ヒトゲノムマップに見るタンパク質P450データ集膜貫通タンパク質データ集βバレル型膜タンパク質データ集糖鎖を含むタンパク質ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース(理研)のデータより科学未来館展示のタンパク質20種類のアミノ酸抗がん剤開発と標的タンパク質HIVとエイズ/PDBデータ例エイズ薬の例温室効果ガス二酸化炭素と水の分子振動甘味物質ビタミン界面活性剤染料の種類新規麻薬環境ホルモンと疑われている化合物例化学物質過敏症情報フラーレン抗うつ剤高分子鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報抗生物質・抗菌剤抗生物質分子データ集SARSと抗ウイルス薬話題の制がん剤・抗がん剤“科学技術と社会”を考える地下鉄サリン事件
※参考:ChimeとJmolを比較する


[注意] 本学習帳で利用している分子データ(MDL MOL形式とPDB形式の一部)は本サイト作成者が著作権を有しています。また,Protein Data Bankおよび理化学研究所の登録データ転載については教育目的の利用ということで管理機関からの承諾を得ています。何れも無断で転用等はできません。ただし,各コンテンツで独自に作成した画像については,引用元を明記すれば商用目的以外に限り利用可能です。

※1999年9月,川端潤さん(「おもしろ有機化学ワールド」主宰)と共著で「パソコンで見る 動く分子事典 CD-ROM付」(講談社ブルーバックス)を出版しました。付録CD-ROM(Win95/98/NT,Mac用)にはChimeインストールプログラムと本ページのデータのほか,未公開データも多数収録しています。 → 2004年8月発行の第8刷でIE6に対応したChime2.6SP6を収録!/2006年1月発行の9刷に関してお知らせ
※2002年11月に公開された国立国会図書館のデータベース・ナビゲーション・サービス(Dnavi)に,本データベースが収録され(2004/08,PDB部分データによるコンテンツ集も追加),国立国会図書館デジタルアーカイブポータルの検索対象にもなりました!
※2003/06/18に公開された環境省の化学物質と環境に関する学習関連資料データベースに本ページほかが収載されました。

新作情報
糖タンパク質データ集旧版) | Jmol版
今週の分子(連載106からはJmol版)より → ラメラリン α20-サルフェートアプタマー
科学未来館展示のタンパク質 Jmol版
ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース(理研)のデータより Jmol版
PDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習 [TMHMM利用結果追加]
膜貫通タンパク質データ集 ※デモ:分子のオブジェ Jmol版
βバレル型膜タンパク質データ集 Jmol版
2002年度ノーベル化学賞(田中耕一さん)/生体高分子の新構造解析法開発


パソコンと分子表現の変遷(回顧録)
★ Googleイメージ検索による本サイト内の“分子”画像検索結果


ちょっとお遊び → 巨大分子!?分子クイズ(終了企画)


    ※ChimeでRasMol形式の静電ポテンシャル(Molecular Electrostatic Potential,MEP)または疎水性ポテンシャル(Molecular Lipophilicity Potential 〔直訳では親油性ポテンシャル〕,MLP)表示させたときの分子表面の色表示は以下のようになっています(詳しくは,RasMol scriptの解説参照).
     なお,デフォルトではMEPではCoulombによる計算法(Coulomb's law distance function;same as rasmol potential distance function)を,MLPでは以下のGaillardによる計算法を用いています(RasMol scriptの“set_mep_mlp_function”参照).

      MLP = Sum(f * e^(-d/2))1-natoms
         f = Lipophilic value for atom i
         d = distance from point to atom (angstroms)
           Gaillard, P., Carrupt, P.A., Testa, B. and Boudon, A., J.Comput.Aided Mol.Des. 8, 83-96 (1994)
 Actual Value  Normalized 
−∞
-0.50 〜 -0.39
 
-0.39 〜 -0.28
 
-0.28 〜 -0.17
 
-0.17 〜 -0.06
-0.06 〜 0.06
水色
 
0.06 〜 0.17
 
0.17 〜 0.28
緑青
 
0.28 〜 0.39
0.39 〜 0.50

RasMol script解説のcolor listより

例(環境ホルモンの疎水性ポテンシャル表示より)
… 分子表面表示を透明にした場合の画像


◎本ページから参照できる分子データは,HyperChem(Hypercube社)で組み立てて MM2+ 計算により最適化したものを,ChemscapeChime用にデータ変換したものです.なお,一部の分子は,本来の分子の光学異性体になっている可能性があります.これは,ChemscapeChime ver.0.9 での表示形式に合わせて分子データ変換したものがあり,ver.0.8 以前と ver.1.0 以降ではその変換により異性体表示になってしまうためです.引用等の際は,文献で構造を再確認してご利用下さい.
 また,近作ではChem3D またはAlchemy 2000 で組み立て・計算した分子も含まれています(市販ソフトウェアによる作成分子モデル例参照).
 計算方法の違いによる分子構造の違いについては,「分子モデリング―基本原理と創薬への応用」(H.D. ヘルツェ ほか著,江崎俊之 訳,地人書館)の全文転載ページ〔現在は削除されているため,Internet Archive保存データ参照〕に収録されている,“3D座標の生成”中の量子化学的計算と力場計算により求めたN -アセチルピペリジンの3D構造(p.26)もご参照ください.


Web上で分子を組み立ててChimeを利用した動く分子のページを作成する方法


あるいは,MOLDA Home Page(広島大学吉田研究室)で分子模型作成用フリーウェアMOLDA(構造最適化した分子データ集も添付;MOLDA for Protein Modelingのβ版,MOLDA Qulisのβ版も公開中)をDLして分子を組み立て,mol形式またはpdb形式でエクスポートすればChimeで表示可能です.なお,第6刷以降の「動く分子事典」付録CDにはMOLDAインストールプログラムを収録しましたので,容易に分子を組み立てることができます.


※MOLDA Qulis試用版で,本サイト収録データ1ere_A.pdb(別資料)を表示した例;タンパク質は球棒,エストラジオールを空間充填

 また,MOLDAで作成したデータの計算方法など様々な計算化学関連フリーウェアの使い方を解説した計算生化学(杉野圭司先生による),分子モデルの作成法ソフト導入編分子モデル作成編Chem-Stationによる),3D分子モデルの作成方法(山形大学)もご参照ください.


ChemscapeChime を利用している他のサイト(英語版) ※英文ページはLycos翻訳で日本語に変換して閲覧できます!


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