※ChimeでRasMol形式の静電ポテンシャル（Molecular Electrostatic Potential，MEP）または疎水性ポテンシャル（Molecular Lipophilicity Potential 〔直訳では親油性ポテンシャル〕，MLP）表示させたときの分子表面の色表示は以下のようになっています（詳しくは，RasMol scriptの解説参照）．
　なお，デフォルトではMEPではCoulombによる計算法（Coulomb's law distance function；same as rasmol potential distance function）を，MLPでは以下のGaillardによる計算法を用いています（RasMol scriptの“set_mep_mlp_function”参照）．
MLP = Sum(f * e^(-d/2))1-natoms
　　　f = Lipophilic value for atom i
　　　d = distance from point to atom (angstroms)
　　　　　Gaillard, P., Carrupt, P.A., Testa, B. and Boudon, A., J.Comput.Aided Mol.Des. 8, 83-96 (1994)

色 　Actual Value　 　Normalized　 赤 −∞ -0.50 〜 -0.39 紫   -0.39 〜 -0.28 橙   -0.28 〜 -0.17 黄   -0.17 〜 -0.06 白 ０ -0.06 〜 0.06 水色   0.06 〜 0.17 緑   0.17 〜 0.28 緑青   0.28 〜 0.39 青 ∞ 0.39 〜 0.50 ※RasMol script解説のcolor listより

例（環境ホルモンの疎水性ポテンシャル表示より） … 分子表面表示を透明にした場合の画像

【注】静電ポテンシャルについてはRasMol形式のほかに，赤−白−青で表す形式もあります（例；Chimeで静電ポテンシャルや疎水性ポテンシャルを表示させる方法も記載）．また，RasMol scriptによるMLP表示は，デフォルトではrelative scaleになります（RasMol script解説の“set_mlp_mode”参照）．
　なお，静電ポテンシャル・疎水ポテンシャルについては，「分子モデリング―基本原理と創薬への応用」（H.D. ヘルツェ ほか著，江崎俊之 訳，地人書館）全文転載ページ収録の，“分子相互作用ポテンシャルの決定”中の様々な手法によるニフェジピンの分子静電ポテンシャルの可視化〔p.69〕やニフェジピンの疎水相互作用場〔p.79〕も参照してください．

◎本ページから参照できる分子データは，HyperChem（Hypercube社）で組み立てて MM2+ 計算により最適化したものを，ChemscapeChime用にデータ変換したものです．なお，一部の分子は，本来の分子の光学異性体になっている可能性があります．これは，ChemscapeChime ver.0.9 での表示形式に合わせて分子データ変換したものがあり，ver.0.8 以前と ver.1.0 以降ではその変換により異性体表示になってしまうためです．引用等の際は，文献で構造を再確認してご利用下さい．
　また，近作ではChem3D またはAlchemy 2000 で組み立て・計算した分子も含まれています（市販ソフトウェアによる作成分子モデル例参照）．
　計算方法の違いによる分子構造の違いについては，「分子モデリング―基本原理と創薬への応用」（H.D. ヘルツェ ほか著，江崎俊之 訳，地人書館）の全文転載ページ〔現在は削除されているため，Internet Archive保存データ参照〕に収録されている，“3D座標の生成”中の量子化学的計算と力場計算により求めたN -アセチルピペリジンの3D構造（p.26）もご参照ください．

Web上で分子を組み立ててChimeを利用した動く分子のページを作成する方法

※ あるいは，MOLDA Home Page（広島大学吉田研究室）で分子模型作成用フリーウェアMOLDA（構造最適化した分子データ集も添付；MOLDA for Protein Modelingのβ版，MOLDA Qulisのβ版も公開中）をDLして分子を組み立て，mol形式またはpdb形式でエクスポートすればChimeで表示可能です．なお，第6刷以降の「動く分子事典」付録CDにはMOLDAインストールプログラムを収録しましたので，容易に分子を組み立てることができます．

※MOLDA Qulis試用版で，本サイト収録データ1ere_A.pdb（別資料）を表示した例；タンパク質は球棒，エストラジオールを空間充填

　また，MOLDAで作成したデータの計算方法など様々な計算化学関連フリーウェアの使い方を解説した計算生化学（杉野圭司先生による），分子モデルの作成法ソフト導入編・分子モデル作成編（Chem-Stationによる），3D分子モデルの作成方法（山形大学）もご参照ください．

★ ChemscapeChime を利用している他のサイト（英語版）　※英文ページはLycos翻訳で日本語に変換して閲覧できます！

• MDL [ChemscapeChimeのダウンロードはここ!!] ｜ Chime Plug-in ※このページ以下は利用者登録（メールID，パスワード，名前）をする必要があります． ｜ Great Chime Sites ｜ Chime Embed Tags and Scripting Reference ｜ RasMol script解説
• Protein Data Bank（メンバー一覧） ｜ RCSB PDB ※URLおよびミラー関係が変更になり，Chime形式での表示は終了しています！
• PDBj（大阪大学蛋白質研究所）
  • eF-site（タンパク質分子表面の形状と性質） [URL変更!]
  • ProMode（タンパク質ドメインの運動） [URL変更!]
• ゲノムネットデータベースサービス ※英名検索からPDBデータへ，あるいは検索結果cpdでMDL Mol形式構造データ表示など
• Het-PDB Navi.（名古屋大学理学部・情報構造生物学グループ） ｜ FAMSBASE
• NTP Chemical Structures from Published Technical Reports
• Database of Macromolecular Movements
• 国立医薬品食品衛生研究所
  • 国際化学物質安全性カード（ICSC）
  • 環境保健クライテリア（EHC）の抄訳
  • 内分泌攪乱物質関連資料で取り上げられている農薬（ICSCデータ等へリンク）
• 医薬品分子データベース（東京薬科大学薬学部・第二薬化学教室）
• JST化学物質データベース（生体影響DB研究用）
• おもしろ有機化学ワールド（junk さん） ｜ おもしろ化合物
• 薬品物理化学教室の窓（静岡県立大学薬学部）　動く蛋白質図鑑など
• 生体分子の構造（京都女子大学・小波研究室） ｜ Chimeのインストール方法 ｜ Chimeの使い方
• Chimeチュトリアル（金沢大学・国本研究室）
• 生体水素水和水データベース（HHDB）
• PGV (Polygon viewer) home page ｜ 分子名アルファベット順リスト ｜ 分子和名50音順リスト
• フェレドキシン ほか（大阪大学蛋白質研究所酵素反応学研究部門）
• アスパラギン酸アミノ基転移酵素／Chime Version（大阪医科大学医化学教室）
• 分子グラフィックスの実例（東京都立大学工業化学科工業物理化学研究室）
  ※参考：東京都立大学工業化学科分子応用科学研究会 編，「材料化学の最前線」，講談社ブルーバックス(1998)
• 「ある化学者の屋根裏部屋」 ※2004/03/18事情で閉鎖
• 3Dグラフィッククイズ（『ふしぎの国のかがく』） ※2000/12/31〜2001/12/31開催のインパクのイベント
• 細胞生物学（東京医科歯科大学）　タンパク質の合成など
• CIlab-Services Home Page ｜ 3D MotifDic　※JCCJ紹介論文：「タンパク質三次元モチーフ辞書構築支援ツールの開発」
• NCI-3D
• The ATSDR Priority List - S110（Specialized Information Services）
• ATSDR - ToxFAQs
• Molecular Models for Biochemistry at CMU [URL変更!]　Molecules for Modern/Cell Biology，Membrane Channel & Pump Structuresなど
• Introductory Biochemistry (Gordon S. Rule) ｜ Chime Tutorial
• Research Group "3D-Structural Data Mining"　Super Ligands - A PDB ligand database -，Known drug structuresなど
• RasMol Home Page ｜ Chime Resources at UMass (by Eric Martz)
• World Index of Molecular Visualization Resources
• Cell Biology Education -- Electronic Resources
• Biochemistry MCDB 108A Web Site
• An Introduction to Chime Scripting
• Liz Dorland's Chemistry Tutorial and Resource Page
• General Chemistry Online!
• Department of Chemistry, Wellesley College
  • Chemistry 101／UNDERSTANDING DRUGS　CANCERなどQTムービーも用いた教材多数
  • Chemistry 227／Intro To Biochem　REPLICATIONなど
  • Chemistry 341　The Molecule Gallery，Group Theory Problems I／Lab Problems I - Solutionsなど など
• Department of Chemistry, Imperial College of Science, Technology and Medicine.
  • 3-D Virtual Chemistry Library - Vchemlib　Molecule Library，Science Museum（Silk・Wool等），Exercises in Point Group Symmetry など
  • Electronic Conferences on Trends in Organic Chemistry　ECHET98など
  • Department of Chemistry Local Teaching Pages
• The Macrogalleria ｜ Search Page 高分子について詳しく学習できます！
• UWI-Mona Chemistry Lectures　Food Additives，Flavour Matrixなど
• Flavornet
• IR animations
• Presentation of Vibrational Spectra with Chime ｜ Infrared Spectroscopy Interactive Visualizations
• Visualization and Problem Solving for General Chemistry　Molecule Library，Crystal Structure Library，Vibrational Modes of Small Molecules（「動く分子事典」p.305 参照）など
• Molecules from Chemistry at Okanagan University College　Molecular Shape，Chiral，Molecular Model SearchなどPDB形式分子データ多数！
• Molecular Structures（Cambridge University Chemical Laboratory，WWW Teaching Examples）
• Colby Chemistry Department Information　3D-Molecular Structures，Molecular Structure Calculationsなど
• Molecule of the Month / Bristol　Molecules with Silly or Unusual Namesなど
• DCU CHIME Pages　Molecular Gallery，Molecular Simulations など
• Molecules from Chemistry at Okanagan University College ｜ Introduction to Basic Organic Nomenclature
• Klotho: Alphabetical Compound List
• Library of 3-D Molecular Structures (MathMol)
• WebMolecules　※Chime版とVRML版指定可
• Chemistry: Molecules, Matter, and Change　Structures (PDB Format)，Structures (QuickTimeVR Format)など
• Molecular Modeling Home Page (Lebanon Valley College)
• Biomolecules at Kenyon: Molecular Tutorials by Students
• Molecular Gallery (Department of Foods and Nutrition, Purdue University)
• NUCLEIC ACID STRUCTURE AND FUNCTION　DNA AND RNA CHIME TUTORIALSなど
• General Chemistry (Prentice Hall)
• Chemical Bonds, Molecular Shapes, and Molecular Models
• 3DInSight
• Chemistry Molecular Models (by Dr. Tom Zamis)
• Molecular models
• Malathion Module Homepage　Chime / RasMol: PDB Structure Files，Bio-Molecular Chemical Data Baseなど
• C4: Computers in Chemistry at Cabrillo College
• COR-1001 ｜ Formula Index　Cellulose（cellulose + amylose），Ligninesなど
• Display of structures using Chime (SIUC) ｜ Symmetry Tutorial / Molecular Visualization using RASMOL and CHIME (SIUC, Chemistry 468)
• Dr. Darek Bogdal　NMR Tutor(ek)，JCAMP - a set of spectra in JCAMP format prepared for NMR Tutor(ek)など
• Lipid Bilayers and Gramicidin Channel
• Point Group Tutorial (Academic Computing Services)
• Reciprocal Net　Simple, Common, and Interesting Molecules（Chlorophyll a hydrate，Mineralsなど）
• Water structure and behavior (School of Applied Science, South Bank University)　Hydrocolloids（Amylose and amylopectin等）など
• Molecular Visualization Resource Page　"The Geology of Silicates"など
• The Virtual Museum of Minerals and Molecules
• Science (Steve's Place)　※Chime版電子軌道参照可能なAtomic Structureなど
• Inorganic Chemistry 3.0 - Formula Index

  Chime利用コンテンツの検索（キーワードは日英可） Chemscape Chime の文字とその前のスペースを残したまま，検索窓の最初に任意のキーワード（スペースで区切って複数語指定可）を書き加えて検索ボタンを押してください．結果表示後に最下行の“ここから再検索してください”をクリックすれば全検索結果が示されます。 ※検索したサイトにアクセスしてページ内にChime分子が表示されない場合は，ブラウザをIEに！ 【補足】化合物名などの英語入力において，Canada式 医学用語変換辞書をインストールしておくと，例えばペニシリン→penicillinなど，かなりの医学用語を簡単に利用できます。

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※ ChemscapeChime を利用したWebページ作成の経緯に関する報告書・資料など
• 「インターネット利用とホームページ開設の歩み（その２）」 ｜ Web版分子事典の利用状況（その１・その２）
• 「情報ネットワークとホームページ『生活環境化学の部屋』」，県立新潟女子短期大学共同研究“インターネットの研究・教育への利用に関する研究”(1998) ｜ 追加資料
• 「化学教育と環境情報流通のためのホームページの公開と活用」，日本化学会第78春季年会特別企画12“インターネットと化学教育”(2000)
• 「インターネットによる知の共有の試み」，化学，2000年５月号，化学同人
• 「安全な生活」のための情報発信実践から

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