作成データ例 〔左〕17β-estradiolとDES（濃色）の重ね合わせ，〔中〕同重ね合わせ分子を1ere中に配置した模式図（estradiolがスティック＋Dot Surface，DESが球棒モデル），〔右〕分子ソフトAlchemy 2000により，1ereのサイトとestradiol＋DES重ね合わせ分子の位置を手動で調整しているところ．データ保存後に秀丸エディタで以下のようにデータを加工し，Chimeスクリプトにより表示変更を容易にした．
※エストラジオールとDES，PDBデータのLigand結合部位（1ere／L+S〈17β-estradiol＋DES〉），複合分子と分子の重ね合わせ参照
●秀丸エディタによるデータ加工過程
【1】1ere_Aのサイト部分（アミノ酸情報）
ATOM 309 N GLU A 353 5.141 48.837 121.745 1.00 45.01 ATOM 310 CA GLU A 353 5.680 50.194 121.773 1.00 43.53 ATOM 311 C GLU A 353 6.968 50.299 120.966 1.00 42.80 ATOM 312 O GLU A 353 7.305 51.370 120.459 1.00 43.00 ATOM 313 CB GLU A 353 5.966 50.620 123.198 1.00 43.41 《 中 略 》 ATOM 1688 O LEU A 525 14.098 37.840 129.819 1.00 51.57 ATOM 1689 CB LEU A 525 13.912 41.078 129.907 1.00 47.41 ATOM 1690 CG LEU A 525 13.259 40.641 128.599 1.00 46.29 ATOM 1691 CD1 LEU A 525 11.822 40.216 128.816 1.00 45.85 ATOM 1692 CD2 LEU A 525 13.321 41.793 127.618 1.00 45.98 END
【2】estradiol＋DES重ね合わせ分子のデータ（結合情報）
HEADER HETATM 1 C 1 -1.269 -1.906 0.715 HETATM 2 C 2 -0.345 -2.881 1.119 HETATM 3 C 3 1.011 -2.595 1.051 HETATM 4 C 4 -0.839 -0.661 0.240 HETATM 5 C 5 0.523 -0.393 0.177 《 中 略 》 HETATM 36 H 36 3.737 1.538 2.645 HETATM 37 H 37 3.920 1.490 0.882 HETATM 38 H 38 2.306 1.411 1.607 HETATM 39 H 39 9.644 -0.882 -0.461 HETATM 40 H 40 -3.106 -1.513 0.515 TER HETATM 41 C 1 1.017 -2.598 1.053 HETATM 42 C 2 1.457 -1.353 0.585 HETATM 43 C 3 0.517 -0.400 0.183 HETATM 44 C 4 -0.843 -0.659 0.244 HETATM 45 C 5 -1.272 -1.907 0.715 《 中 略 》 HETATM 80 H 40 5.340 1.174 3.099 HETATM 81 O 41 7.731 0.888 1.796 HETATM 82 H 42 8.663 0.757 1.678 HETATM 83 O 43 -2.594 -2.255 0.809 HETATM 84 H 44 -3.109 -1.517 0.507 TER CONECT 1 2 4 20 CONECT 2 1 3 21 CONECT 3 2 6 22 CONECT 4 1 5 23 CONECT 5 4 6 24 《 中 略 》 CONECT 80 77 CONECT 81 69 82 CONECT 82 81 CONECT 83 45 84 CONECT 84 83 END
【3】Alchemy 2000による1ere_Aのサイトとestradiol＋DES重ね合わせ分子の合成結果（座標データ）
HEADER HETATM 1 N 1 -11.177 7.127 -7.183 HETATM 2 C 2 -11.285 8.091 -6.091 HETATM 3 C 3 -10.324 9.257 -6.279 HETATM 4 O 4 -10.575 10.362 -5.794 HETATM 5 C 5 -10.983 7.423 -4.765 《 中 略 》 HETATM 81 O 81 2.867 -1.181 -7.495 HETATM 82 C 82 1.308 0.499 -5.198 HETATM 83 C 83 0.705 0.926 -6.533 HETATM 84 C 84 -0.347 -0.058 -7.001 HETATM 85 C 85 0.097 2.303 -6.371 TER HETATM 86 C 1 -9.007 2.385 2.056 HETATM 87 C 2 -8.604 2.675 0.744 HETATM 88 C 3 -7.542 1.973 0.193 HETATM 89 C 4 -8.347 1.407 2.810 HETATM 90 C 5 -7.284 0.716 2.242 《 中 略 》 HETATM 165 H 80 -5.606 -3.602 -1.327 HETATM 166 O 81 -2.960 -3.677 -2.028 HETATM 167 H 82 -2.189 -3.859 -2.549 HETATM 168 O 83 -10.064 3.116 2.538 HETATM 169 H 84 -10.234 2.827 3.427 TER CONECT 1 2 CONECT 2 1 3 5 CONECT 3 2 4 CONECT 4 3 CONECT 5 2 6 《 中 略 》 CONECT 165 162 CONECT 166 154 167 CONECT 167 166 CONECT 168 130 169 CONECT 169 168 END
【4】最終データ
HEADER ATOM 309 N GLU A 353 -11.177 7.127 -7.183 ATOM 310 CA GLU A 353 -11.285 8.091 -6.091 ATOM 311 C GLU A 353 -10.324 9.257 -6.279 ATOM 312 O GLU A 353 -10.575 10.362 -5.794 ATOM 313 CB GLU A 353 -10.983 7.423 -4.765 《 中 略 》 ATOM 1688 O LEU A 525 2.867 -1.181 -7.495 ATOM 1689 CB LEU A 525 1.308 0.499 -5.198 ATOM 1690 CG LEU A 525 0.705 0.926 -6.533 ATOM 1691 CD1 LEU A 525 -0.347 -0.058 -7.001 ATOM 1692 CD2 LEU A 525 0.097 2.303 -6.371 TER HETATM 2001 C 2001 -9.007 2.385 2.056 HETATM 2002 C 2002 -8.604 2.675 0.744 HETATM 2003 C 2003 -7.542 1.973 0.193 HETATM 2004 C 2004 -8.347 1.407 2.810 HETATM 2005 C 2005 -7.284 0.716 2.242 《 中 略 》 HETATM 2036 H 2036 -6.493 -3.119 0.047 HETATM 2037 H 2037 -5.184 -2.384 0.990 HETATM 2038 H 2038 -6.872 -2.042 1.402 HETATM 2039 H 2039 -0.064 -1.941 -2.723 HETATM 2040 H 2040 -10.237 2.819 3.422 TER HETATM 2041 C 2041 -7.539 1.973 0.186 HETATM 2042 C 2042 -6.876 0.988 0.931 HETATM 2043 C 2043 -7.292 0.721 2.238 HETATM 2044 C 2044 -8.352 1.405 2.811 HETATM 2045 C 2045 -9.009 2.387 2.057 《 中 略 》 HETATM 2080 H 2080 -5.606 -3.602 -1.327 HETATM 2081 O 2081 -2.960 -3.677 -2.028 HETATM 2082 H 2082 -2.189 -3.859 -2.549 HETATM 2083 O 2083 -10.064 3.116 2.538 HETATM 2084 H 2084 -10.234 2.827 3.427 TER CONECT 2001 2002 2004 2020 CONECT 2002 2001 2003 2021 CONECT 2003 2002 2006 2022 CONECT 2004 2001 2005 2023 CONECT 2005 2004 2006 2024 《 中 略 》 CONECT 2080 2077 CONECT 2081 2069 2082 CONECT 2082 2081 CONECT 2083 2045 2084 CONECT 2084 2083 END
【5】Chimeスクリプト（PDBデータのLigand結合部位（1ere／L+S〈17β-estradiol＋DES〉）で参照可）
<TR bgcolor=#FFEEFF>
<TD><FONT size=-2 color=#FF0000>※参考教材 <EMBED type="application/x-spt" width=10 height=10 button=followed target="sdown1" script="zap | load 1ere_Ass0_ed1a.pdb | select all | backbone off | background white | wireframe off | select protein | backbone off | background white | wireframe off | spacefill 120 | wireframe 40 | select (atomno>=2001) and (atomno<=2084) | spacefill | color cpk | zoom 110"> <Bɭere／L+S（17β-estradiol＋DES〈重ね合わせ〉）</B><BR> …手動組立てによる概略的なデータ（<A HREF="../chem8/fit01.html" target="frame2"><FONT color=#FF0000>エストラジオールとDES</FONT></A>参照）</TD><TD align=center><FONT size=-1>−</TD><TD align=center><FONT size=-2 color=#FF0000><EMBED type="application/x-spt" width=10 height=10 button=followed target="sdown1" script="select protein"> Protein<BR><EMBED type="application/x-spt" width=10 height=10 button=followed target="sdown1" script="select (atomno>=2041) and (atomno<=2084)"> 17β-estradiol ｜ <EMBED type="application/x-spt" width=10 height=10 button=followed target="sdown1" script="select (atomno>=2001) and (atomno<=2040)"> DES</TD>
</TR>