◆ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン(Jmol版) ◆
Chime版Jmolコンテンツリスト
※初期表示はビタミンC

■ビタミン
●水溶性ビタミン
ビタミンC〈L-アスコルビン酸〉
ビタミンB1〈チアミン,thiamin,thiamine〉 ※2008/03/02,データを差替えました。
ビタミンB2〈リボフラビン,riboflavin〉
ビタミンB6〈ピリドキシン,pyridoxine〉
ビタミンB12〈シアノコバラミン,cyanocobalamin〉 テトラピロール - 川上モデル
ビタミンB9〈ビタミンM,葉酸〉
ナイアシン〈ニコチン酸〉 | ナイアシンアミド〈ニコチン酸アミド〉 ※ビタミンB3はナイアシンとナイアシンアミドの総称
パントテン酸 ※以前はビタミンB5という名称も。
●脂溶性ビタミン
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉 11-cis-ビタミンA
 all-trans-レチナール 11-cis-レチナール
 ※β-カロテン(β-カロチン)

ビタミンD2〈エルゴカルシフェロール,ergocalciferol〉
ビタミンD3〈コレカルシフェロール,cholecalciferol〉 活性型〈カルシトリオール,calcitriol〉
ビタミンE〈トコフェロール,tocopherol〉
ビタミンK1〈フィロキノン,phylloquinone〉 | ビタミンK2〈メナキノン-4,menaquinone-4〉 ビタミンK2〈メナキノン-6,menaquinone-6〉


◆参考:新しい酵素の報告例(未確定)
PQQ(ビタミンB群)
 理研記事12(PQQはビタミンか?)ChemFinder参照
◆参考:補酵素の例
コエンザイム A(CoA)
コエンザイム Q10(CoQ10)〈ユビデカレノン,ユビキノン 10〉
◆ビタミンAとビタミンCの同時表示(原子球白色表示;塗り絵用)
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉+ビタミンC

■ビタミン関連分子を含んだタンパク質例(一部はPDBsumデータのみ)
※〈 〉内はLigandとして含むビタミン関連分子(または補酵素),
1E0PのModel 1(基底状態)〈Vit.A(レチナール);Photoreceptor〉
1F88のChain A〈Vit.A(レチナール);Signaling Protein〉 同PDBsumデータ1f88_RET$ → GPCR
1IG0〈Vit.B1;Transferase〉 同PDBsumデータ1ig0_VIB$
1BU5のChain A〈Vit.B2;Electron Transport〉 同PDBsumデータ1bu5_RBF$
1BJNのChain A〈Vit.B6;Aminotransferase〉
4LRHのChain A〈Vit.B9,Vit.M,葉酸〉 同PDBsumデータ 4lrh_FOL$ → Jmolトピック
1N2ZのChain A〈Vit.B12;Transport Protein〉 同PDBsumデータ1n2z_CNC$ → 窒素から見る生命の世界
1C9UのChain A〈PQQ,上掲記事とは無関係;Oxidoreductase〉 同PDBsumデータ1c9u_PQQ$
1J78のChain B〈Vit.D〉 同PDBsumデータ1j78_VDY(25-hydroxyvitamin D3$ → eF-siteデータ
3CZHのChain A〈Vit.D2;P450 2R1〉 → P450データ集
1IE9〈活性型Vit.D3〉 同PDBsumデータ1ie9_VDX$ → 活性化経路
3C6GのChain B*〈Vit.D3;P450 2R1〉〈Vit.D3;P450 2R1〉〈Vit.D3;P450 2R1〉 → P450データ集
1FE7のChain A〈Vit.E〉 …1KPMに変更 同PDBsumデータ1kpm_VIT$1R5L(α-トコフェロールが結合したα-トコフェロール輸送タンパク質;α-トコフェロールはビタミンEの1種;トコフェロールにはα・β・γ・δあり) 同PDBsumデータ1r5l_VIV$
3W67のChain A〈Vit.E〉 同PDBsumデータ3w67_VIV$
PDBsumデータ6wv8_PQN$〈Vit.K1;vitamin K epoxide reductase〉
PDBsumデータ7f4v_1L3$〈Vit.K2;photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1〉 1L3選択 …mmCIF → PDB converterでPDBデータ取得し加工
■ビタミン関連タンパク質例
2YXUのChain A(ピリドキサールキナーゼ;Vit.B6活性化酵素) 

◆参考:補酵素を含んだPDBデータ例
1CM0のChain B〈CoA;Signaling Protein〉
7REQのChain A〈CoB12;Isomerase〉
1EZVのChain C〈CoQ6;Oxidoreductase/Electron Transport〉

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



  
ビタミンB12(シアノコバラミン,cyanocobalamin)を含む4種類のテトラピロール
窒素から見る生命の世界川上モデル



PDB-101 News(2023/12/04)

  
左から Vit.B1ビタミンB1 1ig0Vit.B2 ビタミンB2 1bu5

  
[左]Vit.B9 葉酸(ビタミンB9,ビタミンM)受容体 4lrhおよびAlphaFill構造 P15328データ掲載ページ)のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる4lrhのChain Aと構造 P15328の重ね合わせ

  
[左]Vit.B12 ビタミンB12 1n2z
[右]Vit.B候補 PQQ(ピロロキノリンキノン)1c9u ※理研プレスリリース(2003/04/24) [PDF]参照

    
[左]Vit.A レチナール(ビタミンAの例)1f88 → GPCR
[中]Vit.D類 25-ヒドロキシビタミンD3 1j78 [右]Vit.D類 活性型ビタミンD3 1ie9

  
[左]α-トコフェロール輸送タンパク質3w67今月の分子 288掲載データ)
[右]同PDBsumデータ(Vit.E d-α-トコフェロール;1r5lとの比較),1kpmのPDBsumデータ(Vit.E α-トコフェロール)
※α-トコフェロールはビタミンE(vitamin E)の1種;トコフェロールにはα・β・γ・δあり

    
[左・中]α-トコフェロール輸送タンパク質のAlphaFill構造 P49638データ掲載ページ),および同データと1r5lのPDBsumデータ
[右]PyMOLによる1r5lAlphaFill構造 P49638の重ね合わせ

  
[左]Vit.K1 フィロキノン(ビタミンK16wv8
[右]Vit.K2類 メナキノン-4(ビタミンK2の例) 7f4v → 光合成に関係する生体分子のSITE例



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