◆ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン(Jmol版) ◆
Chime版Jmolコンテンツリスト
※初期表示はビタミンC

■ビタミン
●水溶性ビタミン
ビタミンC〈L-アスコルビン酸〉
ビタミンB1〈チアミン,thiamin,thiamine〉 ※2008/03/02,データを差替えました。
ビタミンB2〈リボフラビン,riboflavin〉
ビタミンB6〈ピリドキシン,pyridoxine〉
ビタミンB12〈シアノコバラミン,cyanocobalamin〉 テトラピロール - 川上モデル
ビタミンM〈葉酸〉
ナイアシン〈ニコチン酸〉
 ナイアシンアミド〈ニコチン酸アミド〉
パントテン酸 ※以前はビタミンB5という名称も。
●脂溶性ビタミン
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉 11-cis-ビタミンA
 all-trans-レチナール 11-cis-レチナール
 ※β-カロテン(β-カロチン)

ビタミンD2〈エルゴカルシフェロール,ergocalciferol〉
ビタミンD3〈コレカルシフェロール,cholecalciferol〉 活性型〈カルシトリオール,calcitriol〉
ビタミンE〈トコフェロール,tocopherol〉
ビタミンK2〈メナキノン,menaquinone〉の例;メナキノン-6


◆参考:新しい酵素の報告例(未確定)
PQQ(ビタミンB群)
 理研記事12(PQQはビタミンか?)ChemFinder参照
◆参考:補酵素の例
コエンザイム A(CoA)
コエンザイム Q10(CoQ10)〈ユビデカレノン,ユビキノン 10〉
◆ビタミンAとビタミンCの同時表示(原子球白色表示;塗り絵用)
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉+ビタミンC

■ビタミン関連分子を含んだタンパク質例
※〈 〉内はLigandとして含むビタミン関連分子(または補酵素),
 →でオリジナルPDBデータ表示(詳細はSummary Informationに記載)
1E0PのModel 1(基底状態)〈Vit.A(レチナール)〉 1E0P(Photoreceptor)
1F88のChain A〈Vit.A(レチナール)〉 1F88(Signaling Protein)
1IG0〈Vit.B1〉 1IG0(Transferase)
1BU5のChain A〈Vit.B2〉 1BU5(Electron Transport)
1BJNのChain A〈Vit.B6〉 1BJN(Aminotransferase)
1N2ZのChain A〈Vit.B12〉 1N2Z(Transport Protein)
1C9UのChain A〈PQQ;上掲記事とは無関係〉 1C9U(Oxidoreductase)
1J78のChain B〈Vit.D〉 1J78 ※eF-siteデータ
3czhのChain A〈Vit.D2〉 3czh(P450 2R1) ※P450データ集
1IE9〈活性型Vit.D3〉 1IE9 ※活性化経路
3C6GのChain B*〈Vit.D3〉 3c6g(P450 2R1) ※P450データ集
1FE7のChain A〈Vit.E〉 1FE7(1KPMに変更)
4LRHのChain A〈葉酸〉 [NEW!] 4LRH 同PDBsumデータ 4lrh_FOL$
■ビタミン関連タンパク質例
2YXUのChain A(ピリドキサールキナーゼ;Vit.B6活性化酵素) 2YXU

◆参考:補酵素を含んだPDBデータ例
1cm0のChain B〈CoA〉 1CM0(Signaling Protein)
7reqのChain A〈CoB12〉 7REQ(Isomerase)
1ezvのChain C〈CoQ6〉 1EZV(Oxidoreductase/Electron Transport)

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 


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