◆ Jmol版「分子の学習帳」 ◆


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Jmolコンテンツ一覧Jmolリンク集ChimeとJmolを比較するJmolアニメ [NEW!]

※Windows では Windows 版 Java Runtime Environment (JRE)のインストール〔手動〕が必要です。
[TOPIC] この度,本コンテンツ群作成の業績により2007年度の日本コンピュータ化学会学会賞を受賞いたしました。

  
関連論文(J-STAGE版および学会サーバHTML版)の電子付録図Fig_a1.gif(左)とFig_a2.gif(右)の縮小版;PDBデータ1fc1より

[お知らせ] Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefoxで閲覧できます。 → 一時Jmolコンテンツが各サイトで表示できなくなりましたが,本サイトではJmol 14.4.0 2015-10-17版に更新して表示可能になりました(さらに同2015-10-20版にアップしました)。 [NEW!]
[お知らせ] 2015年のGoogle ChromeのアップデートでJavaが無効化され,Jmolが表示できなくなります(こちらを参照)。Chrome以外のブラウザをご利用ください。
[お知らせ] Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
[お知らせ] 2014年1月のJavaバージョンアップへの対応でJmolアプレットをver.14.0.4に更新しました! なお旧アプレットのままの国内外のJmol利用ページ(MolviZ.Orgなど)では分子表示ができなくなっていますのでご注意ください。アプレット更新についてはJmol Wiki - Files DescriptionおよびJmol Applet/ja(和訳者に深謝)をご参照ください(特にJmol.jsについて)。
[お知らせ] 2012/12/14,Jmolアプレットをver.13.0.10に更新しました!!
[お知らせ] 2012/06/27,Jmolアプレットをver.12.2.32に更新しました(機能が追加され表示変更メニューが日本語に)。
[お知らせ] 2010/03/26,「分子の科学」(放送大学 2010〜,Jmol版補助教材)を公開しました。
[お知らせ] Windows版FirefoxでJmolなどJavaが動作しない場合はこちらをご参照ください。
[お知らせ] カスタマイズ版Jmolにより約3000の分子データを参照できる「パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版 DVD-ROM付」(講談社ブルーバックス)が発刊されました!!
[注意] 本学習帳で利用している分子データ(MDL MOL形式とPDB形式の一部)は本サイト作成者が著作権を有しています。また,Protein Data Bankおよび理化学研究所の登録データ転載については教育目的の利用ということで管理機関からの承諾を得ています。何れも無断で転用等はできません。ただし,各コンテンツで独自に作成した画像については,引用元を明記すれば商用目的以外に限り利用可能です。


JmolによるPDBデータ表示例
※初期表示は1f88 Chain Aのアニメーション表示 →
loopアニメ版

1f88のChain A ※参考:生体分子模型Kawakami Model(ウシロドプシンPDB 3PQR)
1a02のChain F・J+DNA ※Leucine Zipperの例
1iu6*(D2O) ※中性子回折による

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCU
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 リガンド選択
(*印のみ)
空間充填 球棒 球80% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

# アミノ酸のコンホメーション選択性参照。


1f88のChain A(による表示)


放送大学「分子の科学」(2010)補助教材の使い方(slideboom版)
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Jmolの使い方


参考:Jmol ver.11で追加された分子表面表示のメニュー



1a02(Leucine Zipperの例)の表示変更により作成したアニメーション
※Chimeでは静電・新油ポテンシャル表示が可能であるが,Jmolではタンパク質を上のように色分け表示することで,ある程度の分子情報表示可能



「生活環境化学の部屋」ホームページ「分子の形と性質」学習帳(Chime版)

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