◆ 生体分子模型Kawakami Model(ウシロドプシンPDB 3PQR) ◆
ウシロドプシンPDB 1JFP・3PQRモノはなぜ見える膜貫通タンパク質データ集
GPCR - 2012年ノーベル化学賞


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性


水中では色が鮮明に見えます。



“設計図”とともに。



リガンドのレチナールが取り出せるようにするなどの目的で3分割にしていただきました。



“鍵と鍵穴”(1)



“鍵と鍵穴”(2)



all-trnas-レチナールと11-cis-レチナール。 → モノはなぜ見える



3分割モデル,目印の磁石で組み立てが容易に。



3PQR(ウシロドプシン〈メタロドプシンII〉,リボン表示・糖鎖着色)

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
RET(レチナール)選択 PDBsumによるレチナールのSITE選択
リガンドのうちレチナールのみ空間充填表示
Gly90選択 Lys296選択 *

空間充填 球棒 球60% スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
糖鎖別着色:Gal Glc Man Fuc Xyl Sia GalNAc GlcNAc GlcA

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
* G90D変異の論文参照(GPCR - 2012年ノーベル化学賞の4beyがG90D変異体例)


3pqr_RET
I'/O'=0.791,I/O=0.213
全選択 リガンド(レチナール)選択
Lys296選択 *

空間充填 球棒 球60% スティック(太) 
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
PDBsumデータ


    



PyMOLによる上記モデル表示例(Chain未分割;本間作成)



参考:アミノ酸および特性基の親水性・疎水性
アミノ酸 特性基 R log P 酸性・塩基性 極性・非極性 Cleftの分類 等電点
O I I/O
Ile I イソロイシン 80 0 0 -1.70 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.02
Leu L ロイシン 70 0 0 -1.52 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.98
Val V バリン 50 0 0 -2.26 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.96
Ala A アラニン 20 0 0 -2.85 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.00
Phe F フェニルアラニン 140 15 0.107 -1.38 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.48
Pro P プロリン 60 10 0.167 -2.54 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 6.30
Met M メチオニン 100 20 0.200 -1.87 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.74
Cys C システイン 60 20 0.333 -2.49 中性 極性(中性) Cysteine 5.07
Trp W トリプトファン 180 130 0.722 -1.05 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.89
Tyr Y チロシン 140 115 0.821 -2.26 中性 極性(中性) Aromatic 5.66
Lys K リシン 80 70 0.875 -3.05 塩基性 極性(塩基性) Positive 9.74
Gly G グリシン 0 0 -3.21 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 5.97
His H ヒスチジン 80 152 1.900 -3.32 塩基性 極性(塩基性) Positive 7.59
Arg R アルギニン 80 190 2.375 -4.20 塩基性 極性(塩基性) Positive 10.76
Thr T トレオニン 40 100 2.500 -2.94 中性 極性(中性) Neutral 6.16
Glu E グルタミン酸 60 150 2.500 -3.69 酸性 極性(酸性) Negative 3.22
Gln Q グルタミン 60 200 3.333 -3.64 中性 極性(中性) Neutral 5.65
Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.89 酸性 極性(酸性) Negative 2.77
Ser S セリン 20 100 5.000 -3.07 中性 極性(中性) Neutral 5.68
Asn N アスパラギン 40 200 5.000 -3.82 中性 極性(中性) Neutral 5.41
※log Pは
On-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連(参考ページ
《参考》有機概念図Log Pをポケットに!





1番上はKawakami Modelの11-cis-レチナールとall-trnas-レチナール
※下はモノはなぜ見えるの11-cis-レチナール,all-trnas-レチナール,11-cis-ビタミンA,all-trnas-ビタミンA,β-カロテン


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