◆ Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から ◆
ecosci.jpの出張講座・土曜講座

◎2017年に以下の左側のような川上モデルを作成しました(他にもリガンドのみの模型多数)。 [NEW!]
◎本模型の体験企画等についてはこちらをご覧ください。
◎2014/05/10にジュンク堂書店新潟店で第77回サイエンスカフェにいがた『iPS細胞から見る未来の医療』が開催されました。


PDBデータ 1gt0*(Oct1〈Oct4類似〉・Sox2・DNA 複合体の例)ほか山中4因子
Oct-4 - Wikipedia

◎Oct4/Sox2関連
1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択
3l1p(Oct4関連POUドメイン;DNAに結合)
◎Klf4関連
2wbs(Klf4・DNA 複合体の例) Znフィンガー選択(3個分) 同PDBsumデータ 2wbs_ZN$ [亜鉛フィンガー
◎c-Myc関連
1nkpのChain A・B・F・G(c-Myc・Max・DNA 複合体の例) A鎖(c-Myc)選択 B鎖(Max)選択 [Myc - Wikipedia
◎GFP関連
1hcjのChain A(オワンクラゲ由来のGFP)

バックボーン 二次構造
DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
DNA/RNA選択 同backbone選択
※1gt0について: C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 

  
山中4因子(Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc);左からPDBデータ1gt0(Oct1〈Oct4類似〉・Sox2),2wbs(Klf4),1nkp(c-Myc)



アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



上図下および以下の写真・動画が3Dプリンタによる新生体分子模型Kawakami Model(JAISTプレスリリース





PDBデータ1gt0のPyMOLによる回転アニメ



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