◆ 分子モデルで見るノーベル賞(Jmol版) ◆
※生体分子は4文字のID(1wavなど)によりPDBで詳細を参照可能。
※理研STAP細胞関連の情報追加は別ページで行います!
★詳細はNobelprize.orgへ。

2015年のノーベル賞,生理学医学賞についてはJmolトピックをご覧ください。化学賞についてはDNA修復に今後追記します。何れも本ページに掲載予定です。


生理学医学賞関連物理学賞関連/化学賞関連(2008年以降)/平和賞関連など化学賞関連(2006年以前)参考資料

●生理学医学賞関連

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ) HB選択($印のみ)
空間充填 球棒  球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
CPK色 アミノ色 Chain色 ‖ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
●2014年 生理学医学賞関連
◆参考:海馬関連PDBデータ例(受賞研究とは直接関係ありません)
1bnd*(脳由来神経栄養因子,Brain-derived neurotrophic factor〈BDNF〉;海馬・大脳皮質などに存在)
●2013年 生理学医学賞関連
◆細胞内輸送に関係するPDBデータ例
4bzi(COPII〈コートタンパク質複合体II〉輸送小胞のコート ;2013年ノーベル生理学医学賞受賞者のSchekmanらによる) [COPII - WikipediaVesicle (biology and chemistry) - Wikipedia
1sfc(SNARE複合体) 同Chain A-D [SNARE (protein) - Wikipedia
1xi4のChain A-C(クラスリン) [Clathrin - Wikipedia
●2012年 生理学医学賞関連/iPS細胞
◆iPS細胞に関係するPDBデータ例
1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択 [PDBj今月の分子 - Oct・Sox転写因子
2wbs(Klf4・DNA 複合体の例) Znフィンガー選択(3個分) 同PDBsumデータ 2wbs_ZN$亜鉛フィンガー
1nkpのChain A・B・F・G(c-Myc・Max・DNA 複合体の例) A鎖(c-Myc)選択 B鎖(Max)選択 [Myc - Wikipedia
●2010年 生理学医学賞関連/体外受精
◆受精に関係するPDBデータ例
3ef7*(卵子を包む透明帯を構成するタンパク質例ZP3)
●2009年 生理学医学賞関連/テロメアおよびテロメラーゼ
◆テロメア,テロメラーゼ関連PDBデータ例
1kf1(DNAのG-四重らせん構造;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG
2r4g(テロメラーゼのRNA結合ドメイン,テトラヒメナ・サーモフィラ)
2feyのModel 1(テロメラーゼRNA,テトラヒメナ;"HO"原子削除)
●2008年 生理学医学賞関連/HPV研究およびHIV研究 → 関連情報
◆HPV(ヒトパピローマウイルス)関連PDBデータ例
2f8bのModel 1(パピローマウイルスE7タンパク質,HPV45)
2fk4のModel 1(パピローマウイルスE6タンパク質,HPV16)
◆HIV関連PDBデータ例 → その他多数
1ohr(阻害剤メシル酸ネルフィナビルを含むHIVプロテアーゼ)
●2006年 生理学医学賞関連/RNA干渉 → RNA干渉
2az0
2b9zのModel 1
●2005年 生理学医学賞関連/ピロリ菌由来タンパク質Chime版
1ji4

【参考】プリオンタンパク質〔1997年生理学医学賞とも関係〕の立体構造例;最近の研究成果を含む
1qm2 …ヒトのプリオンタンパク質(fragment 121-230;Chime版資料参照)
1yjp* …酵母プリオン[PSI+]の原因Sup35
2rnmのModel 1 …Molecule of the Month(PDB,2008/05)Functional PrionsPrion Fibrils参照

【参考】2014年 STAP細胞関連
◎Oct4関連(2012年 生理学医学賞関連/iPS細胞より)  1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択 [PDBj今月の分子 - Oct・Sox転写因子PDB:1GT0 - Oct4/Sox2/DNA 複合体(PDBj)] | 3l1p(Oct4関連POUドメイン;DNAに結合)
◎GFP関連(2008年 化学賞関連/GFPより) 1hcjのChain A(オワンクラゲ由来のGFP) → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP



アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


●物理学賞関連/化学賞関連/平和賞関連など(化学賞は2008年以降 → 2006年以前

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ) HB選択($印のみ)
空間充填 球棒  球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示  
背景・黒 灰 白 
●2014年 物理学賞関連
窒化ガリウム(GaN)結晶構造 窒化ガリウム
参考:MOVPE法 (CH3)Ga + NH3 → GaN + 3CH4 … 有機金属気相成長法 - Wikipedia参照
●2010年 物理学賞関連/グラフェン「分子の科学」
グラフェン

●2014年 化学賞関連
◆蛍光顕微鏡に用いられる蛍光プローブ(蛍光色素・蛍光タンパク質)の例
NVOC2-5-carboxy-RhQ → 受賞者Eric Betzigらの論文例
1hcjのChain A(GFPの例) → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP
●2013年 化学賞関連
◆QM/MM計算や類似計算で用いられたPDBデータ例
1dz9のChain A*(p450) 同PDBsumデータ 1dz9_HEM-O$(ショウノウ含む) HEM(ヘム)選択 CAM(ショウノウ)選択
2hhb(ヘモグロビン,4量体)  同Chain A(ヘモグロビンα) PDBsum2hhb_HEM(A鎖) $ 2hhb_HEM(B鎖;ヘモグロビンβ)$
148l(リゾチーム,基質との複合体)#
●2012年 化学賞/GPCRGPCR - 2012年ノーベル化学賞
◆GPCR関連PDBデータ例
2rh1*(アドレナリン受容体;Kobilkaによる)
3sn6(β2アドレナリン受容体(β2AR)-Gsタンパク質複合体;GPCR)
3pqr*#(メタロドプシンII) → 生体分子模型Kawakami Model
1f88のChain A#(ウシロドプシン)
1omw#(キナーゼ2-ヘテロ三量体Gタンパク質複合体;Lefkowitzによる)
●2010年度 化学賞/クロスカップリング反応
ダイネミシンA(鈴木カップリングにより合成;Scientific Background(Nobelprize.org) [PDF] に掲載)
バルサルタン(同;血圧降下剤) クロスカップリングで結合された炭素2原子選択 [Valsartan - WikipediaアンジオテンシンII受容体拮抗薬 - Wikipedia
●2009年 化学賞関連/リボソーム
◆リボソーム関連PDBデータ例
 ※データサイズが大きいものばかりですので,表示に時間がかかります。
2wdi 4.87MB (70Sリボソーム;Ramakrishnanらによる)
1ffkのChain A・B(リボソーム;Steitzらによる)
1z58(ラパマイシンが結合したリボソームのラージサブユニット;Yonathらによる) | ラパマイシン(rapamycin)
2hhhのChain A・G(30Sリボソーム,カスガマイシン) …カスガマイシンのタンパク質合成阻害機構(理研)抗生物質データ集(本サイト)参照
1m1kのChain A 3.15MB (50Sリボソーム,アジスロマイシン)
1mmsのChain A・C(リボソーム,メチル水銀イオン,Cdイオン)
●2008年 化学賞関連/GFP → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP
◆GFP
1ema
1emcのChain A*
1hcjのChain A
2ie2のChain A
3gj2のChain A
◆RFP(Red Fluorescent Protein)
1ggxのChain A
2h5oのChain A
2h5q
◆YFP(Yellow Fluorescent Protein)
2jad*

●2013年 平和賞関連
◆神経ガスのサリンに関係するデータ例
サリン(sarin) [Sarin - Wikipedia] ‖ 2y2vのChain A#(マウスのアセチルコリンエステラーゼ;サリンが結合) SGB選択 [Acetylcholinesterase - Wikipedia] ‖ 3f96のChain A(ヒトの血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ;Ser273へのサリンによる修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ) SGB選択 [PAF acetylhydrolase - Wikipedia


●化学賞関連(2006年以前)

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
(*印のみ) HB選択($印のみ)
RET選択(レチナール;ロドプシン関連データの一部)
空間充填 球棒  球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示  
背景・黒 灰 白 
●2006年 化学賞関連/真核生物の遺伝情報転写 → 転写
1r9tChain A・N・R・Tのみ
1i6hChain A・D・Rのみ
●2005年 化学賞関連/“知恵の輪”分子カテナンの例Chime版
カテナンの例
●2004年度 化学賞/ユビキチンChime版
◆ユビキチン関連PDBデータ例  Lys選択
1d3zのModel 1
1q0wのModel 1
1otrのModel 1
1s1qのChain A・B
1q5wのModel 1
1aar*
1f9j
1h8cのModel 1
1ubq
◆プロテアソーム関連
1g0uのChain A-G;20Sプロテアソームのαリング例 | Chain H-N;βリング例
◆ユビキチン化酵素関連
1c4zのChain A,D
◆脱ユビキチン化酵素(DUB)関連
1nbfのChain A,D
●2003年度 化学賞/イオンチャネルタンパク質Chime版
1bl8*
●2002年度 化学賞/生体高分子の新構造解析法開発Chime版
1wavのChain A・B …牛インスリン
1qlzのModel 1 …正常型プリオンタンパク質例
1a03のModel 1 …カルサイクリン(カルシクリン,カルシウム結合タンパク質)
●2001年度 化学賞/不斉触媒合成Chime版
(S)-BINAP (R)-BINAP
BINAP;2,2'-bis(diphenylphosphino)-1,1'-binaphthyl C44H32P2
(S)-BINAPと(R)-BINAP
(-)-メントール〈ハッカ香味〉 (+)-メントール〈オレンジ臭〉
(-)-メントールと(+)-メントール
(R)-リモネン〈オレンジ香味〉 (S)-リモネン
L-DOPA〈パーキンソン病治療薬〉 D-DOPA
(S)-サリドマイド (R)-サリドマイド
(S)-サリドマイド(R)-サリドマイドの同時表示
トピックス例
●2000年度 化学賞/導電性ポリマーChime版
ポリアセチレン
ポリピロール
ポリチオフェン
ポリp -フェニレン
ポリフェニレンビニレン


BINAP(バイナップ)



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