◆ 今週の分子 ◆
★連載38(2003/10/09〜):
イオンチャネルタンパク質の例(PDBデータ1BL8より)
= 2003年ノーベル化学賞 =
参考:PDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習
Jmol版
 2003年のノーベル化学賞は,細胞膜を横切っての物質輸送に関する研究を行った,アメリカのPeter Agre教授(Johns Hopkins大学)とRoderick MacKinnon教授(Rockefeller大学)に贈られることになりました。以下はMacKinnon教授によって発見されたKイオンのチャンネルタンパク質の構造例です。

The Nobel Prize in Chemistry 2003Information for the Public


イオンチャネルタンパク質の例(PDBデータ1BL8より)
※ピンク球がKイオン,赤球が水のO原子
※初期表示は右欄の酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示
…疎水性細胞膜を膜貫しているα-ヘリックスの外向き部分はほとんど中性アミノ酸
(右欄の極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別もお試しを)

Backbone Termini 2nd Structure
Ligands表示 OFF

Protein選択
Ligand選択 Water選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順(Protein)
log P値順(Protein)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
Dot Surface表示 OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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ステレオ表示 OFF


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


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