◆ タンパク質中の20種類のアミノ酸 ◆
Jmol版

α-アミノ酸の基本構造
《中心炭素に,水素・アミノ基(−NH2)・カルボキシル基(-COOH)と特有の置換基が結合している》


アミノ酸のいろいろな情報を表示させてみよう(初期表示ははアラニン)

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
静電ポテンシャル  親油ポテンシャル  OFF 
光沢表示  OFF |  光量20%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
原子球・白  OFF(CPK)
背景・黒  背景・灰  背景・白
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Gly
Ala
Val
Leu
Ile
Ser
Thr
Cys
Met
Phe
Trp
Tyr
Pro
Glu
Asp
Gln
Asn
Lys
Arg
His

《参考》
アミノ酸20種全表示(下図参照)
※下表hydropathy index順(上段の左から右へ昇順)
※PDBデータのため二重結合も単結合表示
※大きく表示したい場合は別窓表示(初期表示は針金モデル)
★Potential表示はエラーになるので不可

芳香族アミノ酸(Phe,Tyr,Trp)
BCAA(Ile,Leu,Val)

※Sculpt Mode(分子上マウス右クリックで指定)でコンホメーション変更後も各Potential再表示可
Chimeマニュアル参照



※hydropathy index順に示したアミノ酸(上段の左から右へ昇順) → 生体分子と水素結合
※構成元素は,H,C,N,O,S の5種類
※参考:秀丸マクロamino_bcaa.mac(BCAAのIleValLeuおよびCysの区別とカウント)


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性
簡略版(有機性・無気性値除く)PDB部分データリスト別版
アミノ酸 分子式 CAS RN hydropathy
index
O I I/O 特性基 R log P 酸性・塩基性 極性・非極性 等電点
O' I' I'/O'
Asn N アスパラギン H2NCOCH2CH(NH2)COOH 70-47-3 -3.5 80 420 5.250 40 200 5.000 -3.82 中性 極性(中性) 5.41
Ser S セリン HOCH2CH(NH2)COOH 56-45-1 -0.8 60 320 5.333 20 100 5.000 -3.07 中性 極性(中性) 5.68
Asp D アスパラギン酸 HOOCCH2CH(NH2)COOH 56-84-8 -3.5 80 370 4.625 40 150 3.750 -3.89 酸性 極性(酸性) 2.77
Gln Q グルタミン H2NCO-CH2CH2CH(NH2)COOH 56-85-9 -3.5 100 420 4.200 60 200 3.333 -3.64 中性 極性(中性) 5.65
Glu E グルタミン酸 HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH 56-86-0 -3.5 100 370 3.700 60 150 2.500 -3.69 酸性 極性(酸性) 3.22
Thr T トレオニン CH3CH(OH)CH(NH2)COOH 72-19-5 -0.7 80 320 4.000 40 100 2.500 -2.94 中性 極性(中性) 6.16
Arg R アルギニン H2N(=NH)NHC3H6CCH(NH2)COOH 74-79-3 -4.5 120 410 3.417 80 190 2.375 -4.20 塩基性 極性(塩基性) 10.76
His H ヒスチジン H2NCH[CH2(C3H3N2)]COOH 71-00-1 -3.2 120 372 3.100 80 152 1.900 -3.32 塩基性 極性(塩基性) 7.59
Gly G グリシン H2NCH2COOH 56-40-6 -0.4 40 220 5.500 0 0 -3.21 中性 非極性(疎水性) 5.97
Lys K リシン H2N(CH2)4CH(NH2)COOH 56-87-1 -3.9 120 290 2.417 80 70 0.875 -3.05 塩基性 極性(塩基性) 9.74
Tyr Y チロシン HO(C6H4)CH2CH(NH2)COOH 60-18-4 -1.3 180 335 1.861 140 115 0.821 -2.26 中性 極性(中性) 5.66
Trp W トリプトファン (C8H6N)-CH2CH(NH2)COOH 73-22-3 -0.9 220 350 1.591 180 130 0.722 -1.05 中性 非極性(疎水性) 5.89
Cys C システイン HSCH2CH(NH2)COOH 52-90-4 2.5 100 240 2.400 60 20 0.333 -2.49 中性 極性(中性) 5.07
Met M メチオニン CH3SCH2CH2CH(NH2)COOH 63-68-3 1.9 140 240 1.714 100 20 0.200 -1.87 中性 非極性(疎水性) 5.74
Pro P プロリン (C4H8N)-COOH 147-85-3 -1.6 100 230 2.300 60 10 0.167 -2.54 中性 非極性(疎水性) 6.30
Phe F フェニルアラニン (C6H5)CH2CH(NH2)COOH 63-91-2 2.8 180 235 1.306 140 15 0.107 -1.38 中性 非極性(疎水性) 5.48
Ala A アラニン CH3CH(NH2)COOH 56-41-7 1.8 60 220 3.667 20 0 0 -2.85 中性 非極性(疎水性) 6.00
Val V バリン (CH3)2CHCH(NH2)COOH 72-18-4 4.2 90 220 2.444 50 0 0 -2.26 中性 非極性(疎水性) 5.96
Leu L ロイシン (CH3)2CHCH2CH(NH2)COOH 61-90-5 3.8 110 220 2.000 70 0 0 -1.52 中性 非極性(疎水性) 5.98
Ile I イソロイシン C2H5CH(CH3)CH(NH2)COOH 73-32-5 4.5 120 220 1.833 80 0 0 -1.70 中性 非極性(疎水性) 6.02
※hydropathy indexは以下を参照;Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105-132(1982)
※log PはOn-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連(参考ページ
《参考》分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から)〔特性基RのI・O値を用いた計算例:1ereのSITE表示と有機概念図計算
《参考》1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ



図1 アミノ酸残基のhydropathy indexとI'/O'値の比較(Glyを除く)



図2拡大) アミノ酸または残基の親水性・疎水性による色分け(1ereのChain A).
《上》左から,二次構造,酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別,極性・非極性区別,hydropathy index順表示.
《下》左から,log P値順, 有機概念図I/O値順(アミノ酸),同(特性基 R),等電点順表示.
PDBコード順データリストPDBデータのLigand結合部位で各表示可能.



図3 芳香族アミノ酸(PheTyrTrp);図2の塩基性アミノ酸区別,極性・非極性区別表示では黄緑色で表示される.
※参考雑誌記事:青木康展,『ベンゼンはなぜ動物には有害か ─毒性研究を広く自然界を見渡して考える』,科学,2007年9月号,pp.986-989
…p.987の「動物のフェニル基は植物に依存している」に関連して(Jmol版では親油ポテンシャル表示不可);関連資料


旧資料 有機概念図I/O値順(アミノ酸)に示したアミノ酸
※以下の分子モデル上でクリックすると,別窓にChime版分子が表示されます

分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から)PDB部分データリスト


※有機概念図について 『Excel97用有機概念図計算シート』の使用方法アミノ酸とDNA塩基の有機性・無機性(画像)


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