◆ ユビキチン ◆
《 2004/08/07作成開始;随時更新 》

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法
分子モデルで見るノーベル賞(Jmol版)

2004年ノーベル化学賞はタンパク質分解研究(ユビキチン関連)に!!
→ ノーベル財団のアナウンス:Animation),


ユビキチンに関連するPDBデータ例
※初期表示は1d3zのModel 1;Lys残基を赤い球棒表示(「ユビキチンがわかる」p.28など参照)
◆ユビキチン関連PDBデータ例
1d3zのModel 1〈PDB〉 ※文献1p.44
1q0wのModel 1〈PDB〉 ※文献1p.49
1otrのModel 1〈PDB〉 ※文献1p.49
1s1qのChain A・B〈PDB〉 ※文献1p.49
1q5wのModel 1〈PDB〉 ※文献1p.49,Zinc-Finger含む
1aar*PDB〉 ※文献1p.50,二量体
1f9jPDB〉 ※文献1p.50,四量体
1h8cのModel 1〈PDB
1ubqPDB

◆プロテアソーム関連
1g0uのChain A-G;20Sプロテアソームのαリング例 | Chain H-N;βリング例 〈PDB
◆ユビキチン化酵素関連
1c4zのChain A,D〈PDB〉 ※A・B・CがE6Ap,DはUbch7;文献1p.49
◆脱ユビキチン化酵素(DUB)関連
1nbfのChain A,D〈PDB〉 ※A・B・Eがhydrolase,C・Dはubiquitin aldehyde

  (今後追加します)

タンパク質バックボーン 同・二次構造
DNA/RNA(ATGCU
リガンド表示 OFF
水分子表示(*印データのみ)  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択
DNA/RNA全選択 同・糖&リン酸選択
Lys選択,球棒・赤色表示
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK色 amino色 | ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


2004年ノーベル化学賞解説ページの図(左)と20Sプロテアソーム1g0uのαリングの例(Chain A-G)



タンパク質のスーパーフォールドの例(拡大)→ 生体分子のかたちの不思議
グロビン(1thb_A),アップ-ダウン(256b_A),UBαβロール(1ubq)
αβサンドイッチ(1aps_1),TIMバレル(7tim_A) doubly wound(2fox)
免疫グロブリンフォールド(2rhe),Trefoil(1i1b),Jellyロール(2stv)

※日本化学会 編,「化学便覧 基礎編 改訂5版」,図16.38,丸善(2004)/CD-ROM
※美宅成樹・榊佳之 編,「バイオインフォマティクス」,p.175,東京化学同人(2003)
※後藤祐児・高橋聡,『タンパク質フォールディングの昼と夜』,現代化学,2004年9月号,pp.26-33,東京化学同人



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