◆ DNA修復 ◆
= 熱・紫外線・放射線などの攻撃と闘う生体分子の例 =
※2011年3月11日に発生した東日本大震災による福島第一・第二原子力発電所の事故を機に(詳細はリンク集参照)
生命を知り生命に学ぶDNAの脆弱性と強靭性甲状腺ホルモンと受容体(ヨウ素剤情報掲載)

hOGG1Ku70/Ku80放射線抵抗性細菌参考:紫外線とDNA修復リンク集ニュース例



バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
DNA/RNA選択 同backbone選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 
ヒト8-オキソグアニンDNAグリコシラーゼ(hOGG1、損傷DNA修復酵素)/DNA複合体1ebm
PDBデータ
PDBj解説 PDB:1EBM参照



バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
DNA/RNA選択 同backbone選択
A鎖(Ku70)選択 B鎖(Ku80)選択
Ku70中の3リシン残基(K317, K331, K338)選択 *

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 
Kuタンパク質(2本鎖切断DNA修復タンパク質;Ku70,Ku80)/DNA複合体1jey
PDBデータ
※参考
放射線障害研究グループ : 研究活動・成果『 4. 分子レベルの解析』(放射線医学総合研究所)
新原子力基盤クロスオーバー研究「低線量域放射線に特有な生体反応の多面的解析」 *の3リシン残基選択はPDFのp.31(下図左掲載)参照
寺岡弘文,『DNA二重鎖切断修復・細胞がん化の研究から“滅核”への論理』,「科学」2013年1月号,p.34図2にKuタンパク質 [NEW!]

    
左端図のみ文献p.31より。右図はクリックで拡大。


PyMOLによる表示例



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 
DNA修復酵素(放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラディオデュランス)2v1c
PDBデータ
※参考
長沼毅・藤崎慎吾,「辺境生物探訪記」,p.287,光文社新書(2010)長沼毅・藤崎慎吾,『辺境生物探訪記 第4回』(科学未来館)
デイノコッカス・ラディオデュランス - Wikipedia極限環境微生物Deinococcus radiodurans
極限環境で生きる微生物7選:画像ギャラリー(5/7)(WIRED VISION,2009/07/08)



バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 XG4選択
DNA/RNA選択 同backbone選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 
参考(紫外線とDNA修復):DNAポリメラーゼη3mr6
PDBデータ
※参考:名古屋大学医学部・大学院医学系研究科 ゲノム動態制御学Nature ハイライト:DNAポリメラーゼの構造


3mr6_XG4(DNAポリメラーゼη;リガンドGOL含む) → PDBsumデータ
I'/O'=1.0441
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
XG4選択空間充填 球棒 球60%
※参考:Nature 今週のハイライト(2010/06)



すべての地球上生物の出発点であるDNA。遺伝情報を支える4種類の塩基(ATGC)と水素結合。
生体分子のかたちの不思議参照


セントラルドグマとRNAワールド
※「生命はいかに創られたか」(柳川弘志,TBSブリタニカ,1991) を参考に作成


紫外線によって生成するチミンダイマーの例 1(PDBデータ1N4Eより)。が正常なチミン,が二量化体。塩基はATGCUで色分け。
※参考:DNAとRNAのいろいろな姿チミン二量体を含むDNAの例(PDBデータ1T4Iより;Chime版)
※参考:チミン2量体(PDBj 今月の分子,2007/07)


チミンダイマーの例 2(PDBsumデータ3mfi_DTP(dATP+チミン二量体+DOC)
DNAとRNAのいろいろな姿にデータ掲載;Nature資料b図参照



He原子の構造図を利用して示すα粒子(α線),β粒子(β線),中性子(中性子線)
※図の4Heは安定で放射性ではない。
※核反応ではα線・β線(β-線。陽電子のβ+線を出すβ+崩壊もある)・中性子線と下記γ線は放射性同位体の原子核から放出され,X線は核外から放出される。



電磁波(光)の種類とγ線・X線



原子炉内のおもな放射性核種となる元素(下記文献掲載元素にUを赤マークで追加)
※引用:岩波新書「原発を終わらせる」p.76(原子力資料情報室作成,放射能ミニ知識も参照)より



制作:理化学研究所オミックス基盤研究領域
※製作協力:武村研究室 | 東京理科大学大学院科学教育研究科



「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」