◆ Jmolで見るトピックス分子(22-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-1060
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.472(NMDA受容体)No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 日本原産フキノトウからがんの増殖・転移を強く抑制する物質を発見(岐阜大学,2021/09/02)

    ペタシン(petasin)
    Petasin - Wikipedia
    ペタシン(petasin)
    ※参考(論文中の別化合物例):メトホルミン(metformin) → 別トピック

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


    フキノトウの苦み成分ペタシン(petasin)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Interrogating the Inhibition Mechanisms of Human Aldehyde Oxidase by X-ray Crystallography and NMR Spectroscopy: The Raloxifene Case(Journal of Medicinal Chemistry,2021/08/20) ※2020/09/01公開7orc(下掲)・7opn

    ラロキシフェン(raloxifene)が結合したアルデヒドオキシダーゼ 7orcのChain A
    Aldehyde oxidase - WikipediaRaloxifene - Wikipedia
    7orcのChain A(ラロキシフェン〈raloxifene〉が結合したアルデヒドオキシダーゼ) RAL(ラロキシフェン)選択 同PDBsumデータ7orc_RAL[1409(A)]$
    ラロキシフェン(raloxifene) → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ラロキシフェンが結合したアルデヒドオキシダーゼ7orcのChain AとそのPDBsumデータ [右]ラロキシフェン(raloxifene)


  3. 病原性寄生虫ジアルジアのゲノムDNA折りたたみの基盤構造を解明(東京大学,2021/08/05) ※2021/09/08公開データ7d69(下掲)

    病原性寄生虫ジアルジア(Giardia lamblia)のヌクレオソーム 7d69
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    病原性寄生虫ジアルジア(Giardia lamblia)のヌクレオソーム 7d69


  4. 抗菌ペプチドは細菌の細胞内にどのように取り込まれるのか? ―細菌の膜輸送体SbmAの立体構造の解明―(高輝度光科学研究センター,2019/09/08) ※2019/09/15公開7p34

    細菌の膜輸送体タンパク質SbmA 7p34のChain A
    7p34のChain A(細菌の膜輸送体タンパク質SbmA) 同PDBsumデータ7p34_PGW$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    細菌の膜輸送体タンパク質SbmA 7p34のChain AとそのPDBsumデータ


  5. アザラシの海洋適応に伴うタンパク質進化のしくみを解明(富山県立大学,2019/08/23) ※2019/09/08公開7ddr・7dds・7ddt・7ddu(下掲)

    ゾウアザラシ由来ミオグロビン(myoglobin) 7dduのChain A
    ゾウアザラシ由来7DDUのChain A アミノ酸残基8・13・19・34・35・54・56・62・116・117・122・144・152を空間充填表示しα炭素ラベル表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ゾウアザラシ由来ミオグロビン 7dduのChain A,アミノ酸残基8・13・19・34・35・54・56・62・116・117・122・144・152を空間充填表示(上掲iSciense論文Figure 3との比較)


  6. 新型コロナウイルスの増殖抑制する化合物を開発 〜COVID-19の新たな治療薬として期待〜(広島大学,2021/09/17) ※“Pin1阻害化合物のひとつであるH-77”のH-77の構造を以下に。

    COVID-19治療薬候補例 H-77
    H-77
    ※別研究のPin1構造例4tnsのChain A(all-transレチノイン酸が結合したPin1) 同PDBsumデータ4tns_REA$2xpa(4-[(2-amino-2-oxoethyl)(methyl)carbamoyl]-2-phenyl-1H-imidazole-5-carboxylic acidが結合したPin1) 同PDBsumデータ2xpa_4G5$ [PIN1 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    COVID-19治療薬候補例 H-77


    Pin1構造例 4tns(レチノイン酸結合)と2xpaのPDBsumデータと後者の全体構造


  7. Structural basis for tRNA methylthiolation by the radical SAM enzyme MiaB(Nature,2021/09/15) ※邦題『構造生物学:ラジカルSAM酵素MiaBによるtRNAチオメチル化の構造基盤』(Nature Japan v597 n7877),2021/09/15公開データ7mjz・7mjv・7mjy・7mjx・7mjw(下掲)

    tRNAが結合したラジカルSAM酵素MiaB 7mjw
    7mjw(tRNAが結合したラジカルSAM酵素MiaB) ZJS(修飾塩基)選択 同PDBsumデータ7mjw_5AD(5'-デオキシアデノシン)$ 同PDBsumデータ7mjw_ZKP([Fe3S4]メチル化クラスター)$

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    tRNAが結合したラジカルSAM酵素MiaB 7mjwとそのPDBsumデータ


  8. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org

    PDBデータ 5is0(カプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1;Juliusらによる)
    5is0(カプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1;Juliusらによる) 同PDBsmデータ5is0_6ET$ → 他のTRPV1 [TRPV1 - Wikipedia] | カプサイシン(capsaicin)
    6bpz(ピエゾ1機械受容チャネル;Patapoutianらによる) [Mechanosensitive channels - WikipediaPIEZO1 - Wikipedia
    7wluのChain A(ピエゾ1機械受容チャネル)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]カプサゼピン(capsazepine)が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0(Juliusらによる)と同PDBsumデータ
    [右]カプサイシン(capsaicin)が結合したカプサイシン受容体TRPV1 7lpe → 他のTRPV1


    ピエゾ1機械受容チャネル(Piezo1)6bpz(Patapoutianらによる)


    Piezo1 7wluのChain A(flattened structure);curved structureが7wlt


  9. The Nobel Prize in Chemistry 2021 - NobelPrize.org


    @sinOrganicChemさんによる解説動画
    → 別動画:【2021ノーベル化学賞A】リスト・バーバス アルドール反応 (List-Barbas Aldol Reaction)の反応機構【不斉有機触媒プロリン】

    マクミラン触媒(MacMillan's catalyst)の例
    マクミラン触媒(MacMillan's catalyst)の例 …NobelPrize.orgプレスリリースFig.4 [PDF]参照
    L-プロリン(L-proline) …NobelPrize.orgプレスリリースFig.3 [PDF]参照 → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    ※参考(2021/12/19放映サイエンスZEROで紹介のPDB 2ALDに代えて):4ald(アルドラーゼ) 同PDBsumデータ4ald_2FP$ Lys229選択Protein Science誌論文参照)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    (S)-リモネンと(R)-リモネン …NobelPrize.orgプレスリリースFig.2 [PDF]参照

    (S)-リモネン〈レモン香味〉
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 紺 

    (R)-リモネン〈オレンジ香味〉
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 紺 

      
    [左]マクミラン触媒(MacMillan's catalyst)の例 [右]L-プロリン(L-proline)


    (S)-リモネンと(R)-リモネン


    参考:アルドラーゼ4ald2021/12/19放映サイエンスZEROで登場の2aldに代えて)とそのPDBsumデータ(Lys229論文中に)


  10. 今月の分子 262: PDB構造への50年間のオープンアクセス(Fifty Years of Open Access to PDB Structures )(PDBj,2021/10)Molecule of the Month(PDB) ※掲載PDBデータの一部を下掲


    Celebrating 50 Years of the Protein Data Bank Archive - YouTube

    PDBデータ 2brd(バクテリオロドプシン) 赤字が上掲「今月の分子 262」掲載のPDB ID
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    2hhb(デオキシヘモグロビン,ヘモグロビンα・β×2;2dhbに代えて) 同Chain A(ヘモグロビンα) → ヘモグロビン
    2brd(バクテリオロドプシン) RET(レチナール)選択 → 膜貫通タンパク質データ集
    1gix〈現在4v42〉のChain B・C・1(転移RNA,A-siteおよびP-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons;6tnaに代えて) → DNAとRNAのいろいろな姿コドンと遺伝暗号表
    1mbn(ミオグロビン) → 別トピック ※上掲記事中のAlphaFold2については:PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造
    PDBeによるツイッタータグ #PDB50structures による50日間連続PDB構造ツイートから(緑字が回数,本サイトで掲載済みのデータのみ)
      1 1mbn(ミオグロビン,上と重複) | 2 6lu7の4量体(Chain A・C×2;SARS-CoV-2メインプロテアーゼ) | 3 5fst(UniProt accession P00698の例として;リゾチーム) | 4 1z58(7k00に代えて,ラパマイシンが結合したリボソームのラージサブユニット;2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる;リボソーム) | 5 1hgg(3hmgに代えて;ヘマグルチニン) | 6 1tf7(シアノバクテリアの概日時計タンパク質KaiC) | 7 5tis(2axtに代えて;光化学系II) Mn4CaO5クラスター選択8 1jz8〈X線回折による〉(Cryo電子顕微鏡による5a1aに代えて;β-ガラクトシダーゼ本サイト内Google“Cryo-EM”検索結果) | 9 1cvn(3cnaに代えて;コンカナバリンA → PDBj「今月の分子 124」参照) | 10 2d1s(UniProt accession P08659とは異なる同P13129の例として;ルシフェラーゼ) | 11 3j2t(3j9lに代えて;アポトソーム) | 12 6d6v(3kylに代えて;テロメラーゼ) | 1314 2cpp(P450 → 関連でAlphaFold構造(PDB 2v0m)) | 15 1mco(免疫グロブリン) | 16 1bl8(イオンチャネル) | 17 3pcqの36量体(Chain A-F・I-M・X×3;光化学系I) …XFEL〈X線自由電子レーザー〉による構造解析の例として | 18 3ckzのPDBsumデータ(1nncに代えて;ザナミビル〈リレンザ〉が結合したインフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ) | 19 4pkn(1svtに代えて;GroEL-GroESシャペロニン〈シャペロンの一種〉;1svtと異なりフットボール型GroEL-GroES2 → 参考:GroEL-GroE川上モデル紹介YouTube動画) | 20 1trzのChain A・B(1zniに代えて;インスリン) | 21 1geh(8rucに代えてに代えて;ルビスコ) | 22 ドブタミン〈dobutamine〉が結合したβ1アドレナリン受容体2y00のChain A(サルブタモール〈salbutamol〉結合の2y04に代えて;β1アドレナリン受容体,GPCRの一種 → サルブタモールの構造) | 23 6kn8(アクチン・ミオシン・トロポニンの複合体) | 24 3pqr(UniProt accession P02699の例として;ロドプシン,GPCRの一種 → 川上モデル) レチナール選択25 7c7o(6rkwに代えて;DNAジャイレース) | 26 1jb0のChain A(光化学系I;光化学系Iは連載17の3pcqに続き) | 27 1ema(GFP) | 28 6y5aのChain A(セロトニン受容体5-HT3A,リガンド依存性イオンチャネルでGPCRではない) | 29 2wbs(亜鉛フィンガーの例として → 亜鉛フィンガーのPDBsumデータ例亜鉛フィンガー(3個分)選択30 5ireの360量体(Chain A-F×60,α炭素とHETATMのみ;(ジカウイルス) | 31 3c79(3wipに代えて;ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドが結合したアセチルコリン結合タンパク質) | 32 3p05(3j3qに代えて;HIV-1 カプシドPDBj「今月の分子 163」参照) | 33 5c1m(μオピオイド受容体,GPCRの一種) | 34 1agnのChain A(ADH7,1hdy〈ADH1B〉に代えて;アルコールデヒドロゲナーゼ〈アルコール脱水素酵素,ADH〉) | 35 1r9t(1i50に代えて;RNAポリメラーゼ) | 36 COX-2の1cvu(UniProt accession Q05769の例として;シクロオキシゲナーゼ(COX)) ACD(アラキドン酸)選択36 2wdi(tRNA〈PDBeサイト該当データ〉,2009年ノーベル化学賞受賞のRamakrishnanらによる70Sリボソーム〈現在4v5cに置換〉) | 38 2hhb(2dhbに代えて;ヘモグロビン) | 39〔トマトブッシースタントウイルス;関連データ掲載略〕 | 40 4esv(Chain A-F・V,DNAヘリカーゼ) | 41 1oxr(アスピリンが結合したホスホリパーゼA2) | 42 5o3l(7nrvに代えて;アルツハイマー病患者のタウタンパク質) | 43 NMR法による構造例シニョリン1uao(Model〜18のアニメーション;NMR法による構造ホスホランバン5量体2kyvに代えて) | 44 1tup(Chain B・E・F,UniProt accession P04637の例として;腫瘍抑制因子 p53) | 45 1e79(5areに代えて,どちらも1997年ノーベル化学賞受賞のJ.E. Walkerらによる;ATP合成酵素) | 46 5x2g(2020年ノーベル化学賞受賞のCharpentierとDoudnaらによるCRISPR-Cas9) | 47 1prc(光合成反応中心) | 48 6w41(抗体が結合したSARS-CoV-2スパイクタンパク質(2021/12/07時点で150件)の例として) | 49 1k28のChain A・D×3(5iv5に代えて;T4ファージのベースプレート,元ツイートでは他にカプシド例5vf3) | 50 7pw5(キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体) 7pw5のChain AのAlphaFold構造(UniProt accession Q96Q15PDBsumサイトより;比較画像下掲) → AlphaFold構造(本サイト)
    Journal of Biochemistry誌50周年記念バーチャル号の引用数ベスト10から2件
    • 引用数1位(633件) 2taaのChain A(タカアミラーゼA;α-アミラーゼ) [タカアミラーゼA - Wikipedia
    • 引用数3位(167件) 2e2r(ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ) → ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ


    デオキシヘモグロビン2hhb(左からJmol表示,PyMOL表示,川上モデル

        
    [左]バクテリオロドプシン2brd
    [中]1gix〈現在4v42に差替え〉のChain B・C・1(転移RNA,A-siteおよびP-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons)
    [右]ミオグロビン1mbn


    キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体7pw5と同Chain AのAlphaFold構造(UniProt accession Q96Q15の比較 → AlphaFold構造(本サイト)


      
    Journal of Biochemistry誌50周年記念バーチャル号の引用数ベスト10から
    [左]2taaのChain A(タカアミラーゼA;α-アミラーゼ,引用数1位) [右]2e2r(ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ,引用数3位


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」