Jmolで見るトピックス分子（19-3）

◆ Jmolで見るトピックス分子（19-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

今月の分子 241: 20年の分子を振り返って（Twenty Years of Molecules）（PDBj，2020/01）｜ Molecule of the Month（PDB）　※紹介PDBデータは6j4y（下掲）・3nir・5j7v・2or1・6mam・6by7・6cfz・3j2u（下掲）・1plq・2az8・2az9・2azc。

上掲記事記載事項に関連する本サイト内のページ例
- ジカウイルス（zika virus）： Jmolで見るジカウイルス
- ワトソン（Watson）、クリック（Crick）： DNAとRNAのいろいろな姿
- ノーベル賞：分子モデルで見るノーベル賞
- HIVタンパク分解酵素（HIV protease）： HIVとエイズ
- CRISPR： CRISPR関連生体分子データ
- 抗体（antibody）：糖タンパク質データ集
- エボラ（ebola）： 2014年にエボラ出血熱感染拡大
- グロビン（globin）：ヘモグロビン
- 細菌の薬剤耐性（bacterial drug resistance）：抗生物質・抗菌剤／耐性菌／院内感染｜抗生物質データ集メニュー

PDBデータ 6j4y（DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ）

6j4y（DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ）　→ Science誌論文　［RNA polymerase - Wikipedia］
3j2u（キネシン様タンパク質Klp10Aが結合したチューブリンのヘテロ2量体；部分構造）　　→ Cell Reports誌論文｜別トピック

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4y

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

タンパク質の構造解析からエネルギー通貨の進化の痕跡を探る　―「ピロリン酸は原始的なエネルギー通貨だった説」をサポートする証拠を発見―（JAMSTEC，2019/12/20）

PDBデータ 6k31のChain A（PPi型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ）
［Phosphoenolpyruvate carboxykinase - Wikipedia，Pyrophosphoric acid - Wikipedia］

6k31のChain A（PPi型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ）
ピロリン酸（pyrophosphoric acid）｜アデノシン三リン酸（ATP）　→ 生体分子の構成元素

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］PPi型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ6k31のChain A　［右］ピロリン酸（PPi）と“現在のエネルギー通貨”ATP

Structural Insights into Electrophile Irritant Sensing by the Human TRPA1 Channel（Neuron，2020/03/04）　※2020/01/08公開6pqo（下掲）・6pqp・6pqq公開

Structural Insights into Electrophile Irritant Sensing by the Human TRPA1 Channel（Neuron，2019/12/19）
TEAM MAPS THE ‘WASABI SENSOR’（Futurity: Research News，2020/01/06）
CRYO-ELECTRON MICROSCOPE CAPTURES DETAILS OF THE ‘WASABI SENSOR’（Duke Today，2019/12/19）
TRPA1構造の別研究
- A TRPA1 inhibitor suppresses neurogenic inflammation and airway contraction for asthma treatment（Journal of Experimental Medicine，2021/02/23）　※2021/02/07公開6wj5（下掲）
- RCSB PDB 2022/06/22新規公開データより：7or0 Cryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with the antagonist 3-60, conformation 2　※他に7or1公開
TRPV関連研究例
- TRPV2・TRPV5：Molecular details of ruthenium red pore block in TRPV channels（EMBO Report，2024/01/15）　※2024/02/07公開TRPV2の8ffl・8ffm（下掲）とTRPV5の8ffn・8ffq
1つの受容体がさまざまな刺激に応答できる仕組みの一端を解明　―感覚受容の重要な役者TRPチャネルの理解を進める一歩に―（理研，2013/04/23）
冷たいを科学する。身体中に広がるTRPチャネルって？（マイナビニュース，2019/12/25）　※“TRPA1(ワサビやカラシの主成分に反応する)”。
Transient receptor potentialチャネル - 脳科学辞典
JT010 ≥98% (HPLC) | Sigma-Aldrich
別トピック（本サイト；温度感受性チャネルTRP1）｜同（カプサイシン受容体TRPV1）｜同（TRPV2イオンチャネル）｜同（TRPML1；Mucolipin-1）｜同（TRPV類・Piezo1・Piezo2，2021年ノーベル生理学医学賞情報；ルテニウムレッド結合TRPV4データあり）

PDBデータ 6pqo（アゴニストJT010が結合したTRPA1チャネル）
［TRPA1 - Wikipedia］

6pqo（アゴニストJT010が結合したTRPA1チャネル）　JT0（JT0）選択　同PDBsumデータ6pqo_JT0[1303(D)]$
※別研究によるTRPA1構造
6wj5のChain A（阻害剤GDC-0334が結合したTRPA1）　同PDBsumデータ6wj5A_lp$
7or0のChain A（アンタゴニスト3-60が結合したTRPA1）　0IG（JT0）選択　同PDBsumデータ7or0A_lp$
8ffmのChain A（ルテニウムレッドと2-APBが結合したTRPA5）　同PDBsumデータ8ffm_lp（2-APB）$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

アゴニストJT010が結合したヒトTRPA1チャネル6pqoとそのPDBsumデータ

別研究によるヒトTRPA1構造6wj5（阻害剤GDC-0334結合）および7or0（アンタゴニスト3-60結合）のChain AとそれぞれのPDBsumデータ

ルテニウムレッドと2-APBが結合したTRPV2チャネル8ffmのChain AとそのPDBsumデータ（ホウ素は軽金属として I/O 値計算）

発売から30年　睡眠導入剤「デパス」に深刻な副作用が次々と　依存症も認められ、コカインやヘロインと同じカテゴリーに（FRIDAYデジタル，2020/01/07）　※“ベンゾジアゼピン系睡眠導入剤”，“『ハルシオン』や『セルシン』、『ドラール』など数種類あるが、代表的なのがデパス（一般名エチゾラム）”。エチゾラム，ハルシオン（一般名トリアゾラム）を下掲。

エチゾラム（etizolam）
［Etizolam - Wikipedia，Benzodiazepine - Wikipedia］

エチゾラム（etizolam）
※他のベンゾジアゼピン系睡眠導入剤：トリアゾラム（triazolam）　［Triazolam - Wikipedia］
※参考（エチゾラム結合PDBsumデータ）：4c66のPDBsumデータ4c66_H4C$　→ J.Med.Chem.誌論文

エチゾラム（etizolam）と同分子を含むブロモドメインタンパク質4（BRD4）4c66のPDBsumデータ

RCSB PDB 2020/01/15新規公開データより：6kn8 Structure of human cardiac thin filament in the calcium bound state　※他に6kn7（calcium free state）ほか多数公開

PDBデータ 6kn8（Ca²⁺存在下の心筋の細いフィラメント全体構造）
［Cardiac muscle - Wikipedia］

Ca²⁺存在下の心筋の細いフィラメント全体構造6kn8

新刊：レイモンド・チャンドラー著，村上春樹訳，「水底の女」，ハヤカワ・ミステリ文庫(2020)　※単行本は2017年刊

初期表示はポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合，天然ゴムの主成分）の繰り返し単位
［Natural rubber - Wikipedia，Polyisoprene - Wikipedia］

p.7・p.437（訳者あとがき）ゴム：天然ゴムの主成分ポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合）の繰り返し単位｜参考ポリイソプレン（trans-1,4結合）の繰り返し単位
p.437（訳者あとがき）絹：絹フィブロインの構造例 3ua0の4量体（Chain A・B×2；カイコのフィブロイン構造例）　［Fibroin - Wikipedia］　→ 別トピック
p.437（訳者あとがき）ナイロン：ナイロン66（nylon 6,6）｜ナイロン6（nylon 6）　［Nylon - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

[左]ポリイソプレン（polyisoprene；cis-1,4結合，天然ゴムの主成分）の繰り返し単位
［中］絹フィブロインの構造例3ua0の4量体（アミノ色表示；球表示はフィブロインに多いGly・Ala・Ser）
［右］ナイロン66（nylon 6,6）の繰り返し単位

RCSB PDB 2020/01/22新規公開データより：6iqn Crystal structure of TrkA kinase with ligand

PDBデータ 6iqnのChain A（阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA〈TrkA〉）
［Tropomyosin receptor kinase A - Wikipedia］

6iqnのChain A（阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA〈TrkA〉）　同PDBsumデータ6iqn_AQ6[801(A)]$

阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA（TrkA）6iqnのChain AとそのPDBsumデータ。

「スライムの化学」を利用した第5のがん治療法　液体のりの主成分でホウ素中性子捕捉療法の効果を劇的に向上（東京工業大学，2020/01/23）

ポリビニルアルコール（polyvinyl alcohol，PVA）の繰り返し単位
［Polyvinyl alcohol - Wikipedia］

ポリビニルアルコール（polyvinyl alcohol，PVA）の繰り返し単位｜ ※参考（PVAの原料）：ポリ酢酸ビニル（polyvinyl acetate，PVAc）の繰り返し単位
ボロノフェニルアラニン（p-boronophenylalanine，BPA；モデルは p-borono-L-phenylalanine）

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
Jmol色　Rasmol色
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］ポリビニルアルコール（polyvinyl alcohol，PVA）の繰り返し単位　［右］ボロノフェニルアラニン（p-boronophenylalanine，BPA）

★本情報は別ページに移し，今後の情報更新はそちらで行います。

今月の分子 242: コロナウイルスプロテアーゼ（Coronavirus Proteases）（PDBj，2020/02）｜ Molecule of the Month（PDB）　※2020/02/05公開データ6lu7を下掲　…主要プロテアーゼ

New Coronavirus Protease Structure Available（RCSB PDB，2020/02/04）
COVID-19 Coronavirus Resources（RCSB PDB，2020/02/06）　※PDB 6lu7*，6vsb*，6lxt，6lvn，6vw1*，6vww*，6y2e・6y2f*・6y2g（*は本トピックに掲載）
他のSARS-CoV-2由来タンパク質構造情報　→ 新型コロナウイルスの構造情報 - PDBj
- X-ray Structure of Main Protease of the Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Enables Design of α-Ketoamide Inhibitors（bioRxiv，2020/02/20）　※“PDB under accession codes 6Y2E (unliganded Mpro), 6Y2F (complex with 13b in space group C2), and 6Y2G (complex with 13b in space group P212121)”から6y2fを下掲（2020/03/04公開）
- RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：5r7y PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of COVID-19 main protease in complex with Z45617795　※他に5r7z～5r84公開
- RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：6y84 COVID-19 main protease with unliganded active site (2019-nCoV, coronavirus disease 2019, SARS-CoV-2)
  ◆スパイク糖タンパク質
- Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation（Science，2020/02/19）　※2020/02/26公開データ6vsbを下掲
  - Breakthrough in Coronavirus Research Results in New Map to Support Vaccine Design（UT News，2020/02/19）
  - 「スパイク」の立体構造解明　新型コロナ、ワクチン開発に貢献―米国立研究所など（時事通信，2020/02/20）　※“人の免疫システムに攻撃対象と覚えさせて発症を抑えるワクチンや、侵入を阻害する抗ウイルス薬の開発に広く利用されることが期待される”。
  - 新型コロナウイルスは2003年のSARSコロナウイルスよりも細胞への感染力が高いと判明（GIGAZINE，2020/02/21）
  - 打倒新型コロナウイルス。原子レベルの姿から弱点を探せ（ギズモード・ジャパン，2020/02/20）
  - [2020-02-22改訂] 新型コロナウイルスのスパイク糖タンパク質 (S)のクライオ電顕構造（crisp_bio，2020/02/22改訂）
- Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein（Cell，2020/03/09）　※2020/03/11公開データ6vxx（closed state）・6vyb（open state），両者のChain Bを下掲
  ◆エンドリボヌクレアーゼ Nsp15
- Crystal structure of Nsp15 endoribonuclease NendoU from SARS-CoV-2（bioRxiv，2020/03/03）　※2020/03/04公開6vww
  - Research team identifies potential drug target in virus causing COVID-19（Daily Northwestern，2020/03/03）
- RCSB PDB 2020/03/11新規公開データより：6w01 The 1.9Å Crystal Structure of NSP15 Endoribonuclease from SARS CoV-2 in the Complex with a Citrate
  ◆受容体結合ドメイン（RBD）：ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）ほかとの複合体
- Structural basis for receptor recognition by the novel coronavirus from Wuhan（Nature Research，2020/02/25）　※2020/03/04公開6vw1　…ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン（RBD）との複合体；他に別研究で2020/03/18公開6m0j（スパイクRBD）
- Structural basis for the recognition of the SARS-CoV-2 by full-length human ACE2（Science，2020/03/04）　※2020/03/11公開6m17（2019-nCoV RBD/ヒトACE2-B⁰AT1 complex；下掲）・6m18（ACE2-B⁰AT1 complex）・6m1d（ACE2-B⁰AT1 complex, open conformation）
  - SARS-CoV-2 Point of Entry Into Cells Captured by Cryo-EM（Genetic Engineering & Biotechnology News，2020/03/06）
  ◆ヌクレオカプシドタンパク質
- 新型コロナウイルスの創薬標的候補であるヌクレオカプシドのウイルスゲノムRNA結合ドメインの結晶構造解析（crisp_bio，2020/03/10）　※2020/03/18公開6m3m
  - Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveals potential unique drug targeting sites（bioRxiv，2020/03/11）
  ◆ADPリボースホスファターゼ
- RCSB PDB 2020/03/04新規公開データより：6vxs Crystal Structure of ADP ribose phosphatase of NSP3 from SARS CoV-2　※他に2020/03/11公開6w02
本トピック当初のニュース
- 抗HIV薬を新型肺炎治療に応用北京市衛生健康委（AFPBB News，2020/01/27）　※“ロピナビル／リトナビル”。以下で“ロピナビル/リトナビル（LPV/r）”の2分子同時表示可能。
その他の 2019-nCoV / SARS-CoV-2 関連情報（適宜記事追加）
- Novel Coronavirus (2019-nCoV) - World Health Organization
  - 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）WHO公式情報特設ページ
  - Statement on the second meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the outbreak of novel coronavirus (2019-nCoV)（2020/01/30）
- Novel coronavirus (COVID-19)（FDA）
- Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)（CDC）
  - Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)（2020/02/10）
  - Initial Public Health Response and Interim Clinical Guidance for the 2019 Novel Coronavirus Outbreak ─ United States, December 31, 2019-February 4, 2020（2020/02/05）
- SARS-CoV-2 and COVID-19 | Springer Nature
  - What is nCoV-2019? | Nature Research Microbiology Community
  - China coronavirus: how many papers have been published?（Nature，2020/01/30）
  - This scientist hopes to test coronavirus drugs on animals in locked-down Wuhan（Nature News Q&A，2020/01/24）
- 2019 Novel Coronavirus Outbreak（Science News）
- NCBI genome ID MN908947
- 新型ウイルスの正式名称は「COVID-19」 WHO発表（AFPBB News，2020/02/12）
  - 新型コロナウイルスの症状は、かくして「COVID-19」と名づけられた（WIRED.jp，2020/02/13）　※“WHOは2015年、新たに発生した感染症の名称決定に関するガイドラインを発表”。
- 新型コロナ、インフルやエボラと比べた危険度は　単純ではない感染症のリスクの比較、図とともに解説（ナショナルジオグラフィック，2020/02/12）
- 新型肺炎、SARSとウイルス類似　感染源はコウモリか（朝日，2020/02/03）
  - A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin（Nature，2020/02/03）
  - A new coronavirus associated with human respiratory disease in China（Nature，2020/02/03）
- 新型肺炎、治療法を各国で試行　効果あった薬の報告も（朝日，2020/02/04）　※“エボラ出血熱の治療薬として開発された「レムデシビル」”，“インフルエンザ治療薬オセルタミビル（商品名タミフル）と、HIV治療薬（ロピナビルとリトナビル）”，“レムデシビル、リトナビルと、マラリア治療薬として開発され自己免疫疾患にも使われているクロロキンの三つ”。
  - 『タイ政府「新型肺炎、エイズ・インフル薬で治癒」と発表』と日経新聞／『なんでHIV治療薬が新型コロナウイルスに効くのかについて』を解説するツイートも - Togetter
- 第65回新型コロナウイルスの新薬開発、驚異的な速度で各国が参入（佐藤健太郎の薬にまつわるエトセトラ，2020/02/25）　※レムデシビル，ファビピラビル（商品名アビガン），リトナビル，ロピナビル，オセルタミビル（タミフル）。
  - 新型コロナで注目のアビガンはどう活性化する？（日経メディカル，2020/03/19）
  - 日本で新型コロナ治療薬の試験、先天異常の危険も　富士フイルムホールディングスの「アビガン」（WSJ，2020/03/09）
  - 日本感染症学会　新型コロナウイルスで暫定指針　抗ウイルス薬投与は「低酸素血症発症が必要条件」（WSJ，2020/03/02）
- Two groups use artificial intelligence to find compounds that could fight the novel coronavirus（C&EN，2020/02/04）　※baricitinib（バリシチニブ）
  - Baricitinib as potential treatment for 2019-nCoV acute respiratory disease（Lancet，2020/02/04）
  - Single-cell RNA expression profiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov（bioRxiv，2020/01/26）
  - BenevolentAIが特定した新型コロナウイルス治療薬の可能性（医療AIニュース，2020/02/18）
- 新型コロナウイルスの感染阻止が期待される国内既存薬剤の同定（東京大学，2020/03/11） [PDF]　※“ウイルスの侵入過程を効率的に阻止する可能性がある薬剤としてナファモスタット（Nafamostat mesylate、商品名フサン）を同定”。
  - 東大、新型コロナウイルス感染阻止が期待できる既存薬剤を同定（東京大学新聞社，2020/03/18）　※“急性膵（すい）炎などの治療薬として使用されている「ナファモスタット」”。
  - 新型コロナに急性膵炎治療薬＝感染阻止、臨床研究へ―東大（時事通信，2020/03/18）
  - ナファモスタットに新型コロナウイルス感染阻止の可能性（日経メディカル，2020/03/19）
  - 新型コロナ治療薬候補に膵炎向け「ナファモスタット」　東大医科学研究所、投与し効果検証（日経，2020/03/16）
- 一筋の光が？コロナウイルスに対するワクチン、まもなく臨床試験へ（ギズモード・ジャパン，2020/03/03）　※ワクチンのほかに“米国内では…レムデシビルa（ttremdesivir）が治療薬として使えるかどうかの臨床試験が進められているそうです”。
- 群馬大など　新型コロナ治療薬の臨床研究開始（日経，2020/03/09）　※“抗HIV薬のロピナビル、リトナビルと、自己免疫疾患の全身性エリテマトーデス治療薬であるヒドロキシクロロキンの3種類の薬剤を併用して…”。
- アンジェスと大阪大学、新型コロナウイルスのワクチンを共同開発（ロイター，2020/03/05）　※“予防用DNAワクチン”，“早ければ６カ月で臨床試験ができるとの見通しを示した”。
- 新型肺炎、ぜんそく薬で改善例　有効な治療法の可能性（朝日，2020/03/03）　※シクレソニド（ciclesonide）
- 【やじうまPC Watch】中国科学院ら、武漢の新型肺炎治療に効く可能性のある30種類の薬を発見（Impress PC Watch，2020/01/27）
- いまこそ知っておくべき「コロナウイルス」に関する4つの基礎知識（WIRED.jp，2020/03/08）
- 新型コロナウイルスの化学への影響（Chem-Station，2020/02/24）
- Q&A「新しい感染症との向き合い方　わかんないよね新型コロナ」 - 日本科学未来館
- 山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信
  - 山中教授、コロナのHP開設　我慢「国のためでなく…」（朝日，2020/03/20）
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2（2019-nCoV））による COVID-19 について（ぱそろじすと・あっと・ざ・らぼ；適宜更新）
- 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか（押谷仁教授メッセージ）（東北大学，2020/02/04）
  - 新型コロナウイルスに我々はどう対峙したらいいのか(No.2)　新たな段階に入っている新型コロナウイルスと人類の戦い（2020/02/12）
  - 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか(No.3)　新たなフェーズに入った日本での対応はどうあるべきなのか（2020/02/15）
  - 新型コロナウイルスに我々はどう対峙すべきなのか(No.4)　想像する力を武器に（2020/02/22）　※“このウイルスでは、療養のためではなく風邪程度の症状であっても他の人に感染させないために自宅にとどまることが絶対に必要である”。
- 新型コロナウイルスどれぐらい警戒したらいいの？　感染症のスペシャリストに聞きました（BuzzFeed Japan，2020/01/30）
- 『続・人類と感染症の歴史』の第9章「SARSとMERS」を公開します。（丸善，2020/02/13）　※【コラム】新型コロナウイルスはどう落ち着くのか？（同書著者）
- 新型コロナウイルス関連資料を公開いたします（化学同人）　※『みんなの生命科学』13章：“感染，免疫，抗体，ウイルスについて，わかりやすく解説しています”。
- 新型コロナウイルス（2019-nCoV）関連情報について - 国立感染症研究所
- 新型コロナウイルス感染症 - 日本感染症学会
  - COVID-19に対する抗ウイルス薬による治療の考え方　第1版（2020/02/26） [PDF]　※“ロピナビル・リトナビル”（下掲 LPV/r），“ファビピラビル”，“COVID-19 に対する治療に使用できる可能性のある抗ウイルス薬にはレムデシビル、インターフェロン、クロロキンなどがあるが、それらの効果や併用効果に関しては今後の知見が待たれる。”
    - 新型コロナへの抗ウイルス薬、感染症学会が暫定指針を公表（日経メディカル，2020/02/28）
  - 水際対策から感染蔓延期に移行するときの注意点（2020/02/28）
- 新型コロナウイルス関連情報特設サイト - 日本疫学会
- Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia ∥ 2019新型コロナウイルス - Wikipedia
  - 英語版に掲載の2019-nCoVタンパク質構造情報：“The Phyre2 model is courtesy of Innophore (https://innophore.com/2019-ncov/) and the Phyre2 web portal (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/)”。前者（Innophore）にはドッキング計算画像などが多数。
- SARSと抗ウイルス薬（本サイト）｜ HIVとエイズ｜エイズ薬の例｜別トピック

初期表示：PDBデータ 6lu7の4量体（Chain A・C×2；新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ）
［Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia］

6lu7の4量体（Chain A・C×2；新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ）　Chain C選択｜ 6lu7（Chain A・C）
6y2f（新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ）
6vsb（SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質）
6vxxのChain B（SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質，closed state）｜ 6vybのChain B（同，open state）
6vwwのChain A（SARS-CoV-2のエンドリボヌクレアーゼ Nsp15）　［Endoribonuclease - Wikipedia］
6vw1のChain A・E（ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン〈RBD〉との複合体）　［Angiotensin-converting enzyme 2 - Wikipedia］
6m17（ヒトACE2とB⁰AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体）　［Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 - Wikipedia］
6m3mのChain A（SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン）
6vxsのChain A（SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ）　［ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase - Wikipedia］
※参考（SARSコロナウイルスのPDBデータ例）：1q2wのChain A（SARSコロナウイルスのプロテアーゼ）　→ 別トピック
※参考（MERSコロナウイルスのPDBデータ例）：4wmdのChain A（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ）
LPV/r（ロピナビル/リトナビル）　［Lopinavir/ritonavir - Wikipedia，Lopinavir - Wikipedia，Ritonavir - Wikipedia］
ロピナビル（lopinavir，LPV）
リトナビル（ritonavir，RTV）
ファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤，商品名アビガン Avigan）　→ 別トピック｜エボラ出血熱　［Favipiravir - Wikipedia］　ファビピラビル3リン酸体T-705RTP（活性体）
レムデシビル（remdesivir）　［Remdesivir - Wikipedia］
バリシチニブ（baricitinib）　［Baricitinib - Wikipedia］
シクレソニド（ciclesonide）　［Ciclesonide - Wikipedia］
ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine）　［Hydroxychloroquine - Wikipedia］
ナファモスタット（nafamostat）　［Nafamostat - Wikipedia］
※参考（ロピナビルが結合したPDBデータ例）：1mui（ロピナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ）　同PDBsumデータ 1mui_AB1$
※参考（リトナビルが結合したPDBデータ例）：1rl8（リトナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ）　同PDBsumデータ 1rl8_RIT$

［左］新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体（Chain A・C×2）
［中・右］SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7（Chain A・C）とSARS-CoV-2のプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像

［左］別研究のSARS-CoV-2プロテアーゼ6y2f　［中・右］参考：MERS-CoVのプロテアーゼ4wmdのChain A（中）とSARS-CoV-2のプロテアーゼ1q2wのChain A（右）

［左］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsb（GlcNAcは糖鎖 N-アセチルグルコサミン）
［右］SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6vxx（closed state）と同6vyb（open state）のPyMOLによる重ね合わせ画像動画（どちらもChain B）

［左・右］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsbとSARSスパイク糖タンパク質6crz（Science論文で比較）のPyMOLによる重ね合わせ画像と動画（どちらもChain A）

［左］ヒトACE2（アンジオテンシン変換酵素2）とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン（RBD）との複合体 6vw1のChain A・E
［右］ヒトACE2とB⁰AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体 6m17

［左］SARS-CoV-2エンドリボヌクレアーゼ（endoribonuclease）6vwwのChain A
［中］SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン 6m3mのChain A
［右］SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ 6vxsのChain A

［左］LPV/r（ロピナビル/リトナビル）　［右］参考：HIV-1プロテアーゼ1muiと1rl8のPDBsumデータ

左からレムデシビル（remdesivir），バリシチニブ（baricitinib），シクレソニド（ciclesonide），ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine），ナファモスタット（nafamostat）

［左］ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan）　［中］ファビピラビル3リン酸体T-705RTP（活性体）
［右］ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6（ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）のPDBsumデータ　→ 別トピック｜エボラ出血熱

新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7・6y2fとSARSのプロテアーゼ1q2wのアミノ酸配列比較（何れもA鎖；後者FASTAデータの最初の2残基は除外）

1-50 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Ser Gly Phe Arg Lys Met Ala Phe Pro Ser Gly Lys Val Glu Gly Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Thr Thr Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asp Val Val Tyr Cys Pro Arg His Val Ile Cys Thr Ser Glu Asp Met Leu

1q2w（SARS） Ser Gly Phe Arg Lys Met Ala Phe Pro Ser Gly Lys Val Glu Gly Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Thr Thr Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asp Thr Val Tyr Cys Pro Arg His Val Ile Cys Thr Ala Glu Asp Met Leu

51-100 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Asn Pro Asn Tyr Glu Asp Leu Leu Ile Arg Lys Ser Asn His Asn Phe Leu Val Gln Ala Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys Val Leu Lys Leu Lys Val Asp Thr Ala Asn Pro Lys Thr Pro Lys

1q2w（SARS） Asn Pro Asn Tyr Glu Asp Leu Leu Ile Arg Lys Ser Asn His Ser Phe Leu Val Gln Ala Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys Leu Leu Arg Leu Lys Val Asp Thr Ser Asn Pro Lys Thr Pro Lys

101-150 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met Arg Pro Asn Phe Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys Gly Ser Val Gly Phe

1q2w（SARS） Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met Arg Pro Asn His Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys Gly Ser Val Gly Phe

151-200 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr Asp Leu Glu Gly Asn Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr Thr Ile

1q2w（SARS） Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr Asp Leu Glu Gly Lys Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr Thr Ile

201-250 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Thr Val Asn Val Leu Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile Leu

1q2w（SARS） Thr Leu Asn Val Leu Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile Leu

251-300 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys Ala Ser Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr Ile Leu Gly Ser Ala Leu Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp Val Val Arg Gln Cys

1q2w（SARS） Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys Ala Ala Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr Ile Leu Gly Ser Thr Ile Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp Val Val Arg Gln Cys

301- 6lu7・6y2f（SARS-CoV-2） Ser Gly Val Thr Phe Gln

1q2w（SARS） Ser Gly Val Thr Glu Gly

※自作秀丸マクロにより作表

筋ジストロフィー症に関わる糖鎖を合成する仕組みを解明（東京都健康長寿医療センター，2020/01/17）　※“先天性筋ジストロフィー症の原因遺伝子FKRPによる糖鎖合成機構を解明”，“ユニークなリビトールリン酸構造”。2020/01/29公開データ6kajを下掲。

PDBデータ 6kajのChain A（フクチン関連タンパク質，FKRP）
［Fukutin-related protein - Wikipedia］

6kajのChain A（フクチン関連タンパク質，FKRP）　CDP（シチジン二リン酸）選択　RB0（D-リビトール）選択　同PDBsumデータ6kaj_CDP-RB0$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

フクチン関連タンパク質（FKRP）6kajのChain AとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」

1-50	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Ser	Gly	Phe	Arg	Lys	Met	Ala	Phe	Pro	Ser	Gly	Lys	Val	Glu	Gly	Cys	Met	Val	Gln	Val	Thr	Cys	Gly	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Gly	Leu	Trp	Leu	Asp	Asp	Val	Val	Tyr	Cys	Pro	Arg	His	Val	Ile	Cys	Thr	Ser	Glu	Asp	Met	Leu
1-50	1q2w（SARS）	Ser	Gly	Phe	Arg	Lys	Met	Ala	Phe	Pro	Ser	Gly	Lys	Val	Glu	Gly	Cys	Met	Val	Gln	Val	Thr	Cys	Gly	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Gly	Leu	Trp	Leu	Asp	Asp	Thr	Val	Tyr	Cys	Pro	Arg	His	Val	Ile	Cys	Thr	Ala	Glu	Asp	Met	Leu
51-100	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Asn	Pro	Asn	Tyr	Glu	Asp	Leu	Leu	Ile	Arg	Lys	Ser	Asn	His	Asn	Phe	Leu	Val	Gln	Ala	Gly	Asn	Val	Gln	Leu	Arg	Val	Ile	Gly	His	Ser	Met	Gln	Asn	Cys	Val	Leu	Lys	Leu	Lys	Val	Asp	Thr	Ala	Asn	Pro	Lys	Thr	Pro	Lys
51-100	1q2w（SARS）	Asn	Pro	Asn	Tyr	Glu	Asp	Leu	Leu	Ile	Arg	Lys	Ser	Asn	His	Ser	Phe	Leu	Val	Gln	Ala	Gly	Asn	Val	Gln	Leu	Arg	Val	Ile	Gly	His	Ser	Met	Gln	Asn	Cys	Leu	Leu	Arg	Leu	Lys	Val	Asp	Thr	Ser	Asn	Pro	Lys	Thr	Pro	Lys
101-150	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Tyr	Lys	Phe	Val	Arg	Ile	Gln	Pro	Gly	Gln	Thr	Phe	Ser	Val	Leu	Ala	Cys	Tyr	Asn	Gly	Ser	Pro	Ser	Gly	Val	Tyr	Gln	Cys	Ala	Met	Arg	Pro	Asn	Phe	Thr	Ile	Lys	Gly	Ser	Phe	Leu	Asn	Gly	Ser	Cys	Gly	Ser	Val	Gly	Phe
101-150	1q2w（SARS）	Tyr	Lys	Phe	Val	Arg	Ile	Gln	Pro	Gly	Gln	Thr	Phe	Ser	Val	Leu	Ala	Cys	Tyr	Asn	Gly	Ser	Pro	Ser	Gly	Val	Tyr	Gln	Cys	Ala	Met	Arg	Pro	Asn	His	Thr	Ile	Lys	Gly	Ser	Phe	Leu	Asn	Gly	Ser	Cys	Gly	Ser	Val	Gly	Phe
151-200	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Asn	Ile	Asp	Tyr	Asp	Cys	Val	Ser	Phe	Cys	Tyr	Met	His	His	Met	Glu	Leu	Pro	Thr	Gly	Val	His	Ala	Gly	Thr	Asp	Leu	Glu	Gly	Asn	Phe	Tyr	Gly	Pro	Phe	Val	Asp	Arg	Gln	Thr	Ala	Gln	Ala	Ala	Gly	Thr	Asp	Thr	Thr	Ile
151-200	1q2w（SARS）	Asn	Ile	Asp	Tyr	Asp	Cys	Val	Ser	Phe	Cys	Tyr	Met	His	His	Met	Glu	Leu	Pro	Thr	Gly	Val	His	Ala	Gly	Thr	Asp	Leu	Glu	Gly	Lys	Phe	Tyr	Gly	Pro	Phe	Val	Asp	Arg	Gln	Thr	Ala	Gln	Ala	Ala	Gly	Thr	Asp	Thr	Thr	Ile
201-250	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Thr	Val	Asn	Val	Leu	Ala	Trp	Leu	Tyr	Ala	Ala	Val	Ile	Asn	Gly	Asp	Arg	Trp	Phe	Leu	Asn	Arg	Phe	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Asp	Phe	Asn	Leu	Val	Ala	Met	Lys	Tyr	Asn	Tyr	Glu	Pro	Leu	Thr	Gln	Asp	His	Val	Asp	Ile	Leu
201-250	1q2w（SARS）	Thr	Leu	Asn	Val	Leu	Ala	Trp	Leu	Tyr	Ala	Ala	Val	Ile	Asn	Gly	Asp	Arg	Trp	Phe	Leu	Asn	Arg	Phe	Thr	Thr	Thr	Leu	Asn	Asp	Phe	Asn	Leu	Val	Ala	Met	Lys	Tyr	Asn	Tyr	Glu	Pro	Leu	Thr	Gln	Asp	His	Val	Asp	Ile	Leu
251-300	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Gly	Pro	Leu	Ser	Ala	Gln	Thr	Gly	Ile	Ala	Val	Leu	Asp	Met	Cys	Ala	Ser	Leu	Lys	Glu	Leu	Leu	Gln	Asn	Gly	Met	Asn	Gly	Arg	Thr	Ile	Leu	Gly	Ser	Ala	Leu	Leu	Glu	Asp	Glu	Phe	Thr	Pro	Phe	Asp	Val	Val	Arg	Gln	Cys
251-300	1q2w（SARS）	Gly	Pro	Leu	Ser	Ala	Gln	Thr	Gly	Ile	Ala	Val	Leu	Asp	Met	Cys	Ala	Ala	Leu	Lys	Glu	Leu	Leu	Gln	Asn	Gly	Met	Asn	Gly	Arg	Thr	Ile	Leu	Gly	Ser	Thr	Ile	Leu	Glu	Asp	Glu	Phe	Thr	Pro	Phe	Asp	Val	Val	Arg	Gln	Cys
301-	6lu7・6y2f（SARS-CoV-2）	Ser	Gly	Val	Thr	Phe	Gln
301-	1q2w（SARS）	Ser	Gly	Val	Thr	Glu	Gly