◆ Jmolで見るトピックス分子(18-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 新刊:佐藤健太郎,「すごい分子 世界は六角形でできている」,講談社ブルーバックス(2019) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。

    Google
    WWW を検索 ecosci.jp を検索
    「すごい分子 世界は六角形でできている」に出てくる分子名(以下に出てこないものも)・キーワードを検索!!

    初期表示はベンゼン(benzene)
    Benzene - Wikipedia
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    p.5・21ほか多数 ベンゼン:ベンゼン(benzene)
    p.23 トルエン:トルエン(toluene) → 悪臭の正体
    p.23 キシレン:o-キシレン(o-xylene) | m-キシレン(m-xylene) | p-キシレン(p-xylene)
    p.24 フェノール:フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
    p.25 フェニルアラニン/チロシン :フェニルアラニン(phenylalanine) | チロシン(tyrosine) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.26 アドレナリン/“ベンゼン環-C-C-N”:アドレナリン(adrenaline) → 抗うつ剤と神経伝達物質「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
    p.27 アスピリン(一般名 アセチルサリチル酸):アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)
    p.28 バニリン:バニリン(vanillin)
    p.29 ポリエチレンテレフタレート:ポリエチレンテレフタレート(ポリエチレンテレフタラート,polyethylene terephthalate,PET) → 代表的な高分子
    p.33・48 メタン:メタン(methane) → 分子の形と性質(1) −メタン,アンモニア,水−
    p.57 [18]アヌレン:[18]アヌレン([18]annulene,cyclooctadecanonaene) → 分子の構造を決める(a)
    p.60 ナフタレン/アントラセン | p.62 テトラセン/ペンタセン:ナフタレン(naphthalene) | アントラセン(anthracene) | テトラセン (tetracene;ナフタセン,naphthacene) | ペンタセン(pentacene) | ヘキサセン(hexacene) → モノはなぜ見える
    p.64 ベンゾピレン/その代謝物:ベンゾピレン(benzopyrene;ベンゾ[a]ピレン,benzo[a]pyrene) | 代謝物 benzo[a]pyrene diol epoxide の例 → 発がん性化合物と生体分子
    p.88 :ピリジン(pyridine) → 別トピック
    p.90 DNA/RNA: → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.96 ヒスチジン| p.98 トリプトファン:ヒスチジン(histidine) | トリプトファン(tryptophan) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.98 LSD :LSD(リゼルグ酸ジエチルアミド,lysergic acid diethylamide,LSD-25) → 危険ドラッグ
    p.99 セロトニン/メラトニン :セロトニン(serotonin) | メラトニン(melatonin) → 抗うつ剤と神経伝達物質「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
    p.99 インドール酢酸:インドール酢酸(indole-3-acetic acid,IAA;植物ホルモンのオーキシンの例)
    p.99 ストリキニーネ:ストリキニーネ(strychnine)
    p.99 シロシビン :シロシビン(サイロシビン,psilocybin;psylocybin) → 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
    p.100 スカトール/インドール:スカトール(skatole,3-methyl-1H -indole) | インドール(indole) → 悪臭の正体
    p.101 インドメタシン:インドメタシン(indomethacin) → 人類の遺産─アスピリンとペニシリン
    p.101・196 インジゴ:インジゴ(indigo,C.I.Vat Blue 1) → 染料の種類
    p.102 キニーネ:キニーネ(quinine) → 別トピック(キニーネ結合タンパク質)
    p.103ほか ATP:アデノシン三リン酸(adenosine triphosphate,ATP) → 生体分子の構成元素
    p.107 ロスバスタチン:ロスバスタチン(rosuvastatin) → 日本発の医薬品
    p.114 クロロフィルa/ヘム:生物界で見られる4種類のテトラピロール(クロロフィルa,ヘム,ビタミンB12p.113〉,F430)の同時表示 → 窒素から見る生命の世界
    p.116 フタロシアニン: 関連PDBsumデータ例 3w8o_WPC(鉄フタロシアニンが結合したヘム獲得タンパク質HasAp) → 窒素から見る生命の世界
    p.130 テストステロン/エストラジオール:テストステロン(testosterone) | 17β-エストラジオール(17β-estradiol) | テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示  → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.130 アロマターゼ: アロマターゼ構造例 3eqm(アロマターゼ,P450 19A1;アンドロステンジオンが結合) → P450部分データ集
    p.146 サッカーボール分子C60フラーレン(fullerene,C60) → フラーレン
    p.151 カーボンナノチューブ:カーボンナノチューブ(carbon nanotube;アームチェア型〈p.152〉の部分構造例) → フラーレン
    p.154 グラフェン:グラフェン(graphene)の部分構造 → 分子モデルで見るノーベル賞
    p.165 カーボンナノベルト:カーボンナノベルト(carbon nanobelt)の構造例(還数12;伊丹・瀬川らのカーボンナノベルト〈p.167〉) → 別トピック
    p.177 “アセチルコリンエステラーゼに結び付いたドネペジル分子”/“トリプトファン分子のインドール環は、ドネペジルのベンゼン環にスタッキング” : 関連PDBsumデータ例 1eve_E20(アセチルコリンエステラーゼ中のドネペジル) → アセチルコリンエステラーゼのSITE比較
    p.183 カリックス[4]アレーン: 誘導体例 4-tert-ブチルカリックス[4]アレーン(4-tert-butylcalix[4]arene)
    p.196 アリザリン:アリザリン(alizarin,C.I.Mordant Red 11) → 染料の種類
    p.199 モーヴェイン: モーヴェイン(モーベイン,mauveine;モーブ,mauve)の構造例 モーベインA(mauveine A) | モーベインB(mauveine B) → 別トピック(モーベインとキニーネ)
    p.202 β-カロテン:β-カロテン(β-carotene) → モノはなぜ見える
    p.204 フェノールフタレイン:フェノールフタレイン(phenolphthalein,酸性水溶液中) | 同(アルカリ性水溶液中) → フェノールフタレインのpH変化による構造と色の変化
    p.215 窒化ガリウム:窒化ガリウム(gallium nitride,GaN)結晶構造 → 分子モデルで見るノーベル賞
    pp.219-222 導電性高分子:ポリアセチレン(polyacetylene) | ポリピロール(polypyrrole) | ポリチオフェン(polythiophene) → 分子モデルで見るノーベル賞

        
    [左]ベンゼン(benzene) [中]鉄フタロシアニンが結合したHasAp 3w8oのPDBsumデータ(p.116) [右]ドネペジルが結合したアセチルコリンエステラーゼ1eveのPDBsumデータ(p.177


    生物界で見られる4種類のテトラピロール(クロロフィルa,ヘム,ビタミンB12,F430;p.113・114参照)→ 窒素から見る生命の世界


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2019/02/20 新規公開データより:6nt4 Cryo-EM structure of a human-cockroach hybrid Nav channel bound to alpha-scorpion toxin AaH2

    PDBデータ 6nt4(α-サソリ毒とジギトニンが結合したヒト-ゴキブリ ハイブリッドNavチャネル)
    Sodium channel - WikipediaScorpion toxin - WikipediaDigitonin - Wikipedia
    6nt4(α-サソリ毒とジギトニンが結合したヒト-ゴキブリ ハイブリッドNavチャネル) L0A(ジギトニン)選択 同PDBsumデータ6nt4_L0A$
    ※参考(他のステロイドサポニンの例): F-ギトニン(F-gitonin) → 界面活性剤の種類

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    α-サソリ毒とジギトニンが結合したヒト-ゴキブリ ハイブリッドNavチャネル6nt4とそのPDBsumデータ


  3. RCSB PDB 2019/02/27 新規公開データより:6mig Crystal structure of host-guest complex with PB hachimoji DNA ※他に6mih・6mik公開

    PDBデータ 6mig(Gag-Pol融合タンパク質が結合したhachimoji DNA〈ハチモジDNA〉)
    Hachimoji DNA - Wikipedia
    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUZPSB
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA(8文字)選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    Gag-Pol融合タンパク質が結合したhachimoji DNA(ハチモジDNA,8文字DNA)6mig


  4. RCSB PDB 2019/03/06新規公開データより:6ael Crystal structure of ENPP1 in complex with 3'3'-cGAMP ※他に6aek公開

    PDBデータ 6ael(3'3'-cGAMPが結合したENPP1〈エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1〉)
    Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1 - Wikipedia
    6ael(3'3'-cGAMPが結合したENPP1) 4BW(3'3'-cGAMP)選択 同PDBsumデータ6ael_4BW$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3'3'-cGAMPが結合したENPP1(エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼ1)6aelとそのPDBsumデータ


  5. RCSB PDB 2019/03/13新規公開データより:6imy Crystal structure of V30M mutated transthyretin in complex with 4'-caroboxybenzo-18-Crown-6 ※他に6imx(18-クラウン-6結合)公開

    PDBデータ 6imyのChain A(4'-カルボキシベンゾ-18-クラウン-6が結合したトランスサイレチン)
    Transthyretin- Wikipedia
    6imyのChain A(4'-カルボキシベンゾ-18-クラウン-6が結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ6imy_AJU[AJU 201(A)]$
    18-クラウン-6 | ジベンゾ-18-クラウン-6

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4'-カルボキシベンゾ-18-クラウン-6が結合したトランスサイレチン 6imyのChain AとそのPDBsumデータ


  6. RCSB PDB 2019/03/20新規公開データより:6bzi Crystal structure of halogenase PltM in complex with ethyl mercury and mercury ※他に6bza(1,3,5-ベンゼントリオールとFAD結合),6bzn,6bzq,6bzt,6bzz公開

    PDBデータ 6bziのChain A(エチル水銀イオンと水銀(II)イオンが結合したハロゲナーゼPltM)
    6bziのChain A(エチル水銀イオンと水銀(II)イオンが結合したハロゲナーゼPltM) Hg選択 同PDBsumデータ6bzi_EMC[610(A)](Hg追加)$
    ※参考:塩化メチル水銀

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    エチル水銀イオンと水銀(II)イオンが結合したハロゲナーゼPltM 6bziのChain AおよびそのPDBsumデータ


  7. オートファゴソームに脂質を供給する仕組みを解明 オートファジーにまつわる数十年来の謎が明らかに(東京工業大学,2019/03/26) ※2019/03/20公開データ6a9e・6a9j(下掲)

    PDBデータ 6a9jのChain A(リン脂質が結合したAtg2のN末端ドメイン)
    Autophagy - Wikipedia
    6a9jのChain A(リン脂質が結合したAtg2) 同PDBsumデータ6a9j_9TL$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    リン脂質が結合したAtg2のN末端ドメイン6a9jのChain AおよびそのPDBsumデータ

  8. RCSB PDB 2019/03/27新規公開データより:6nyl Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 2c (OA-2c) ※他に6nyf,6nyg,6nyj,6nym,6nyn公開

    PDBデータ 6nylのChain A(ヘリコバクター・ピロリの空胞化サイトトキシンAオリゴマー集合体2c;α炭素のみ
    Helicobacter pylori - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘリコバクター・ピロリの空胞化サイトトキシンAオリゴマー集合体2c 6nyl


  9. 今月の分子 232: タンパク質と生体鉱物(Proteins and Biominerals)(PDBj,2019/04)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5chbの6量体(Chain A-C×2;人工的につくられたタンパク質 nvPizza2-S16H58)
    Biomineralization - Wikipedia
    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    人工タンパク質 nvPizza2-S16H58 5chbの6量体(Chain A-C×2)


  10. RCSB PDB 2019/04/03新規公開データより:6qga Crystal structure of a plastic degrading enzyme in complex with a non-hydrolyzable substrate analog ※他に6qg9,6qgb,6qgc公開

    PDBデータ 6qgaのChain A(4-(2-ヒドロキシエチルカルバモイル)安息香酸が結合したMHETase)
    MHETase - WikipediaPETase - Wikipedia
    6qgaのChain A(4-(2-ヒドロキシエチルカルバモイル)安息香酸が結合したMHETase) J1K(4-(2-ヒドロキシエチルカルバモイル)選択 Hg選択 同PDBsumデータ6qga_J1K[701(A)]$ |  PDBsumデータ6qgb_BEZ(安息香酸)$
    ポリエチレンテレフタレート(ポリエチレンテレフタラート,polyethylene terephthalate,PET)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4-(2-ヒドロキシエチルカルバモイル)安息香酸が結合したMHETase 6qgaのChain AおよびそのPDBsumデータ(安息香酸結合の6qgbとの比較)


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