◆ Jmolで見るトピックス分子(17-1) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 世界初!胃酸分泌を担う胃プロトンポンプの構造を解明 ―胃酸抑制剤結合構造と強酸に対してプロトンを吐き出す仕組み―(日本医療研究開発機構,2018/04/05) [NEW!] ※下掲5ylu・5ylv(2018/04/11公開データ)

    PDBデータ 5ylu(ボノプラザンが結合した胃プロトンポンプ)
    Proton-pump inhibitor - WikipediaVonoprazan - Wikipedia
    5ylu(ボノプラザンが結合した胃プロトンポンプ) HKT(ボノプラザン)選択 同PDBsumデータ5ylu_HKT$
    5ylv(SCH28080が結合した胃プロトンポンプ) 8WX(SCH28080)選択 同PDBsumデータ5ylv_8WX$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ボノプラザン(vonoprazan)が結合した胃プロトンポンプ 5ylu [右]同PDBsumデータと5ylv(SCH28080結合)のPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2018/04/25 新規公開データより:6eqe High resolution crystal structure of a polyethylene terephthalate degrading hydrolase from Ideonella sakaiensis [NEW!] ※他に6eqd・6eqf・6eqg・6eqh

    PDBデータ 6eqe(ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素)
    Polyethylene terephthalate - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素6eqe(活性部位はPNAS論文参照)


  3. 構造生物学: NMDA受容体の働きを遮断する(Nature ハイライト,2018/04/26) [NEW!] ※下掲5un1

    PDBデータ 5un1のChain A-D(MK-801〈ジゾシルピン〉が結合したNMDA受容体)
    NMDA receptor - WikipediaDizocilpine - Wikipedia
    5un1のChain A-D(MK-801〈ジゾシルピン〉が結合したNMDA受容体) BMK(MK-801)選択 同PDBsumデータ5un1_BMK[1003(B)]$ 同PDBsumデータ5un1_BMK[1005(G)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]MK-801(ジゾシルピン)が結合したNMDA受容体 5un1のChain A-D [右]同データのChain BおよびGにおけるMK-801のPDBsumデータ


  4. RCSB PDB 2018/05/02 新規公開データより:6bwj Crystal structure of the TRPV2 ion channel in complex with RTx [NEW!] ※他に6bwm

    PDBデータ 6bwjの4量体(Chain A・B×2;レシニフェラトキシンが結合したTRPV2イオンチャネル)
    TRPV2 - WikipediaResiniferatoxin - Wikipedia
    6bwjの4量体(Chain A・B×2;レシニフェラトキシンが結合したTRPV2) 同PDBsumデータ6bwj_6EU$
    レシニフェラトキシン(resiniferatoxin)
    ※参考: カプサイシン(capsaicin) → 辛さと熱さ/カプサイシン

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]レシニフェラトキシンが結合したTRPV2イオンチャネル 6bwjの4量体(Chain A・B×2)
    [中]同PDBsumデータ(I/O = 0.661 ,I'/O' = 1.128)
    [右]レシニフェラトキシン(resiniferatoxin,RTX)


  5. 今月の分子 221: ヒトパピローマウイルスとワクチン(Human Papillomavirus and Vaccines)(PDBj,2018/05) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5w1o(ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア)
    Human papillomavirus infection - WikipediaHPV vaccines - Wikipedia
    5w1o(ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア)
    ※他のHPV関連PDBデータ例
    2f8bのModel 1(パピローマウイルスE7タンパク質,HPV45)
    2fk4のModel 1(パピローマウイルスE6タンパク質,HPV16)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア 5w1o


  6. RCSB PDB 2018/05/09 新規公開データより:6f0k Alternative complex III [NEW!]

    PDBデータ 6f0k(オルタナティブ複合体III)
    6f0k(オルタナティブ複合体III) Chain B選択 同PDBsumデータ6f0k_F3S1101B-SF41102B~1104B(鉄硫黄クラスター4つの結合構造)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]オルタナティブ複合体IIIの構造 6f0k [右]その4つの鉄硫黄クラスターのPDBsumデータ結合構造と当該論文のFig.7


  7. Fragment-derived inhibitors of human N-myristoyltransferase block capsid assembly and replication of the common cold virus(Nature Chemistry,2018/05/14) [NEW!] ※5mu6(IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素;2018/02/14公開データ)および別研究グループによる5v0wを下掲

    PDBデータ 5mu6のChain A(IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素)
    IMP-1088 - WikipediaN-myristoyltransferase 1 - Wikipedia
    5mu6のChain A(IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素) KFK(IMP-1088)選択 同PDBsumデータ5mu6_KFK$
    5v0wのChain A(同上) 同PDBsumデータ5v0w_KFK$
    IMP-1088

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]IMP-1088 [中]IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素5mu6のChain A [右]同データおよび5v0wのPDBsumデータ

  8. RCSB PDB 2018/05/23 新規公開データより:6fx0 Structure-based design of Trifarotene (CD5789), a potent and selective RAR gamma agonist for the treatment of acne [NEW!]

    PDBデータ 6fx0(trifarotene〈トリファロテン〉が結合したレチノイン酸受容体γ)
    Retinoic acid receptor - WikipediaRetinoic acid receptor gamma - Wikipedia
    6fx0(trifaroteneが結合したレチノイン酸受容体γ) E9T(trifarotene)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    trifarotene(トリファロテン)が結合したレチノイン酸受容体γ 6fx0


  9. 書籍紹介: 鈴木貴之,「100年後の世界 SF映画から考えるテクノロジーと社会の未来」,化学同人(2018) [NEW!]

    初期表示はメチルフェニデート(methylphenidate;塩酸塩がリタリン〈Ritalin〉)
    p.26ほか iPS細胞:1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例;山中4因子はOct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc) C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択同Chain A・B(DNAのみ) → Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から
    p.69ほか 塩酸メチルフェニデート(商品名:リタリン):メチルフェニデート(methylphenidate;塩酸塩がリタリン〈Ritalin〉) → ADHD薬抗うつ剤と神経伝達物質
    p.71 ドネペジル:ドネペジル(donepezil,塩酸ドネペジルが商品名アリセプト〈Aricept〉) → アルツハイマー病治療薬
    p.71 モダフィニル:(R)-モダフィニル((R)-modafinil) ※別に(S)-体 → 別トピック
    p.73ほか ステロイド/ホルモン:テストステロン(testosterone;男性ホルモンの例) 17β-エストラジオール(17β-estradiol;女性ホルモンの例) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.75 エリスロポエチン:1eer(エリスロポエチン〈erythropoietin〉と受容体) A鎖(エリスロポエチン)選択 [Erythropoietin - WikipediaErythropoietin receptor - Wikipedia
    p.103 テロメア:2a5rのModel 1(テロメア関連構造例) → DNAのG-四重らせん構造の例
    p.105 ラパマイシン:ラパマイシン(rapamycin) → 2009年10大分子
    p.105 レスベラトロール:レスベラトロール(resveratrol) → 別トピック
    p.105 サーチュイン:5btrのChain A・D(レスベラトロールが結合したサーチュイン1〈SIRT1〉) → 別トピック
    p.107 アミロイド:2naoのModel 1(アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ繊維;残基番号1-42) → アルツハイマー病治療薬
    p.182ほか フルオキセチン/プロザック:フルオキセチン(fluoxetine,塩酸フルオキセチンが商品名プロザック〈Prozac〉) → 抗うつ剤と神経伝達物質p.184 三環系抗うつ薬も記載)
    p.184 セロトニン:セロトニン(serotonin) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.186 パキシル:パロキセチン(paroxetine,パロキセチン塩酸塩水和物が商品名パキシル〈Paxil〉) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.189 オキシトシン:1npoのChain B(オキシトシン〈oxytocin〉) → オキシトシン
    p.189 L-ドーパ:L-ドーパ(L-DOPA) → 分子モデルで見るノーベル賞

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から メチルフェニデート(p.69ほか),セロトニン(p.184),L-ドーパ(p.189
    ピンクは「亀-C-C-N」構造 → 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例

        
    左から iPS細胞関連 1gt0p.26ほか),アミロイド関連 2naop.107),オキシトシン関連 1npop.189


    レスベラトロールが結合したサーチュイン1(SIRT1) 5btrのChain DとそのPDBsumデータ(p.105

    (今後も画像を追加します)


  10. 世界初の水チャンネル蛋白・アクアポリン4促進化合物を開発しました(日本の研究.com,2018/06/04) [NEW!] ※“TGN-073”,“アルツハイマー病、パーキンソン病など脳に異常蛋白が蓄積する疾患や、生命を脅かす脳のむくみ(脳浮腫)への新たな治療法開発が期待できる”。

    TGN-073

    TGN-073
    ※アクアポリン4の構造例:2d57の4量体(Chain A×4;アクアポリン) [Aquaporin - Wikipedia
    ※アクアポリン1の構造例:3zojの4量体(Chain A×4;アクアポリン)* 同 単量体*

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    TGN-073(左)とアクアポリン4の構造例2d57の4量体(Chain A×4,右)


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