◆ Jmolで見るトピックス分子(1-1) ◆

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. 特別展:菌類のふしぎ−きのことカビと仲間たち(国立科学博物館,2008/10/11〜2009/01/12)

    プラバスタチン(pravastatin)
    スタチン - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


  2. 浅野前宮城県知事が急性白血病で入院(産経,2009/06/04)

    PDBデータ 2b7fのChain A・B・I(HTLV-1ウイルスのプロテアーゼ)
    Human T-lymphotropic virus - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  3. Molecule of the Month(PDB,2009/06),Vaultsヴォールト(PDBj)

    PDBデータ 2zuoのChain A-M[4.23MB](タンパク質ボルトの部分構造;First entry)
    2zuoのChain A-M(タンパク質ボルトの部分構造;First entry, )
    参考:別の研究グループによるデータ例 2qzv

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ボルトの部分構造(First entry)2zuoのChain A-M


  4. NHKクローズアップ現代「抗うつ薬の死角 〜転換迫られるうつ病治療〜」(NHK総合TV,2009/06/01・19:30〜放映) [終了]

    パロキセチン(paroxetine)
    Selective serotonin reuptake inhibitor - Wikipedia
    パロキセチン(paroxetine)
    フルボキサミン(fluvoxamine)
    セルトラリン(サートラリン,sertraline) ベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示
    dcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン;3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


  5. ニセクロハツの強毒原因物質を解明 “謎の毒キノコ” 京薬大准教授ら(京都新聞,2009/05/25)

    シクロプロプ-2-エンカルボン酸(cycloprop-2-enecarboxylic acid)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


    シクロプロプ-2-エンカルボン酸


  6. 生命ナノシステム科学研究科 朴三用准教授らのグループがインフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼの構造を解明しました(横浜市立大学,2009/05/28) ※PB1-PB2サブユニット:下掲3a1gおよび2ztt

    PDBデータ 2znl(インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット)
    2znl(インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット)
    3a1g(同 PB1-PB2サブユニット) | 同Chain A・B
    T-705(RNAポリメラーゼ阻害剤)
    CS-8958(ノイラミニダーゼ阻害剤)
    ペラミビル(peramivir;ノイラミニダーゼ阻害剤) [Peramivir - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    z   
    インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ
    [左]PA-PB1サブユニット2znl [右]PB1-PB2サブユニット3a1gのChain A・B


  7. RCSB PDB新規データ(2009/05/27):3d90(プロゲステロン受容体,レボノルゲストレル(合成プロゲステロン,緊急避妊薬))

    PDBデータ 3d90(プロゲステロン受容体)
    Progesterone - Wikipedia
    PDBデータ 3d90(プロゲステロン受容体) [Progesterone - Wikipedia
    レボノルゲストレル(levonorgestrel,(-)-form) [Levonorgestrel - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    プロゲステロン受容体3d90


  8. 村上春樹さん「1Q84」予約1万冊超、アマゾン新記録(読売,2009/05/25) ※同小説と下掲PDBデータ1Q84は無関係です!(単なるジョークです)
    PDBデータ 1Q84(アセチルコリンエステラーゼ)
    1q84(アセチルコリンエステラーゼ) 同PDBsumデータ1q84_TZ4$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ1Q84(アセチルコリンエステラーゼ)とそのPDBsumデータ


  9. ナトリウム・カリウムポンプの立体構造の解明(JASRI,2009/05/21)
    PDBデータ 2zxe(ナトリウム・カリウムポンプ)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ナトリウム・カリウムポンプ2zxe


  10. アース「チュッとおすだけノーマット」(新商品FINDER,2009/05/19)

    トランスフルトリン(transfluthrin)
    Transfluthrin - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


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