◆ 鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報 ◆
★今週の分子/連載49(2004/01/15〜):鳥インフルエンザウイルス関連PDBデータ例(1JSOより) → Chime版
ヘマグルチニンおよび参考データノイラミニダーゼトピックス最新) | ウイルスの分類・インフルエンザ全般・参考文献等

2009年4月発生の新型インフルエンザ(豚インフルエンザ)関連情報
抗ウイルス薬SARSと抗ウイルス薬参照
※新作:インフルエンザノイラミニダーゼとタミフル
※新作:GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
※2006/01/20公開のノイラミニダーゼ立体構造予測データベース(理研)のデータを利用した新コンテンツJmol版Chime版を公開!!
CASTpにより,PDB ID または Keyword Search(influenza 等で検索)によりポケット部位探索可能


〔鳥〕インフルエンザ関連PDBデータ例 - ヘマグルチニンおよび参考データ(初期表示は1jso

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
1jsoインフルエンザウイルス(H5)/ヘマグルチニン(haemagglutinin)〉 → PDBデータ
1hgg〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 → PDBデータ ※下記文献[3]p.189参照
1kenのChain A-F〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 → PDBデータ
2ibx〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン(H5)〉 → PDBデータ ※下記文献[4]巻頭カラー図3・p.35図5参照
3eym〈ヘマグルチニン/膜融合阻害剤〉 → PDBデータ
3gbm*〈インフルエンザウイルス(H5N1)ヘマグルチニン/ヒト抗体Fab〉 → PDBデータ
4bsaの6量体〈Chain A・B×3;H7N9インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉
5hmg〈ヘマグルチニン〉 → PDBデータ

◆参考データ
シアル酸
 ※抗インフルエンザウイルス薬の例  ※その他の抗ウイルス薬の例
  オセルタミビル(※タミフル) | GS4071(オセルタミビルが変化して機能)
  ザナミビル
  ペラミビル
  ラニナミビル | CS-8958(ラニナミビルのプロドラッグ)
  ファビピラビル(favipiravir,T-705;臨床試験中のRNAポリメラーゼ阻害剤)


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



〔鳥〕インフルエンザ関連PDBデータ例 - ノイラミニダーゼ(初期表示は3cl0

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
1ingのChain A*〈A型インフルエンザウイルス(N2)/ノイラミニダーゼ(neuraminidase)〉 → PDBデータ
1a4gのChain A〈ノイラミニダーゼ/ザナミビルを含む〉*PDBデータ
2c4aのChain A〈A型インフルエンザウイルス(N9)/ノイラミニダーゼ〉 → PDBデータ
2f10〈ノイラミニダーゼ/ペラミビルを含む〉*PDBデータ
 ※リガンド(ペラミビル)とSITE(PDBsumによる)$
2hu0のChain B〈ノイラミニダーゼ(N1)/オセルタミビルが変化したGS4071結合〉 → PDBデータ
 ※リガンド(GS4071)とSITE$PDBsumによる) 同データにHis274追加$
2hu4のChain A〈ノイラミニダーゼ(N1)/オセルタミビルが変化したGS4071結合〉 → PDBデータ
 ※リガンド(GS4071)とSITE$PDBsumによる)
2qwk〈ノイラミニダーゼ(N9)/GS4071結合〉 → PDBデータ 下記仮SITE部分選択
 ※CASTpによるGS4071近傍Pocketデータより: ID54 ID53 ID54+53 ID53+54から目視で選んだ仮SITE

 ※リガンド(GS4071)とSITE$PDBsumによる) 同データにHis274追加$
2rft〈B型インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン/LSTaレセプター〉 → PDBデータ
2w69Chain A 〈インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/キャップスナッチング(cap-snatching)〉 → PDBデータ
2znl*〈A型インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/PA-PB1サブユニット〉 → PDBデータKEK資料
3a1g*Chain A・B*〈A型インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/PB1-PB2サブユニット〉 → PDBデータ横浜市立大学資料
3ckz〈ノイラミニダーゼ(N1)/ザナミビル結合〉
 ※リガンド(ザナミビル)とSITE$PDBsumによる) 同データにTyr274追加$
3cl0〈ノイラミニダーゼ(N1)/GS4071結合〉 Ile222・Asn234・Tyr274選択
 ※リガンド(GS4071)とSITE$PDBsumによる) 同データにTyr274追加$
3cl2のChain A〈ノイラミニダーゼ(N1)/GS4071結合〉
 ※リガンド(GS4071)とSITE$PDBsumによる)
3cye〈ノイラミニダーゼ(N1)/H1N1:1918年スペインかぜ/座標2種のうちModel 1のみ〉 → PDBデータ
3ebjChain A 〈鳥インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/PAサブユニット〉 → PDBデータ
3ti3のChain A〈ノイラミニダーゼ(N1)/ラニナミビル結合〉 [NEW!]PDBデータ
 ※リガンド(ラニナミビル)とSITE$PDBsumによる)
3ti8のChain A〈ノイラミニダーゼ(N5)/ラニナミビル結合〉 → PDBデータ
 ※リガンド(ラニナミビル)とSITE$PDBsumによる)
4qn7〈ノイラミニダーゼ(N7)/GS4071結合〉 [NEW!]Journal of Virology論文(4qn3-4qn7の構造解明)


※以下の分子の画像の一部はChime版によるものです!


インフルエンザウイルスの構造;サブタイプ『H?N?』を決めるのがヘマグルチニン(HA;H1〜H16)とノイラミニダーゼ(NA;N1〜N9)
※2004年の鳥インフルエンザはH5N1,1918年のスペイン風邪はH1N1
インフルエンザウイルス Q&A−特徴と性状−(東京都立衛生研究所)〔現在アクセス不可〕などを参考に作図
※参考:Googleイメージ検索による“haemagglutinin”検索結果,同“neuraminidase”


ヘマグルチニン分子のホモ3量体(6本鎖)の例(1kenのChain A-F)
「分子レベルで見た薬の働き」(平山令明,講談社ブルーバックス),pp.198-209参照


シアル酸および抗インフルエンザウイルス薬(プラグ薬の例)のザナミビルとGS4071・オセルタミビル;親油ポテンシャル表示
「別冊日経サイエンス143 世界を脅かす感染症とどう闘うか」,p.51参照


〔左〕GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含むノイラミニダーゼ3cl0
〔右〕ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDDデータ3ckz
※何れも下段はPDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性による
今月の分子(PDBj,2009/05)3cl0掲載


Ligand-SITE情報データにCleftsデータ(何れもBinding-surface 1)を追加して作成した画像(上段のsurfaceはamino色,下段は酸性・中性・塩基性区別)
〔左〕シアル酸を含む2c4a(Clefts),〔中〕GS4071を含む3cl0(Clefts),〔右〕ザナミビルを含む3ckz(Clefts)
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性でデータ参照可


ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDDデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬


GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含むノイラミニダーゼ(N9)2qwk


GS4071を含む2qwkについて,CASTpによるGS4071近傍PocketのID53+54から目視で選んだ仮SITE部分


2qwkPDBsumによるGS4071のSITE部分(水素結合情報含む)


同じく2qwkの糖鎖別着色データ(左;糖タンパク質データ集参照)とPQSによる四量体モデル(右;PQSデータ集参照)


タミフル耐性インフルエンザのN1ノイラミニダーゼ結晶構造に関する論文のデータのLIGPLOTデータ(PDBsumより);こちらにも分子データ掲載
3cl2(N294S,GS4071含む),3cl0(H274Y,GS4071含む),3ckz(H274Y,ザナミビル含む)が該当データで,2qwkは参考に示したN9のもの
Crystal structures of oseltamivir-resistant influenza virus neuraminidase mutants(Nature,2008/05/14)


GS4071を含む3cl0(N1ノイラミニダーゼH274Y)およびの3cl2Chain A(N1ノイラミニダーゼN294S)


GS4071を含む3cl0(N1ノイラミニダーゼH274Y)のLIGPLOTデータより


H274Yタミフル耐性変異の説明:〔左〕GS4071を含む2hu0(N1)PDBsumデータにHis274追加,〔右〕3cl0(N1)PDBsumデータにTyr274追加
タミフル耐性の仕組み解明 インフルエンザで米チーム(47NEWS,2010/06/04)
Permissive Secondary Mutations Enable the Evolution on Influenza Oseltamivir Resistance(Science,2010/06/04)
※参考:Proteopedia - Avian Influenza Neuraminidase, Tamiflu and Relenza


インフルエンザ情報 ※以下のWeb情報の一部は時限情報,また利用者登録が必要なものもあります。



「生活環境化学の部屋」ホームページ「分子の形と性質」学習帳「今週の分子」トップ