◆ 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報 ◆
構造関連情報治療薬候補関連情報その他のニュース等SARS-CoV-2由来生体分子モデル治療薬の分子モデルおよび画像等
COVID-19は病名ですがウイルス名として用いられることがあり,正式なウイルス名はSARS-CoV-2ですのでご注意ください。
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新型コロナウイルスに関する国内の最新情報は新型コロナウイルス感染速報をご参照ください。
mRNAワクチンとシュードウリジンのトピックを作成しました。 [NEW!]
発信力をお持ちの皆様へ - 科学コミュニケーションに関する有志グループも是非ご覧ください。
スタジオミダスからSilMol-mini COVID-19 寄付対象モデル(PDB 6LU7より)第2弾(同7BV2より)に続き第3弾(同7A98より)が発売されました。実費を除き大阪大学未来基金に寄付される予定です。


●SARS-CoV-2由来タンパク質構造関連情報 → 新型コロナウイルスの構造情報 - PDBjCOVID-19 protein structures in the PDB - PDBsum新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - crisp_bio


●治療薬候補関連情報


●スパコン富岳関連ニュース


●その他のニュースなど

初期表示:PDBデータ 6lu7の4量体(Chain A・C×2;新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia
バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
6lu7の4量体(Chain A・C×2;新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ) Chain C選択6lu7(Chain A・C) 同PDBsumデータ6lu7_02J-ALA-VAL-LEU-PJE-010$
6y2f(新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ) O6K(compound 11a)選択 同PDBsumデータ6y2f_O6K$
5rg1(同上) 同PDBsumデータ5rg1_T9J(NCL-00024905結合)$PDBsumデータ5rgg_NZD(Z2856434890 (MPRO-X0165)結合)$PDBsumデータ5rgl_U0Y(PCM-0102962 (MPRO-X0705)結合)$
6lze(同上;compound 11a結合,2020/05/27データ更新) FHR(compound 11a)選択 同PDBsumデータ6lze_FHR$PDBsumデータ6m0k_FJC(compound 11b結合,2020/05/27データ更新)$ FJC(compound 11b)選択PDBsumデータ5rgg_NZD(Z2856434890 (MPRO-X0165)結合)$
7rfwの2量体(Chain A×2,同上;PF-07321332類縁体結合,7rfsにも同リガンド) 同PDBsumデータ7rfw_4WI$ 同データ中のPF-07321332類縁体構造(リガンド名4WIWinmostarで二重結合付加) ‖ PDBsumデータ7rfs_4WI$ PDBsumデータ7rfr_4W8$ PDBsumデータ7rfu_4YG$
※主要プロテアーゼのPDBsumデータのみ: 5rf8のPDBsumデータligand SFY(Z271004858)$7bqyのPDBsumデータligand PJE-010(2リガンドでエステル形成)$7brrのPDBsumデータ7brr_K36(GC376)$5rh2のPDBsumデータ5rh2_UH7(Z1129289650,Mpro-x2646)$
※同上: 7brpのPDBsumデータ7brp_HU5(ボセプレビル,boceprevir)$7k40のPDBsumデータ7k40_U5G(ボセプレビル〈boceprevir〉結合型)$ ※同上(以下4データは同一研究による): 6xhlのPDBsumデータligand V2M$6xhmのPDBsumデータligand V2M$6xhnのPDBsumデータligand V3D$6xhoのPDBsumデータligand V34$
※同上: 6xbiのPDBsumデータUZ7-LEU-LEU-UZ4-UZ1$ UZ7-LEU-LEU-UZ4-UZ1選択
※同上: 7c7pのPDBsumデータligand FK3$7c7pのPDBsumデータligand SV6(テラプレビルの結合型)$ [Telaprevir - Wikipedia](以上2データは同一研究による) ‖ 7k6dのPDBsumデータligand SV6(同左)$7k6eのPDBsumデータligand SV6(同左)$(以上2データは同一研究による)
※同上(以下3データは同一研究による;論文未出): 6w63のPDBsumデータligand X77(阻害剤)$6w79のPDBsumデータligand X77$6wcoのPDBsumデータligand X47(阻害剤)$
※同上: 7ju7のPDBsumデータligand G65(マシチニブ)$7jycのPDBsumデータligand NNA(ナルラプレビル)$7d1oのPDBsumデータligand NNA(ナルラプレビル)$
※同上: 7jkvのPDBsumデータligand V7G(GRL-2420)$7d3iのPDBsumデータligand GQU(MI-23)$7cx9のPDBsumデータligand GKF(INZ-1)$
※同上: 7akuのPDBsumデータligand RN2(カルペプチン)$7d1mのPDBsumデータligand K36(GC376)$
※同上: 7vh8のPDBsumデータligand 7DI(PF-07321332結合型)$
6vsb(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質) 同Chain A Asp614選択
6vxxのChain B(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質,1RBD-up conformation) BLA(ビリベルジン)選択 残基番号18・20・26(以上は本データに含まれず)・138・190・501・614・655空間充填/α炭素ラベル表示[多数の変異持つ7m8kとの比較用]
7nta(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質,closed state) Asn439選択(N439K変異前確認) Glu484選択(E484K変異前確認) Asn501選択(N501Y変異前確認)6vybのChain B(同,open state)
6xs6(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質D614G変異体,minus RBD) Gly614選択
7l0nのChain R(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質N439K変異体) Lys439選択
7negのChain E(同上) Tyr501選択
7mjm(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質イギリス型B.1.1.7変異(アルファ株),ヒトACE2との結合体;N501Y変異含む) Chain A-CのTyr501選択
7sbo(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質デルタ変異) 残基番号19・142・156・478・452・614・950空間充填/α炭素ラベル表示[157・158欠落,T19R・G142D・E156G・T478K・L452R・D614G・P681R(欠落)・D950N変異有す]
7nxc(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質P.1(デルタ)変異,ヒトACE2との結合体;N501Y変異含む) Tyr501選択 同N501Y変異部分近傍(富岳プレスリリースを参考に切り出し)
7m8kのChain B(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質) 残基番号18・20・26(以上は本データに含まれず)・138・190・501・614・655空間充填/α炭素ラベル表示[L18F・T20N・P26S・D138Y・R190S・N501Y・D614G・H655Yほかの変異有す]
7n1q(SARS-CoV-2ベータ変異株のスパイク糖タンパク質) 残基番号417・484・501空間充填/α炭素ラベル表示[K417N・E484K・N501Y変異有す]
7n8h(SARS-CoV-2イプシロン変異株のスパイク糖タンパク質) 残基番号452空間充填/α炭素ラベル表示[L452R変異有す]
7v86のChain A・F(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質B.1.617.1(カッパ)変異,ヒトACE2との結合体) 残基番号142・154・452・484・614・1071空間充填/α炭素ラベル表示[G142D・E154K・L452R・E484Q・D614G・P681R(欠落)・Q1071Hほかの変異有す]
※スパイク糖タンパク質のPDBsumデータのみ: 7jjiのPDBsumデータligand VCG(ポリソルベート80)$ [Polysorbate 80 - Wikipedia] ligand EIC[1303(A)](リノール酸)$
6vw1のChain A・E(ヒトACE2(アンジオテンシン変換酵素2)とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン〈RBD〉との複合体) [Angiotensin-converting enzyme 2 - Wikipedia
6m0j(ヒトACE2(アンジオテンシン変換酵素2)とSARS-CoV-2のスパイク受容体結合ドメイン〈RBD〉との複合体)
6m17(ヒトACE2とB0AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体) [Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 - Wikipedia
7dmuのChain A・B(ヒトの高親和性改変ACE2とSARS-CoV-2のRBDとの複合体)
6w41(ヒト抗体CR3022とSARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質受容体RBDとの複合体)
7bz5(ヒト中和抗体B38とSARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質受容体RBDとの複合体)
7oraのChain R(SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質のサブユニットS1のみ) 残基番号478空間充填/α炭素ラベル表示[T478K変異有すB.1.617変異株]
6wpt(ヒト中和抗体S309とSARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質との複合体,open state)
6lxtのChain A・B・C(SARS-CoV-2スパイクタンパク質のサブユニットS2)
6xra(SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質サブユニットS2の融合後の構造)
6m3mのChain A(SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン)
6vxsのChain A(SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ) [ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase - Wikipedia
6w9cのChain A(SARS-CoV-2のパパイン様プロテアーゼ)
6yva(SARS-CoV-2のパパイン様プロテアーゼ(ユビキチン様タンパク質ISG15結合)
6zojのChain j(SARS-CoV-2のNsp1)
7btf(SARS-CoV-2のNSP12(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・NSP7・NSP8の複合体) [RNA-dependent RNA polymerase - Wikipedia
7bv2(SARS-CoV-2のNSP12・NSP7・NSP8の複合体;レムデシビル三リン酸体結合) 同Chain A(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・P・T(RNA) 同PDBsumデータ 7bv2_F86-POP$
6yyt(SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼ(NSP12)・NSP7・NSP8・RNAの複合体) 同Chain A(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・P・Q・T・U(RNA)
6xez(SARS-CoV-2のヘリカーゼ(NSP13),NSP12,NSP7,NSP8・RNAの複合体) Chain E・F(NSP13)選択
※RNA依存性RNAポリメラーゼ(NSP12)のPDBsumデータのみ: 7cttのPDBsumデータligand GE6(ファビピラビル三リン酸体T-705RTP)$
6vwwのChain A(SARS-CoV-2のエンドリボヌクレアーゼ Nsp15) [Endoribonuclease - Wikipedia
7n0b(SARS-CoV-2のNsp10・Nsp14・RNA複合体)
6wkqのChain A・B(SARS-CoV-2のNsp10・Nsp16複合体) SFG(sinefungin)選択 同PDBsumデータ 6wkq_SFG$
6xdc(SARS-CoV-2のタンパク質3a;ORF3a) | 7kjrのPDBsumデータligand PEE(脂質DOPE)$
7k3gのModel 1(SARS-CoV-2のエンベロープタンパク質)
I'/O' = 0.766l,。 7jjcのChain C・G(ヒトのニューロピリン1とSARS-CoV-2スパイク糖タンパク質接合部の複合体) SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質C末端配列Arg-Arg-Ala-Arg(682RRAR685;ニューロピリン1との接合部)選択 [Neuropilin 1 - Wikipedia] ‖ 参考(両者接合阻害剤例のPDBsumデータ:研究者公開動画参照):  PDBsumデータ 3i97_8DR(EG00229が結合したニューロピリン1)$
7mky(SARS-CoV-2のフレームシフトRNAシュードノット)
※参考(SARSコロナウイルスのPDBデータ例):1q2wのChain A(SARSコロナウイルスのプロテアーゼ) → Jmolトピック
※参考(MERSコロナウイルスのPDBデータ例):4wmdのChain A(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ)


初期表示:イベルメクチンB1a(ivermectin B1a) ※ABC〜カタカナ〜漢字 順
 [
Ivermectin - Wikipedia
バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
CDM-3008
GS-621763
H-77 → Jmolトピック
LPV/r(ロピナビル/リトナビル) [Lopinavir/ritonavir - WikipediaLopinavir - WikipediaRitonavir - Wikipedia] ‖ ロピナビル(lopinavir,LPV) | ※参考(ロピナビルが結合したPDBデータ例):1mui(ロピナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ 1mui_AB1$リトナビル(ritonavir,RTV)| ※参考(リトナビルが結合したPDBデータ例):1rl8(リトナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ 1rl8_RIT$
PF-07321332(これとリトナビルの合剤が商品名パクスロビド,Paxlovid)
アジスロマイシン(azithromycin) [Azithromycin - Wikipedia
イベルメクチンB1a(ivermectin B1a) → Jmolトピック [Ivermectin - Wikipedia] | ※参考(イベルメクチンB1aが結合したPDBデータ例):3rif(イベルメクチンB1aが結合したグルタミン酸作動性クロライドチャネルα) 同PDBsumデータ 3rif_IVM[402(A)]$ → PDBj「今月の分子 191: グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体(Glutamate-gated Chloride Receptors)」
エトキシゾラミド(ethoxzolamide) | ※参考(エトキシゾラミド結合したPDBsumデータ例):同PDBsumデータ 6ql2_EZL(エトキシゾラミドが結合した炭酸脱水酵素VI)$ [Ethoxzolamide - Wikipedia
エリトラン(eritoran) | ※参考(エリトランが結合したPDBsumデータ例):3ula_E55(エリトランが結合したTLR4)$ → Toll様受容体 [Eritoran - Wikipedia
クロミプラミン(clomipramine;三環系抗うつ剤) | ※参考(クロミプラミンが結合したエボラウイルス糖タンパク質のPDBsumデータ) PDBsumデータ6g9i_CXX$ → 抗うつ剤と神経伝達物質 [Clomipramine - Wikipedia
コルヒチン(colchicine) | ※参考(コルヒチンが結合したPDBsumデータ例):5mio_LOC(コルヒチンが結合したチューブリン-キネシン様タンパク質Kif2C複合体)$ → Nature Communications論文 [Colchicine - Wikipedia
シクレソニド(ciclesonide) [Ciclesonide - Wikipedia
セファランチン(cepharanthine) [Cepharanthine - Wikipedia
ソホスブビル(ソフォスブビル,sofosbuvir) | ※参考(ソホスブビル二リン酸が結合したRNA指向性RNAポリメラーゼのPDBsumデータ) PDBsumデータ4wtg_6GS$ → Jmolトピック [Sofosbuvir - Wikipedia
デキサメタゾン(dexamethasone) → Jmolトピック [Dexamethasone - Wikipedia
ナファモスタット(nafamostat) [Nafamostat - Wikipedia
ニクロサミド(niclosamide) [Niclosamide - Wikipedia
ニタゾキサニド(nitazoxanide) | ※参考(ニタゾキサニドが結合したPDBsumデータ例):3v35_NTI(ニタゾキサニドが結合したアルドース還元酵素)$ NTI(ニタゾキサニド)選択 [Nitazoxanide - Wikipedia
ネルフィナビル(nelfinavir,NFV) → HIVとエイズ [Nelfinavir - Wikipedia] | ※参考(ネルフィナビルが結合したPDBデータ例):1ohr(ネルフィナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ 1ohr_1UN$
バリシチニブ(baricitinib) | ※参考(バリシチニブが結合したPDBsumデータ例):6vn8_3JW(バリシチニブが結合したチロシンキナーゼJAK2)$ [Baricitinib - WikipediaTyrosine kinase - Wikipedia
ハロペリドール(haloperidol) [Haloperidol - Wikipedia
ピオグリタゾン(pioglitazone) [Pioglitazone - Wikipedia
ヒドロキシクロロキン(hydroxychloroquine) [Hydroxychloroquine - Wikipedia
ファビピラビル(favipiravir,T-705;インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤,商品名アビガン Avigan) → Jmolトピックエボラ出血熱 [Favipiravir - Wikipedia] ファビピラビル三リン酸体T-705RTP(活性体)
フィナステリド(finasteride)[Finasteride - Wikipedia
フェンレチニド(fenretinide,4-HPR) | ※参考(フェンレチニドが結合したPDBsumデータ例):1fel_FEN(フェンレチニドが結合したレチノール結合タンパク質)$ [Fenretinide - Wikipedia
メトホルミン(metformin) → Jmolトピック [Metformin - Wikipedia
モルヌピラビル(molnupiravir) | ※参考(モルヌピラビル導入RNA含むPDBデータ例):7ozv(モルヌピラビル導入部分とその対塩基のみ;Nature Structural & Molecular Biology論文 Fig. 4参照) 16B(導入モルヌピラビル部分)選択 [Molnupiravir - Wikipedia
ラロキシフェン(raloxifene) [Raloxifene - Wikipedia
リバビリン(ribavirin) [Ribavirin - Wikipedia
レムデシビル(remdesivir) [Remdesivir - Wikipedia
一酸化窒素(nitric oxide) [Nitric oxide - Wikipedia
二酸化塩素(chlorine dioxide) [Chlorine dioxide - Wikipedia

    
[左]新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体(Chain A・C×2)
[中・右]SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7(Chain A・C)とSARSコロナウイルスのプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像

  
新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ7rfwの2量体(Chain A×2;PF-07321332類縁体結合,7rfsにも同リガンド)とそのPDBsumデータ(7rfs,別リガンドの7rfr7rfuとの比較),および同データ中のPF-07321332類縁体構造
※PF-07321332はC23H32F3N5O4,上記リガンドはC23H36F3N5O4


新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7のPDBsumデータ(ドット表面表示が阻害剤リガンド;今月の分子 242 - PDBj参照)

  
新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ5rg1およびそのPDBsumデータ(5rgg5rglとの比較)

      
SARS-CoV-2主要プロテアーゼのPDBsumデータのみ:左から 5rf87bqy(2リガンドでエステル形成),7brr5rh2(Z1129289650結合)

  
同上:左から 7brp(ボセプレビル〈boceprevir〉),7k40(ボセプレビル結合型)


同上(以下4データは同一研究による):左から 6xhl6xhm6xhn6xho


同上:6xbi

  
同上:左から 7c7p(リガンドFK3とテラプレビル結合型),7k6d7k6e(どちらもテラプレビル結合型;同一研究による)


同上(同一研究による):左から 6w636w79(どちらも阻害剤X77),6wco(阻害剤X47)

    
同上:左から 7ju7(マシチニブ〈masitinib〉結合),7jyc(ナルラプレビル〈narlaprevir〉結合),7d1o(同左)

    
同上:左から 7jkv(GRL-2420結合),7d3i(MI-23結合),7cx9(INZ-1結合)

  
同上:左から 7aku(カルペプチン〈calpeptin〉結合),7d1m(GC376結合)

  
[左]SARS-CoV-2プロテアーゼ6y2f [中・右]参考:MERS-CoVのプロテアーゼ4wmdのChain A(中)とSARSコロナウイルスのプロテアーゼ1q2wのChain A(右)

  
左から SARS-CoV-2プロテアーゼ6lze(compound 11a結合,新旧PDBデータ比較)とそのPDBsumデータ(compound 11b結合の6m0kとの比較),同6y2f(compound 13b結合,左とは別研究)のPDBsumデータ

  
[左]SARS-CoV-2のパパイン様プロテアーゼ(papain-like protease)6w9cのChain A
[右]同6yva(マウスのユビキチン様タンパク質ISG15結合)

    
[左]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsbGlcNAcは糖鎖 N-アセチルグルコサミン)
[中]SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6vxx(closed state)と同6vyb(open state)のPyMOLによる重ね合わせ画像動画(どちらもChain B)
[右]ヒト中和抗体S309が結合したSARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6wpt(open state;FucManGlcNAcは糖鎖)

  
[左・右]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質6vsbとSARSスパイク糖タンパク質6crzScience論文で比較)のPyMOLによる重ね合わせ画像と動画(どちらもChain A)


SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質7nta

  
[左]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質D614G変異体(minus RBD)6xs6(球表示はGly614) [右]同分子と6vsbのPyMOLによる重ね合わせ画像(どちらもChain A)

601-650 6vsb Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu
6xs6(D614G変異体) Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val Ala Val Leu Tyr Gln Gly Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu


SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質N439K変異体7l0nのChain R

401-450 6vsb Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn
7l0n (N439K変異体,Chain R) Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Lys Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn

    
[左]未変異のSARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6vxxのChain B(部分) [中]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質N501Y変異体7negのChain E [右]同7nx9のChain E

501-528
6vsb or 6vxx (未変異)
Asn
Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys
7neg or 7nx9 (N501Y変異体,Chain E)
Tyr
Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Lys Lys


ヒトACE2と結合したイギリス型B.1.1.7変異(アルファ株)SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質(N501Y変異含む) 7mjm


SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 6vxxとD138Y・R190S・N501Y・D614G・H655Yほかの変異有すP.1(デルタ)変異株7m8kの比較(どちらもChain B)

  
[左]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 K417N・E484K・N501Y変異有すB.1.351変異株(ベータ株)7n1q
[右]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 L452R変異有すB.1.429変異株(イプシロン株)7n8h

  
[左・中]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 6vxxとD138Y・R190S・N501Y・D614G・H655Yほかの変異有すP.1(デルタ)変異株7m8kの比較(どちらもChain B)
[右]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 F157・R158欠落,T19R・G142D・E156G・T478K・L452R・D614G・P681R(欠落)・D950N変異有すデルタ変異株 7sbo

  
[左]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 K417N・E484K・N501Y変異有すB.1.351変異株(ベータ株)7n1q
[右]カッパ(κ)変異SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 7v86のChain A・F
(ヒトACE2との結合体;G142D・E154K・L452R・E484Q・D614G・P681R(欠落)・Q1071Hほかの変異有す)

    
[左]SARS-CoV-2の受容体結合ドメインRBDを有するスパイク糖タンパク質サブユニットS1 6w41(ヒト抗体CR3022との複合体)
[中]同7bz5(ヒト中和抗体B38との複合体)
[右]同7oraのChain R(サブユニットS1のみ;T478K変異有すB.1.617変異株〈デルタ株〉)

  
[左]SARS-CoV-2スパイクタンパク質のサブユニットS2 6lxtのChain A・B・C [右]同6xra(postfusion conformation;融合後の構造)


スパイク糖タンパク質のPDBsumデータのみ:7jji中のポリソルベート80とリノール酸

    
[左]ヒトACE2(アンジオテンシン変換酵素2)とSARS-CoV-2の受容体結合ドメイン(RBD)との複合体 6vw1のChain A・E
[中]同6m0j
[右]ヒトの高親和性改変ACE2とSARS-CoV-2のRBDとの複合体 7dmuのChain A・B


ヒトACE2とB0AT1およびSARS-CoV-2のRBDとの複合体 6m17

  
[左]SARS-CoV-2のNSP1とヒト40Sリボソームの複合体 6zoj(上には構造未掲載) [右]同Chain j(NSP1)のみ

    
[左]SARS-CoV-2のNSP12(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・NSP7・NSP8の複合体 7btf
[中央2図]SARS-CoV-2のNSP12・NSP7・NSP8の複合体(レムデシビル三リン酸体結合) 7bv2(右側はタンパク質をI/O値順着色)
[中]同データのPDBsumデータ

    
[左・中]SARS-CoV-2のNSP12(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・NSP7・NSP8・RNAの複合体6yytおよび同Chain A・P・Q・T・U(NSP12とRNAのみ;今月の分子 249参照)
[右]SARS-CoV-2のNSP13(ヘリカーゼ)・NSP12・NSP7・NSP8・RNAの複合体 6xez


※RNA依存性RNAポリメラーゼ(NSP12)のPDBsumデータのみ: 7ctt(ファビピラビル〈favipiravir,T-705,商品名アビガン Avigan〉三リン酸体T-705RTP);論文未出


SARS-CoV-2のNSP10・NSP14(野生型)・RNAの複合体 7n0b;他にE191A変異の7n0c・7n0dあり

  
シネファンギン(sinefungin)が結合したSARS-CoV-2のNSP10・NSP16の複合体 6wkqのChain A・BとそのPDBsumデータ
sinefungin関連Jmolトピック

    
[左]SARS-CoV-2エンドリボヌクレアーゼ(endoribonuclease)6vwwのChain A
[中]SARS-CoV-2のヌクレオカプシドタンパク質のN末端RNA結合ドメイン 6m3mのChain A
[右]SARS-CoV-2のADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ 6vxsのChain A

  
[左]SARS-CoV-2のタンパク質3a(ORF3a) 6xdc [右]同 7kjrのPDBsumデータ(脂質DOPE)


SARS-CoV-2のエンベロープタンパク質 7k3g

    
[左]ヒトのニューロピリン1(neuropilin-1)とSARS-CoV-2スパイク糖タンパク質接合部の複合体 7jjcのChain C・G
[中]7jjcデータ研究者による動画より(Science誌論文でもEG00229に言及)
[右]参考データとして阻害剤例EG00229が結合したニューロピリン1 3i97のPDBsumデータ


SARS-CoV-2のフレームシフトRNAシュードノット 7mky


    
[左]CDM-3008 [中]GS-621763 [右]H-77 → Jmolトピック


[左]LPV/r(ロピナビル/リトナビル) [右]参考:HIV-1プロテアーゼ1mui1rl8のPDBsumデータ

  
[左]PF-07321332(C23H32F3N5O4,これとリトナビルの合剤が商品名パクスロビド Paxlovid)
[右]結合型PF-07321332(C23H36F3N5O4)が結合した7vh8(SARS-CoV-2プロテアーゼ阻害剤)のPDBsumデータ

 
PF-07321332のシード化合物例のPDBsumデータ(SARS-CoV-2プロテアーゼ阻害剤);6lze(compound 11a結合)・6m0k(compound 11b結合)・6y2f(compound 13b結合)

    
[左]アジスロマイシン(azithromycin)
[中・右]イベルメクチンB1a(ivermectin B1a)と同分子結合タンパク質例3rif(グルタミン酸作動性クロライドチャネルα)のPDBsumデータ → Jmolトピック

  
エトキシゾラミド(ethoxzolamide)と同分子結合タンパク質例6ql2(炭酸脱水酵素VI)のPDBsumデータ

  
エリトラン(eritoran)と同分子結合タンパク質例3ula(エリトランが結合したTLR4)のPDBsumデータ → Toll様受容体

  
[左]クロミプラミン(clomipramine;三環系抗うつ剤) [右]クロミプラミンが結合したエボラウイルス糖タンパク質例6g9iのPDBsumデータ

  
[左]コルヒチン(colchicine) [右]コルヒチン結合タンパク質例5mio(チューブリン-キネシン様タンパク質Kif2C複合体)のPDBsumデータ

  
左からシクレソニド(ciclesonide),セファランチン(cepharanthine)

  
HCV治療薬例のソホスブビル(ソフォスブビル,sofosbuvir;NS5Bポリメラーゼ阻害剤)とソホスブビル二リン酸が結合したRNA指向性RNAポリメラーゼ4wtgのPDBsumデータ

  
デキサメタゾン(dexamethasone)とデキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体1m2zのPDBsumデータ →Jmolトピック

  
左からナファモスタット(nafamostat),ニクロサミド(niclosamide)

  
左からニタゾキサニド(nitazoxanide),ニタゾキサニド結合タンパク質例3v35(アルドース還元酵素)のPDBsumデータ

    
[左]ネルフィナビル(nelfinavir,NFV)
[中・右]バリシチニブ(baricitinib)と同分子結合タンパク質例6vn8(チロシンキナーゼJAK2)のPDBsumデータ

    
左からハロペリドール(haloperidol),ピオグリタゾン(pioglitazone),ヒドロキシクロロキン(hydroxychloroquine)


[左]ファビピラビル(favipiravir,T-705;商品名アビガン Avigan) [中]ファビピラビル三リン酸体T-705RTP(活性体)
[右]ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6(ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ)のPDBsumデータ → Jmolトピックエボラ出血熱

    
[左]フィナステリド(finasteride)
[中・右]フェンレチニド(fenretinide,4-HPR)と同分子結合タンパク質例1fel(レチノール結合タンパク質)のPDBsumデータ

    
[左]メトホルミン(metformin)
[中・右]モルヌピラビル(molnupiravir)と同分子導入RNA含むPDBデータ7ozvの該当部分とその対塩基のみ(Nature Structural & Molecular Biology論文 Fig. 4参照)

      
左からラロキシフェン(raloxifene),リバビリン(ribavirin),レムデシビル(remdesivir)

  
左から一酸化窒素(nitric oxide),二酸化塩素(chlorine dioxide)


上掲治療薬候補の一部の有機概念図上表示(左表ピンク枠表示はグラフ外)

新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu76y2fとSARSコロナウイルスのプロテアーゼ1q2wのアミノ酸配列比較(何れもA鎖;後者FASTAデータの最初の2残基は除外)
1-50 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Ser Gly Phe Arg Lys Met Ala Phe Pro Ser Gly Lys Val Glu Gly Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Thr Thr Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asp Val Val Tyr Cys Pro Arg His Val Ile Cys Thr Ser Glu Asp Met Leu
1q2w(SARS) Ser Gly Phe Arg Lys Met Ala Phe Pro Ser Gly Lys Val Glu Gly Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Thr Thr Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asp Thr Val Tyr Cys Pro Arg His Val Ile Cys Thr Ala Glu Asp Met Leu
51-100 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Asn Pro Asn Tyr Glu Asp Leu Leu Ile Arg Lys Ser Asn His Asn Phe Leu Val Gln Ala Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys Val Leu Lys Leu Lys Val Asp Thr Ala Asn Pro Lys Thr Pro Lys
1q2w(SARS) Asn Pro Asn Tyr Glu Asp Leu Leu Ile Arg Lys Ser Asn His Ser Phe Leu Val Gln Ala Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys Leu Leu Arg Leu Lys Val Asp Thr Ser Asn Pro Lys Thr Pro Lys
101-150 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met Arg Pro Asn Phe Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys Gly Ser Val Gly Phe
1q2w(SARS) Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met Arg Pro Asn His Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys Gly Ser Val Gly Phe
151-200 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr Asp Leu Glu Gly Asn Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr Thr Ile
1q2w(SARS) Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr Asp Leu Glu Gly Lys Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr Thr Ile
201-250 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Thr Val Asn Val Leu Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile Leu
1q2w(SARS) Thr Leu Asn Val Leu Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile Leu
251-300 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys Ala Ser Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr Ile Leu Gly Ser Ala Leu Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp Val Val Arg Gln Cys
1q2w(SARS) Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys Ala Ala Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr Ile Leu Gly Ser Thr Ile Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp Val Val Arg Gln Cys
301- 6lu7・6y2f(SARS-CoV-2) Ser Gly Val Thr Phe Gln
1q2w(SARS) Ser Gly Val Thr Glu Gly
自作秀丸マクロにより作表


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