◆ Jmolで見るトピックス分子(22-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-1080
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.472(NMDA受容体)No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 新型コロナウイルスに殺傷効果を持つ記憶免疫キラーT細胞 −体内に存在するもう一つの防御部隊−(理研,2021/12/08) ※2022/01/26公開7EJL(下掲)・7EJM・7EJN(他に2BCK・3I6L〈下掲〉・3VXM・4F7M引用) ※“SARS-CoV-2のSタンパク質領域に存在するエピトープに着目…Pep#3(QYIペプチド:QYIKWPWYI)を同定”

    ヒト白血球型抗原HLA-A*2402(SARS-CoV-2由来ペプチドが結合) 7ejl
    Human leukocyte antigen - Wikipedia
    7ejl(SARS-CoV-2由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402) Chain C(SARS-CoV-2由来エピトープ;QYIKWPWYI)のα炭素ラベル表示 同Chain C | 7ejmのChain C(季節性コロナウイルスCoV-229E由来,エピトープTYIKWPWWV) 7ejnのChain C(季節性コロナウイルスCoV-HKU1由来,エピトープMYVKWPWYV)
    ※参考:3i6l(SARS-CoV-1由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402) Chain F(SARS-CoV-1由来エピトープ;QFKDNVILL)のα炭素ラベル表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]SARS-CoV-2由来ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402 7ejl
    [右]同Chain C(エピトープQYIKWPWYI;最初の3つがQYIペプチドであることを示す),CoV-229E由来7ejmのChain C(エピトープTYIKWPWWV),CoV-HKU1由来7ejnのChain C(エピトープMYVKWPWYV)の比較


    参考データ:SARS-CoV-1由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402 3i6l


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Roles of the hy-droxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase(Acta Crystallographica Section F,2021/11/11) ※2020/12/15公開7dqq(下掲)・7dqr・7dqt・7e1p

    O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ(MGMT) 7dqq
    O-6-methylguanine-DNA methyltransferase - Wikipedia
    7dqqO6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ7dqq_J03$PDBsumデータ7e1p_J03$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ(MGMT) 7dqqとそのPDBsumデータ(7e1pとの比較)


  3. 構造生物学:聴覚の分子基盤(Nature ハイライト,2021/12/16) ※2021/11/03公開7s8x・7s9a・7s9b・7s9c・7s9d・7s9e(下掲)

    サリチル酸が結合したイルカのプレスチン(prestin) 7s9eのChain A
    Prestin - Wikipedia
    7s9eのChain A(サリチル酸が結合したイルカのプレスチン) 同PDBsumデータ7s9e_SAL$PDBsumデータ7s9a_SAL$
    7usw(膜貫通チャネル様タンパク質TMC-1・カルシウム結合タンパク質CALM-1・膜貫通内耳タンパク質TMIEの複合体)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    サリチル酸が結合したイルカのプレスチン(prestin)7s9eのChain AとそのPDBsumデータ(7s9aとの比較)


    膜貫通チャネル様タンパク質TMC-1・カルシウム結合タンパク質CALM-1・膜貫通内耳タンパク質TMIEの複合体7usw


  4. Cryo-EM of CcsBA reveals the basis for cytochrome c biogenesis and heme transport(Nature Chemical Biology,2020/12/20) ※2020/12/12公開データ7s9y・7s9z(下掲)

    ヘム輸送タンパク質CcsBA 7s9z
    7s9z(CcsBA) HEB(heme b/c)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘム輸送タンパク質CcsBAの構造 7s9z


  5. 細胞内へのポリアミン輸送メカニズムの解明(東京大学,2021/11/19) ※2021/12/30公開データ7vpi・7vpj・7vpk(下掲)・7vpl

    スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2 7vpk
    ATP13A2 - WikipediaSpermine - Wikipedia
    7vpk(スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2) 同PDBsumデータ7vpk_SPM$PDBsumデータ7vpl_SPM$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2 7vpkとそのPDBsumデータ(E2Pi状態の7vplとの比較)


  6. 今月の分子 265: ゴルジ体カゼインキナーゼ(Golgi Casein Kinase)(PDBj,2022/01)Molecule of the Month(PDB)

    ゴルジ体カゼインキナーゼ 5yh2のChain A・C
    5yh2Chain A・C(ゴルジ体カゼインキナーゼ) 同PDBsumデータ5yh2_ATP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ゴルジ体カゼインキナーゼ5yh2のChain A・CとそのPDBsumデータ


  7. 神経変性:ALSのTDP-43繊維の構造(Nature ハイライト,2022/01/06) ※2021/12/15公開7py2(下掲)

    ALSのTDP-43繊維7py2
    TAR DNA-binding protein 43 - Wikipedia
    7py2(ALSのTDP-43繊維) 残基番号333-343(SWGMMGMLASQセグメント)選択/α炭素ラベル表示
    ※アルツハイマー病関連TDP-43構造例:6cfhの20量体(Chain A・B×10;TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ALSのTDP-43繊維7py2(残基番号333-343のSWGMMGMLASQセグメントを球棒表示)
    [右]参考図:アルツハイマー病関連TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント 6cfhの20量体(Chain A・B×10)


  8. 生化学:構造から分かったグルコース輸送体阻害剤の作用機構(Nature ハイライト,2022/01/13) ※2021/12/15公開データ7vsi(7fenから置換,下掲)

    糖尿病治療薬エンパグリフロジン(empagliflozin)が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2(SGLT2) 7vsi
    Sodium/glucose cotransporter 2 - WikipediaEmpagliflozin - Wikipedia
    7vsi(糖尿病治療薬エンパグリフロジンが結合したナトリウム/グルコース共輸送体2〈SGLT2〉) 同PDBsumデータ7vsi_7R3$
    7wmv(阻害剤LX2761が結合したナトリウム/グルコース共輸送体1〈SGLT1〉) 同PDBsumデータ7wmv_lp$ [Sodium/glucose cotransporter 1 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    糖尿病治療薬エンパグリフロジン(empagliflozin)が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2(SGLT2)7vsiとそのPDBsumデータ


    阻害剤LX2761が結合したナトリウム/グルコース共輸送体1(SGLT1)とMAP17の複合体7wmvとそのPDBsumデータ


  9. 体内でベンゼン環を作る −薬剤の構造に含まれるベンゼン環を体内合成してがん治療−(理研,2022/01/10)

    チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体5lyjのChain A・B
    Tubulin - WikipediaCombretastatin A-4 - WikipediaAromatization - Wikipedia
    5lyjのChain A・B(チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体) 7BA(コンブレタスタチンA4)選択 同PDBsumデータ5lyj_7BA$
    ※ポリアセン構造例:ベンゼン(benzene) | ナフタレン(naphthalene) | アントラセン(anthracene)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体5lyjのChain A・BとそのPDBsumデータ


  10. アトピーへの第三の外用薬を使いこなせ! 刺激はほとんどないが、速効性はステロイドに劣る(日経メディカル,2022/01/18)

「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」