◆ Jmolで見るトピックス分子(22-3) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-1070
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.472(NMDA受容体)No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 書籍紹介: 小林武彦,「生物はなぜ死ぬのか」,講談社現代新書(2021)

    転移RNA構造例PDBデータ 1g59のChain B(tRNAGlu
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 
    p.27ほか DNA/RNA:(以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
      DNA部分構造例(mol形式データは塩基色表示ができません) H原子消去
      A-Tx2_G-Cx2  A-T_G-C(mol形式;以下の2データの同時表示)
      A-T 同mol形式
      G-C 同mol形式
    p.32ほか ウイルス: → 本サイト“ウイルス”Google検索結果
    p.33ほか コロナウイルス/スパイク/RNA依存性RNA合成酵素/(宿主の)ACE2(以下は新型コロナウイルス〈SARS-CoV-2〉での構造例) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
    7n8h(SARS-CoV-2イプシロン変異株のスパイク糖タンパク質) 残基番号452空間充填/α炭素ラベル表示[L452R変異有す]
    7btf(SARS-CoV-2のNSP12(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・NSP7・NSP8の複合体) [RNA-dependent RNA polymerase - Wikipedia
    p.33・37ほか リボソーム:1z58(ラパマイシンが結合したリボソームのラージサブユニット;2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる) → 分子モデルで見るノーベル賞
    p.38ほか トランスファーRNA(tRNA):1g59のChain B(tRNA構造例;tRNAGlu) 同Chain A・B(tRNAGluとGluRSの複合体)
    p.54 DNAの遺伝子からタンパク質がつくられるまで: → コドンと遺伝暗号表
    p.59ほか 光合成: → 光合成に関係する生体分子のSITE例
    p.65 海底の熱水が噴出する場所に現在も生きている生物: → 生命を知り生命に学ぶ(チューブワームなど)
    p.77 ビタミンC:ビタミンC(L-アスコルビン酸) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    p.93 ペットボトルの素材であるポリエチレンテレフタレート:ポリエチレンテレフタレート(ポリエチレンテレフタラート,PET) → 代表的な高分子
    p.112 ヒアルロン酸:ヒアルロン酸 → 代表的な高分子糖タンパク質データ集
    p.125 コレステロール:コレステロール → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.128ほか DNA合成酵素:3mfi(DNAポリメラーゼの例〈DNAポリメラーゼη〉,チミンダイマー;タンパク質Chain Aは座標2種のうちAのみ) → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.134ほか p53:1tupのChain B・E・F(DNAに結合したがん抑制遺伝子p53の例,Zinc Finger) → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.135 FOXO4:3l2c(DNAに結合したFOXO4の例)
    p.138ほか 岡崎フラグメント:1gtcのModel 1(岡崎フラグメントの例) [岡崎フラグメント - Wikipedia] → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.139ほか テロメア:1kf1*(テロメアの例,G-四重らせん構造) 同データ内のTTAGGG(ヒトのテロメア反復配列)の例 → DNAとRNAのいろいろな姿DNAのG-四重らせん構造の例
    p.140ほか テロメア合成酵素(テロメラーゼ):6d6v(テロメラーゼの例) → 別トピック
    p.149ほか PD-L1/p.150ほか PD-1/p.151ほか 2018年のノーベル医学・生理学賞:3bik(PD-1/PD-L1複合体) Chain C(PD-1)選択 …2018年ノーベル医学・生理学賞受賞の本庶 佑(p.151)らによるPDBデータ(他にPD-L1のみの3bis) | 5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブ〈本庶 佑らが開発したヒト型抗ヒトPD-1モノクローナル抗体医薬品;商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1) Chain Y(PD-1)選択 → 別トピック(2018年ノーベル医学・生理学賞)
    p.155ほか DNA修復: → DNA修復
    p.157 チミン同士が繋がってしまいます:1t4iのChain A・B(紫外線〈UV〉による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの例) → DNAの脆弱性と強靭性別トピック
    p.169ほか X染色体とY染色体: → ヒトゲノムマップに見るタンパク質 ※Y染色体上の遺伝子による発現タンパク質例:1hry(性決定遺伝子SRYによる発現タンパク質構造例;DNAに結合)
    p.188ほか Sir2:1iciのChain A(Sir2ホモログの例;NAD〈p.193〉が結合)
    p.192 メトホルミン:メトホルミン → 別トピック
    p.192 ラパマイシン:ラパマイシン → 別トピック
    p.206ほか AI(人工知能: → 参考:PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造

      
    [左]DNA(p.27ほか)の3Dプリンタ模型 [右]転移RNA(tRNA)1g59(tRNAGlu)のChain B(p.38ほか

      
    [左]SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 L452R変異有すB.1.429変異株(イプシロン株)7n8hp.33ほか
    [右]SARS-CoV-2のNSP12(RNA依存性RNAポリメラーゼ)・NSP7・NSP8の複合体 7btfp.33ほか


    ラパマイシン(rapamycin)が結合したリボソームのラージサブユニット1z58(2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる)とそのPDBsumデータ(p.33・37ほか

      
    [左]DNAポリメラーゼの例(DNAポリメラーゼη;dATP+チミン二量体+DOC)3mfiのPDBsumデータ(p.128ほか
    [右]DNAに結合したFOXO4の例 3l2cp.135


    テロメアの例(G-四重らせん構造)1kf1データで作成したテロメアの“帽子”(ヒトのテロメアの繰り返しTTAGGG×3を球棒表示,G-四量体×3とK+イオンを空間充填表示)(p.139ほか

      
    [左]PD-L1が結合したPD-1 3bikp.149・151ほか) [右]ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1 5ggrp.151


    紫外線(UV)による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの構造例 1t4iのChain A・B(p.157


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. ヒト Xkr8-Basigin 複合体の立体構造解析(大阪大学,2020/10/12) [NEW!] ※2020/10/20公開データ7dce(他に7d9z・7daa公開)

    PDBデータ 7dceのChain X(ヒトXkr8)
    7dceのChain X(ヒトXkr8) 同PDBsumデータ7dce_DLP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトXkr8 7dceのChain X(リン脂質DOPCが結合)とそのPDBsumデータ


  3. エキノコックスにかかわる化学物質について(Chem-Station,2021/10/16) [NEW!] ※掲載分子中からプラジカンテルとアルベンダゾールを下掲

    プラジカンテル(praziquantel);異性体あり
    Praziquantel - Wikipedia
    プラジカンテル(praziquantel);異性体あり
    ※プラジカンテル結合タンパク質のPDBsumデータ例:同PDBsumデータ1gtb_PZQ$(all-transプラジカンテルが結合したグルタチオン S-トランスフェラーゼ)
    アルベンダゾール(albendazole) [Albendazole - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左・中]プラジカンテル(praziquantel)と同分子結合グルタチオン S-トランスフェラーゼ1gtbの同PDBsumデータ [右]アルベンダゾール(albendazole)


  4. Sweet Drugs for Bad Bugs: A Glycomimetic Strategy against the DC-SIGN-Mediated Dissemination of SARS-CoV-2(JACS,2020/10/15) [NEW!] ※2020/10/27公開データ7nl6・7nl7(下掲)

    DC-SIGN - WikipediaPattern recognition receptor - Wikipedia] PDBデータ 7nl7(ヒトのDC-SIGN)
    7nl7(ヒトDC-SIGN) 同PDBsumデータ7nl7_UH5[H原子付加]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトDC-SIGN 7nl7とそのPDBsumデータ(水素原子付加)


  5. 今月の分子 263: アセトヒドロキシ酸合成酵素(Acetohydroxyacid Synthase)(PDBj,2021/11) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    アセトヒドロキシ酸合成酵素 6vz8
    Acetolactate synthase - WikipediaBranched-chain amino acid - Wikipedia
    6vz8(アセトヒドロキシ酸合成酵素) TPP(チアミン補因子,thiamine cofactor)選択 同PDBsumデータ6vz8_TPP$PDBsumデータ5wkc_PXD$ PXD(ペノキススラム,penoxsulam)選択


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]アセトヒドロキシ酸合成酵素 6vz8とそのPDBsumデータ(除草剤分子ペノキススラム〈penoxsulam〉結合の5wkcとの比較) [右]BCAA(Ile,Leu,Val)


  6. ヒストンメチル化酵素NSD2は発がん性変異により安全装置が外れ、制御不能になる(横浜市立大学,2021/11/16) [NEW!] ※2021/11/10公開データ7e8d(下掲)

    NSD2-ヌクレオソーム複合体中のヒストン・リジン-N-メチルトランスフェラーゼNSD2 7e8dのChain K
    7e8dのChain K(ヒストン・リジン-N-メチルトランスフェラーゼ) SFG(シネフンギン)選択 同PDBsumデータ7e8d_SFG(シネフンギン〈シネファンギン〉)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]NSD2-ヌクレオソーム複合体中のヒストン・リジン-N-メチルトランスフェラーゼNSD2 7e8dのChain K
    [中・右]同PDBsumデータ(同じシネフンギン〈シネファンギン〉結合のSARS-CoV-2のNsp10・Nsp16複合体6wkqとの比較;後者については別ページ参照)


  7. Structural mechanisms of TRPV6 inhibition by ruthenium red and econazole(Nature Communications,2021/11/01) [NEW!] ※2021/11/17公開7s88・7s89・7s8b(下掲)・7s8c

    ヒトのカルシウム選択チャンネルTRPV6 7s8bのChain A
    TRPV6 - WikipediaRuthenium red - Wikipedia
    ヒトのカルシウム選択チャンネルTRPV6 7s8bのChain A R2R(ルテニウムレッド)選択 同PDBsumデータ7s8b_R2R$PDBsumデータ7s8c_ECL(エコナゾール)$ ECL(エコナゾール)選択 [Econazole - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ルテニウムレッドが結合したヒトのカルシウム選択チャンネルTRPV6 7s8bのChain AとそのPDBsumデータ(エコナゾール結合の7s8cとの比較)


  8. The structural basis for high affinity binding of α1-acid glycoprotein to the potent anti-tumour compound UCN-01(Journal of Biological Chemistry,2021/11/07) [NEW!] ※2021/12/01公開データ7oub(下掲)

    抗腫瘍化合物UCN-01が結合したα1-酸性糖タンパク質〈オロソムコイド〉 7oub
    Orosomucoid - Wikipedia
    7oub(α1-酸性糖タンパク質〈オロソムコイド〉) 同PDBsumデータ7oub_UCN$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    抗腫瘍化合物UCN-01が結合したα1-酸性糖タンパク質(オロソムコイド)7oubとそのPDBsumデータ


  9. CGRP 関連新規片頭痛治療薬ガイドライン(暫定版) - 日本頭痛学会 ※ガルカネズマブ(galcanezumab),フレマネズマブ(fremanezumab),エレヌマブ(erenumab)

    エレヌマブ(erenumab)と受容体活性調節タンパク質1が結合したCGRP受容体の細胞外ドメイン6umgのChain H・L・C・R
    Calcitonin gene-related peptide receptors - WikipediaErenumab - Wikipedia
    6umgのChain H・L・C・R(エレヌマブ〈erenumab〉と受容体活性調節タンパク質1が結合したCGRP受容体の細胞外ドメイン)
    ※別のCGRP受容体構造例:6e3y(CGRP受容体;受容体活性調節タンパク質1〈RAMP1〉,ナノボディ35およびGsタンパク質ヘテロ3量体との複合体) Chain P(カルシトニン遺伝子関連ペプチド1)選択 → GPCR(本サイト)Nature ハイライト記事(2018/09/27)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]エレヌマブ(erenumab)と受容体活性調節タンパク質1(RAMP1)が結合したCGRP受容体の細胞外ドメイン6umgのChain H・L・C・R
    [右]参考:RAMP1・ナノボディ35・Gsタンパク質ヘテロ3量体が結合したCGRP受容体6e3y → GPCR(本サイト)Nature ハイライト記事(2018/09/27)


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」