◆ Jmolで見るトピックス分子(17-2) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 今月の分子 222: タンパク質とナノ粒子(Proteins and Nanoparticles)(PDBj,2018/06) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5et3の4量体(Chain A・B×2;フラーレン(C60)結合デノボデザインペプチド;別トピックの再掲)
    Fullerene - WikipediaCalixarene - WikipediaProtein design - Wikipedia

    5et3の4量体(Chain A・B×2;フラーレン(C60)結合デノボデザインペプチド) 同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)]$5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)]$5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)]$
    4prq(スルホナートカリックス[4]アレーン〈SCLX4〉が結合した卵白リゾチーム) T3Y(SCLX4)選択 同PDBsumデータ4prq_T3Y [202(A)]
    $ フラーレン(C60
    ※カリックスアレーンの例: カリックス[4]アレーン(calix[4]arene) | カリックス[6]アレーン(calix[6]arene) | カリックス[6]アレーン + C60 カリックス[6]アレーン選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]フラーレン(C60)結合デノボデザインペプチド5et3の4量体(Chain A・B×2) [右]同PDBsumデータ


    5et35hkn5hkrのPDBsumデータ;I'/O'値については20種類のアミノ酸参照


    スルホナートカリックス[4]アレーンが結合した卵白リゾチーム4prqとその同PDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 私が処方された医薬から:プレドニゾロン - Wikipedia

    プレドニゾロン(prednisolone)
    Prednisolone - Wikipedia
    プレドニゾロン(prednisolone)
    ※参考(ステロイドの代表例): コレステロール(cholesterol)
    ※参考(免疫抑制剤の例): タクロリムス(tacrolimus) | タクロリムス結合タンパク質例: 1bkf 同PDBsumデータ1bkf_FK5$ → アトピー新薬/タクロリムス

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    プレドニゾロン(prednisolone)


  3. 雑誌特集『微生物と人類の闘いと共存』,「生物の科学 遺伝」2018年7月発刊号 [NEW!] ※一部化合物の分子モデルを以下に。

    初期表示はmalacidin A
    Metformin - Wikipedia

    p.363 アルテミシニン:アルテミシニン(artemisinin)
    p.371 ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質を含むPDBデータ
    p.374 malacidin:malacidin A
    p.378 グアニン4重鎖(G4)構造: DNAのG-四重らせん構造の例 2a5rのModel 1(ポルフィリン含む) → DNAのG-四重らせん構造の例
    p.383 ヘモグロビン: ヘモグロビン構造の例 2hhb(ヒトのデオキシヘモグロビン) → ヘモグロビン
    p.390 アジスロマイシン:アジスロマイシン(azithromycin) → 抗生物質を含むPDBデータ
    p.390 オゾン(O3):オゾン(ozone)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]アルテミシニン(artemisinin) [右]malacidin A


  4. 新刊:桜井 弘,「宮沢賢治の元素図鑑 作品を彩る元素と鉱物」,化学同人(2018) [NEW!] ※一部の分子・結晶構造を以下に。

    初期表示は黄鉄鉱(pyrite)の結晶構造

    p.30 C ダイヤモンド:ダイヤモンド(diamond) | ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン(C60),カーボンナノチューブの同時表示
    p.30 C フラーレン:フラーレン(fullerene,C60) → フラーレン
    p.30ほか C ATP:ATP
    p.31 C グラファイト:グラファイト(graphite)
    p.32 N 窒素:窒素分子(nitrogen gas,N2) → 窒素から見る生命の世界
    p.32 N ニトログリセリン:ニトログリセリン(nitroglycerin)
    p.34 O α-ピネン:α-ピネン(α-pinene)
    p.34 O β-ピネン:β-ピネン(β-pinene)
    p.34 O リモネン:d-リモネン(d-limonene)
    p.34 O オゾン(O3):オゾン(ozone)
    p.42 Na 塩化ナトリウム:塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl) → 2014年は世界結晶年!
    p.48 Si シリコーン:シリコーン(silicone)の部分構造例 → 代表的な高分子
    p49. Si 石英/水晶:石英(水晶,quartz,SiO2)の部分構造例 → 2014年は世界結晶年!二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶
    p.52ほか S 硫化水素:硫化水素(hydrogen sulfide,H2S) → 悪臭の正体
    p.69 Mn スーパーオキシドジスムターゼ(マンガンを含む酵素の例): スーパーオキシドジスムターゼ構造の例 2adp → 生体分子の構成元素
    p.70 Fe ヘモグロビン: ヘモグロビン構造の例 2hhb(ヒトのデオキシヘモグロビン) → ヘモグロビン
    p.70 Fe 鉄:鉄(iron)の面心立方格子構造例 → 2014年は世界結晶年!
    p.71 Fe 黄鉄鉱:黄鉄鉱(pyrite)の結晶構造 → 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
    p.84 Mo ニトロゲナーゼ: ニトロゲナーゼ構造の例 1n2c(ニトロゲナーゼ) → モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
    p.84 Mo キサンチンオキシダーゼ: キサンチンオキシダーゼ構造の例 1fiq(キサンチンオキシダーゼ) → モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
    p94. I 甲状腺ホルモン: 甲状腺ホルモンとその受容体構造例 1y0x(チロキシン〈thyroxine,甲状腺ホルモン T4〉 と受容体の構造例) | 1xzx(3,5,3'-トリヨードチロニン〈3,5,3'-triiodothyronine,甲状腺ホルモン T3〉 と受容体の構造例) | ●I  ●As → 甲状腺ホルモンと受容体
    p.107 Au 金:金(gold)の結晶構造例 | 金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 → 2014年は世界結晶年!
    p.112 Bi ビスマス化合物:ビスマス化合物の例 次サリチル酸ビスマス(bismuth subsalicylate) → Jmolトピック

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        


    Jmol colors一家に1枚シリーズ(周期表,鉱物ほか)


  5. RCSB PDB 2018/06/27 新規公開データより:5xvd [NiFe]-hydrogenase 2 from Citrobacter sp. S-77 in an air-oxidized condition [NEW!] ※他に5xvb・5xvc

    PDBデータ 5xvd(Fe4-S4-Oクラスターほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ)
    NiFe hydrogenase - Wikipedia
    5xvd(鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心ほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ5xvd_8JU(Fe4-S4-Oクラスター)$  同PDBsumデータ5xvd_8JU-SF4-F3S-NFV-MG(3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・Ni-Fe活性中心・Mgイオン)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvd [中]同Fe4-S4-OクラスターについてのPDBsumデータ [右]3つの鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心・MgイオンについてのPDBsumデータ(NiFe hydrogenase - Wikipedia中の図と並べて)


  6. 今月の分子 223: ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)(PDBj,2018/07) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 6bpz(ピエゾ1機械受容チャネル)
    Mechanosensitive channels - WikipediaPIEZO1 - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ピエゾ1機械受容チャネル6bpz


  7. NATURE VIDEO活用事例: 抗凝血薬「ワルファリン」はこうして生まれた(Nature Japan,2018/07/01) [NEW!]

    R-ワルファリン(R-warfarin)
    Warfarin - Wikipedia
    R-ワルファリン(R-warfarin) S-ワルファリン(S-warfarin)
    ※参考(R-ワルファリン結合タンパク質例): 2bxdのChain A(R-ワルファリンが結合した血清アルブミン) 同PDBsumデータ2bxd_RWF$
    ※参考(ワルファリン作用機序〈Wikipedia記事〉と関連するビタミンKの例): ビタミンK2(メナキノン〈menaquinone〉の例であるメナキノン-6) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン [ビタミンK - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]R-ワルファリン(R-warfarin) [右]同分子が結合した血清アルブミン構造例2bxdのChain AとそのPDBsumデータ

  8. Cover Story: ジアゼパムの標的:GABAA受容体の構造から抗不安薬の結合部位が明らかになった(Nature Japan,2018/07/05) [NEW!]

    PDBデータ 6d6t(GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体)
    GABAA receptor - Wikipediagamma-Aminobutyric acid - WikipediaFlumazenil - Wikipedia
    6d6t(GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体) ABU(GABA)選択 FYP(フルマゼニル)選択 同PDBsumデータ6d6t_ABU$ 同PDBsumデータ6d6t_FYP$PDBsumデータ6d6u_ABU$ PDBsumデータ6d6u_FYP$
    ジアゼパム(diazepam) → 危険ドラッグ
    GABA(γ-アミノ酪酸,γ-aminobutanoic acid,4-aminobutanoic acid)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体6d6tとそのPDBsumデータ(6d6uとの比較)


  9. RCSB PDB 2018/07/11 新規公開データより:6gno Crystal Structure Of Sea Bream Transthyretin in complex with Tetrabromobisphenol A (TBBPA) [NEW!] ※他に6gnm(BP2結合)・6gnp(TC2P結合)・6gnr(clonixin結合)・6gnw(2,4,5-T結合)・6gon(PFOA結合)・6goo(同)・6gr7(2,4,5-T結合)・6grp(TC2P結合)

    PDBデータ 6gnoのChain A(テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン)
    Tetrabromobisphenol A - WikipediaTransthyretin - Wikipedia
    6gnoのChain A(テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ6gno_XDI$ ‖  PDBsumデータ6gnm_27M [201(B);記載なしは何れも 201(A)](bis(2,4-dihydroxyphenyl)methanone結合)$ PDBsumデータ6gnr_6J3(clonixin結合)$ PDBsumデータ6gnw_F52(2,4,5-T結合)$ PDBsumデータ6gon_8PF(PFOA結合)$ PDBsumデータ6grp_F4Z [202(A)](TC2P結合)$
    5hjg(同上;同じ研究グループによる別データ) 同PDBsumデータ5hjg_XDI$
    TBBPA(テトラブロモビスフェノールA,tetrabromobisphenol A)
    ※参考(その他のTBBPA結合PDBデータ例):3oswのChain A(TBBPAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ) 同PDBsumデータ3osw_XDI$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    [上]テトラブロモビスフェノールA(TBBPA)が結合したトランスサイレチン6gnoのChain A
    [下]種々のリガンドが結合したトランスサイレチンのPDBsumデータ


  10. RCSB PDB 2018/07/18 新規公開データより:5ztn The crystal structure of human DYRK2 in complex with Curcumin [NEW!]

    PDBデータ 5ztnのChain A(エノール型クルクミンが結合したDYRK2〈二重特異性チロシンリン酸化調節キナーゼ2〉)
    DYRK2 - WikipediaCurcumin - Wikipedia
    5ztnのChain A(クルクミンが結合したDYRK2) CUR(クルクミン)選択 同PDBsumデータ5ztn_CUR$
    クルクミン(curcumin;エノール型) | クルクミン(curcumin;ケト型)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    エノール型クルクミンが結合したDYRK2(二重特異性チロシンリン酸化調節キナーゼ2)5ztnのChain AとそのPDBsumデータ


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