◆ モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例 ◆
生命を知り生命に学ぶPDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性金属原子を含む生体分子のSITEデータ集

    


モリブデン化合物を含むデータタングステン化合物を含むデータ参考資料

●モリブデン化合物を含むデータ

1ogp_MTQ
I'/O'=1.264
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 スティック 消去 Mo球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1fiq_MTE-MOS(MTE,SAL含む)
[ I'/O'=1.533 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 MOS選択
空間充填 球棒 スティック 消去 Mo球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1g20_CFM*(HCA含む)
[ I'/O'=0.973 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 CFM選択
空間充填 球棒 スティック 消去 Mo球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1n2c_CFM(HCA含む)
[ I'/O'=1.003 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 CFM選択
空間充填 球棒 スティック 消去 Mo球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

4tku_ICS*(HCA含む)
[ I'/O'=0.973 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ICS選択
空間充填 球棒 スティック 消去 Mo球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

5ijy_ICS(HCA含む)
[ I'/O'=1.013 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ICS選択
空間充填 球棒 スティック 消去 Mo球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
*
鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例参照


1ogp1fiq1g201n2cのモリブデンを含むリガンドのPDBsumデータ


FeMoコファクターを含むニトロゲナーゼ4tku5ijyのPDBsumデータ



1OGPのChain A・B(亜硫酸オキシダーゼ) [Sulfite oxidase - Wikipedia
5IJYのChain A・B(ニトロゲナーゼ) 同PDBsumデータ5ijy_ICS(HCA含む;上掲)$ → 他のニトロゲナーゼ構造例 [Nitrogenase - WikipediaPDBj 今月の分子 026: ニトロゲナーゼ(Nitrogenase)
6gu5の6量体(Chain A・B×3;ポリオキソメタレート(POM)クラスターを含むモリブデン貯蔵タンパク質) ATPとPO4選択 同PDBsumデータ6gu5_8M0[301(A)]$ → FEBS Journal論文
6h73の6量体(Chain A・B×3;モリブデン貯蔵タンパク質) FUQ(Mo5クラスター)選択 GUH(Mo6クラスター)選択 同PDBsumデータ6h73_FUQ$ 同PDBsumデータ6h73_GUH$ → Journal of Inorganic Biochemistry論文
6h8bの6量体(Chain A・B×3;モリブデン貯蔵タンパク質) ※本データのみに含まれるMoクラスターはJ7QJ7TJ85J8BJ8E(他に既出FUQ) → Journal of Inorganic Biochemistry論文(上と同じ)

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Mo選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 

  
[左]ポリオキソメタレート(POM)クラスターを含むモリブデン貯蔵タンパク質6gu5の6量体(Chain A・B×3;12量体データから抜粋)とそのPDBsumデータ [左]同じ研究論文での6h8bの6量体

  
モリブデン貯蔵タンパク質6h73 6量体(Chain A・B×3)のMo5クラスターとMo6クラスター部分の拡大およびそれぞれのPDBsumデータ



アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


●タングステン化合物を含むデータ


1b25_PTT(4Fe-4Sクラスター*含む)
[ I'/O'=1.525 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 PTT選択
空間充填 球棒 スティック 消去 W球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1b4n_PTE(4Fe-4Sクラスター*,グルタル酸含む)
[ I'/O'=1.526 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 PTE選択
空間充填 球棒 スティック 消去 W球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

2rb5_WO6(Mg含む)
[ I'/O'=1.600 ]
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 スティック 消去 W球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

4z12_TEW(Te含む)
I'/O'=1.147
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 スティック 消去 W球60%表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
*
鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例参照



1b25のChain A(アルデヒドフェレドキシンオキシドレダクターゼ) PTT選択 [Aldehyde ferredoxin oxidoreductase - Wikipedia
6rug(プロテイナーゼK) [NEW!] WCO(CoO39PW11)選択 [Proteinase K - WikipediaKeggin structure - Wikipedia] → Chemical Communications論文 …2019/09/18公開PDBデータ6rug・6run(何れもCoO39PW11),6ruh(NiO39PW11),6ruk(CuO39PW11),6ruw(ZnO39PW11),6rve(CoO39SiW11・CoO38SiW11),6rvg(CoO38SiW11) 同PDBsumデータ6rug_WCO$[I'/O' = 2.111] | PDBsumデータ6ruh_WNI$[I'/O' = 1.850] PDBsumデータ6ruk_XCU$[I'/O' = 2.111] PDBsumデータ6ruw_KK5$[I'/O' = 2.111] PDBsumデータ6rve_XCO$[I'/O' = 2.063] PDBsumデータ6rvg_XCO-XCO-XCO$[I'/O' = 1.650]

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 W選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 

  
CoO39PW11が結合したプロテイナーゼK 6rugおよび同一研究における一群のPDBsumデータ



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