原子・分子とビッグヒストリー

原子・分子とビッグヒストリー
→ アントロポシーン（アントロポセン／人新世）情報 ←

Copylight: European Southern Observatory (ESO) ｜ Chronology of the universe - Wikipedia

※検索は英語で（検索語例：Big Bang，atom，molecule，periodic table，protein，DNA，human，brain，computer，Japan，art，……）

★本ページ内の分子表示はJavaベースのJmolを利用しており，Internet Explorer（Windows 10では要・インストール）で閲覧できます。

つながるミクロの世界とマクロの世界｜周期表から無数のモノが誕生する｜生命誕生｜脳の発達を戦略としたヒトの誕生｜参考情報 ∥ 今後も内容を追加します

●つながるミクロの世界とマクロの世界 - 宇宙誕生／元素誕生

Neutron - Wikipedia ｜ Helium - Wikipedia ｜ Neutron star - Wikipedia

生体分子のかたちの不思議｜キッズサイエンティスト【自然界の4つの力】 - KEK

水素，ヘリウムの誕生はいつ?
※参考ニュース：
131億光年彼方の銀河に"宇宙再電離"の謎の手がかりとなる酸素が見つかる（マイナビニュース，2016/06/17）
酸素、宇宙誕生初期に存在　132億光年先の銀河で発見（朝日，2018/05/17）

元素の起源を探る～理研RIビームファクトリー～ - YouTube

KEK　日本が変わる世界を変える国際リニアコライダー（ショートバージョン） - YouTube　→ ロングバージョン
※第108回サイエンスカフェにいがた『素粒子で探る宇宙の謎』（2018/11/24） …ILCに言及

●周期表から無数のモノが誕生する

Jmol colors ｜一家に1枚シリーズ（周期表，宇宙図ほか）｜ 2019年は国際周期表年

元素（原子）誕生
※Jmol利用 → アニメgif画像

川上モデル｜リガンドだけ模型

川上モデル｜「鍵と鍵穴」模型

30 ＋ 83 ＝ ?

●生命誕生 - 生体分子が湧き出すビッグヒストリー

PDB-101: Learning Resources: Posters, Flyers & Calendars

生命誕生は?：日本科学未来館の「しんかい6500」原寸大模型と『熱水噴出孔と生物群集発見』説明パネル（現在は展示変更）
→ 生命を知り生命に学ぶ

生命活動に必要なエネルギーの確保：Mn₄CaO₅クラスター“歪んだ椅子”とFe-Sクラスター - 水（親水性）と油（疎水性）で考える
→ 光合成に関係する生体分子のSITE例｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例｜川上モデル「鍵と鍵穴」模型

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜有機概念図

同じタンパク質でも…（分子進化／分子系統学）：［左］ヒトヘモグロビン（PDB 2HHB），マンモス（3VRF），シロザメ（1GCW），チューブワーム（1YHU）の比較
［中］ヘモグロビン中のヘムの近傍アミノ酸残基の種による違い
［右］川上モデル「鍵と鍵穴」模型で見るオキシヘモグロビンとデオキシヘモグロビン全体構造
→ ヘモグロビン

タンパク質の連携例：β₂アドレナリン受容体-Gタンパク質複合体構造 PDB 3SN6
→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞

膜タンパク質はどれ? - 3Dプリンタによる生体分子模型川上モデル
左から：GPCR例ウシロドプシン PDB 3PQR｜光合成関連3ARCのChain A｜ヘモグロビン2HHB｜Oct1/Sox2/DNA 複合体1GT0

●脳の発達を戦略としたヒトの誕生 - 脳の外部化としてのコンピュータと計算科学

日刊工業新聞連載『キラリ研究開発』（2013/10/14，はやのん理系漫画制作室）
日本コンピュータ化学会｜同科学コミュニケーション室
→ 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2016
→ The Nobel Prize in Chemistry 2013（Nobelprize.org，2012/10/09）

2013年ノーベル化学賞（計算化学分野）受賞者Karplusの論文例から
B R Gelin and M Karplus, "Mechanism of tertiary structural change in hemoglobin", PNAS, 1977 March; 74(3): 801-805
→ 分子モデルで見るノーベル賞

そしてヒトは生命システムの操作へ：Cas9タンパク質-ガイド鎖RNA-標的DNAの複合体 PDB 4OO8のA-C鎖
→ CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集

◆ビッグヒストリー参考情報

Big History Project
Big History Project
Journal of Big History
ChronoZoom
- ChronoZoom HTML5
- ChronoZoom: A Timeline for Big History
- Home - ChronoZoom Project
- 宇宙の全歴史がわかる、動的な年表『ChronoZoom』（WIRED.jp，2012/03/26）
David Christian, Cynthia Brown and Craig Benjamin, "Big History: Between Nothing and Everything", McGraw-Hill Education(2013)　※Amazon
デヴィッド・クリスチャンほか著・長沼毅日本語版監修，「ビッグヒストリー：われわれはどこから来て、どこへ行くのか」，明石書店(2016)　※Amazon
- 長沼毅セレクション・ブックフェア　『ビッグヒストリー』を味わい尽くす50冊　開催のお知らせ（明石書店） [終了]
- 朝日新聞×駿台予備学校『知の広場』リレーゼミ - 第三回ゼミ「ビッグヒストリー」　長沼毅先生（2017/01/28）
- 話題の新刊『ビッグヒストリー：われわれはどこから来て、どこへ行くのか　宇宙開闢から138億年の「人間」史』 - Togetterまとめ
デヴィッド・クリスチャン著，水谷淳・鍛原多惠子訳，「「未来」とは何か：１秒先から宇宙の終わりまでを見通すビッグ・クエスチョン」，NewsPicksパブリッシング(2022)　※Amazon　※巻末用語解説に『人新世』
「ニュートン別冊　宇宙の終わり誕生から終焉までのビッグヒストリー」，ニュートンプレス(2022)
【特集：BIG HISTORY～新しい地球史～】 | ヒストリーチャンネル
Big History Project - YouTube
Big History Project - Wikipedia ｜ Big History ｜ビッグヒストリー
桜美林大学ビッグ・ヒストリー・プロジェクト｜ビッグヒストリーの組織・事業　※サイエンスカフェにいがたと日本コンピュータ化学会が追加されました。
- 「ビッグヒストリーとリベラルアーツ」シンポジウム | 桜美林ビッグヒストリー・ムーブメント（2019/11/23開催）
  - シンポジウム「ビッグヒストリーとリベラルアーツ」（2019/11/23，桜美林大学町田キャンパス） - Togetterまとめ
『科学と情報』 - 授業題目：ビッグヒストリーで紡ぐ社会と自然科学（東北大学）｜ビッグヒストリーで紡ぐ社会と自然科学 - 学びの転換科目パッケージ [PDF]
1615夜『生命と地球の歴史』丸山茂徳・磯崎行雄|松岡正剛の千夜千冊　※書籍は1998年刊
『銃・病原菌・鉄』から『21 Lessons』まで、人類史や未来論がブームになった背景（Real Sound，2019/11/13）
文理融合で広がる「宇宙史・人類史」ブームの魅力　壮大なスケールで織りなす「私たちが生まれるまで」の物語（WEBRONZA，2018/02/23）
今週の本棚・新刊：『ビッグヒストリー　われわれはどこから来て、どこへ行くのか』＝デヴィッド・クリスチャンほか著（毎日，2016/11/27）
本間善夫，『計算カガクをネットでツタエル』，Journal of Computer Chemistry, Japan，20(2)，A16(2021)
加古里子文・絵，「人間」，福音館書店(1995)
ポール・ルンダ編，浜口　稔訳，「大図鑑コードの秘密　世界に隠されたメッセージを読み解く」，明石書店(2021)　→ Jmolトピック｜Amazonブックレビュー（本間）
アントロポシーン（アントロポセン／人新世；第12章）情報
- 地球の新しい地質年代「人新世」の新設案を否決　その理由と背景は（sorae，2024/03/16） [NEW!]　※“ただし、この決定は人類が地球環境を変えたことを否定するものではなく、むしろ人新世という地質年代の重要性を鑑み、人類による環境改変を過小評価しないための否決であると言えます”。
  - Are we in the Anthropocene yet?（Nature Editorials，2024/03/20） [NEW!]　※（邦題：「人新世」は公式の地質年代区分として認定されなかったが、人間が地球システムを変化させているという現実から目を背けるべきではない。，Nature Japan v627 n8004）
  - 人間が地球に与えた影響を考える「人新世」とは？（毎日，2024/03/16） [NEW!]
  - 新たな地質年代「人新世」否決？「投票規約違反」指摘、学会は調査（朝日，2024/03/07） [NEW!]
  - 人新世、地質年代にならず　否決でも学会「広く使われ続ける概念」（朝日，2024/03/23） [NEW!]
  - 新たな地質時代「人新世」の創設案を否決、時期尚早か国際学会（CNN.jp，2024/03/06） [NEW!]
  - 新たな地質時代「人新世」案を否決　国際学会小委（日経，2024/03/06） [NEW!]
- 人新世は地球の終わりの始まりか　今こそ共感と認知を　山極寿一さん（朝日，2023/09/14） [NEW!]
- 親切なAIは人を衰退させるか　「人新世」終わらせる技術　テクノ新世　岐路に立つ人類（1）（日経，2023/06/11）
- ヒューマンエイジ人間の時代第1集人新世地球を飲み込む欲望（NHK，2023/06/11放送）
  - 同番組で取り上げられたキーワードの本サイト内コンテンツ：ハーバー・ボッシュ法（アンモニアの生成）｜ドーパミン（ドパミン）｜ゲノム編集
- チバニアンに続くか、新年代名「ベップワニアン」　強みは特異な地形（朝日，2023/01/24）　※“オゾンホール研究でノーベル化学賞を受けた大気化学者パウル・クルッツェン氏が2000年に提唱した「人新世」（アントロポセン）”。
- 地質年代「ベップワニアン」も（ロイター，2023/01/03）　※“新しい地質年代「人新世」の定義などを決める国際地質科学連合（IUGS）の作業部会が2月にも新年代の基準地層となる最終候補地を公表することが24日までの取材で分かった”。
- 社説：探る’23 「人新世」の地球成長の方程式改める時だ（毎日新聞，2023/01/06）
- Are we in the Anthropocene? Geologists could define new epoch for Earth（Nature News Explainer，2022/12/13）　※（邦題：新たな地質年代「人新世」の定義付けに向け、地質学者たちが人間活動によって特徴付けられる可能性のある9つの場所を特定。，Nature Japan v613 n7942）
- 「人新世」に必要なデザイン思考：「ひとつの世界にあるひとつの未来」から脱する方法とは？（ダイヤモンド・オンライン，2022/07/19）
- 人新世の開始時期を決定する正確なマーカーを提唱　――第五福竜丸事件の核実験の痕跡を別府湾堆積物と石垣島サンゴの極微量同位体から発見――（東京大学，2022/07/01）
- 「図説人新世」ギスリ・パルソン著長谷川眞理子監修梅田智世訳（日刊ゲンダイDIGITAL，2022/02/04）
  - ギスリ・パルソン著，長谷川眞理子監修，梅田智世訳，「図説人新世　　環境破壊と気候変動の人類史」，東京書籍(2022)　※YouTube動画
- （社説）「人新世」　地球の限界を考える（朝日，2021/08/02）　※“私たちが生きる時代が、地球史の節目になる重大な話だ”。
- 「人新世」地質時代に加わるか　別府温泉前の海底に痕跡（朝日，2021/05/31）　※“世界11カ所で調査が始まっている”。
- 地球環境危機を救う猶予は10年　12月3、4日　東京フォーラム2020オンラインで専門家が警鐘、「社会経済構造の変革」訴える（東京大学，2020/12/22）　※“地質学者が唱えるように、人類は約1.2万年間の完新世と呼ばれる地質時代を終え、「人新世（Anthropocene）」に突入したのです。”
- 過去の賢人に学ぶ｢成長追わない社会｣の作り方　沈みゆく資本主義の船にしがみついていいのか（東洋経済オンライン，2020/12/19）　※斎藤幸平さん×中島岳志さん。“生き残るためのビジョンが必要”。
- 「人新世」って何？　日本で知るべき“世界中で起こっていること”　ヤマザキマリが『人新世の「資本論」』（斎藤幸平著）を読む（週刊文春，2020年12月17日号）
- 窓をあけて　「人新世」に生きる＝元村有希子（毎日，2020/12/12）
- Global human-made mass exceeds all living biomass（Nature，2020/12/09）
  - 地球上の人工物と生物の総重量が並ぶ、研究　最多はコンクリート、人工物は年300億トン増、年内にも上回る可能性（ナショナルジオグラフィック，2020/12/11）
  - 地球上の人工物量、生物量を上回ったかも…　英科学誌（朝日，2020/12/14）
- Environmental exposure enhances the internalization of microplastic particles into cells（Science Advances，2020/12/09）
- 【11月17日開催】ポスト人新世における生存の未来：ベンジャミン・ブラットン、篠原雅武らが登壇する国際シンポジウムが開催（WIRED.jp，2020/11/04）
- 人新世（ひとしんせい）の「資本論」　斎藤幸平著（東京新聞，2020/10/11）
- 「研究室に行ってみた。東京農工大学マイクロプラスチック汚染　高田秀重」第3回　皇居の桜田濠でもマイクロプラスチック汚染（ナショナルジオグラフィック，2018/06/06）　※“しかし、1950年代以降、人間の活動の影響がきわめて強くなったことから、「人新世」を新たに設けるべきではないかという議論が力を得ている。その際、マイクロプラスチックや、それに含まれるPCBは、大気中核実験の痕跡などとあわせて、まさに人新世に特徴的な「化石」になる”。アントロポシーン。
- クリストフ・ボヌイユ・ジャン＝バティスト・フレソズ著，野坂しおり訳，「人新世とは何か」，青土社(2018)
- 雑誌特集『人新世を考える』，日経サイエンス， 2016年12月号
- 国際シンポジウム2016「アントロポシーン（人の時代）における博物館　～生物圏(バイオスフィア)と技術圏(テクノスフィア)の中の人間史をめざして～」（国立科学博物館，2016/01/29-31）
- 人新世 - Wikipedia ｜ Anthropocene
- 本サイト内関連ページ
  - 窒素の世界　※アンモニアの生成（ハーバー・ボッシュ法）
  - マイクロプラスチック問題
　（適宜追記します）

長沼毅「ビッグヒストリーを味わい尽くすために」 - YouTube

David Christian: The history of our world in 18 minutes | TED Talk | TED.com

本間選定YouTube動画集

2016/11/3-6にお台場地域で開催されるサイエンスアゴラに『ビッグヒストリー』をメインテーマに日本コンピュータ化学会が出展しました！ 11/5午後のトークセッション（会場：日本科学未来館 7Fホール）には，同月発刊の「ビッグヒストリー：われわれはどこから来て、どこへ行くのか」の監修をされた長沼毅さんをメインゲストにお迎えしました。

日本コンピュータ化学会2016秋季年会一般公開イベント「科学発信!! Shimane」（10/22，島根大学松江キャンパス）でもサイエンスアゴラブース展示の一部などが出展されました。

「サイエンスセミナー 2016 in 江戸川大学」（2016/07/29）に『原子→分子→生体分子が湧き出すビッグヒストリー』と題してブース出展しました。 → 会場写真

第30回公民館サイエンスカフェ『科学と文化を紡ぐビッグヒストリー』（2017/01/28，新潟市中央図書館ほんぽーと）を開催しました。

日本コンピュータ化学会2017年春季年会で『ビッグヒストリーを題材にした化学教材Webページの作成』と題してポスター発表しました（2017/06/08）。

ビッグヒストリーを題材にした化学教材Webページの作成（2017/06/08，日本コンピュータ化学会2017年春季年会）

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」

2016/07/31でecosci.jp開設20周年