◆ Jmolで見るトピックス分子(18-1) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 細胞内イオンチャネルをもった人工細胞膜チップを開発 〜細胞内イオンチャネルを標的とした創薬に光〜(東京大学,2018/12/03) ※記事中のリアノジン受容体,TRPML1,hERG,TRPV1,NMDAのうちデータ容量の大きいリアノジン受容体を除く4種類について構造データ例を以下に(一部は本サイト記事で既出)。

    初期表示はPDBデータ 6e7z(TRPML1;Mucolipin-1)
    TRPML - WikipediaMCOLN1 - Wikipedia
    6e7z(TRPML1;Mucolipin-1)
    5va1の4量体(Chain A×4,hERG)
    3j9j(カプサイシン受容体;TRPV1)
    4tll(GluN1/GluN2B NMDA受容体)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    左からTRPML1 6e7z,hERG 5va1の4量体(Chain A×4),TRPV1 3j9j,NMDA 4tll


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 2019年は国際周期表年です! ※以下の分子・結晶モデル表示は川上モデル|分子・結晶・リガンド模型の転載です。

    様々な元素がつくり出す世界
    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき 
    ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
    C 炭素(C)の同素体:ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン(C60),カーボンナノチューブ(アームチェア型の例) → フラーレン
    AuAgCu 金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 | 金(Au) 銀(Ag) 銅(Cu
    Fe 鉄(Fe;面心立方格子構造の結晶) | ※参考: 鉄(Fe;体心立方格子)
    FeS 黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例

    2017年制作のリガンド・分子・結晶群 | 新旧データ群の抜粋
    As 1hyv_TTA
    Au 5gu2の3量体(Chain名をM・Q・Uに変更) 金(Au)選択 同 中心のAu12原子 → Jmolトピック
    Cu 1c9e_MP1
    Fe 2hhb_HEM(ヘム) → ヘモグロビン
    Hf 1o7t_HF5(リガンドのみ;アミノ酸の多くが遠方のため)
    Mg 3arc_CLA[607(A)](クロロフィルa) → 光合成 光化学系IIの部分構造例
    Mo 1ogp_MTQ → Mo化合物,W化合物を含む生体分子
    P 4at1_ATP(ATP)
    P 4pv1_OPC[205(B)](ジオレオイルホスファチジルコリン;リン脂質の例,クロロフィルaも含む) → Jmolトピック
    W 1b25_PTT(鉄硫黄クラスターも含む) → Mo化合物,W化合物を含む生体分子
    TeW 4z12_TEW → Mo化合物,W化合物を含む生体分子
    ◆環境問題編
    Br デカブロモジフェニルエーテル(DBDE,BDE-209;分子ソフトで組み立て) → 新規POPs有害物質リスト
    Cl 3,3',4,4',5-PeCB(分子ソフトで組み立て) H原子消去(川上モデルでは水素省略) → ダイオキシン類
    Hg 塩化メチル水銀(分子ソフトで組み立て) H原子消去 → 水俣病
    I 1y0x_T44(チロキシン) → 甲状腺ホルモンと受容体
    ABS(アルキルベンゼンスルホン酸塩)の例 ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム(DBS;分子ソフトで組み立て) H原子消去 → 界面活性剤の種類
    ビスフェノールA 2e2r_2OH → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
    ◆その他
    DNA部分構造例 A-TG-C H原子消去 → DNAとRNAのいろいろな姿
    セルロースとアミロース セルロース(セロビオース単位×2)とアミロース(マルトース単位×2)の同時表示 → 代表的な高分子


    Jmol colors

      


  3. 今月の分子 229: 蛍光RNAアプタマー(Fluorescent RNA Aptamers)(PDBj,2019/01)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4kzdのChain R(RNAアプタマー“ホウレンソウ”〈Spinach aptamer〉)
    Spinach aptamer - Wikipediafluorophore - Wikipedia
    4kzdのChain R(RNAアプタマー“ホウレンソウ”〈Spinach aptamer〉) 同PDBsumデータ4kzd_1TU$
    ※参考(“グアニン四重鎖”の例): 1kf1(ヒトテロメアDNA)

    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    蛍光RNAアプタマー“ホウレンソウ”(Spinach aptamer)4kzdのChain R


  4. RCSB PDB 2019/01/09 新規公開データより:6cqa E. coli DHFR complex with inhibitor AMPQD

    PDBデータ 6cqa(阻害剤AMPQDが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ)
    Dihydrofolate reductase - Wikipedia
    6cqa(阻害剤AMPQDが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ) 同PDBsumデータ6cqa_PQD$PDBsumデータ6cw7_THG$ THG選択 PDBsumデータ6cxk_DHF$ PDBsumデータ6cyv_DHF$
    葉酸(folic acid;ビタミンM)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    阻害剤AMPQDが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ 6cqaとそのPDBsumデータおよび同時公開構造のPDBsumデータ


  5. 話のタネ:Methylene blue, a common antioxidant, could reverse signs of aging in human skin - YouTube(2018/10/04公開)

    メチレンブルー(methylene blue;C.I.Basic Blue 9)
    Methylene blue - Wikipedia
    メチレンブルー(methylene blue)
    ※参考(メチレンブルーを含むPDBデータ例):5dlp(アセチルコリンエステラーゼ) 同PDBsumデータ5dlp_MBT$PDBsumデータ5dlp_MBT$ → Protein Science論文

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]メチレンブルー(methylene blue) [右]メチレンブルーを含むPDBデータ例としてアセチルコリンエステラーゼ5dlpとそのPDBsumデータ


  6. RCSB PDB 2019/01/16 新規公開データより:6a6n Crystal structure of an inward-open apo state of the eukaryotic ABC multidrug transporter CmABCB1

    PDBデータ 6a6nの2量体(Chain A×2;P糖タンパク質CmABCB1〈多剤排出ポンプ〉,内向型)
    P-glycoprotein - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    P糖タンパク質CmABCB1(多剤排出ポンプ,内向型)6a6nの2量体(Chain A×2)


  7. RCSB PDB 2019/01/23 新規公開データより:6g02 Complex of neuraminidase from H1N1 influenza virus with tamiphosphor omega-azidohexyl ester ※他に6g01公開

    PDBデータ 6g02のChain A(H1N1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ)
    Neuraminidase - Wikipedia
    6g02のChain A(H1N1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ) EF8(ω-azidohexyl tamiphosphor derivative 1;上掲Biochem. J.論文参)選択 同PDBsumデータ6g02_EF8$PDBsumデータ6g01_EEW$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    H1N1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ6g02のChain A(左)と同PDBsumデータ(右,6g01との比較)


  8. ヤンセン、「アパルタミド」に関する日本国内におけるコ・プロモーション契約を日本新薬と締結(時事通信,2019/01/21)

    アパルタミド(apalutamide)
    Apalutamide - WikipediaAndrogen receptor - Wikipedia
    アパルタミド(apalutamide)
    ※参考(アパルタミド類似化合物が結合したアンドロゲン受容体のPDBデータ例):4ogh(ヒドロキシフルタミドが結合したアンドロゲン受容体) 同PDBsumデータ4ogh_HFT$ → Molecular Oncology論文

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]アパルタミド(apalutamide) [右]参考データとしてヒドロキシフルタミドが結合したアンドロゲン受容体4oghとそのPDBsumデータ


  9. 構造生物学: GABAA受容体の構造(Nature ハイライト,2019/01/24)

    PDBデータ 6hug(ピクロトキシンと“megabody”Mb38が結合したGABAA受容体)
    GABAA receptor - Wikipedia
    6hug(ピクロトキシンと“megabody”Mb38が結合したGABAA受容体) RI5(ピクロトキシン)選択 同PDBsumデータ6hug_RI5$PDBsumデータ6huj_RI5(ピクロトキシン)$ PDBsumデータ6huk_H0Z(ビククリン)$ PDBsumデータ6huo_08H(アルプラゾラム)$ PDBsumデータ6huo_ABU(GABA)$


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

     
    ピクロトキシン(picrotoxin)と“megabody”Mb38が結合したGABAA受容体6hugとそのPDBsumデータ,および6huj(ピクロトキシン結合)・6huk(ビククリン結合)・6huo(アルプラゾラム結合,GABA結合)のPDBsumデータ


  10. 今月の分子 230: 開始因子eIF4E(Initiation Factor eIF4E)(PDBj,2019/02)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4tpwのChain A(阻害剤4EGI-1が結合したeIF4E)
    EIF4E - Wikipedia4EGI-1 - Wikipedia
    4tpwのChain A(阻害剤4EGI-1が結合したeIF4E) 33R(4EGI-1)選択 同PDBsumデータ4tpw_33R$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    阻害剤4EGI-1が結合したeIF4E 4tpwのChain AとそのPDBsumデータ


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