◆ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 ◆
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ



1ere_EST(17β-エストラジオール)
I'/O'=0.693,I/O=0.681
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1x7r_GEN(ゲニステイン;大豆イソフラボン)
I'/O'=0.703,I/O=1.423
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3kwy_T9T(トリフェニルスズ)
I'/O'=0.238,I/O=0.257
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3erd_DES(ジエチルスチルベストロール,DES)
I'/O'=0.591,I/O=0.644
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1err_RAL_A(ラロキシフェン)
I'/O'=0.626,I/O=0.742
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3ert_OHT(4-ヒドロキシタモキシフェン)
I'/O'=0.841,I/O=0.456
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

2e2r_2OH(ビスフェノールA)
I'/O'=0.793,I/O=0.767
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

2zkc_BPZ(ビスフェノールZ)
I'/O'=0.698,I/O=0.667
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 


Jmolトピック(ビスフェノールを含むPDBsumデータ例)



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
難燃剤テトラブロモビスフェノールAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ 3oswのChain A
※参考:
はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤)


3osw_XDI(テトラブロモビスフェノールA/PPARγ)
I'/O'=0.763,I/O=0.500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



1i9j_TES(テストステロン/免疫システム,Fabフラグメント)
I'/O'=0.807,I/O=0.545
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1jtv_TES(テストステロン/17β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ)
I'/O'=0.753,I/O=0.545
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

1zhy_CLR(コレステロール/オキシステロール結合タンパク質)
I'/O'=1.295,I/O=0.268
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
※参考:ステロイドホルモンの生合成と代謝

3d90_NOG(レボノルゲストレル〔ノルゲストレル〕/プロゲステロン受容体)
I'/O'=0.727,I/O=0.500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
※参考:低用量ピル




1ere3erd1err3ertの比較(SITEは上掲データと異なる;Chime版ページ参照)



アミノ色で見る2e2r1ere3erdのアミノ酸配列(作成ページ



DESを含む3erd



ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ
より
DESを含む3erdSITE(PDBsum)(左)とSITE(右)の同時表示のアニメーション



17β-estradiolとDES(濃色表示)の重ね合わせデータ(Chime版ページで作成)



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