◆ PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性(Jmol版) ◆
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生命を知り生命に学ぶ金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
《 2008/06/07 公開開始(更新履歴) : 初期表示は1btc_aCD 》


    :Ligandが糖鎖であるもの
    :Ligandがペプチドであるもの(I,Oは特性基のみ)
    :Ligandに金属〈イオン〉・無機化合物・水を含むもの(I',O'はSITEのみ;水除く)
    :SITEがDNA/RNAであるもの(I',O'は非表示)
データ
( )はLigand名
SITE Ligand
O'(R) I'(R) I'/O' O I I/O
1a0t_SUC(スクロース) [PDBsum] [940] [1280] [1.362] 240 880 3.667
1akd_HEM(ヘム) [PDBsum]
※P450(SITEにショウノウ含む)
[1040] [1427] [1.372]      
11ba_UPA [PDBsum] 880 1659 1.885      
181l_BNZ(ベンゼン) [PDBsum] 260 0 0.000 120 15 0.125
184l_I4B(イソブチルベンゼン) [PDBsum] 420 15 0.036 190 15 0.079
188l_OXE(o-キシレン) [PDBsum] 550 35 0.064 160 15 0.094
1a4g_ZMR(ザナミビル) [PDBsum] 1080 1995 1.847 240 807 3.363
1a4m_PRH(C10H15N4O5) [PDBsum] 1190 1321 1.110 200 730 3.650
1a6v_NPC_I [PDBsum] 1360 1362 1.001      
1a6w_NIP [PDBsum] 1120 1077 0.962 350 395 1.129
1acm_PAL(C6H10NO8P) [PDBsum] 570 1032 1.811 140 885 6.321
1aco_TRA [PDBsum] [620] [1662] [2.681]      
1adb_CND [PDBsum] 1210 1107 0.915      
1adl_ACD(アラキドン酸) [PDBsum] 420 665 1.583 460 88 0.191
1aig_U10(コエンザイムQ10) [PDBsum]
PDBsumデータからバクテリオクロロフィルa削除
[1260] [912] [0.724]      
1akb_PPD [PDBsum] 960 1427 1.486      
1aq1_STU(スタウロスポリン) [PDBsum] 1100 1252 1.138 560 580 1.036
1avd_BTN(ビオチン) [PDBsum] 860 1175 1.366 240 395 1.646
1axs_HOP(C23H27NO4) [PDBsum] 1210 1272 1.051 460 490 1.065
1az1_ALR [PDBsum] [710] [537] [0.756]      
1az1_NAP [PDBsum] [1880] [2722] [1.448]      
1ben_HBD(4-ヒドロキシベンズアミド) [PDBsum] 350 192 0.549 140 315 2.250
1bib_BTN(ビオチン) [PDBsum] 580 1075 1.853 240 395 1.646
1bkf_FK5(タクロリムス) [PDBsum] 1190 775 0.651 880 747 0.849
1bo4_COA(コエンザイムA) [PDBsum] 790 1045 1.323      
1bo4_SPD(スペルミジン) [PDBsum] 600 510 0.850 140 210 1.500
1brp_RTL(レチノール) [PDBsum] 1030 400 0.388 400 120 0.300
1btc_aCD#(α-シクロデキストリン) [PDBsum] 860 442 0.514 720 2100 2.917
1c1e_ENH(C10H5Cl6NO2) [PDBsum] 360 720 2.000 440 292 0.664
1cfj_GB(サリン代謝物) [PDBsum] 580 412 0.710 40 285 7.125
1cqe_FLP(フルルビプロフェン) [PDBsum] 990 670 0.677 305 185 0.607
1cwt_MMC(メチル水銀イオン) [PDBsum]
PDBsumデータにHg追加
さらにMet505追加(資料
※MMCのI,Oは塩化メチル水銀として
130 20 0.154 (60)   (105) (1.750)
1cz2_E2P(プロスタグランジンB2) [PDBsum] 810 265 0.327 400 331 0.828
1czs_PHG(フェニル水銀イオン) [PDBsum]
PDBsumデータにHg追加(資料
※PHGのI,Oは塩化フェニル水銀として
440 570 1.295 (160) (120) (0.750)
1dcp_HBI(ビオプテリン) [PDBsum] 400 956 2.390 180 640 3.556
1drf_FOL(葉酸) [PDBsum] 1040 995 0.957 380 1095 2.882
1dxa_BAP %(ベンゾ[a]ピレン代謝物) [PDBsum]      
1e71_09# [PDBsum] 220 500 2.273      
1e71_ASC(アスコルビン酸) [PDBsum] 780 550 0.705 120 497 4.142
1el4_CTZ(セレンテラジン) [PDBsum] 1970 1124 0.571 520 544 1.046
1em4_BPL(C22H16N2O; ベンゾ[a]ピレン誘導体) [PDBsum]
※計算モデル
790 1015 1.285 440 385 0.875
1ere_EST(エストラジオール) [PDBsum] 760 527 0.693 360 245 0.681
1err_RAL_A(ラロキシフェン) [PDBsum] 1480 927 0.626 600 445 0.742
1eve_E20(ドネペジル) [PDBsum] 1370 1127 0.823 480 225 0.469
1f88_RET(レチナール) [PDBsum] 1100 735 0.668 400 85 0.213
1f99_CYC(フィコシアノビリン) [PDBsum] 970 1360 1.402 660 770 1.167
1f99_PEB(フィコエリスロビリン) [PDBsum] 760 1350 1.776 660 768 1.164
1fk9_EFZ(エファビレンツ) [PDBsum] 840 647 0.770 335 190 0.567
1fxv_PNN(ペニシリンG) [PDBsum]
骨格構造以外とその近傍アミノ酸削除
760 755 0.993 360 475 1.319
1g3m_PCQ(水酸化PCB) [PDBsum] 730 367 0.503 400 270 0.675
1gm7_PNN(ペニシリンG) [PDBsum] 860 855 0.994 360 475 1.319
1gp6_QUE(ケルセチン) [PDBsum] [810] [630] [0.778]      
1gqr_SAF(C10H15NO;リバスチグミンの脱離基) [PDBsum] 620 662 1.068 200 185 0.925
1gqw_TAU(アミノエタンスルホン酸〔タウリン〕) [PDBsum] 810 1089 1.344 40 320 8.000
1gt5_BZQ(ベンゾフェノン) [PDBsum] 690 695 1.007 260 95 0.365
1h0j_SDS(SDS) [PDBsum] 420 410 0.976 260 220 0.846
1hgg_06# [PDBsum] 900 1177 1.308      
1hsg_MK1(インジナビル) [PDBsum] 880 800 0.909 700 875 1.250
2hu0_G39(GS4071) [PDBsum] 760 1490 1.961 280 450 1.607
1hw8_114(メバスタチン) [PDBsum] 780 1220 1.564 460 434 0.943
1hw9_SIM(シンバスタチン) [PDBsum] 850 1272 1.496 500 434 0.868
1hwk_117(アトルバスタチン) [PDBsum] 1140 1582 1.388 665 670 1.008
1i3u_RR1(反応染料 RR1) [PDBsum] 780 1095 1.404 380 1390 3.658
1i7z_COC(コカイン) [PDBsum] 1260 1577 1.252 340 225 0.662
1i9j_TES(テストステロン) [PDBsum] 750 605 0.807 380 207 0.545
1ie9_VDX(活性型ビタミンD3) [PDBsum] 1210 1174 0.970 540 336 0.622
1iep_STI(イマチニブ) [PDBsum] 1490 997 0.669 580 680 1.172
1ig0_VIB(チアミン) [PDBsum] 730 1075 1.473 280 760 2.714
1igt_01# [PDBsum] 740 1575 2.128      
1igt_02# [PDBsum] 440 430 0.977      
1ikg_REX [PDBsum]
D-ala-D-ala以外とその近傍アミノ酸削除
1010 1702 1.685      
1jb0_CL1(クロロフィルa) [PDBsum] …光化学系I
P700形成ヘテロ二量体例
※P700例:CL1 1011, CL1 1021, His680A, His660B
[2240] [1447] [0.646]      
1jff_TA1(パクリタキセル/タキソール) [PDBsum] 870 1067 1.226 940 927 0.986
1jfp_RET(レチナール) [PDBsum]
PDBsumデータのRETにH原子追加
770 530 0.688 400 85 0.213
1jgi_SUC(スクロース) [PDBsum] 1340 1834 1.369 240 880 3.667
1jqd_HSM(ヒスタミン) [PDBsum] 710 825 1.162 100 225 2.250
1jtv_TES(テストステロン) [PDBsum] 740 557 0.753 380 207 0.545
1jup_MGR(マラカイトグリーン) [PDBsum] 780 1145 1.468 460 516 1.122
1l3w_Ca(Ca2+) [PDBsum] 240 1050 4.375
1kfa_GA4(ジベレリンA4) [PDBsum] 790 595 0.753 380 363 0.955
1kpm_VIT(トコフェロール) [PDBsum] 1080 1082 1.002 570 145 0.254
1lgt_BP3(水酸化PCB) [PDBsum] 400 382 0.955 280 240 0.857
1lkd_BP6(水酸化PCB) [PDBsum]
※Fe,ヘキサエチレングリコール含む
1080 1133 1.049
1ln6_RET(レチナール) [PDBsum] 600 475 0.792 400 85 0.213
1loh_01(ヒアルロン酸)# [PDBsum] 1860 3392 1.824      
1lwc_NVP(ネビラピン) [PDBsum] 1280 792 0.619 300 395 1.317
1m4i_KAN(カナマイシンA) [PDBsum] 800 1360 1.700      
1n4k_I3P(IP3) [PDBsum] 660 1115 1.689      
1npo_oxytocin(オキシトシン) [PDBsum]
オキシトシン(B鎖)選択
920 925 1.005 {570} {565} {0.991}
1nta_SRY %(ストレプトマイシン) [PDBsum]      
1o7n_IND(インドール) [PDBsum] 280 854 3.050 160 130 0.813
1ohr_1UN(ネルフィナビル) [PDBsum] 870 620 0.713 660 740 1.121
1op5_01# [PDBsum] 220 365 1.659      
1pkv_RBF(リボフラビン) [PDBsum] 670 610 0.910 340 880 2.588
1pnv_VAN(バンコマイシン) [PDBsum] 1230 1142 0.928      
1pw1_FLH(ホルムアルデヒド) [PDBsum]
※FLHは近接して2分子あり炭素原子のみ
[440] [452] [1.027]      
1q0y_MOI(モルフィン) [PDBsum] 870 805 0.925 340 347 1.021
1q72_COC(コカイン) [PDBsum] 1000 1087 1.087 340 225 0.662
1qap_NTM(キノリン酸) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 2,A鎖のみ) Binding-surface選択
440 952 2.164 140 385 2.750
1qd0_RR6(反応染料RR6の誘導体) [PDBsum] [840] [1184] [1.410]      
1qs4_100(5ClTEP) [PDBsum] 480 940 1.958 280 462 1.650
1rv1_IMZ(C31H34Br2N4O4) [PDBsum] [670] [676] [1.009]      
1s5l_CL1(クロロフィルa) [PDBsum] …光化学系II
CL1 3と近傍His198Aのみ
[1630] [757] [0.464]      
1sx6_LAT-SPH-OLA(スフィンゴ糖脂質の例) [PDBsum] 1800 907 0.504 960 1024 1.067
1u65_CP0(イリノテカン) [PDBsum] 1530 1402 0.916 660 679 1.029
1udt_VIA(シルデナフィル) [PDBsum] 940 817 0.869 480 727 1.515
1ulf_01# [PDBsum] 570 1012 1.775      
1uw6_NCT(ニコチン) [PDBsum] 870 530 0.609 200 165 0.825
1vot_HUP(フペルジンA) [PDBsum] 900 892 0.991 300 243 0.810
1vxr_VX(VX代謝物) [PDBsum] 720 427 0.593 80 205 2.563
1wua_AP8(アプリロニンA) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 2) Binding-surface選択
1120 1020 0.911 1180 860 0.729
1x7r_GEN(ゲニステイン) [PDBsum] 750 527 0.703 300 427 1.423
1xg0_PEB(フィコエリスロビリン) [PDBsum] 1170 1750 1.496 660 768 1.164
1xzx_T3(甲状腺ホルモンT3/トリヨードチロニン/トリヨードサイロニン) [PDBsum] 1100 822 0.747 540 400 0.741
1y0x_T44(甲状腺ホルモンT4/チロキシン/サイロキシン) [PDBsum] 1000 802 0.802 620 410 0.661
1yet_GDM(ゲルダナマイシン) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 1) Binding-surface選択
880 1225 1.392 580 730 1.259
1yf4_vasopressin(バソプレシン) [PDBsum]
バソプレシン(B鎖)選択
1040 1697 1.632 {640} {770} {1.203}
1zhy_CLR(コレステロール) [PDBsum] 880 1140 1.295 530 142 0.268
1zsh_IHP(IP6) [PDBsum] 420 420 1.000      
1zxv_MFM(C17H12ClNO4S2) [PDBsum] [530] [827] [1.560]      
220l_BNZ(ベンゼン) [PDBsum] 700 180 0.257 120 15 0.125
2a3r_LDP(ドーパミン) [PDBsum] 840 729 0.868 160 285 1.781
2ajv_COC(コカイン) [PDBsum] 990 680 0.687 340 225 0.662
2aot_2PM(ジフェンヒドラミン) [PDBsum] 1290 1055 0.818 340 120 0.353
2arm_OIN(アトロピン) [PDBsum] 820 912 1.112 340 265 0.779
2b1q_TRE(トレハロース) [PDBsum] 590 1430 2.424 240 880 3.667
2c4a_SIA(シアル酸;ノイラミニダーゼ) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 1) Binding-surface選択
1040 1795 1.726 220 880 4.000
2c5c_01# [PDBsum] 1040 1295 1.245      
2drd_MIY(ミノサイクリン) [PDBsum] 530 430 0.811 460 919 1.998
2e2r_2OH(ビスフェノールA) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 7) Binding-surface選択
870 690 0.793 300 230 0.767
2e75_BCR(β-カロテン) [PDBsum] 1120 290 0.259 800 42 0.053
2f10_BCZ(ペラミビル) [PDBsum] 790 1100 1.392 300 670 2.233
2f92_AHD(アレンドロネート) [PDBsum]
※アレンドロネート近傍にZnイオン3個結合
500 845 1.690
2f9w_PAU(パントテン酸) [PDBsum] 650 1135 1.746 180 550 3.056
2frv_Ni(ニッケル-鉄) [PDBsumPDBj今月の分子] 240 80 0.333
2gbx_BNL(ビフェニル) [PDBsum] 530 702 1.325 240 30 0.125
2gvm_LDA308 [PDBsum] 220 350 1.591 280 250 0.893
2ha3_CHT(コリン) [PDBsum] 480 647 1.348 100 350 3.500
2ha4_ACH(アセチルコリン) [PDBsum] 880 505 0.574 140 460 3.286
2hkk_ALE(アドレナリン) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 2) Binding-surface選択
360 615 1.708 180 385 2.139
2hre_PP9(プロトポルフィリンIX) [PDBsum] 2270 1434 0.632 680 662 0.974
2icq_N2O(亜酸化窒素/一酸化二窒素) [PDBsum] 420 235 0.560
2iga_FE2(Fe(II)イオン) [PDBsum] 260 604 2.323
2ito_IRE(ゲフィチニブ) [PDBsum] 730 670 0.918 485 440 0.907
2kdh_KDH(エピガロカテキンガレート〔EGCG〕) [PDBsum] 570 50 0.088 440 935 2.125
2o7i_CBI(セロビオース) [PDBsum] 1390 1145 0.824 240 880 3.667
2o9e_Hg(水銀イオン) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 1-4) Binding-surface選択
※SITEデータにはHg追加,CleftsデータはHgの順序番号変更
80 250 3.125
2oty_YAN(1,2-ジクロロベンゼン) [PDBsum] 450 35 0.078 200 35 0.175
2p1p_IAC(インドール酢酸;オーキシンの例) [PDBsum] 820 630 0.768 200 280 1.400
2p7g_2OH(ビスフェノールA) [PDBsum] 870 690 0.793 300 230 0.767
2pgz_COC(コカイン) [PDBsum] 1120 950 0.848 340 225 0.662
2ph9_GNT(ガランタミン) [PDBsum] 660 675 1.023 340 257 0.756
2pwb_COU(クマリン) [PDBsum] 250 602 2.408 180 112 0.622
2qd5_PP9(プロトポルフィリンIX) [PDBsum] [1660] [1214] [0.731]      
2qoe_448(C17H17F6N5O) [PDBsum] 830 912 1.099 370 485 1.311
2qwk_G39(GS4071) [PDBsum] 1060 1995 1.882 280 450 1.607
2rfz_CTR(セロトリオース) [PDBsum] 1300 2207 1.698 360 1230 3.417
2rh1_CAU((S)-カラゾロール) [PDBsum] 1410 1400 0.993 350 365 1.043
2rh1_CLR(コレステロール) [PDBsum] [600] [425] [0.708] 530 142 0.268
2tio_HEX(シクロヘキサン) [PDBsum]
PDBsumデータからSO4削除
[100] [400] [4.000] 120 10 0.083
2v0z_C41(アリスキレン) [PDBsum] 1070 1445 1.350 600 645 1.075
2v9c_MRE(メチルレッド) [PDBsum] [550] [335] [0.609]      
2vn0_TDZ(トログリタゾン) [PDBsum] 870 870 1.000 520 410 0.788
2vq6_FP1(2-PAM) [PDBsum]
※SITEに硫酸イオン含む
[460] [447] [0.972] 140 256 1.829
2vss_V55(バニリン) [PDBsum]
PDBsumデータからアセチルCoA削除
[810] [825] [1.019]      
2wnc_TKT(トロピセトロン) [PDBsum] 1020 930 0.912 340 280 0.824
2wom_ZZE(UK-453061) [PDBsum] 1430 1002 0.701 380 430 1.132
2xrx_BNL(ビフェニル) [PDBsum] 770 699 0.908 240 30 0.125
2xsh_DC5(2,6-ジクロロビフェニル) [PDBsum] 590 789 1.337 320 50 0.156
2yve_MBT(メチレンブルー) [PDBsum] [880] [675] [0.767]      
2z9y_DDR(ジアシルグリセロール;C10) [PDBsum] 1320 1422 1.077 460 220 0.478
2zd1_T27(リルピビリン,TMC-278) [PDBsum] 1350 952 0.705 480 467 0.973
2zju_IM4(イミダクロプリド) [PDBsum] 910 630 0.692 290 385 1.328
2zjw_REF(エラグ酸) [PDBsum] 590 235 0.398 280 620 2.214
2zkc_BPZ(ビスフェノールZ) [PDBsum] 1010 705 0.698 360 240 0.667
2zp1_IYR(3-ヨードチロシン) [PDBsum] 750 895 1.193 260 345 1.327
2zsh_GA3(ジベレリンA3) [PDBsum] 1300 1370 1.054 380 464 1.221
2zu4_ZU3(TG-0204998) [PDBsum] 1320 1893 1.434 610 1045 1.713
2zye_KNI(KNI-272) [PDBsum]
PDBsumデータにH・D原子追加
※異常表示防ぐために一部H・D原子割愛
900 815 0.905
3aic_ACR(アカルボース) [PDBsum] 860 1777 2.066 500 1512 3.024
3c2r_PHT(フタル酸) [PDBsum] 580 1112 1.917 160 315 1.969
3ck0_angiotensinII(アンギオテンシンII) [PDBsum]
アンギオテンシンII(P鎖)選択
1230 1557 1.266 {670} {632} {0.943}
3ckl_STL(リスベラトロール) [PDBsum] 1000 827 0.827 280 332 1.186
3ckz_ZMR(ザナミビル) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 1) Binding-surface選択
1360 2550 1.875 240 872 3.633
3cl0_G39(GS4071) [PDBsum]
参考 Cleftsデータ追加(Binding-surface 1) Binding-surface選択
1220 2210 1.811 280 450 1.607
3cl2_G39(GS4071) [PDBsum] 1020 1820 1.784 280 450 1.607
3cs9_NIL(ニロチニブ) [PDBsum] 1350 740 0.548 575 710 1.235
3d6z_RHQ(ローダミン6G) [PDBsum] 1190 750 0.630 560 607 1.084
3d73_NBB(N-ブチルベンゼンスルホンアミド) [PDBsum] 710 185 0.261 200 255 1.275
3d90_NOG(レボノルゲストレル/ノルゲストレル) [PDBsum] 1100 800 0.727 420 210 0.500
3ddy_RBF(リボフラビン) [PDBsum] 610 1220 2.000 340 880 2.588
3erd_DES(DES) [PDBsum] 960 567 0.591 360 232 0.644
3ert_OHT(4-ヒドロキシタモキシフェン) [PDBsum] 1100 925 0.841 520 237 0.456
3f0p_HG(水銀イオン) [PDBsum]
※SITEデータにHg追加
160 190 1.188
3fkx_IBP(イブプロフェン) [PDBsum] 350 515 1.471 250 165 0.660
3g5d_1N1(ダサチニブ) [PDBsum] 1050 795 0.757 520 805 1.548
3gm0_B41(MDMA) [PDBsum] 1320 1137 0.861 220 135 0.614
3hlf_SIM(シンバスタチン) [PDBsum] 1270 1045 0.823 500 434 0.868
3i5o_5BGC(セロペンタオース) [PDBsum] 1710 1435 0.839 600 1930 3.217
3jrq_A8S(アブシジン酸) [PDBsum] 1150 672 0.584 300 331 1.103
3kwy_T9T(トリフェニルスズ) [PDBsum] 850 202 0.238 370 95 0.257
3l0f_CYC(フィコシアノビリン) [PDBsum] 1620 1550 0.957 660 770 1.167
3l2t_RLT(ラルテグラビル) [PDBsum] [460] [975] [2.120] 405 912 2.252
3l2u_ELV(エルビテグラビア) [PDBsum] [420] [727] [1.731] 495 462 0.933
3l8w_XAN(キサンチン) [PDBsum] 460 705 1.533 100 435 4.350
3ng5_KDH(エピガロカテキンガレート〔EGCG〕) [PDBsum] 500 470 0.940 440 935 2.125
3osw_XDI(テトラブロモビスフェノールA) [PDBsum] 760 580 0.763 540 270 0.500
3pcv_GTT(グルタチオン) [PDBsum] 750 1075 1.433 240 790 3.292
4at1_ATP(ATP) [PDBsum] 760 755 0.993      
5hmg_SIA(シアル酸;ヘマグルチニン) [PDBsum] 720 1047 1.454 220 880 4.000
5prc_ATZ(アトラジン) [PDBsum] 550 580 1.055 190 375 1.974
6ald_2FP [PDBsum] 350 650 1.857 160 1175 7.344
  • 2008/06/10: PDBsumオリジナルデータへのリンク追加
  • 2008/06の追加データ: 1adl_ACD, 1cwt_MMC(1cwt_MMCs・1cwt_MMCs2), 1cz2_E2P, 1drf_FOL, 1e71_09, 1e71_ASC, 3ert_OHT, 1eve_E20, 1gm7_PNN, 1gp6_QUE, 1i3u_RR1, 1ie9_VDX, 1jtv_TES, 1lgt_BP3, 1pnv_VAN, 1qd0_RR6, 2rh1_CLR, 2rh1_CLR1xzx_T3, 1y0x_T44, 1zhy_CLR, 2pgz_COC, 2v9c_MRE, 2yve_MBT
  • 2008/07の追加データ: 1aig_U10(1aig_U10s), 1cqe_FLP, 1fxv_PNN, 1gt5_BZQ, 1iep_STI, 1ig0_VIB, 1jff_TA1, 1jup_MGR, 1kfa_GA4, 1kpm_VIT, 1loh_01, 1m4i_KAN, 1n4k_I3P, 1npo_oxytocin, 1pkv_RBF, 1q0y_MOI, 1qs4_100, 1rv1_IMZ, 1uw6_NCT, 1vxr_VX, 1zsh_IHP, 220l_BNZ, 2e75_BCR, 2f9w_PAU, 2hkk_ALE, 2ito_IRE, 2oty_YAN, 2ph9_GNT, 2tio_HEX(2tio_HEXs), 2vss_V55(2vss_V55s), 3c2r_PHT, 3ck0_angiotensinII, 3ckz_ZMR, 3cl0_G39, 3cl2_G39, 3ddy_RBF
  • 2008/08の追加データ: 1zxv_MFM, 2a3r_LDP
  • 2008/09の追加データ: 1a0t_SUC, 1hw8_114, 1hwk_117, 1jgi_SUC, 1nta_SRY, 1o7n_IND, 2arm_OIN, 2b1q_TRE, 2ha3_CHT, 2o7i_CBI, 2rfz_CTR, 3d6z_RHQ, 5prc_ATZ
  • 2008/10の追加データ: 1czs_PHG(1czs_PHGs)
  • 2008/11の追加データ: 1el4_CTZ, 1udt_VIA, 2vn0_TDZ, 2zju_IM4
  • 2008/12の追加データ: 1gqw_TAU, 1pw1_FLH, 2hre_PP9, 2qd5_PP9, 2zsh_GA3
  • 2009/01の追加データ: 1dcp_HBI, 1jb0_CL1(1jb0_P700ex1), 1sx6_LAT-SPH-OLA, 1yf4_vasopressin, 3fkx_IBP
  • 2009/02の追加データ: 1wua_AP8, 2c4a_SIA, 2f10_BCZ, 2p1p_IAC, 2zu4_ZU3, 5hmg_SIA
  • 2009/03の追加データ: 1qap_NTM, 2o9e_Hg, 2zkc_BPZ, 2zp1_IYR
  • 2009/04の追加データ: 1yet_GDM, 2v0z_C41, 2zjw_REF, 3ckl_STL
  • 2009/05の追加データ: 1c1e_ENH, 2frv_Ni, 2iga_FE2, 2zye_KNI, 3d90_NOG, 3f0p_HG
  • 2009/06の追加データ: 3cs9_NIL, 3d73_NBB, 3g5d_1N1
  • 2009/07の追加データ: 1jqd_HSM, 1l3w_Ca, 2f92_AHD, 2kdh_KDH_g(2020/07, 2kdh_KDHに差し替え), 3i5o_5BGC
  • 2009/08の追加データ: 1akd_HEM, 2icq_N2O
  • 2009/09の追加データ: 2wnc_TKT, 2z9y_DDR
  • 2009/11の追加データ: 2qoe_448, 3gm0_B41
  • 2010/02の追加データ: 3jrq_A8S
  • 2010/06の追加データ: 2hu0_G39, 3l8w_XAN
  • 2010/07の追加データ: 1cfj_GB, 1hw9_SIM, 1i7z_COC, 1lkd_BP6, 1q72_COC, 1vot_HUP, 2ajv_COC, 2kdh_KDH, 2p7g_2OH, 2vq6_FP1, 3hlf_SIM, 3ng5_KDH
  • 2010/08の追加データ: 1fk9_EFZ, 1hsg_MK1, 1lwc_NVP, 1x7r_GEN, 3kwy_T9T, 3l2t_RLT, 3l2u_ELV
  • 2010/09の追加データ: 1gqr_SAF, 2drd_MIY, 2ha4_ACH, 2wom_ZZE, 2zd1_T27
  • 2010/11の追加データ: 2gbx_BNL, 2xrx_BNL, 2xsh_DC5
  • 2011/02の追加データ: 1f99_CYC, 1f99_PEB, 1xg0_PEB, 3l0f_CYC
  • 2011/03の追加データ: 2aot_2PM, 3pcv_GTT
  • 2011/04の追加データ: 2pwb_COU, 3aic_ACR
  • 2011/05の追加データ: 3osw_XDI

    ▼Clefts情報追加データ

  • 1qap_NTM_cleftsA, 1wua_AP8_clefts, 1yet_GDM_clefts, 2c4a_SIA_clefts, 2e2r_2OH_clefts, 2hkk_ALE_clefts, 2o9e_Hg_clefts, 2rh1_CAU, 3ckz_ZMR_clefts, 3cl0_G39_clefts

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone(%印のみ)
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択 (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% 球80% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青   水色
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示   背景・黒 灰 白 


参考:アミノ酸および特性基の親水性・疎水性
アミノ酸 hydropathy
index
特性基 R log P 酸性・塩基性 極性・非極性 Cleftの分類 等電点
O I I/O
Asn N アスパラギン -3.5 40 200 5.000 -3.82 中性 極性(中性) Neutral 5.41
Ser S セリン -0.8 20 100 5.000 -3.07 中性 極性(中性) Neutral 5.68
Asp D アスパラギン酸 -3.5 40 150 3.750 -3.89 酸性 極性(酸性) Negative 2.77
Gln Q グルタミン -3.5 60 200 3.333 -3.64 中性 極性(中性) Neutral 5.65
Glu E グルタミン酸 -3.5 60 150 2.500 -3.69 酸性 極性(酸性) Negative 3.22
Thr T トレオニン -0.7 40 100 2.500 -2.94 中性 極性(中性) Neutral 6.16
Arg R アルギニン -4.5 80 190 2.375 -4.20 塩基性 極性(塩基性) Positive 10.76
His H ヒスチジン -3.2 80 152 1.900 -3.32 塩基性 極性(塩基性) Positive 7.59
Gly G グリシン -0.4 0 0 -3.21 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 5.97
Lys K リシン -3.9 80 70 0.875 -3.05 塩基性 極性(塩基性) Positive 9.74
Tyr Y チロシン -1.3 140 115 0.821 -2.26 中性 極性(中性) Aromatic 5.66
Trp W トリプトファン -0.9 180 130 0.722 -1.05 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.89
Cys C システイン 2.5 60 20 0.333 -2.49 中性 極性(中性) Cysteine 5.07
Met M メチオニン 1.9 100 20 0.200 -1.87 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.74
Pro P プロリン -1.6 60 10 0.167 -2.54 中性 非極性(疎水性) Pro & Gly 6.30
Phe F フェニルアラニン 2.8 140 15 0.107 -1.38 中性 非極性(疎水性) Aromatic 5.48
Ala A アラニン 1.8 20 0 0 -2.85 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.00
Val V バリン 4.2 50 0 0 -2.26 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.96
Leu L ロイシン 3.8 70 0 0 -1.52 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 5.98
Ile I イソロイシン 4.5 80 0 0 -1.70 中性 非極性(疎水性) Aliphatic 6.02
※hydropathy indexは以下を参照;Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105-132(1982)
※log Pは
On-Line Log P Calculation掲載の実験値
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連(参考ページ
《参考》1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ

Cleft analysisによるアミノ酸分類(データ例:2hkk
Positive Negative Neutral Aliphatic Aromatic Pro & Gly Cysteine
H,K,R D,E S,T,N,Q A,V,L,I,M F,Y,W P,G C



アミノ酸残基のhydropathy indexとI'/O'値の比較(Glyを除く)


    
囲んでいるアミノ酸残基は,酸性中性芳香族〉? 塩基性
左からカナマイシンAを含む
1m4i抗生物質参照),β-カロテンを含む2e75,IP3を含む1n4kセカンドメッセンジャー参照)



抗生物質の作用機序を示す模式図(Chime版ページより);上図の緑色部分が類似
〔上左〕ペニシリン骨格(下はその一例,ペニシリンG)
〔上右〕D-アラニル-D-アラニンの構造(下はR'がHの場合)


  
〔左〕ペニシリンGを含むPDBsumデータ1fxvから骨格構造以外とその近傍アミノ酸を削除したもの
〔右〕glycyl-L-α-amino-ε-pimelyl-D-alanyl-D-alanineを含むPDBsumデータ1ikgからD-アラニル-D-アラニン以外とその近傍アミノ酸を削除したもの



イマチニブ(商品名グリベック)を含む
PDBsumデータ1iepより
話題の制がん剤・抗がん剤抗がん剤開発と標的タンパク質参照



コエンザイムQ10を含む
PDBsumデータ1aigより
水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン参照



モルフィン(モルヒネ)を含む
PDBsumデータ1q0yより


話題の制がん剤・抗がん剤新規麻薬参照



ベンゼンとシクロヘキサン
※PDBデータでは多重結合が表示されす,さらに大多数では水素原子が示されない(
ブログ記事参照)


  
〔左〕ベンゼンを含むPDBsumデータ220l,〔右〕シクロヘキサンを含むPDBsumデータ2tioからSO4を削除したもの



共役系を含む分子の表示方式の違い(ブログ記事参照)
〔左〕ニンジンやカボチャの色素β-カロテン(モノはなぜ見える参照)
〔右〕メチルレッド(pH指示薬,酸性染料;染料の種類参照)


β-カロテンとメチルレッドに見る共役系

  
〔左〕β-カロテンを含むPDBsumデータ2e75より
〔右〕メチルレッドを含むPDBsumデータ2v9cより(SITEにはアミノ酸以外にフラビンモノヌクレオチド含む)


  
〔左〕スクロースを含む
PDBsumデータ1jgi,〔右〕トレハロースを含むPDBsumデータ2b1q(他にセロビオースを含む2o7iなど参照)

    《参考》トレハロースに関する情報例
  • 干からびた生物(昆虫)が元どおりに生き返るメカニズムを物質科学の手法で解明 - 水の代替物質トレハロースが鍵を握る生物の極限乾燥耐性の仕組み -(農業生物資源研究所,2008/03/25)
  • トレハロースを用いた新しい神経変性疾患発症予防法の可能性 - 分子安定化による神経変性予防 -(理研,2004/01/19)
  • トレハロース含浸処理による形状、色調、吸水性の良好な乾燥山菜の加工技術(農林水産研究情報,2000)
  • トレハロース - 「健康食品」の安全性・有効性情報(国立健康・栄養研究所)
  • トレハロース - Wikipedia



    アトルバスタチン(atorvastatin)を含む
    PDBsumデータ1hwk
    ※参考:佐藤健太郎,「医薬品クライシス―78兆円市場の激震―」,p.27,新潮新書 (2009)



    ペラミビル(peramivir)を含む
    PDBsumデータ2f10



    ポルフィリンから難病を考える(2008/12/31)



    こども達への有害化学物質の影響は今(2008/12/28)



    朝刊科学欄に生体分子構造画像(ジベレリンの機能制御へ)(2008/12/08)



    Jmol 11.6ネタでumass.eduからの来訪(2008/12/05)



    世界糖尿病デーに(2008/11/14)



    水族館に欠かせなくなった(?)セレンテラジン(2008/11/04)



    3連休中もGFPや有機概念図と格闘(今日はオープンキャンパス)(2008/10/13)



    東大農場で使われた酢酸フェニル水銀(2008/10/03)
    無登録農薬問題参照



    昨日から高知です(2008/09/27)



    人体に入るべきでない分子(2008/09/23)



    スタチン発見の遠藤章さんにラスカー賞(2008/09/15)



    高知の学会に向けて(トレハロースのことなど)(2008/09/13)
    スクロースとトレハロース参照



    福永武彦「草の花」(2008/09/03)



    SPYSEEサイエンスコミュニケーションの銅メダル(2008/08/16)



    炭疽菌事件の静かな幕切れ(2008/08/14)



    「分子のかたち展」に寄せて(4) 夏休みは大学へ!(2008/08/09)


      
    「分子のかたち展」に寄せて(3) 多重結合の表示(2008/07/30)



    北大総合博物館「分子のかたち展」に寄せて(2)(2008/07/25)



    LIGPLOT分子データ集に画像集とブログ記事へのリンク集追加(2008/07/18)(下画像はクリックで拡大)



    北大総合博物館「分子のかたち展」スタート(2008/07/15)(画像クリックで拡大)



    オキシトシンと格闘した一日(2008/07/09)(画像クリックで拡大)



    タミフル耐性インフルエンザのノイラミニダーゼ(メルマガ有機化学より)ほか(2008/07/06)
    鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報参照



    ニュースなマラカイトグリーン(2008/07/03)



    北大総合博物館サイトに「分子のかたち展」のアナウンス(2008/07/02)
    HIVとエイズ参照


      
    PDBsumのLigand情報を身近な現象に援用する(2008/06/23)
    染料の種類参照



    Googleマップ & Earthを利用した新潟水俣病教材(2008/06/21)
    水俣病参照



    世の中の存在しなかったものをつくる(集大成的コンテンツ作成開始)(2008/06/08)
    シクロデキストリン参照



    8つの水素結合は数千万人を救うか?(2008/05/17)



    ビスフェノールAの胎児への影響(2008/05/15)
    ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ参照


      
    こども達への化学物質の影響に関する研究の最新情報(2008/05/12)
    バイオレメディエーションとファイトレメディエーション参照



    PDBsum収録データの水素結合情報活用(2008/04/16)


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