◆ 染料の種類（Jmol版） ◆
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染料の種類（初期表示は C.I.Acid Orange 7；Orange II）
バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺
分類と染料名（C.I.Nameほか） 分子式
●直接染料
C.I.Direct Red 2 C34H26N6Na2O6S2
C.I.Direct Red 28（コンゴーレッド／コンゴレッド，Congo red） C32H22N6Na2O6S2
◎直接染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ2lbu_CGO$（C.I.Direct Red 28，コンゴーレッド／コンゴレッド）
●酸性染料
C.I.Acid Orange 7（Orange II） C16H11N2NaO4S
◎酸性染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ1qd0_RR6$（C.I. Acid Red 2，メチルレッド；フラビンモノヌクレオチド含む）
●塩基性染料
C.I.Basic Blue 9（メチレンブルー；Methylene Blue） C16H18N3S+Cl-
C.I.Basic Violet 3（クリスタルバイオレット；Crystal Violet） C25H30N3+Cl-
※歴史的染料（最初の合成染料；現在は利用されず）
　：モーブ（モーベイン；mauve，mauveine；C.I.50245）
モーベインA（mauveine A）
モーベインB（mauveine B）		 モーブ - Wikipedia参照
 
C26H23N4+M-
C27H25N4+M-
◎塩基性染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ5kaw_RHQ$（C.I.Basic Red 1，ローダミン6G；蛍光色素でもある） → Jmolトピック
PDBsumデータ5kax_RHQ$（同上）
PDBsumデータ1jup_MGR$（C.I.Basic Green 4，マラカイトグリーン）
PDBsumデータ2v9c_MRE$（C.I.Basic Blue 9，メチレンブルー；グリセリン含む）
●媒染染料
C.I.Mordant Red 11（アリザリン；Alizarin） C14H8O4
●酸性媒染染料
C.I.Mordant Red 3（アリザリンレッドS；Alizarin Red S） C14H7NaO7S
C.I.Mordant Black 3 C20H13N2NaO5S
◎酸性媒染染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ1oar_AZN$（C.I.Mordant Red 3，アリザリンレッドS）
●建染染料（バット染料）
C.I.Vat Blue 1（インジゴ；Indigo） C16H10N2O2
※参考： C.I.Reduced Vat Blue 1（インジゴホワイト；ロイコ化合物，アルカリ水溶液に可溶） C16H10N2Na2O2
●分散染料
C.I.Disperse Yellow 7 C19H16N4O
C.I.Disperse Orange 3 C12H10N4O2
C.I.Disperse Red 17 C17H20N4O4
C.I.Disperse Violet 1（1,4-diaminoanthraquinone） C14H10N2O2
●反応染料
C.I.Reactive Red 1 C19H9N6Na3O10S3Cl2
◎反応染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ1i3u_RR1$（C.I.Reactive Red 1の誘導体）
PDBsumデータ1qd0_RR6$（C.I.Reactive Red 6；Cu含む）
■蛍光増白染料
C.I. Fluorescent Brightener 162 C14H11NO3
DAS1（CAS 16090-02-1）* C40H38N12Na2O8S2
■蛍光色素（参考）
クマリン（coumarin） → 香り分子事典 C9H6O2
フルオレセイン（fluorescein） C20H12O5
ホタルルシフェリン（firefly luciferin）→ Jmolトピック C11H8N2O3S2
■pH指示薬の例
メチルオレンジ（C.I.Acid Orange 52） C14H14N3NaO3S
メチルレッド（C.I. Acid Red 2） C15H15N3O2
◆参考：染料の代表的な基本構造例
アゾ基 -N=N-
アントラキノン ─


β-カロテンとメチルレッドで見る共役系


インジゴ（indigo；C.I.Vat Blue 1）とインジゴホワイト（indigo white；C.I.Reduced Vat Blue 1，ロイコ化合物，アルカリ水溶液に可溶）
参考：藍染め - Wikipedia

印の組み合わせについては結合の模式図を参照可能．

セルロース−直接染料　｜　毛−塩基性染料　｜　ナイロン−酸性染料　｜　ポリエステル−分散染料　｜　セルロース−反応染料

  
直接染料 C.I.Direct Red 28（コンゴーレッド／コンゴレッド）を含む2lbuのPDBsumデータとC.I.Direct Red 28

  
［左・中］塩基性染料 C.I.Basic Red 1（ローダミン6G）を含む5kaw・5kaxのPDBsumデータ　［右］同 C.I.Basic Green 4（マラカイトグリーン）を含む1jupのPDBsumデータ

  
酸性媒染染料 C.I.Mordant Red 3（アリザリンレッドS）を含む1oarのPDBsumデータとC.I.Mordant Red 3

  
反応染料 C.I.Reactive Red 1の誘導体を含む1i3uのPDBsumデータとC.I.Reactive Red 1


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

    
［左］C.I.Basic Blue 9（メチレンブルー）を含むPDBsumデータ2yve - Ligand MBTより（SITEにはアミノ酸以外にグリセリン含む）
［中］C.I. Acid Red 2（メチルレッド）を含むPDBsumデータ2v9c - Ligand MREより（SITEにはアミノ酸以外にフラビンモノヌクレオチド含む）
［右］C.I.Reactive Red 6の誘導体を含むPDBsumデータ1qd0 - Ligand RR6より（SITEにはアミノ酸以外にCu含む）　※参考：Image:CI Reactive Red 6 structure.png - Wikimedia Commons

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