◆ Jmolで見るトピックス分子(20-5) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
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801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. アーキアのDNA複製酵素が効率よく機能変換して作用する機構の解明 〜アーキアのDNA複製機構の解明に期待〜(九州大学,2020/11/09) ※2020/08/05公開データ6knb(form A;下掲)・6knc(form B)

    PDBデータ 6knb(DNAポリメラーゼD-増殖細胞核抗原〈PCNA〉-DNA複合体)
    DNA polymerase - WikipediaProliferating cell nuclear antigen - Wikipedia
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    DNAポリメラーゼD - 増殖細胞核抗原(PCNA)- DNA 複合体6knb


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. PPARα Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates(iScience,2020/11/20) ※2020/11/11公開データ6kax〜6kxb・6l36(下掲)〜6l38・6lx4〜6lxc・6kyp・7bpy〜7bq4(昭和薬科大学の研究グループによる)

    PDBデータ6l36のChain A(アンタゴニストGW9662と作動薬フェノフィブリン酸が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα〈PPARα〉)
    Peroxisome proliferator-activated receptor alpha - Wikipedia

    6l36のChain A(アンタゴニストGW9662と作動薬フェノフィブリン酸が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα〈PPARα〉) 同PDBsumデータ6l36_GW9[503(A)](GW9662)$ 同PDBsumデータ6l36_F5A(フェノフィブリン酸)$
    7efqのChain A(蛍光プローブが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ〈PPARγ〉) 同PDBsumデータ7efq_J3F$ [Peroxisome proliferator-activated receptor gamma - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アンタゴニストGW9662と作動薬フェノフィブリン酸(fenofibric acid)が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα(PPARα)6l36のChain Aと同PDBsumデータ


    蛍光プローブが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ(PPARγ)7efqのChain Aと同PDBsumデータ(H原子付加)


  3. サイエンスZERO「天然染料 藍の科学 抗ウイルスに農業革命も!?」(2020/11/01放送)

    PDBデータ 1t8i(DNAとカンプトテシンが結合したDNAトポイソメラーゼI)
    Topoisomerase - WikipediaTOP1 - Wikipedia
    1t8i(DNAとカンプトテシンが結合したDNAトポイソメラーゼI) EHD(カンプトテシン)選択 同PDBsumデータ1t8i_EHD$
    カンプトテシン(camptothecin) [Camptothecin - Wikipedia
    トリプタントリン(tryptanthrin)
    インジゴ(indigo;C.I.Vat Blue 1)
    インジゴホワイト(indigo white;C.I.Reduced Vat Blue 1,ロイコ化合物,アルカリ水溶液に可溶)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]DNAとカンプトテシン(camptothecin)が結合したDNAトポイソメラーゼI 1t8iとそのPDBsumデータ [右]トリプタントリン(tryptanthrin)

      
    [左]インジゴ(indigo)とインジゴホワイト(indigo white;ロイコ化合物,アルカリ水溶液に可溶) ※参考:藍染め - Wikipedia
    [右]各種染料の染色性(染料の種類参照)


  4. 環状ペプチドのヒト血清アルブミンに対する結合様式を解明 環状ペプチド創薬の加速に期待(東京工業大学,2020/11/13) ※2020/11/18公開PDBデータ6m5d・6m5e(下掲)

    PDBデータ 6m5eのChain A・F(ダルババンシンとヒト血清アルブミンの複合体)
    Serum albumin - WikipediaDalbavancin - Wikipedia
    6m5eのChain A・F(ダルババンシン〈dalbavancin〉が結合したヒト血清アルブミン) Chain F(ダルババンシン)選択
    ※他の血清アルブミン構造例: PDBデータ 4e99(パーフルオロオクタンスルホン酸が結合したヒト血清アルブミン) 同PDBsumデータ 4e99_P8S$ → PFAS汚染問題

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ダルババンシン(dalbavancin;空間充填表示)が結合したヒト血清アルブミン6m5eChain A・F


  5. 光依存的に環状ヌクレオチドを分解するロドプシン酵素の構造を解明(東京大学,2020/11/06) ※2020/11/18公開PDBデータ7d7p・7d7q(下掲;他に2020/11/25公開7cj3)


    研究室の扉「光に反応するタンパク質の構造を明らかに」志甫谷渉助教 - YouTube

    PDBデータ 7d7qのChain A(ロドプシンホスホジエステラーゼ)
    7d7qのChain A(ロドプシンホスホジエステラーゼ) RET(レチナール)選択 同PDBsumデータ 7d7q_RET[401(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ロドプシンホスホジエステラーゼ7d7qのChain A(TM0は追加の膜貫通ヘリックス)とそのPDBsumデータ


    参考:通例のロドプシンのPDBsumデータ例


  6. 山口潤一郎,『【研究物語】エステルが芳香環上で踊る!?──世界初! エステルダンス反応の開発』,「化学」2020年12月号,化学同人 収載 ※p.36のみ可読;p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種を以下に。


    @sinOrganicChemさんにリクエストして解説動画を作成していただきました!
    該当ツイート山口潤一郎研究室でも動画紹介

    「化学」2020年12月号 p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示(文献[1]も参照)
    ベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示
    dcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン;3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]「化学」2020年12月号 p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示
    [中]文献[1] Fig. 2より
    [右]触媒例のdcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン;3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉


  7. 核酸二重らせん構造に糖骨格は必要か? 人工核酸の安定化の仕組みを解明(大阪大学,2020/11/11) ※2020/11/25公開データ7bpf(下掲)・7bpg

    PDBデータ 7bpf(人工核酸 L-threoninol nucleic acid〈L-aTNA;トレオニノール核酸〉とRNAの複合体)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    人工核酸 L-threoninol nucleic acid(L-aTNA;トレオニノール核酸)とRNAの複合体 7bpf


  8. 尿意を知らせるタンパク質の存在が明らかに、米スクリプス研究所が発見(@DIME,2020/11/30) ※“PIEZO2と呼ばれるこのタンパク質は、膀胱が尿で満たされて排出が必要になったときに、それを感知する2種類の細胞の働きを助ける役割を担っている可能性が示唆されたという”;PIEZO2構造例PDB 6KG7を以下に。

    PDBデータ 6kg7(イオンチャネルPIEZO2;α炭素とリガンドのみ
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    イオンチャネルPIEZO2タンパク質 6kg7α炭素とリガンドのみ


  9. 1億年前のホタルの光を再現 〜現代によみがえらせた原初のホタルの光は深い緑色だった〜(JST,2020/12/03) ※2020/05/27公開データ6k4c(下掲)・6k4d

    PDBデータ 6k4c(DLSAが結合したホタルルシフェラーゼ)
    6k4c(DLSA結合ホタルルシフェラーゼ) Leu285選択 同PDBsmデータ6k4c_SLU$ |  PDBsmデータ6k4d_D4F(D-ルシフェリン)$
    ※他のホタルルシフェラーゼ例: 2d1s(ゲンジボタルルシフェラーゼ;野生型〈黄緑色型〉,DLSA結合) Ile288選択 同PDBsumデータ2d1s_SLU$2d1t(ゲンジボタルルシフェラーゼ;S286N変異体〈赤色型〉,DLSA結合) 同PDBsumデータ2d1t_SLU$
    ホタルルシフェリン(firefly luciferin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から DLSAが結合したホタルルシフェラーゼ6k4cと同PDBsumデータ(D-ルシフェリン結合6k4dとの比較),ホタルルシフェリン(firefly luciferin)

      
    ※参考データ: [左]ゲンジボタルルシフェラーゼ(野生型〈黄緑色型〉,DLSA結合) 2d1s
    [右]同PDBsumデータと2d1t(ゲンジボタルルシフェラーゼ;S286N変異体〈赤色型〉,DLSA結合)のPDBsumデータ比較


  10. 世界初、新規ゲノム編集技術「TiD」で植物の遺伝子改変の有効性を実証 ―日本のバイオインダストリー推進の原動力として期待―(NEDO,2020/11/30) ※“TiDは、タイプI-Dサブタイプに属するCRISPRシステムの一種”,“Cas10dを含んでおり、二本鎖DNAに結合する特徴を持つ”。

    PDBデータ 6thh(抗CRISPRタンパク質AcrID1が結合したCas10dタンパク質)
    CRISPR - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    抗CRISPRタンパク質AcrID1が結合したCas10dタンパク質6thh


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