◆ Jmolで見るトピックス分子（15-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが，Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。

  1. Living cells bind silicon and carbon for the first time（Nature News & Comment，2016/11/24）　※参考データとして有機ケイ素化合物を含むPDBデータ例1nd0を以下に

    PDBデータ 1nd0のChain A-D（免疫グロブリンIgG2a）
    ［Immunoglobulin G - Wikipedia］

    		1nd0のChain A-D（免疫グロブリンIgG2a）　同PDBsumデータ1nd0_DP4$　Si選択
    ※参考： ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    1nd0のChain A-D（免疫グロブリンIgG2a）とそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 今月の分子 204: PD-1 （PD-1, プログラム細胞死タンパク質1）（PDBj，2016/12） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3bik（リガンドPD-L1が結合したPD-1）
    ［Programmed cell death protein 1 - Wikipedia，PD-L1 - Wikipedia］
    		3bik（PD-1/PD-L1複合体）　Chain C（PD-1））選択
    ※参考： 5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブのFabが結合したPD-1）　Chain Y（PD-1））選択 ｜ 5ggq（ニボルマブのFab）　→ 別トピック[1]｜[2]（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］3bik（PD-L1が結合したPD-1）　［左］5ggr（ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1）　→ 別トピック[1]｜[2]（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞）

  3. Biological structures of the year | C&EN　※紹介構造の一部を以下に（“ ”内は記事項目から）

    PDBデータ 5ckk（DNA触媒）
    		5ckk（DNA触媒）
    5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体 ）　…次トピックに再掲
    5eduのChain A（ヒストンデアセチラーゼ6〈HDAC6〉；trichostatin A〈トリコスタチンA〉が結合）　TSN（trichostatin A）選択 ｜ 5g0iのChain A（ヒストンデアセチラーゼ6〈HDAC6〉；nexturastat Aが結合）　N4R（nexturastat A）選択
    バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5ckk（DNA触媒）

  4. 今月の分子 205: 核膜孔複合体（Nuclear Pore Complex）（PDBj，2017/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）　5ijoを以下に

    PDBデータ 5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体 ）
    ［Nuclear pore - Wikipedia，PD-L1 - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体）

  5. Structural basis for subtype-specific inhibition of the P2X7 receptor（eLife，2016/12/09）　→ Video 1・Video 2参照　※2017/01/04公開データ5u1l（アポ状態）・5u1w（AZ10606120が結合）・5u1x（JNJ47965567が結合）・5u1y（GW791343が結合）・5u2h（A804598が結合）が同時公開（2017/01/11公開の5u1u・5u1v含め初のパンダ由来データ）；このうち5u1x・5u2hを以下に

    PDBデータ 5u2hの3量体（Chain A×3；拮抗剤A804598が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体）
    ［P2RX7 - Wikipedia - Wikipedia］

    		5u2hの3量体（Chain A×3；拮抗剤A804598が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体）　同PDBsumデータ5u2h_7S1$　7S1（A804598）選択
    5u1x（拮抗剤JNJ47965567が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体）　同PDBsumデータ5u1x_7RV$　7RV（JNJ47965567）選択
    8jv5のChain A（アンタゴニストBX430が結合したP2X4受容体）　同PDBsumデータ8jv5_lb$
    9bpcのChain A（アンタゴニストのカムリピキサント〈camlipixant〉が結合したP2X3受容体；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9bpc_lp$　［Camlipixant - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5u2hの3量体（Chain A×3；拮抗剤A804598が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体）

    <
    アンタゴニストBX430が結合したP2X4受容体8jv5のChain AとPDBsumデータ

    <
    アンタゴニストのカムリピキサント（camlipixant）が結合したP2X3受容体9bpcのChain AとPDBsumデータ

  6. アトピー性皮膚炎発症に関わる痒み物質の産生に重要なタンパク質を発見　−新しい痒み治療薬の開発に期待−（九州大学，2017/01/10）　※EPAS1（endothelial PAS domain protein 1）の構造例1p97を以下に

    PDBデータ 1p97のModel 1
    ［EPAS1 - Wikipedia］
    		1p97のModel 1（EPAS1の構造例）
    CP4715
    ※参考（治験中のアトピー治療薬結合データ；論文未出）：9nwx（Pan-TRKキナーゼ阻害剤PF-07245303が結合したチロシンタンパク質キナーゼITK/TSK，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9nwx_lb$　［ITK (gene) - Wikipedia］
    ※参考：タクロリムス（tacrolimus）　→ アトピー新薬／タクロリムス
    ※参考：タピナロフ（tapinarof）　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    EPAS1（endothelial PAS domain protein 1）の構造例1p97のModel 1

      
    新規アトピー性皮膚炎治療薬CP4715（治療薬候補）とタピナロフ（tapinarof）


    Pan-TRKキナーゼ阻害剤PF-07245303（アトピー性皮膚炎治療薬候補）が結合したチロシンタンパク質キナーゼITK/TSK 9nwxとPDBsumデータ

  7. 新刊：Andy Brunning 著，高橋秀依・ 夏苅英昭 訳，「カリカリベーコンはどうして美味しいにおいなの？ 食べ物・飲み物にまつわるカガクのギモン」，化学同人(2016)　※一部化合物の分子モデルを以下に。

    初期表示は2,5-ジメチルピラジン，2-エチル-3,5-ジメチルピラジン，2,3-ジメチルピラジンの同時表示
    ［Alkylpyrazine - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 p.2β-カロテン（β-carotene） ｜ 11-cis-レチナール（11-cis-retinal） ｜ all-trans-レチナール（all-trans-retinal） ｜ 11-cis-レチナールとall-trans-レチナールの同時表示　…モノはなぜ見える
    p.10クルクミン（curcumin）　…カレーの色素・クルクミン
    p.14キニーネ（quinine）
    p.26テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）
    p.40ラウリル硫酸ナトリウム（sodium lauryl sulfate，SLS；ドデシル硫酸ナトリウム，sodium dodecyl sulfate，SDS）　…界面活性剤の種類
    p.46デカナール（decanal）
    p.48(S)-サリドマイド（(S)-thalidomide）　(R)-サリドマイド（(R)-thalidomide）　両分子同時表示
    p.56アリイン（alliin） ｜ アリシン（allicin）　…悪臭の正体
    p.62 2,5-ジメチルピラジン，2-エチル-3,5-ジメチルピラジン，2,3-ジメチルピラジンの同時表示
    p.68硫化水素（hydrogen sulfide）　…悪臭の正体
    p.74カプサイシン（capsaicin）　…辛さと熱さ／カプサイシン
    p.76(1R,2S,5R)-(-)-メントール（menthol；さわやかなハッカのにおい）　…(-)-メントールと(+)-メントール
    p.84トリプトファン（tryptophan）　…アミノ酸 ｜ セロトニン（serotonin） ｜ メラトニン（melatonin）　…抗うつ剤と神経伝達物質
    p.90カフェイン（caffeine）
    p.94タウリン（taurine，アミノエタンスルホン酸）　→ 別トピック
    p.102ヒスタミン（histamine）
    p.106オイゲノール (eugenol) 　…動く香り分子事典
    p.108グルタミン酸（glutamic acid）　…アミノ酸
    p.110スクロース（ショ糖，sucrose） ｜ アスパルテーム（aspartame） ｜ スクラロース（sucralose）　…甘味物質の秘密
    p.124イソフムロン（isohumulone；異性体あり）
    ※他にも参照できる分子がありますのでトップページで検索してみてください。

      

  8. 新しいカルボキシル化酵素の発見　−天然有機化合物の構造多様性を創出する新規生合成経路の解明−（理研，2017/01/17）　※5inf・5ing・5ini（これのみ下掲）

    PDBデータ 5ini（アシルCoAカルボキシラーゼ SamR0483）
    ［Acetyl-CoA carboxylase- Wikipedia，Coenzyme A - Wikipedia］
    		5ini（アシルCoAカルボキシラーゼ SamR0483）　　同PDBsumデータ5ini_HXC$
    コエンザイムA（coenzyme A；CoA）　→ 抗生物質分子データ集
    リベロマイシンA（reveromycin A）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5ini（アシルCoAカルボキシラーゼ SamR0483）とそのPDBsumデータ（リガンドはヘキサノイルCoA）

  9. メチル水銀が血管内皮増殖因子の発現亢進により血液脳関門の障害を来すことを明らかにしました（新潟大学，2017/01/25）　※中和抗体が結合した血管内皮増殖因子（VEGF）構造例1bj1を以下に。

    PDBデータ 1bj1（中和抗体が結合した血管内皮増殖因子〈VEGF〉）
    ［Vascular endothelial growth factor - Wikipedia，Neutralizing antibody - Wikipedia］
    		1bj1（中和抗体が結合したVEGF）　Chain V・W（VEGF）選択
    5t89（VegFを伴ったVegFRの活性型複合体）　Chain V・W（VegF）選択　［VEGFR1 - Wikipedia］
    塩化メチル水銀
    ※参考（有機水銀分解酵素の例）：3f0p（有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2〉MerBの例）　同PDBsumデータ 3f0p_HG（Hg追加）$　→ バイオレメディエーションとファイトレメディエーション
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］中和抗体が結合した血管内皮増殖因子（VEGF）1bj1
    ［右］有機水銀分解酵素（アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2）MerB 3f0pとPDBsumデータ


    VegFを伴ったVegFRの活性型複合体5t89

  10. RCSB PDB 2017/01/25 新規公開データより：5h3o Structure of a eukaryotic cyclic nucleotide-gated channel

    PDBデータ 5h3o（真核生物の環状ヌクレオチド感受性チャネル）
    ［Cyclic nucleotide-gated ion channel - Wikipedia］

    		5h3o（真核生物の環状ヌクレオチド感受性チャネル）　同PDBsumデータ5h3o_PCG$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5h3o（環状ヌクレオチド感受性チャネル）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」