◆ Jmolで見るトピックス分子(21-5) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-1040
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. ジャガイモ毒の例ソラニン(solanine)に関する最近のニュースから

    ジャガイモ毒の例ソラニン(solanine)
    Solanine - Wikipedia
    ソラニン(solanine)
    コレステロール(cholesterol) → ステロイドホルモンの生合成と代謝

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ジャガイモとその毒素例ソラニン(solanine)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. DNAが酵素活性を増強する新機能の発見 ―未知の生命現象の一端を掴んだ! 診断技術開発へも展開―(東京農工大学,2021/06/07) ※2021/06/16公開データ7e5p(下掲)

    アプタメリック・エンザイム・サブユニット(AES;新規DNAアプタマー) 7e5pのModel 1
    Aptamer - Wikipedia
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
    水素結合表示
      
    背景・黒 灰 白 


    アプタメリック・エンザイム・サブユニット(AES;新規DNAアプタマー) 7e5pのModel 1


  3. ロピニロールのメディシナルケミストリー -iPS創薬でALS治療に光明-(Chem-Station,2021/06/25) ※“フェネチルアミン (フェニル-エチル-アミン) ”,“パーキンソン病に対するロピニロールの主な作用機序はドパミンD2アゴニスト作用ですが…”。

    ロピニロール(ropinirole)
    Ropinirole - Wikipedia
    ロピニロール(ropinirole)
    ドパミン/ドーパミン(dopamine)  → 抗うつ剤と神経伝達物質(本サイト)
    ※参考(ドパミンD2受容体構造例): 6cm4(ドパミンD2受容体;リスペリドン〈risperidone〉結合) 8NU(リスペリドン)選択 同PDBsumデータ6cm4_8NU$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞(本サイト) [Dopamine receptor D2 - WikipediaRisperidone - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ロピニロール(ropinirole)


    参考:リスペリドン(risperidone)が結合したドパミンD2受容体構造例 6cm4とそのPDBsumデータ


  4. 生命の源、光合成の足場づくり〜「足場=チラコイド膜」を守り光合成を高めるしくみを明らかに〜(岡山大学,2021/06/24) ※“植物が光合成を行う葉緑体の膜にあるタンパク質分子の集合体「VIPP1」”。2021/06/30公開PDBデータ7o3w・7o3x・7o3y・7o3z(下掲)・7o40

    VIPP1(vesicle-inducing protein in plastids 1)の構造例 7o3zの108量体(Chain A-F×18,α炭素のみ
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    VIPP1(vesicle-inducing protein in plastids 1)の構造例 7o3zの108量体(Chain A-F×18,α炭素のみ


  5. Structural basis of antifolate recognition and transport by PCFT(Nature,2021/05/21) ※邦題『構造生物学:葉酸拮抗剤のPCFTによる認識と輸送の構造基盤』(Nature v595 n7865)。2021/05/12公開PDBデータ7bc6・7bc7(下掲)

    ペメトレキセド(pemetrexed)が結合したプロトン共役葉酸トランスポーター(PCFT)7bc7
    Proton-coupled folate transporter - WikipediaPemetrexed - Wikipedia
    7bc7(ペメトレキセド〈pemetrexed〉)が結合したプロトン共役葉酸トランスポーター) 同PDBsumデータ7bc7_LYA$
    ペメトレキセド(pemetrexed)
    葉酸(folate;ビタミンB9,ビタミンM) [Folate - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ペメトレキセドが結合したプロトン共役葉酸トランスポーター(PCFT)7bc7とそのPDBsumデータ [右]ペメトレキセド(pemetrexed)


  6. 今月の分子 259: 人工設計タンパク質と市民科学(Designed Proteins and Citizen Science)(PDBj,2021/07) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※記事中のディールス・アルドラーゼ(Diels-Alderase)の構造例を以下に

    ディールス・アルドラーゼ(Diels-Alderase)3u0sのChain A
    3u0sのChain A(ディールス・アルドラーゼ〈Diels-Alderase〉) EPE選択 同PDBsumデータ3u0s_EPE$
    7e5vのChain A(ディールス・アルドラーゼ〈Diels-Alderase〉) HZC(阻害剤)選択 同PDBsumデータ7e5v_HZC[401(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ディールス・アルドラーゼ(Diels-Alderase)3u0sのChain AとそのPDBsumデータ


    7e5v(3-アミノメチル-p-メンタン)のChain AとそのPDBsumデータ


  7. 構造生物学:血液脳関門を維持する(Nature ハイライト,2021/07/08) [NEW!] ※“DHAは、リゾホスファチジルコリンとのリン脂質複合体として輸送体MFSD2Aにより血液脳関門を横切って輸送される”。

    輸送体MFSD2A 7mjsのChain X
    MFSD2 - Wikipedia
    7mjsのChain X(輸送体MFSD2A) 同PDBsumデータ7mjs_ZGS$
    ※参考: DHA(ドコサヘキサエン酸,docosahexaenoic acid) → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]輸送体MFSD2A 7mjsのChain XとそのPDBsumデータ [右]DHA(ドコサヘキサエン酸,docosahexaenoic acid)


  8. Discovery of macrocyclic HDACs 1, 2, and 3 selective inhibitors for HIV latency reactivation(Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,2021/07/01) [NEW!] ※2021/07/14公開データ7mos・7mot・7mox・7moy・7moz(下掲)

    ヒストン脱アセチル化酵素2(HDAC2) 7mozのChain A
    Histone deacetylase - WikipediaHistone deacetylase 2 - Wikipedia
    7mozのChain A(ヒストン脱アセチル化酵素2〈HDAC2〉) ZL4選択 同PDBsumデータ7moz_ZL4$PDBsumデータ7mos_ZLV$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    大環状阻害剤が結合したヒストン脱アセチル化酵素2(HDAC2)7mozのChain AとそのPDBsumデータ(7mosとの比較)


  9. GHB analogs confer neuroprotection through specific interaction with the CaMKIIα hub domain(PNAS,2021/08/03) ※2021/07/21公開7rec

    PDBデータ 7recの14量体(Chain A-G×2;Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII〈CaMKII〉)
    Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase II - Wikipedia
    7recの14量体(Chain A-G×2;Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII〈CaMKII〉) 同PDBsumデータ7rec_7ZV[500(G)]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(CaMKII)7recの14量体(Chain A-G×2)


  10. サイエンスZERO「おっぱいの科学 “神秘の液体”の謎に迫る」(NHK,2021/06/30放送) [NEW!] → YouTube動画 ※番組で紹介されたミルクオリゴ糖構造例を以下に

    2'-フコシルラクトース(2'-fucosyllactose;2'FL,2FL)
    Human milk oligosaccharide - Wikipedia2'-Fucosyllactose - Wikipedia
    ※PDB 4ym1のリガンドにWinmostar無償版でH原子付加して作成
    2'-フコシルラクトース(2'-fucosyllactose;2'FL,2FL) | 同データ作成のPDB元データ: 4ym1のChain A(2'-フコシルラクトース〈2'FL,2FL〉が結合したヒトガレクチン-4) 2'-フコシルラクトース選択 同PDBsumデータ4ym1_BGC-GAL-FUC$ → FEBS Journal誌論文(2015/06/16) [Galectin-4 - Wikipedia
    ラクトース(lactose;PDB形式〈6eymより〉) 同(MOL形式) → 甘味物質の秘密

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]2'-フコシルラクトース(2'-fucosyllactose;2'FL,2FL)
    [中・左]同データ作成のPDB元データ 4ym1(2'-フコシルラクトースが結合したヒトガレクチン-4)とそのPDBsumデータ


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