◆ Jmolで見るトピックス分子(21-3) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-1020
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. The Card1 nuclease provides defence during type III CRISPR immunity(Nature,2021/01/18) ※Video 1-4あり;邦題『構造生物学:Card1ヌクレアーゼはIII型CRISPR免疫の際に防御を誘導する』(Nature v590 n7847),2020/12/30公開データ6wxw・6wxx・6wxy・6xl1(下掲)

    PDBデータ 6xl1(Card1ヌクレアーゼ)
    6xl1(Card1ヌクレアーゼ) 同PDBsumデータ6xl1_EPE$ cA4(DNA)と近傍アミノ酸残基〈論文のVideo 2より〉

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    左から: Card1ヌクレアーゼ6xl1,同cA4(DNA)と近傍アミノ酸残基(論文 Video 2より),同PDBsumデータ,Nature論文Video 2中の画像例


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 新車の香りは「発がん性物質」の香り、1日20分嗅ぐだけで発がんリスクが高まる可能性(Chem-Station,2021/02/27) ※“車の製造過程で発生する化学物質であるベンゼンとホルムアルデヒド、フタル酸エステル類(DBPとDEHP)を調査しました。加えて先行研究で車内から検出されたTDCIPPも調査の対象としました”,“特にベンゼンとホルムアルデヒドの曝露に起因する癌のリスクが高い”。

    TDCIPP(リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル);tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate)
    Tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate - Wikipediaリン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル) - 国立環境研究所
    ベンゼン(benzene) → 別トピック
    ホルムアルデヒド(formaldehyde)
    DBP(フタル酸ジブチル;dibutyl phthalate) | DBP結合PDBsumデータ例: 4g5i_DB7(ブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉)$ → 別トピック
    DEHP(di-2-ethylhexyl phthalate;フタル酸ジ-2-エチルヘキシル) → 別トピック
    TDCIPP(リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル);tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左から:ベンゼン(benzene),ホルムアルデヒド(formaldehyde),TDCIPP

      
    [左]DBP(dibutyl phthalate)とDBP結合4g5i(ブタ膵臓のホスホリパーゼA2)のPDBsumデータ [右]DEHP(di-2-ethylhexyl phthalate;フタル酸ジ-2-エチルヘキシル)


  3. 今月の分子 255: シスプラチンとDNA(Cisplatin and DNA)(PDBj,2021/03)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3lpvのChain A・B(シスプラチンが結合したDNA)
    Cisplatin - Wikipedia
    3lpvのChain A・B(シスプラチンが結合したDNA) CPT(シスプラチン)選択 同PDBsumデータ3lpv_CPT$
    ※他のシスプラチン結合DNAのPDBsumデータ例: PDBsmデータ1aio_CPT$ → プラチナPtを含む生体分子のSITE例
    シスプラチン(cisplatin)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]シスプラチンが結合したDNA 3lpvのChain A・BとそのPDBsmデータ [右]シスプラチン(cisplatin)


  4. 構造生物学:明らかになったクエン酸輸送機構(Nature ハイライト,2021/03/04) ※“この輸送体は、貯蔵脂肪の低減を介した肥満や糖尿病、心血管疾患の治療のための薬剤標的として特に関心を集めている”。2021/02/24公開PDBデータ7jsj(下掲)・7jsk。

    PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT 7jsjのChain A
    7jsjのChain A(PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT) 同PDBsumデータ7jsj_X3M(PF2)$PDBsumデータ7jsk_CIT(クエン酸)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色


    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT 7jsjのChain AとそのPDBsmデータ(クエン酸結合の7jskとの比較)


  5. Tetramer formation of Bacillus subtilis YabJ protein that belongs to YjgF/YER057c/UK114 family(Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry,2021/02/03) ※“a mutant YabJ protein that has the Ser103Phe substitution was found to be homotetrameric”,2021/03/03公開PDBデータ7cd2・7cd3・7cd4(下掲)

    YabJタンパク質のS103F変異体 7cd4
    7cd4(YabJタンパク質のS103F変異体) Phe103選択 同PDBsumデータ7cd4_BTB(Bis-Tris buffer)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    YabJタンパク質のS103F変異体 7cd4とそのPDBsmデータ


  6. 構造生物学:隠されたチャネルを持つ輸送体(Nature ハイライト,2021/03/11) ※2021/02/17公開PDBデータ6x01・6wzb・6wyj・6wyk(下掲)・6wyl

    グルタミン酸トランスポーターホモログ 6wyk
    6wyk(グルタミン酸トランスポーターホモログ) リガンド(アスパラギン酸)選択 同PDBsumデータ6wyk_ASP(アスパラギン酸)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アスパラギン酸が結合したグルタミン酸トランスポーターホモログ 6wykとそのPDBsmデータ


  7. Discovery of Atabecestat (JNJ-54861911): A Thiazine-Based β-Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor Advanced to the Phase 2b/3 EARLY Clinical Trial(Journal of Medicinal Chemistry,2021/02/15) ※2021/03/10公開PDBデータ7dcz(下掲)

    阻害剤atabecestatが結合したβ-セクレターゼ1(BACE1) 7dcz
    Beta-secretase 1 - Wikipedia
    7dcz(阻害剤atabecestatが結合したβ-セクレターゼ1〈BACE1〉) 同PDBsumデータ7dcz_H3C$
    7d5u(Xaperone〈グザペロン;商品名〉と阻害剤が結合したβ-セクレターゼ2〈BACE2〉) [Beta-secretase 2 - Wikipedia
    PDBsumデータ7d2v_66F$ PDBsumデータ7d5b_66F$PDBsumデータ7d5a_GX6$ PDBsumデータ7d5u_GX6$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤アタベセスタット(atabecestat)が結合したβ-セクレターゼ1(BACE1) 7dczとそのPDBsmデータ

      
    [左]Xaperone(グザペロン;商品名)と阻害剤が結合したβ-セクレターゼ2(BACE2) 7d5u
    [右]化合物1が結合した7d2v(BACE1)・7d5b(BACE2)と化合物7が結合した7d5a(BACE1)・7d5u(BACE2)のPDBsmデータ比較


  8. Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps(Biochemical Journal,2021/03/04) ※2021/03/17公開PDBデータ7cd0(下掲)・7ccy・7ccz・7ccx

    ヒドロキシメチルビランシンターゼ(ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ) 7cd0のChain B
    Porphobilinogen deaminase - WikipediaHydroxymethylbilane - Wikipedia
    7cd0のChain B(ヒドロキシメチルビランシンターゼ〈ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ〉) 同PDBsumデータ7cd0_7J8(ヒドロキシメチルビラン)$ 同PDBsumデータ7cd0_FWL(2-ヨードポルフォビリノーゲン)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒドロキシメチルビランシンターゼ(ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ) 7cd0のChain BとそのPDBsumデータ


  9. Structural insights into the inhibition of glycine reuptake(Nature,2021/03/27) ※2021/03/17公開PDBデータ6zbv(下掲)・6zpl

    グリシントランスポーター1(GlyT1) 6zbvのChain A
    Glycine transporter - Wikipedia
    6zbvのChain A(阻害剤が結合したグリシントランスポーター1〈GlyT1〉) 同PDBsumデータ6zbv_QET$PDBsumデータ6zpl_QET$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤が結合したグリシントランスポーター1(GlyT1) 6zbvのChain AとそのPDBsumデータ(6zplとの比較;何れもH原子追加)


  10. アトピー性皮膚炎の発症に関わる痒み物質の産生を抑制する化合物を開発 −痒みを根元から絶つ新たな治療の実現に期待−(九州大学,2021/04/15) → 全文PDF ※“DOCK8欠損マウスのヘルパーT細胞におけるIL-31産生を選択的に抑制する化合物として、IPHBAを発見”,“構造活性相関を検討することで、IPHBAより薬効の強い化合物の開発に成功”。

    アトピー治療薬リード化合物候補IPHBA(4-(2-(4-isopropylbenzylidene)hydrazineyl)benzoic acid)
    IPHBA
    ※参考(IL-31構造例):1ijzヒトインターロイキン-13(human interleukin-13;human IL-13) [Interleukin 13 - Wikipedia
    ※参考(他のアトピー薬例と同分子結合PDBデータ例):タクロリムス(tacrolimus) [Tacrolimus - Wikipedia] 1bkf(FK506結合タンパク質) 同PDBsumデータ1bkf_FK5$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]IPHBA(4-(2-(4-isopropylbenzylidene)hydrazineyl)benzoic acid) [右]ヒトインターロイキン-13(human interleukin-13;human IL-13)1ijz

      
    [左]タクロリムス(tacrolimus) [右]FK506(タクロリムス)結合タンパク質例1bkfとそのPDBsumデータ


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