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生命を知り生命に学ぶ生体分子の構成元素


出版:化学同人

色とりどりの揚げ鶏々元素楽章とは - agedoridori ページ!

《 初期表示は次サリチル酸ビスマス p.58

代表的な生体分子 部分選択 → DNA |タンパク質 |リン脂質 |グルコース |ATP ※DNAやATPが含む P についてはp.4ほか
DNA(1d66のChain D・E ※原子別充填表示用加工データ(DNA塩基色表示不可)
タンパク質(アミノ酸20種をα構造で結合した参考データ;上から RKDNEQHPYWSTGAMCFLVI) ※MOLDAで組み立て(詳細
リン脂質であるレシチンの例(ジステアロイルレシチン)
 参考中性脂質のトリグリセリドの例(トリパルミチン)
α-グルコース  → いろいろな甘味分子
ATP


p.2 炭素 C /グラファイト(石墨)/ダイヤモンド:グラファイト(石墨,graphite) | ダイヤモンド(diamond) | グラフェン(graphene) | ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン(C60),カーボンナノチューブの同時表示 → 2014年は世界結晶年!(様々な結晶構造)
p.2 ケイ素 Si左水晶(left-handed quartz) 右水晶(right-handed quartz) → 二酸化ケイ素の結晶構造石英ガラス(fused quartz,シリカガラス;不定形,無機高分子)の構造例
p.4 アデノシン三リン酸:アデノシン三リン酸(adenosine triphosphate,ATP)
p.10 水銀 Hgメチル水銀イオン CH3Hg+(methyl mercury ion) → 水俣病
p.10 ヒ素 Asルイサイト(lewisite) → 毒ガスの例サルバルサン (salvarsan;他に3量体・5量体あり)
p.12 マンガン MnMn4CaO5(“歪んだ椅子”と呼ばれる)を含むタンパク質の“鍵と鍵穴”部分例 PDB 3JCUの“鍵と鍵穴”部分 → 光合成 光化学系IIの部分構造例 ‖ 参考(下掲図のために;Fe-Sクラスター含むタンパク質の“鍵と鍵穴”部分例) PDB 5D8Vの“鍵と鍵穴”部分 → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
p.14 プラチナ Ptシスプラチン(cisplatin) → 話題の制がん剤・抗がん剤 | ※参考(シスプラチンが結合したDNA例): 1ksb → Jmolトピック
p.14 金 Au金(gold,Au)の結晶構造 | 金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 → 2014年は世界結晶年!
p.21・114ほか ウラン U六フッ化ウラン(uranium hexafluoride,UF6
p.38 ハロゲン:
    Br デカブロモジフェニルエーテル(decabromodiphenyl ether,DBDE,BDE-209,PBDEの一種)
    Cl 2,3,7,8-TCDD(ダイオキシン類の例) → 新規POPs有害物質リストダイオキシン類
    F パーフルオロオクタンスルホン酸(perfluorooctanesulfonic acid,PFOS) | パーフルオロオクタン酸(perfluorooctanoic acid,PFOA) → PFAS汚染問題
p.49 ベンゼン:ベンゼン(benzene)
p.49 トルエン:トルエン(toluene)
p.49 フェノール:フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
p.49 ナフタレン/アントラセン:ナフタレン(naphthalene) | アントラセン(anthracene) → モノはなぜ見える
p.49 メタノール/エタノール:メタノール(methanol) |エタノール(ethanol)  → アルコールとフェノール
p.49 メタン:メタン(methane) → 分子の形と性質(1) −メタン,アンモニア,水−
p.50 リモネン:D-リモネン((R)-リモネン,(R)-limonene;オレンジ香味) | L-リモネン((S)-リモネン,(S)-limonene) → 分子の科学(第8章)
"load ../kaori/lim2.mol; set frank off; set spin y 20; set spin x 0; spin on;");
p.50 バニリン:バニリン(vanillin)
p.50 インドール/スカトール:インドール(indole) | スカトール(skatole,3-methyl-1H -indole) → 悪臭の正体
p.51 (-)-メントール:(-)-メントール((-)-menthol;さわやかなハッカのにおい) | (+)-メントール((+)-menthol;不快臭) → (-)-メントールと(+)-メントール
p.51 カプサイシン :カプサイシン(capsaicin) → 辛さと熱さ/カプサイシン
p.51 グルタミン酸 :グルタミン酸(glutamic acid) → タンパク質中の20種類のアミノ酸S-グルタミン酸モノナトリウム(S-monosodium glutamate)
p.51 イノシン酸 :イノシン酸(inosinic acid)
p.52 ニトログリセリン :ニトログリセリン(nitroglycerin)
p.52 TNT :TNT(トリニトロトルエン,trinitrotoluene)
p.53 モルヒネ :モルヒネ(モルフィン,morphine;鎮静作用) → 危険ドラッグ
p.53 MDMA :MDMA(3,4-methylenedioxy-N-methylamphetamine;幻覚作用)
p.53 メスカリン :メスカリン(mescaline;幻覚作用)
p.53 リゼルグ酸ジエチルアミド(LSD) :LSD(リゼルグ酸ジエチルアミド,lysergic acid diethylamide,LSD-25;幻覚作用)
p.54 セロトニン :セロトニン(serotonin) → 抗うつ剤と神経伝達物質
p.54 バソプレシン :バソプレシン(バソプレッシン,vasopressin)
p.54 メラトニン :メラトニン(melatonin)
p.54 カフェイン :カフェイン(caffeine)
p.54 オキシトシン :オキシトシン(oxytocin;データPDB 1NPO中のChainB) | 同(mol形式) → オキシトシン
p.54 ドーパミン :ドーパミン(ドパミン,dopamine)
p.54 グルコース :α-グルコース(α-glucose) → 甘味物質の秘密β-グルコース(β-glucose)
p.54 フルクトース :フルクトース(果糖,fructose;フラノース型) | 同(ピラノース型)
p.54 デンプン :デンプン(アミロース,amylose;グルコース環×2〔マルトース単位〕) | グルコース環×4〔マルトース単位×2〕 | グルコース環×8〔マルトース単位×4〕 → 代表的な高分子
p.54 スクロース :スクロース(ショ糖,sucrose)
p.54 スクラロース :スクラロース(sucralose)
p.54 サッカリン :サッカリン(saccharin)
p.54 ラグドゥネーム :ラグドゥネーム(lugduname;食用には使われない)
p.56 メチルオレンジ:メチルオレンジ(methyl orange) → 染料の種類
p.56 カリックスアレーン:カリックス[4]アレーン(calix[4]arene) → フラーレン
p.56 ポリアクリロニトリル:ポリアクリロニトリル(polyacrylonitrile,PAN) → 代表的な高分子
p.57 サフロール:サフロール(safrole)
p.58 メタンハイドレート:メタンハイドレート(methanehydrate) 水素結合表示 → メタンハイドレート
p.58 次サリチル酸ビスマス:次サリチル酸ビスマス(bismuth subsalicylate)
p.59 キュバン:キュバン(cubane)
p.59 オクタニトロキュバン:オクタニトロキュバン(octanitrocubane)
p.59 ペルフルオロキュバン:ペルフルオロキュバン,perfluorocubane〈オクタフルオロキュバン(octafluorocubane〉)
p.59 マイトトキシン:マイトトキシン(maitotoxin) → Jmolトピック(特別展「毒」公式図録)
p.59 ストリキニーネ:ストリキニーネ(strychnine)
p.64 鉄 Fe鉄(面心立方格子構造) | ※参考: 鉄(体心立方格子) | 黄鉄鉱(pyrite;FeS2) → 分子・結晶・リガンド模型鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
p.70 コバルト CoビタミンB12(シアノコバラミン,cyanocobalamin) → ビタミン窒素から見る生命の世界
p.73 カリウム KカリウムチャネルPDB 1BL8 → 分子モデルで見るノーベル賞 ‖ ※参考データ:同データのアミノ酸配列から得たAlphaFold3構造例(model 0)
p.87 窒素 N窒素分子(nitrogen,N2) → 窒素から見る生命の世界
p.88 ナトリウム Na塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl)の結晶構造 ‖ 光駆動ナトリウムポンプKR2 PDB 6XYTのChain A 同PDBsumデータ[319(A)]$ → Jmolトピック
p.90 酸素 O水(water,H2O) | 氷構造の例(n=4) 氷構造の例(n=28) → メタン,アンモニア,水

★以下は生体分子の構成元素から転載・追記したもので,各データの元素はタンパク質に必須なものと,薬剤等として入り込んだものなどがあります。詳細は,RCSB PDBに接続してPDB IDでオリジナル情報を検索してご参照ください。

●Agを含むPDBデータ例
1aoo(Metallothionein)
2aw0のModel 1


●Alを含むPDBデータ例
1a6eのChain A*〔他にFMg含む〕

●Asを含むPDBデータ例 → ヒ素Asを含む生体分子のSITE例
1hyv → HIVとエイズ
8cffのChain A・B(亜ヒ酸が結合した亜ヒ酸オキシダーゼ)〔他にFeS含む〕 → Jmolトピック

●Auを含むPDBデータ例 → Jmolトピック
1e3uのChain A・C
1hug〔他にZn含む〕

●Brを含むPDBデータ例
1rv1* → 抗がん剤開発

●Caを含むPDBデータ例 → カルシウムCaを含む生体分子のSITE例
1c9uのChain A(PQQを含むタンパク質) Ca選択 → ビタミン
1k93のChain A・D(カルモジュリン,炭疽菌の浮腫因子(EF)) Ca選択
1su4(Calcium Pump)*〔他にNa含む〕 Ca選択

●Cdを含むPDBデータ例
1ca1(ウェルシュ菌α毒素,ガス壊疽)〔他にZn含む〕
1dmd(Metallothionein)のModel 1 → ファイトレメディエーション
1n2zのChain A(Vitamin B12 結合タンパク質)〔他にCl含む〕 → ビタミン
2v4b〔ADAMTS-1,他にMgNaNiZn含む〕

●Coを含むPDBデータ例
1reqのChain A・B(Vitamin B12含む)
7reqのChain A(Vitamin B12含む)

●Csを含むPDBデータ例
1i0j
3e86(NaKチャネル)〔他にNaCa含む〕 ‖ 参考データ(PQSによる4量体): Chain A × 4*

●Cuを含むPDBデータ例 → 銅Cuを含む生体分子のSITE例
1aozのChain A
1c9e〔他にMg含む〕
1spd〔他にZn含む〕
1yewのChain A-C〔他にZn含む〕 His33・137・139(二核銅近傍)選択

●Erを含むPDBデータ例
3cm6(CRN-4,アポトーシス)〔他にZn含む〕

●Feを含むPDBデータ例 → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
1hho(human oxyhaemoglobin)のChain A → ヘモグロビン
1o7m(Naphthalene Dioxygenase)のChain A*
1f26 → P450部分データ集
1ezvのChain C(CoQ6 結合タンパク質) → ビタミン
1isaのChain A* → 抗がん剤開発
4hhb(human deoxyhaemoglobin)のChain A

●Gdを含むPDBデータ例
1isr(うま味受容体) グルタミン酸(Ligand)選択

●Hfを含むPDBデータ例
1o7t(鉄結合タンパク質)のChain A・D・G

●Hgを含むPDBデータ例 → 水銀Hgを含む生体分子のSITE例
1cwt(Methyl Mercury含む)〔他にCl含む〕 → 水俣病
1g6h〔他にMg含む〕 → 抗がん剤開発
1u19(ウシロドプシン)〔他にZn含む〕
2hkk(炭酸脱水酵素,アドレナリン/エピネフリン)〔他にZn含む〕
2i7b(B型血液型,糖転移酵素)
2o9e(アクアポリンZ)

●Hoを含むPDBデータ例
2olc(5-Methylthioribose kinase)のChain A

●Iを含むPDBデータ例
1xzx(3,5,3'-トリヨードチロニン(甲状腺ホルモン,T3)と受容体)〔他にAs含む〕
1y0x(チロキシン(甲状腺ホルモン,T4)と受容体)〔他にAs含む〕 → 甲状腺ホルモンと受容体

●Irを含むPDBデータ例
3d0u*(RNA,リボスイッチ,ヘキサアンミンイリジウム(III)塩)

●Kを含むPDBデータ例
1bl8(イオンチャネルタンパク質の例)
1w22のChain A*〔他にZn含む〕 → 抗がん剤開発
2hjf* ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A・B・C × 4 | Chain C × 4

●Krを含むPDBデータ例
5fst(リゾチーム)〔他にCl
Na含む〕 → Jmolトピック

●Liを含むPDBデータ例 → リチウムLiを含む生体分子のSITE例
3c31(グルタミン酸レセプター)〔他にCl含む〕

●Luを含むPDBデータ例
2qmi(ペニシリン結合タンパク質ホモログ,パイロコッカス・アビシ)

●Mgを含むPDBデータ例 → 窒素から見る生命の世界
1qs4のChain A〔他にCl含む〕 → HIVとエイズ
821p → 抗がん剤開発

●Mnを含むPDBデータ例
1a5v* → HIVとエイズ
1o6k → 抗がん剤開発
2adp(SOD)〔他にK含む〕

●Moを含むPDBデータ例 → モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
1fiq(キサンチンオキシダーゼ)〔他にFe含む〕
1g20(ニトロゲナーゼ)のChain A・B・E・F〔他にFeCa含む〕
1ogp(亜硫酸オキシダーゼ)のChain A・B〔他にCs含む〕
1v97(キサンチンデヒドロゲナーゼ)のChain A〔他にFeCa含む〕

●Niを含むPDBデータ例 → 窒素から見る生命の世界
1e9z(ウレアーゼ)*
2frvのChain S・L*(ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ)〔他にFeMg含む〕
3b52(一酸化炭素脱水素酵素)〔他にFe含む〕

●Osを含むPDBデータ例
2ckyのChain A(RNA,リボスイッチ,チアミン二リン酸(TPP))〔他にMg含む〕

●Pbを含むPDBデータ例
1b6g〔他にCl含む〕 CSB(Pb含む)選択
1v0d*〔他にMgZn含む〕

●Pdを含むPDBデータ例
2z5r*(フェリチン)〔他にCd含む〕 ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A × 24
3c6sのChain A・B

●Prを含むPDBデータ例
2if5

●Ptを含むPDBデータ例 → プラチナPtを含む生体分子のSITE例
1au6
211d*
2dqa(日本種アサリのリゾチーム)
2k0t(オキサリプラチン,DNA)

●Rbを含むPDBデータ例
2dwe*〔2dwdではTl含む〕 ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A・B・C × 4 | Chain C × 4
3b8eのChain A・B・G(Na-Kポンプ)〔他にFMg含む〕

●Reを含むPDBデータ例
2i7o*〔他にCu含む〕

●Ruを含むPDBデータ例
2hto*
2iwiのChain A

●Seを含むPDBデータ例
1gp1(グルタチオンペルオキシダーゼ)のChain A SEC(Se含む)選択
3adb(tRNASec・PSTK複合体) selenocysteine(Se含む)選択

●Siを含むPDBデータ例
1nd0のChain A・B・C・D

●Smを含むPDBデータ例
2o5w*

●Srを含むPDBデータ例
2box〔他にCl含む〕

●Tbを含むPDBデータ例 → Jmolトピック
6frmのChain A

●Teを含むPDBデータ例
1el7のChain A(サルコシン酸化酵素)〔他にCl含む;Arg154,Ser179,Asn250,Lys381,LigandのMTDは座標2種のうちAのみ〕

●Tlを含むPDBデータ例
2dwd*〔2dweではRb含む〕

●Uを含むPDBデータ例
1b5i
3dgc〔他にCl含む〕

●Vを含むPDBデータ例
1qi9(Bromoperoxidase)*〔他に I 含む〕
1vnc(Chloroperoxidase)*

●Wを含むPDBデータ例 → モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
2ogx(窒素固定菌のMo貯蔵タンパク質)〔他にMg含む〕

●Xeを含むPDBデータ例
2b2j*(AMT1型アンモニウム輸送体) ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A × 3

●Yを含むPDBデータ例
3h1w(マンノース-6-リン酸イソメラーゼ)〔他にZn含む〕

●Ybを含むPDBデータ例
1nch
3fts(ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ,リスベラトロール)〔他にZn含む〕

●Znを含むPDBデータ例
1hl4(Superoxide Dismutase)のChain A*
1hcqのChain A・B・C・D(Zinc Finger含む) → Zinc Finger例
1l3eのModel 1 → 抗がん剤開発
1q5wのModel 1(Zinc Finger含む)
1trz*(インスリン)〔他にClNa含む〕 | Chain A・B

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
  
背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P


Jmol colors
原子・分子とビッグヒストリー

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