◆ 生体分子の構成元素(Jmol版) ◆
英語版Chime版生体分子のかたちの不思議(Chime版)
生命を知り生命に学ぶ金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
Jmolコンテンツリスト

《 初期表示は代表的な生体分子群 》

代表的な生体分子 部分選択 → DNA |タンパク質 |リン脂質 |グルコース |ATP  ※トピック:CHNOAsS型生物発見!
DNA(1d66のChain D・E ※原子別充填表示用加工データ(DNA塩基色表示不可)
タンパク質(アミノ酸20種をα構造で結合した参考データ;上から RKDNEQHPYWSTGAMCFLVI) ※MOLDAで組み立て(詳細
リン脂質であるレシチンの例(ジステアロイルレシチン)
 参考中性脂質のトリグリセリドの例(トリパルミチン)
α-グルコース 参考(いろいろな甘味分子)
ATP


★以下のデータの元素は,タンパク質に必須なものと,薬剤等として入り込んだものなどがあります。詳細は,RCSB PDBに接続してPDB IDでオリジナル情報を検索してご参照ください。

●Agを含むPDBデータ例
1aoo(Metallothionein)
2aw0のModel 1


●Alを含むPDBデータ例
1a6eのChain A*〔他にFMg含む〕

●Asを含むPDBデータ例
1hyv〔他にCl含む〕 HIVとエイズ

●Auを含むPDBデータ例 → Jmolトピック
1e3uのChain A・C
1hug〔他にZn含む〕

●Brを含むPDBデータ例
1rv1* 抗がん剤開発

●Caを含むPDBデータ例
1c9uのChain A(PQQを含むタンパク質) Ca選択 ビタミン(Chime版)
1k93のChain A・D(カルモジュリン,炭疽菌の浮腫因子(EF)) Ca選択 Calmodulin(RCSB)
1su4(Calcium Pump)*〔他にNa含む〕 Ca選択 The Calcium Pump(RCSB)

●Cdを含むPDBデータ例
1ca1(ウェルシュ菌α毒素,ガス壊疽)〔他にZn含む〕
1dmd(Metallothionein)のModel 1 ファイトレメディエーション(Chime版)
1n2zのChain A(Vitamin B12 結合タンパク質)〔他にCl含む〕 ビタミン(Chime版)
2v4b〔ADAMTS-1,他にMgNaNiZn含む〕

●Coを含むPDBデータ例
1reqのChain A・B(Vitamin B12含む)
7reqのChain A(Vitamin B12含む)

●Csを含むPDBデータ例
1i0j
3e86(NaKチャネル)〔他にNaCa含む〕 ‖ 参考データ(PQSによる4量体): Chain A × 4*

●Cuを含むPDBデータ例
1aozのChain A
1c9e〔他にMg含む〕
1spd〔他にZn含む〕
1yewのChain A-C〔他にZn含む〕 His33・137・139(二核銅近傍)選択

●Erを含むPDBデータ例
3cm6(CRN-4,アポトーシス)〔他にZn含む〕

●Feを含むPDBデータ例 ヘモグロビンの部分構造例(Chime版)
1hho(human oxyhaemoglobin)のChain A
1o7m(Naphthalene Dioxygenase)のChain A*
1f26 P450部分データ集
1ezvのChain C(CoQ6 結合タンパク質) ビタミン(Chime版)
1isaのChain A* 抗がん剤開発
4hhb(human deoxyhaemoglobin)のChain A

●Gdを含むPDBデータ例
1isr(うま味受容体) グルタミン酸(Ligand)選択

●Hfを含むPDBデータ例
1o7t(鉄結合タンパク質)のChain A・D・G

●Hgを含むPDBデータ例
1cwt(Methyl Mercury含む)〔他にCl含む〕 水俣病の化学(Chime版)
1g6h〔他にMg含む〕 抗がん剤開発
1u19(ウシロドプシン)〔他にZn含む〕
2hkk(炭酸脱水酵素,アドレナリン/エピネフリン)〔他にZn含む〕
2i7b(B型血液型,糖転移酵素)
2o9e(アクアポリンZ)

●Hoを含むPDBデータ例
2olc(5-Methylthioribose kinase)のChain A

●Iを含むPDBデータ例
1xzx(3,5,3'-トリヨードチロニン(甲状腺ホルモン,T3)と受容体)〔他にAs含む〕
1y0x(チロキシン(甲状腺ホルモン,T4)と受容体)〔他にAs含む〕 甲状腺ホルモンと受容体

●Irを含むPDBデータ例
3d0u*(RNA,リボスイッチ,ヘキサアンミンイリジウム(III)塩)

●Kを含むPDBデータ例
1bl8(イオンチャネルタンパク質の例) 2003年ノーベル化学賞(Chime版)
1w22のChain A*〔他にZn含む〕 抗がん剤開発
2hjf* ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A・B・C × 4 | Chain C × 4

●Krを含むPDBデータ例
5fst(リゾチーム)〔他にClNa含む〕 → Jmolトピック

●Liを含むPDBデータ例
3c31(グルタミン酸レセプター)〔他にCl含む〕

●Luを含むPDBデータ例
2qmi(ペニシリン結合タンパク質ホモログ,パイロコッカス・アビシ)

●Mgを含むPDBデータ例
1qs4のChain A〔他にCl含む〕 HIVとエイズ
821p 抗がん剤開発

●Mnを含むPDBデータ例
1a5v* HIVとエイズ
1o6k 抗がん剤開発
2adp(SOD)〔他にK含む〕

●Moを含むPDBデータ例
1fiq(キサンチンオキシダーゼ)〔他にFe含む〕
1g20(ニトロゲナーゼ)のChain A・B・E・F〔他にFeCa含む〕
1ogp(亜硫酸オキシダーゼ)のChain A・B〔他にCs含む〕
1v97(キサンチンデヒドロゲナーゼ)のChain A〔他にFeCa含む〕

●Niを含むPDBデータ例
1e9z(ウレアーゼ)*
2frvのChain S・L*(ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ)〔他にFeMg含む〕
3b52(一酸化炭素脱水素酵素)〔他にFe含む〕

●Osを含むPDBデータ例
2ckyのChain A(RNA,リボスイッチ,チアミン二リン酸(TPP))〔他にMg含む〕

●Pbを含むPDBデータ例
1b6g〔他にCl含む〕 CSB(Pb含む)選択
1v0d*〔他にMgZn含む〕

●Pdを含むPDBデータ例
2z5r*(フェリチン)〔他にCd含む〕 ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A × 24
3c6sのChain A・B

●Prを含むPDBデータ例
2if5

●Ptを含むPDBデータ例
1au6
211d*
2dqa(日本種アサリのリゾチーム)
2k0t(オキサリプラチン,DNA)

●Rbを含むPDBデータ例
2dwe*〔2dwdではTl含む〕 ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A・B・C × 4 | Chain C × 4
3b8eのChain A・B・G(Na-Kポンプ)〔他にFMg含む〕

●Reを含むPDBデータ例
2i7o*〔他にCu含む〕

●Ruを含むPDBデータ例
2hto*
2iwiのChain A

●Seを含むPDBデータ例
1gp1(グルタチオンペルオキシダーゼ)のChain A SEC(Se含む)選択
3adb(tRNASec・PSTK複合体) selenocysteine(Se含む)選択

●Siを含むPDBデータ例
1nd0のChain A・B・C・D

●Smを含むPDBデータ例
2o5w*

●Srを含むPDBデータ例
2box〔他にCl含む〕

●Teを含むPDBデータ例
1el7のChain A(サルコシン酸化酵素)〔他にCl含む;Arg154,Ser179,Asn250,Lys381,LigandのMTDは座標2種のうちAのみ〕

●Tlを含むPDBデータ例
2dwd*〔2dweではRb含む〕

●Uを含むPDBデータ例
1b5i
3dgc〔他にCl含む〕

●Vを含むPDBデータ例
1qi9(Bromoperoxidase)*〔他に I 含む〕
1vnc(Chloroperoxidase)*

●Wを含むPDBデータ例 → タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
2ogx(窒素固定菌のMo貯蔵タンパク質)〔他にMg含む〕

●Xeを含むPDBデータ例
2b2j*(AMT1型アンモニウム輸送体) ‖ 参考データ(PQSによる複合体構造): Chain A × 3

●Yを含むPDBデータ例
3h1w(マンノース-6-リン酸イソメラーゼ)〔他にZn含む〕

●Ybを含むPDBデータ例
1nch
3fts(ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ,リスベラトロール)〔他にZn含む〕

●Znを含むPDBデータ例
1hl4(Superoxide Dismutase)のChain A*
1hcqのChain A・B・C・D(Zinc Finger含む)
1l3eのModel 1 抗がん剤開発
1q5wのModel 1(Zinc Finger含む) ユビキチン(Chime版)
1trz*(インスリン)〔他にClNa含む〕 | Chain A・B Insulin(RCSB)

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P


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