Structural Elements of Biomolecules

Typical Biomolecules  Select -> DNA  | Protein  | Phospholipid  | Glucose  | ATP
DNA (1d66 Chain D, E)
Protein (Sequence; RKDNEQHPYWSTGAMCFLVI, alpha-helix)
Distearoyllecithin (Phospholipid) 
  Tripalmitin (neutral lipid, triglyceride) 
α-Glucose
ATP

Ag
1aoo (Metallothionein) 
2aw0 (Model 1)

Al
1a6e (Chain A)* [with F, Mg] 
As
1hyv [with Cl]
Au
1hug [with Zn] 
Br
1rv1*
Ca
1su4 (Calcium Pump) * [with Na]   Select Ca -> The Calcium Pump (RCSB) 
1c9u (Chain A) [with PQQ]   Select Ca
Cd
1dmd (Metallothionein)  (Model 1)
1n2z (Chain A) [with Vitamin B12 and Cl]
Co
1req (Chain A, B) [Vitamin B12] 
7req (Chain A) [Vitamin B12] 
Cs
1i0j
Cu
1aoz (Chain A)
1c9e [with Mg] 
Fe
1hho (human oxyhaemoglobin)  (Chain A)
4hhb (human deoxyhaemoglobin)  (Chain A)
1o7m (Naphthalene Dioxygenase)  (Chain A)*
1f26 -> P450
1ezv (Chain C) [CoQ6]
1isa (Chain A)*
Hg
1cwt [with Methyl Mercury and Cl]
1g6h [with Mg]
I
1xzx (3,5,3'-triiodothyronine , T3 & Receptor)  [with As] 
1y0x (thyroxine, T4 & Receptor)  [with As]
K
1bl8 (Ion Channel Protein)
1w22 (Chain A)* [with Zn]
Mg
821p
1qs4 (Chain A) [with Cl]
Mn
1a5v*
1o6k
1a5v*
Mo
1g20 (Nitrogenase)  (Chain A, B, E, F) [with Fe, Ca] 
Ni
1e9z (Urease) *
Pb
1b6g [with Cl]   Select CSB (with Pb)
Pt
1au6
211d*
Rb
2dwe*
Se
1gp1 (Glutathione peroxidase)  (Chain A)  Selct SEC (with Se) 
Si
1nd0 (Chain A, B, C, D)
Tl
2dwd*
V
1qi9 (Bromoperoxidase) * [with I ] 
1vnc (Chloroperoxidase) *
Zn
1hl4 (Superoxide Dismutase)  (Chain A)*
1hcq (Chain A, B, C, D) [Zinc Finger] 
1q5w (Model 1) [Zinc Finger]
1l3e (Model 1)

Backbone  Secondary Structure | DNA/RNA (ATGCU) 
Select All  Select Protein  Select DNA/RNA   Select Backbone of DNA/RNA  Select Ligands   (*) 
 Spacefill  Ball & Stick (20%)   (30%)   Sticks  Wireframe  |     
N Spacefill  O Spacefill  P Spacefill  S Spacefill
'Amino' colors  CPK colors | Jmol colors  Rasmol colors | Dark Red  Dark Blue
Acidic/Neutral/Basic  Polar/Hydrophobic  Hydropathy Index  I/O  pI  Conformational Preferences (α-helix, β-strand) #
 Hydrogen Bonds   S-S Bonds  
Background Black  Gray  White  Dark Blue
  • 'Amino' colors
      ASP  GLU  CYS  MET  LYS  ARG  SER  THR  PHE  TYR  ASN  GLN  GLY  LEU  VAL  ILE  ALA  TRP  HIS  PRO

    -- See Amino Acid Properties --
  • Acidic, Neutral [Aromatic], Basic
      ASP  GLU  GLY  ALA  VAL  LEU  ILE  CYS  SER  THR  ASN  GLN  PRO  MET  PHE  TYR  TRP  LYS  ARG  HIS
  • Polar [Acidic, Basic], Nonpolar (Hydrophobic) 
      SER  THR  TYR  CYS  ASN  GLN  ASP  GLU  LYS  ARG  HIS  GLY  ALA  VAL  LEU  ILE  PHE  PRO  MET  TRP
  • Hydropathy Index
      ARG  LYS  ASN  ASP  GLN  GLU  HIS  PRO  TYR  TRP  SER  THR  GLY  ALA  MET  CYS  PHE  LEU  VAL  ILE
  • I/O
      ASN  SER  ASP  GLN  GLU  THR  ARG  HIS  GLY  LYS  TYR  TRP  CYS  MET  PRO  PHE  ALA  VAL  LEU  ILE
  • pI
      ASP  GLU  CYS  ASN  PHE  GLN  TYR  SER  MET  TRP  VAL  GLY  LEU  ALA  ILE  THR  PRO  HIS  LYS  ARG

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