◆ Jmolで見るトピックス分子(17-5) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. エボラウイルスのコア構造を解明(沖縄科学技術大学院大学,2018/10/18) ※2018/10/24公開データ5z9w

    PDBデータ 5z9w(エボラウイルスの核タンパク質-RNA複合体)
    Ebola virus - Wikipedia
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    エボラウイルスの核タンパク質-RNA複合体5z9w


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2018/10/31 新規公開データより:6frm Crystal Structure of coenzyme F420H2 oxidase (FprA) co-crystallized with 10 mM Tb-Xo4 ※6frq・6fro・6frn・6f2m・6f2j・6f2i・6f2h・6f2fを過去に公開

    PDBデータ 6frmのChain A(Tb-Xo4と共結晶化したコエンザイムF420H2オキシダーゼ)
    Terbium - Wikipedia
    6frmのChain A(Tb-Xo4と共結晶化したコエンザイムF420H2オキシダーゼ) 同PDBsumデータ6frm_7MT$ 同PDBsumデータ6frm_TB[503(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Tb選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    Tb-Xo4と共結晶化したコエンザイムF420H2オキシダーゼ(FprA)6frmとそのPDBsumデータ(Tb-Xo4およびTb(III)イオンの例)


  3. 今月の分子 227: テロメラーゼ(Telomerase)(PDBj,2018/11)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 6d6v(テロメラーゼ)
    Telomerase - Wikipedia
    6d6v(テロメラーゼ)
    ※参考(“グアニン四重鎖”の例): 1kf1(ヒトテロメアDNA)

    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    鋳型RNA(TER)とテロメアDNAを含むテロメラーゼの構造例 6d6v


  4. RCSB PDB 2018/11/07 新規公開データより:6dg8 Full-length 5-HT3A receptor in a serotonin-bound conformation- State 2 ※他に6dg7(State 1)公開 | 6hin Mouse serotonin 5-HT3 receptor, serotonin-bound, F conformation ※他に6hio・6hiq・6his公開

    PDBデータ 6dg8(セロトニンが結合した5-HT3A受容体)
    5-HT3 receptor - Wikipedia
    6dg8(セロトニンが結合した5-HT3A受容体) SRO(セロトニン)選択 同PDBsumデータ6dg8_SRO[501(A)]$PDBsumデータ6dg7_SRO[508(A)]$
    6hin(セロトニンが結合した5-HT3A受容体) 同PDBsumデータ6hin_SRO[506(A)]$PDBsumデータ6hio_SRO[506(A)]$ PDBsumデータ6hiq_SRO[506(A)]$ PDBsumデータ6his_TKT[508(A)](これのみトロピセトロン結合)$
    セロトニン(serotonin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    セロトニンが結合した5-HT3A受容体 6dg86hin


    2つの研究グループによる5-HT3A受容体のPDBsumデータ;左から5データはセロトニン(「亀-C-C-N」構造を有する)結合,右端はトロピセトロン(tropisetron)結合


  5. RCSB PDB 2018/11/07 新規公開データより:6gly [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299A ※他に6glz〜6gm8公開

    PDBデータ 6glyのChain A([FeFe]-ヒドロゲナーゼCpI)
    Hydrogenase - Wikipedia
    6glyのChain A([FeFe]-ヒドロゲナーゼCpI) 同PDBsumデータ6gly_402$ 402選択PDBsumデータ6gm1_402$ 402選択PDBsumデータ6gm2_402$ 402選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左][FeFe]-ヒドロゲナーゼCpI 6glyのChain A [右]6gly6gm16gm2中のC7H5Fe2N3O3S2クラスターのPDBsumデータ(Fe4S4クラスターが近接)


  6. 新刊紹介: 大阪大学蛋白質研究所 編,「どうして心臓は動き続けるの? 生命をささえるタンパク質のなぞにせまる」,化学同人(2018)

    初期表示はヘモグロビン(PDBデータ2hhb
    括弧内で太字のPDB IDは上掲書と同じもの,他は異なるPDBデータか関連データ
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 
    表紙・カバー PD-1−PD-L1複合体(4zqk):4zqk → 別トピック
    目次(PDB IDについて)・p.22〈1962年ノーベル化学賞〉ほか ミオグロビン(1mbn):1mbn
    p.6 タンパク質を構成するアミノ酸20種:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式) |  → アミノ酸
    p.8 セントラルドグマ/コドン: → コドンと遺伝暗号表
    p.10ほか ヒトのミオグロビン(3rgk):3rgk → 別トピック
    p.10・22〈1962年ノーベル化学賞〉・48ほか ヒトのヘモグロビンα鎖(2hhb):2hhbのChain A | 同4量体(デオキシヘモグロビン;α鎖×2+β鎖×2) → ヘモグロビン
    p.10 ヒトのチロシンキナーゼ HCK(3vry):3vry
    p.16 メチルマロニルCoAムターゼ(1req):1reqのChain A・B → 生体分子の構成元素
    p.17 ノイラミニダーゼとリレンザ(ザナミビル)の複合体(1a4g):1a4gのChain A → 新型インフルエンザ情報
    p.18 シトクロム酸化酵素(1occ):1occのChain Aのみ → 膜貫通タンパク質データ集
    p.18・81ほか カプサイシン受容体/TRPV1(3j9j):3j9jカプサイシン(capsaicin) → 別トピック
    p.18 シトクロムP450(1noo):1noo → P450部分データ集
    p.22 カリウムチャネル〈2003年ノーベル化学賞〉1k4c):1k4c → 生体分子は対称形がお好き?
    p.22〈同2004年〉 ユビキチン(1ubq):1ubq → 分子モデルで見るノーベル賞
    p.22〈同2008年〉 緑色蛍光タンパク質(GFP)(1ema):1ema → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP
    p.22〈同2012年〉 β2アドレナリン受容体(2rh1):2rh1 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    p.22〈同2017年〉 バクテリオロドプシン(1brd):1brdのChain Aのみ→ 膜貫通タンパク質データ集
    p.22〈同2018年〉 PD-1−PD-L1複合体(3bik):3bik → 別トピック
    p.26 呼吸鎖複合体I(4hea):4heaのChain 1-H → 別トピック
    p.31 光化学系II(5tis):5tis → 光合成 光化学系IIの部分構造例
    p.31 光化学系I(3pcq):3pcqの36量体(Chain A-F・I-M・X×3) → 光合成に関係する生体分子のSITE例
    p.31 ATP合成酵素(1e79):1e79(F1部分;ウシミトコンドリア由来) → 窒素から見る生命の世界
    p.33 山中4因子: → Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から
    p.38 CRISPR/Cas9(5f9r):5f9r(sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9) → CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集を考える
    p.44 トリプシン(2tio):2tio
    p.44 キモトリプシン(6cha):6chaのChain A
    p.31 ヘム基:ヘム(クロロフィルa,ビタミンB12〈シアノコバラミン〉,F430との同時表示) → 窒素から見る生命の世界
    p.48 オキシヘモグロビン(1hho):1hho → ヘモグロビン
    p.51 コラーゲン(1bkv):1bkv → コラーゲンの例
    p.54ほか ミオシン(4p7h):4p7hのChain A(β-心臓ミオシンのモータードメイン;GFPとのキメラタンパク質) → 別トピック
    p.54ほか アクチン(3m6g):3m6g(アクチン;lobophorolide 含む)
    p.62  F1-ATP合成酵素〈1997年ノーベル化学賞〉(1e79):1e79 → ミトコンドリア関連生体分子のSITE例
    p.62  リボソーム〈同2009年〉1ffk):1ffkのChain A・B → 2009年10大分子
    p.64 カフェイン:カフェイン(caffeine)
    p.64 ニコチン:ニコチン(nicotine) → ネオニコチノイド系農薬問題
    p.64 アルコール:エタノール(ethanol) → アルコールとフェノール
    p.64 メタンフェタミン:メタンフェタミン(methamphetamine) → 危険ドラッグ「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
    p.64 コカイン:コカイン(cocaine) → 危険ドラッグ
    p.64 モルヒネ:モルヒネ/モルフィン(morphine) → 危険ドラッグ
    p.69 ロドプシン(1f88):1f88のChain A → モノはなぜ見えるGPCR
    p.69 活性型ロドプシン(3pqr):3pqr → モノはなぜ見えるGPCR生体分子模型Kawakami Model
    p.77 テストステロン:テストステロン(testosterone) → 性ホルモン
    p.77 エストロゲン:エストロン(estrone) | 17β-エストラジオール(17β-estradiol) → 性ホルモン
    p.84 ボルト(2zuo):2zuoのChain A-M(ボルトの部分構造)
    p.88 アルツハイマー病/アミロイドβ(2mxu):2mxuのModel 1(42残基のアミロイドβ線維;残基番号11-42) → アルツハイマー病治療薬
    p.90ほか ヘマグルチニン(2ibx):2ibx(H5インフルエンザウイルスのヘマグルチニン) → 新型インフルエンザ情報
    p.90ほか ノイラミニダーゼ(3cl0):3cl0(GS4071〈オセルタミビルが変化〉が結合したN1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ) → 新型インフルエンザ情報GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
    p.94ほか テロメア(1kf1):1kf1(ヒトのテロメアDNAの例;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG) → DNAのG-四重らせん構造の例
    p.94ほか テロメラーゼ(2r4g):2r4g2r4g(Tetrahymena thermophilaのテロメラーゼのRNA結合ドメイン) → 分子モデルで見るノーベル賞
    p.98 アスピリン:アスピリン(aspirin;アセチルサリチル酸) → 人類の遺産─アスピリンとペニシリン
    p.101 オプジーボ(5ggr):5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1) → 別トピック
    p.110 ダイニン(3vkh):3vkhのChain A・C(キイロタマホコリカビのダイニン) → 別トピック
    p.110 コネキシン(2zw3):2zw3(ヒト由来ギャップ結合チャネル)
    p.110 sorLA(3wsz):3wsz(アミロイドβペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン) → 別トピック
      (今後も適宜追加します)

        
    [左]PD-1−PD-L1複合体4zqk表紙・カバー) [中]20種類のアミノ酸p.6) [右]デオキシヘモグロビン2hhb(4量体)の3Dプリンタによる分子模型(p.10・22・48ほか

        
    [左]GFP 1emap.22) [中]PD-1−PD-L1複合体3bikp.22) [右]呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-H(p.26

        
    [左]F1-ATP合成酵素1e79p.62) [中]活性型ロドプシン3pqrp.69) [右]インフルエンザウイルスのヘマグルチニン2ibxp.90

      
    [左]ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1 5ggrp.101) [右]Aβペプチドが結合したsorLA3wsz(緑球表示がAβペプチドで青色は糖鎖 NAG;p.110


  7. 今月の分子 228: 酵素の指向性進化(Directed Evolution of Enzymes)(PDBj,2018/12)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5ucwのChain A(進化型シトクロムP411酵素)
    Directed evolution - Wikipedia
    5ucwのChain A(進化型シトクロムP411酵素;A82L A78V F263L) アミノ酸残基82・78・263選択
    ※フランシス・アーノルド(Frances H. Arnold)らによる他の酵素例: 6cuzのChain A・B(TrpBからの人工合成によるPfTrpB7E6;(2S,3R)-ethylserineが結合) 同PDBsumデータ6cuz_FEV$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    進化型シトクロムP411酵素5ucwのChain A


  8. RCSB PDB 2018/12/05 新規公開データより:6cqv Crystal Structure of Recombinant Human Acetylcholinesterase in Complex with VX(+) and HI-6 ※他に6cqu・6cqw(下掲)・6cqx・6cqy・6cqz公開

    PDBデータ 6cqvのChain A(VX(+)とHI-6が結合したアセチルコリンエステラーゼ)
    Acetylcholinesterase - WikipediaVX (nerve agent) - Wikipedia
    6cqvのChain A(VX(+)とHI-6が結合したアセチルコリンエステラーゼ) | 6cqwのChain A(VX(-)とHI-6が結合したアセチルコリンエステラーゼ) VX(代謝物)選択
    VX

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    VX(+)とHI-6が結合したアセチルコリンエステラーゼ6cqvおよび同VX(-)結合の6cqw(何れもChain A)


  9. 貧血予防に新たな指針 〜 ビタミンCが鉄分の吸収を促進するメカニズムを原子レベルで解明 〜(SPring-8,2018/08/20) ※2018/10/31公開データ5zlgを下掲(他に5zle)


    ビタミンCとビタミンA

    ※ビタミンA関連のレチナールを含むタンパク質としてロドプシン - GPCR参照

    PDBデータ 5zlg(L-アスコルビン酸〈ビタミンC〉が結合したシトクロムb;鉄還元酵素Dcytb
    Cytochrome b - WikipediaDuodenal cytochrome B - Wikipedia
    5zlg(L-アスコルビン酸〈ビタミンC〉が結合したシトクロムb;鉄還元酵素Dcytb) ASC(アスコルビン酸)選択 同PDBsumデータ5zlg_ASC[404(A)]$
    L-アスコルビン酸(ビタミンC)
    ※他のアスコルビン酸結合タンパク質のPDBsumデータ例:PDBsumデータ1e71_ASC(辛味発生酵素ミロシナーゼ)$ → PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    L-アスコルビン酸(ビタミンC)が結合した鉄還元酵素Dcytb5zlgとそのPDBsumデータ


  10. RCSB PDB 2018/12/12 新規公開データより:6a22 Ternary complex of Human ROR gamma Ligand Binding Domain With Compound T

    PDBデータ 6a22のChain A・B(核内受容体コリプレッサー2が結合した核内受容体RORγ)
    RAR-related orphan receptor gamma - Wikipedia
    6cqvのChain A・B(核内受容体コリプレッサー2が結合した核内受容体RORγ) Chain B(核内受容体コリプレッサー2)選択 同PDBsumデータ6a22_9P6$
    VX

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    核内受容体コリプレッサー2が結合した核内受容体RORγ6a22のChain A・BとそのPDBsumデータ


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