◆ 生体分子は対称形がお好き? ◆
= PQS,RCSB PDBによるタンパク質複合体構造(Jmol版) =
科学とアート(アニメ画像多数)

PQS(Protein Quaternary Structure)による複合体構造例
※PQS作成データから座標値以外を除いて作成(一部は水分子も削除)。
※ファイルサイズが大きく,読み込みに時間がかかるデータもあります。
PQS QUICKはPDBの新データにも対応しています。
《 初期表示は1ekrの六量体 》

    ★2009/08以降,PQSに代わってRCSB PDBで多量体データが入手できるようになりました。そちらを利用したものはPDB IDの直後の括弧内に“n量体”(nは数字)と明記しています(PDB公開データ以下に掲載)。
●二量体
116d*RCSB PDB〉 〔A-DNA,DNAとRNAのいろいろな姿
1a59RCSB PDB〉 〔クエン酸シンターゼ,Molecule of the Month
1l3w*RCSB PDB〉 〔C-カドヘリン,Molecule of the Month
2got*RCSB PDB〉 〔バルジ塩基(不対塩基)を含むDNA〕
2hzpRCSB PDB〉 〔キヌレニン分解酵素〕
2weqRCSB PDB今月の分子〉 〔Hsp90,ゲルダナマイシン(Hsp90阻害剤)〕
●三量体
1iwg*RCSB PDB〉 〔多剤排出タンパク質AcrB,JST資料
1mg1*RCSB PDB〉 〔HTLV-1エンベロープのgp21〕
1qko*RCSB PDB〉 〔バクテリオロドプシン〕
1r13*RCSB PDB〉 〔肺サーファクタント〕
1wp1*RCSB PDB〉 〔緑膿菌の薬剤排出ポンプ,KEK資料
2b2j*RCSB PDB〉 〔AMT1型アンモニウム輸送体,Xe〕
2d4nRCSB PDB〉 〔デオキシウリジントリフォスファターゼ,dUTPase〕
2et0RCSB PDB〉 〔three-way DNA junction〕
2i1x*RCSB PDB〉 〔バクテリオロドプシン〕
2hr6RCSB PDB〉 〔dUTPase〕
2iblRCSB PDB〉 〔ヌクレオカプシドタンパク質〕
2npoRCSB PDB〉 〔トランスフェラーゼ〕
2oi6RCSB PDB〉 〔二機能性タンパク質glmU;Chain A × 3〕
2uuhRCSB PDB〉 〔ロイコトリエンC4合成酵素〕
2w1bRCSB PDB〉 〔排出ポンプ AcrB,胆汁酸〕
2yvvRCSB PDB〉 〔hyluranidase〕
4pnpRCSB PDB〉 〔プリンヌクレオシドフォスフォリラーゼ〕
●四量体
1a4qRCSB PDB〉 〔ノイラミニダーゼ〕
1fqyRCSB PDB〉 〔アクアポリン,AQP1〕
1jc9RCSB PDB〉 〔タキレクチン〕
1nn2RCSB PDB〉 〔ノイラミニダーゼ,Molecule of the Month
2b6p*RCSB PDB〉 〔アクアポリン,AQP0〕
2cg9RCSB PDB今月の分子〉 〔Hsp90;Chain A・B × 2〕
2d57RCSB PDB〉 〔アクアポリン,AQP4〕
2iiaRCSB PDB〉 〔センサリーロドプシン,トランスデューサー〕
2ptmRCSB PDB〉 〔チャネル(hyperpolarization-activated channel)〕
2qwkRCSB PDB〉 〔鳥インフルエンザウイルスN9のノイラミニダーゼ(オセルタミビル〈タミフル〉が変化したGS4071結合)〕
3bc8RCSB PDB〉 〔セレノシステイン合成酵素,Molecule of the Month
3c02*RCSB PDB〉 〔アクアグリセロポリン〕 グリセリン(グリセロール)選択
3e86*RCSB PDB〉 〔NaKチャネル(セレウス菌)〕
3eauRCSB PDB〉 〔K+チャネル,コルチゾン(コーチゾン)〕
3ldhRCSB PDB〉 〔乳酸デヒドロゲナーゼ,Molecule of the Month
●六量体
1ekrRCSB PDB〉 〔モリブデン補因子生合成タンパク質〕
1k28RCSB PDB〉 〔T4ファージのgp5タンパク質;Chain A・D × 3,資料例
1muhRCSB PDB〉 〔トランスポザーゼとDNA;Chain A-C × 2,資料例
1ub4RCSB PDB〉 〔MazEFタンパク質複合体〕
1yyfRCSB PDB〉 〔HslUV,資料例
2bqxRCSB PDB〉 〔ヘリコバクター・ピロリ由来の無機ピロホスファターゼ〕
2cmnRCSB PDB〉 〔センサータンパク質FixL,ヘムPASドメイン〕
2g13*RCSB PDB〉 〔カルボキシソーム〕
2hmm(PQSでは十二量体)のChain A-F 〈RCSB PDB〉 〔芳香環ジオキシゲナーゼ,アントラセン〕
2jenRCSB PDB〉 〔キシログルカナーゼ〕
2iq5RCSB PDB〉 〔ウリジンホスホリラーゼ;Chain A・B × 3〕
2nydRCSB PDB〉 〔黄色ブドウ球菌由来(機能不明);Chain A・B × 3〕
2prdRCSB PDB〉 〔高度好熱菌由来の無機ピロホスファターゼ〕
2r79RCSB PDB〉 〔ペリプラズム(周辺質)結合タンパク質〕
2uxyRCSB PDB〉 〔緑膿菌由来のアミダーゼ〕
2v08RCSB PDB〉 〔シトクロムc6;Chain A・B × 3〕
3cf1RCSB PDB〉 〔p97,バロシン含有タンパク質(VCP);Chain A-C × 2,資料例
3dxr*RCSB PDB〉 〔Tim9-Tim10複合体,シャペロン;Chain A・B × 3〕
●八量体
1c3m*RCSB PDB〉 〔レクチン〕
2cwxRCSB PDB〉 〔ルビスコ〕
2e7wRCSB PDB〉 〔転写制御因子(hypothetical)〕
2ehzRCSB PDB〉 〔ジオキシゲナーゼ(二原子酸素添加酵素)〕
2gu0RCSB PDB〉 〔ロタウイルス〕
2jf6RCSB PDB〉 〔ストリクトシジン-O-β-D-グルコシダーゼ;Chain A・B × 4〕
2vaoRCSB PDB〉 〔フラビン酵素〕
2zbc*RCSB PDB〉 〔転写制御因子(hypothetical)〕
●九量体
1f6aRCSB PDB〉 〔ヒトIgE-Fc;Chain A・B・D × 3〕
1fweRCSB PDB〉 〔ウレアーゼ;Chain A-C × 3〕
1kqgRCSB PDB〉 〔ギ酸脱水素酵素;Chain A-C × 3〕
2d3gRCSB PDB〉 〔ユビキチン,Hrs-UIM;Chain A・B・P × 3〕
●十量体
1wm9RCSB PDB〉 〔GTPシクロヒドロラーゼ I〕
1yepRCSB PDB〉 〔ペルオキシレドキシン,AhpC〕
●十二量体
1coaRCSB PDB〉 〔キモトリプシンインヒビター〕
1k4cRCSB PDB〉 〔Kチャネル KcsA-Fab;Chain A-C × 4,資料例Wikipedia記事
2cieRCSB PDB〉 〔フラボタンパク質〕
2d00RCSB PDB〉 〔V型ATPアーゼ/ATP合成酵素;Chain A-F × 2〕
2dhqRCSB PDB〉 〔3-デヒドロキナ酸デヒドラターゼ〕
2dweRCSB PDB〉 〔Rbイオンを含むKcsA-Fab-TBA複合体;Chain A-C × 4〕 | Chain C・D・H・J(四量体;Chain C × 4)
2exs*RCSB PDB〉 〔TRAP(trp RNA binding attenuation protein),資料例 [PDF]
2gicRCSB PDB〉 〔水疱性口内炎ウイルスの核タンパク質‐RNA複合体〕
2hjf*RCSB PDB〉 〔Kチャネル KcsA-Fab;Chain A-C × 4,資料例〕 | Chain C・D・H・J(四量体;Chain C × 4)
2ipoRCSB PDB〉 〔アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼ;Chain A-D × 3〕
2j9aRCSB PDB〉 〔アミノペプチダーゼとmicroginin;Chain A・D × 6〕
2os5RCSB PDB〉 〔マクロファージ遊走阻止因子;Chain A-D × 3〕
2vjr*RCSB PDB〉 〔フィコエリトリン(色素タンパク質);Chain A・B × 6〕
●十四量体
7ins*RCSB PDB〉 〔インスリン〕
●十五量体
2e0zRCSB PDB〉 〔超好熱古細菌 Pyrococcus furiosus;Chain A-C × 5〕 他に3種の多量体
●十六量体
1a6dRCSB PDB〉 〔II型シャペロン,CCT/TRiC;Chain A・B × 8〕
1qtj(アミノ酸区別不可)RCSB PDB〉 〔血清アミロイドP成分,アメリカカブトガニ;Chain A・B × 8〕
1v5wRCSB PDB〉 〔Dmc1タンパク;Chain A・B × 8〕
2hlcRCSB PDB〉 〔コラゲナーゼ〕
●十八量体
1eyx*RCSB PDB〉 〔フィコエリトリン〕
●二十量体
1aymRCSB PDB〉 〔ライノウイルス;Chain 1-4 × 5〕
●二十四量体
1e9zRCSB PDB〉 〔ウレアーゼ,ヘリコバクター・ピロリ菌;Chain A・B × 12〕
1fhaRCSB PDB〉 〔フェリチン(H鎖);RCSB - Molecule of the Month
1shsRCSB PDB〉 〔低分子量熱ショックタンパク質;Chain A-H × 3〕
2z5rRCSB PDB〉 〔フェリチン;JASRIプレスリリース
●四十九量体
2tmv(水分子削除)RCSB PDB〉 〔タバコモザイクウイルス;RCSB - Molecule of the Month,CYLINDRICAL POLAR SYMMETRY〕
●百八十量体
1na4RCSB PDB〉 〔黄熱ウイルスのエンベロープ(α炭素のみ);Chain A-C × 60〕

以下はPDBオリジナルデータが対称構造をもつ多量体であるもの,またはRCSB PDBで提供している多量体計算構造
◆二量体
3daa〔D-アミノ酸トランスフェラーゼ〕
◆三量体
1a0t〔ポーリン(ポリン),
βバレル構造
1fq0〔KDPGアルドラーゼ〕
1v9bのChain A-C〔CutA1;理研資料
  ※参考15Glu-36Arg・24Glu-68Arg球棒表示(理研資料図3の一部)
2drd〔AcrB(多剤排出トランスポーター,A鎖にミノサイクリン結合);今月の分子[NEW!]
◆四量体
1ldnのChain A-D*〔乳酸デヒドロゲナーゼ〕
2b8h〔ノイラミニダーゼ〕
2gvm*〔ハイドロフォビン,界面活性剤
◆五量体
1chp〔コレラ毒素〕
1cqf〔志賀毒素〕
1geh〔ルビスコ〕
1msl(現在2oarに置換)〔結核菌のMscL(機械受容チャネル)ホモログ〕
2rcf*〔カルボキシソーム,OrfA〕
2oarに置換)〔結核菌のMscL(機械受容チャネル)ホモログ〕
2w8fのChain A-E*〔ジャンボアメフラシ,アセチルコリン受容体,三環系抗うつ剤in silico
2zju*〔アセチルコリン結合タンパク質,ヨーロッパモノアラガイ,イミダクロプリド(殺虫剤)〕
3ezk〔バクテリオファージT4,分子モーター(α炭素のみ)〕
◆六量体
2iuu〔FtsKモータードメイン〕
1tf7〔時計タンパク質KaiC;JST資料
1u7k*〔レトロウイルスのカプシド〕
2oyyのChain C-H〔ヘムタンパク質,HTHP(Unknown Function)〕
◆七量体
1g31*〔GroES コシャペロニン〕
1g65のChain A-G〔プロテアソーム(偽ヘプタマー)〕
7ahl*〔α-ヘモリシン〕
◆八量体
1lnq〔Kチャネル,資料例Wikipedia記事
1uun(8量体;A・B鎖×4)〔ポリン〕
2qmi〔ペニシリン結合タンパク質ホモログ(パイロコッカス・アビシ由来)〕
◆九量体
2ao9〔ファージタンパク質(セレウス菌由来)〕
2b7f*HTLV-1プロテアーゼ〕
3b8n〔多糖類コポリメラーゼ〕
◆十量体
1zof*〔アルキルヒドロペルオキシド還元酵素(AhpC,ピロリ菌由来)〕
2a3x〔血清アミロイドP成分〕
2c9tのChain F-J・P-T〔アセチルコリン結合タンパク質,コノトキシン〕
2db4〔V型ATPアーゼ(生体分子モーター)〕
2e2m*〔抗酸化タンパク質ペルオキシレドキシン;産総研資料〕 Cys(CSD)42・His50選択
2nvl*〔抗酸化タンパク質ペルオキシレドキシン;産総研資料〕 Cys(OCS)42・His50選択
◆十一量体
1kn0*〔Rad52;理研資料
2gttChain A-K・W(十一量体+RNA)〔狂犬病ウイルスの核タンパク質+RNA鎖〕
◆十二量体
1fpy〔グルタミン合成酵素;RCSB - Molecule of the Month
1ji4〔好中球活性化タンパク質(NAP,ピロリ菌由来)〕
2ga6のChain A-L〔SARSコロナウイルス〕
3h3w〔バクテリオファージT4,gp6,ドーム型〕
3h3y〔バクテリオファージT4,gp6,スター型〕
◆十四量体
1tznのChain A・B・C・D・E・F・O・a・b・c・d・e・f・o〔炭疽毒素受容体;RCSB - Molecule of the Month
2zl0〔ATP依存性Clpプロテアーゼ〕
◆二十一量体
2rcj〔ヒトIgM(α炭素のみ)〕
◆二十四量体
1mfr*〔フェリチン;RCSB - Molecule of the Month

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 リガンド選択 (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  濃ピンク
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 



PQS QUICK
PQS(Protein Quaternary Structure)
PQS Protein Quaternary Structure ABOUT



2tmvの四十九量体(画像クリックで拡大)
Molecule of the Month(PDB,2009/01),Tobacco Mosaic Virus(タバコモザイクウイルス,TMV)
※参考文献例:C.K.Mathews ほか著,清水孝雄 ほか監訳,「カラー生化学」,pp.34-35,西村書店(2003)

タバコモザイクウイルスのデータ例2tmvPQSによる49量体


  
〔左〕2dhqの十二量体
〔右〕1aymの二十量体(PDB元データ×5;さらに多数のサブユニットが集まってサッカーボール型の20面体を形成)



十一角形の1kn0(オリジナルPDBデータが十一量体)
ヒトDNA組み換え修復の分子メカニズムの一端を解明(理化学研究所,2002/08/16)
※壁紙: 1024*768800*600


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