◆ Jmolで見るトピックス分子（16-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 日本海の生物と環境 - 「生物の科学　遺伝」2018年1号（本サイト）

      
    ★本間執筆特集総論PDF（テキスト・画像コピー不可）は右画像クリックで表示・ダウンロードできます。

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    「日本海の生物と環境」特集に出てくるキーワードを検索!!

    DNA部分構造の例：PDBデータ1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体のDNAのみ）

    		p.8 口絵：DNAの構造　→ DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体
    A-T_G-C（mol形式；以下の2データの同時表示）　A-Tx2_G-Cx2
    A-T　同mol形式
    G-C　同mol形式
    p.9 図1：チューブワーム由来ヘモグロビンとヒトヘモグロビンの大きさ比べ
    チューブワーム由来1yhu（左）とヒトヘモグロビン1hho（4量体；右）
    　→ ヘモグロビン｜チューブワーム関連データのSITE例
    p.10 図2：結晶構造やタンパク質内リガンドの構造例
    川上モデル作成データ群の抜粋　→ 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
    p.11 “ダイオキシン類に入るPCB，農薬DDT，水俣病原因物質の塩化メチル水銀など”　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 ｜ 新規POPs有害物質リスト（磯辺論文 p.44“残留性有機汚染物質”と関連）
    3,3',4,4',5-PeCB（PCBの例）　→ ダイオキシン類 ｜ p,p'-DDT　o,p'-DDT ｜ 塩化メチル水銀　→ 水俣病
    p.11 図3：17β-エストラジオール結合タンパク質とビスフェノールA結合タンパク質　→ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
    17β-エストラジオール結合タンパク質1ereのPDBsumデータ$　→ エストラジオールとDES，テストステロン｜性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝（西山論文 p.27 図9も参照）
    ビスフェノールA結合タンパク質2e2rのPDBsumデータ$　→ ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ
    p.12 有機水銀分解酵素（アルキル水銀リアーゼ）
    3f0p（有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2〉MerBの例） ｜ 同PDBsumデータ（Hg追加）[213(A)]$　→ バイオレメディエーションとファイトレメディエーション
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    p.10 図2のアレンジ版

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2017/12/27 新規公開データより：5wi3 Structure of Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239 K82D bound to cefotaxime　※セフォタキシム結合。他に5wi7（ドリペネム結合），5wib（イミペネム結合）。

    PDBデータ 5wi3のChain A（セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239）
    ［Beta-lactamase - Wikipedia；OXA (oxacillinase) group of β-lactamases (Class D)参照］
    		5wi3のChain A（セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239）　同PDBsumデータ5wi3_PCZ[301(B)]$
    PDBsumデータ5wi7_4J6（ドリペネム結合OXA-239）$
    PDBsumデータ5wib_ID1（イミペネム結合OXA-239）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239 5wi3のChain A，および同データ・5wi3・5wi7（ドリペネム結合）・5wib（イミペネム結合）のPDBsumデータ（リガンドは何れもopen form）

  3. 今月の分子 217: オピオイド受容体（Opioid Receptors）（PDBj，2018/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4dkl（μオピオイド受容体）
    ［Opioid receptor - Wikipedia］
    		4dkl*（μオピオイド受容体）　リガンドBF0（アンタゴニスト）選択　同PDBsumデータ4dkl_BF0$　［μ-opioid receptor - Wikipedia］
    4djh*%（κオピオイド受容体）　同Chain A　リガンドJDC（JDTic）選択　同PDBsumデータ4djh_JDC$　［κ-opioid receptor - Wikipedia］
    4ej4（δオピオイド受容体）　リガンドEJ4（ナルトリンドール）選択　同PDBsumデータ4ej4_EJ4$　［δ-opioid receptor - Wikipedia］
    4ea3*%（ノシセプチン/オルファニンFQ（N/OFQ）受容体；nociception opioid (NOP) receptor）　同Chain A　リガンド0NN選択　PDBsumデータ（0NN，A鎖）$　［Nociceptin receptor - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3

  4. RCSB PDB 2018/01/03 新規公開データより：6elq Carbon Monoxide Dehydrogenase IV from Carboxydothermus hydrogenoformans

    PDBデータ 6elqのChain B（一酸化炭素デヒドロゲナーゼ）
    ［Carbon monoxide dehydrogenase - Wikipedia］
    		6elqのChain B（一酸化炭素デヒドロゲナーゼ）　同PDBsumデータ6elq_BF8[702(X)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    [Fe4NiOS4]クラスターと[Fe4S4]クラスターを有する一酸化炭素デヒドロゲナーゼ6elqのChain Bおよび同PDBsumデータ（[Fe4NiOS4]クラスター；Chain X）

  5. アルツハイマー病病因物質を低減させる既存薬カクテルの同定　−患者由来iPS細胞を用いた化合物スクリーニングとin vitroトライアル−（京都大学，2017/11/28）

    ブロモクリプチン，クロモリン，トピラマートの同時表示
    		ブロモクリプチン（bromocriptine）　［Bromocriptine - Wikipedia］ ‖ ※ブロモクリプチン結合PDBデータ例： 5vcg（シトクロムP450 3A4）　08Y（ブロモクリプチン）選択　同PDBsumデータ5vcg_08Y$ ｜ 6vmsのChain R（ドーパミンD2受容体）　同PDBsumデータ6vms_08Y$　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    クロモリン（cromolyn）　［Cromoglicic acid - Wikipedia］
    トピラマート（topiramate）　［Topiramate - Wikipedia］ ‖ ※トピラマート結合PDBデータ例： 5jnaのChain A（炭酸脱水酵素IV）　TOR（トピラマート）選択　同PDBsumデータ5jna_TOR$
    ブロモクリプチン，クロモリン，トピラマートの同時表示
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ブロモクリプチン（bromocriptine）　［右］ブロモクリプチン（bromocriptine），クロモリン（cromolyn），トピラマート（topiramate）の同時表示

      
    ブロモクリプチン結合5vcg（シトクロムP450 3A4）とトピラマート結合5jna（Chain A，炭酸脱水酵素IV），および各PDBsumデータ


    ブロモクリプチンが結合したドーパミンD2受容体6vmsのChain RとそのPDBsumデータ

  6. 日本産ハナガサクラゲより開発！耐酸性緑色蛍光タンパク質Gamillus　〜生体内の酸性環境を調査する新技術〜（JST，2017/12/29）　※5y00・5y01（2018/01/17公開データ）

    PDBデータ 5y00（ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus；fluorescence (ON) state）
    		5y00（ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus；fluorescence (ON) state）　　CRQ（蛍光団；Gln-Tyr-Gly）選択
    ※オワンクラゲのGFPの例： 1hcjのChain A（GFP）　蛍光発生部分の色分け（赤：発色団，青：Phe，緑：Val，水色：Gln）　同原子団の選択　発色団共役二重結合をピンク表示　→ 緑色蛍光を発するタンパク質／GFP
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus 5y00（fluorescence (ON) state）　［右］オワンクラゲのGFPの例 1hcjのChain A

  7. RCSB PDB 2018/01/24 新規公開データより：5ybo Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase PrhA in complex with preaustinoid A1　※他に5ybl・5ybm・5ybp（preaustinoid A1結合）・5ybq（preaustinoid A2結合）・5ybr（preaustinoid A3結合）・5ybs（berkeleyone A結合）・5ybt（同）。

    PDBデータ 5yboのChain B（プレアウスチノイドA1が結合した非ヘム鉄Fe(II)/α‐ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼPrhA）
    		5yboのChain B（プレアウスチノイドA1が結合した非ヘム鉄Fe(II)/α‐ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼPrhA）　同PDBsumデータ5ybo_8SX$　8SX（プレアウスチノイドA1）選択
    PDBsumデータ5ybp_8SX$（プレアウスチノイドA1が結合したPrhA）
    PDBsumデータ5ybq_8T0$（プレアウスチノイドA2が結合したPrhA）　8T0（プレアウスチノイドA2）選択
    PDBsumデータ5ybr_8T9$（プレアウスチノイドA3が結合したPrhA）　8T9（プレアウスチノイドA3）選択
    PDBsumデータ5ybs_8TC$（berkeleyone Aが結合したPrhA）　8TC（berkeleyone A）選択
    PDBsumデータ5ybt_8TC$（同上）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］プレアウスチノイドA1が結合した非ヘム鉄Fe(II)/α‐ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼPrhA 5yboのChain B
    ［右］5ybo・5ybp（preaustinoid A1結合），5ybq（preaustinoid A2結合），5ybr（preaustinoid A3結合），5ybs・5ybt（berkeleyone A結合）のPDBsumデータ

  8. 今月の分子 218: EPSP合成酵素と除草剤（EPSP Synthase and Weedkillers）（PDBj，2018/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    グリホサートが結合したEPSP合成酵素（EPSPS）PDBデータ 2gga（
    ［EPSP synthase - Wikipedia，Glyphosate - Wikipedia］
    		2gga（グリホサートが結合したEPSP合成酵素〈EPSPS〉）　GPJ（グリホサート）選択　同PDBsumデータ2gga_GPJ$
    8umnのChain A（グリホサートが結合したEPSP合成酵素〈EPSPS〉；P126S・K296R変異体）　残基番号126・296を球30％表示／α炭素ラベル表示　GPJ（グリホサート）選択　同PDBsumデータ8umn_lp$
    グリホサート（glyphosate）
    2,4-D
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    グリホサート（glyphosate）


    グリホサートが結合したEPSP合成酵素（EPSPS）2ggaとそのPDBsumデータ


    グリホサートとシキミ酸-3-リン酸が結合したEPSP合成酵素（EPSPS）8umn（P126S・K296R変異体）のChain AとそのPDBsumデータ

  9. Structural basis for DNMT3A-mediated de novo DNA methylation（Nature，2018/01/17）　※5yx2（2018/01/31公開データ；他に6brr・6f57）

    PDBデータ 5yx2（2つのCpGサイトを含むDNAとDNMT3A-DNMT3Lの複合体）
    		5yx2（2つのCpGサイトを含むDNAとDNMT3A-DNMT3Lの複合体）　SAH（S-アデノシルホモシステイン）選択　PYO（RNAリンキング）選択
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU；塩基のみ）　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA選択　DNA/RNA塩基選択　DNA/RNA backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    2つのCpGサイトを含むDNAとDNMT3A-DNMT3Lの複合体 5yx2

  10. Structures of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with inhibitors（PNAS，2018/02/20）　※2018/02/21公開データ5yxw（膜融合タンパク質；下記「今月の分子 231」で紹介）・5yzc（阻害化合物AS-48結合；下掲）・5yzd（阻害ペプチドFIP結合）

    PDBデータ 5yzc（阻害化合物AS-48が結合した麻疹ウイルス融合タンパク質のプレ融合型構造）
    ［Measles morbillivirus - Wikipedia］
    		5yzc（阻害化合物AS-48が結合した麻疹ウイルス融合タンパク質のプレ融合型構造）　95C（AS-48）選択　同PDBsumデータ5yzc_95C$
  11. ※参考（上記「今月の分子 231」で紹介の麻疹ヘマグルチニン例；2zb5に代えて）：PDBデータ 3alwの4量体#（Chain A×4；麻疹ウイルスのヘマグルチニン，Form I）　［Nature Structural & Molecular Biology論文，Measles hemagglutinin - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色（Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺
    		12.

      
    ［左］阻害化合物AS-48が結合した麻疹ウイルス融合タンパク質のプレ融合型構造 5yzcとそのPDBsumデータ
    ［右］麻疹ヘマグルチニンのPDBデータ例3alwの4量体（Chain A×4；，Form I）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」