Jmolで見るトピックス分子（12-3）

◆ Jmolで見るトピックス分子（12-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

RCSB PDB 2015/03/18 新規公開データより：4xdk Crystal structure of human two pore domain potassium ion channel TREK2 (K2P10.1) in complex with norfluoxetine

PDBデータ 4xdkのChain A・B（(S)-ノルフルオキセチンと(R)-ノルフルオキセチンが結合したK2Pカリウムチャネル）
［Potassium channel - Wikipedia，KCNK10 - Wikipedia，Seproxetine - Wikipedia］

4xdkのChain A・B（two-pore domainカリウム（K2P）チャネル）　405（S-体）選択　408（R-体）選択　K選択　同PDBsumデータ4xdk_408[606(A)]$　4xdk_405[607(A)]$
(R)-ノルフルオキセチン（Rnorfluoxetine）
(S)-ノルフルオキセチン（(S)-norfluoxetine；セプロキセチン seproxetine）
ノルフルオキセチンの(R)-体と(S)-体の同時表示
フルオキセチン（fluoxetine）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

K2Pカリウムチャネル4xdkのChain A・B（ノルフルオキセチン〈norfluoxetine〉の(R)-体と(S)-体は重なり合っている）と各PDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

RCSB PDB 2015/04/01 新規公開データより：3wsa The Tuberculosis Drug SQ109 Inhibits Trypanosoma cruzi Cell Proliferation and acts Synergistically with Posaconazole　※他に3wsb。

参考（SQ109関連記事例）：新しい抗結核薬開発の現状 - World Focus（感染症等情報）
シャーガス病 - Wikipedia

PDBデータ 3wsaのChain A（結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素）
※クルーズトリパノソーマはシャーガス病の原因となる。
［SQ109 - Wikipedia，Trypanosoma cruzi - Wikipedia，Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase - Wikipedia］

3wsaのChain A（結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素）　同PDBsumデータ3wsa_RWZ$
SQ109

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素3wsaのPDBsumデータ

「一家に1枚くすりの形」の製作について（文部科学省，2015/03/27）　→ 一家に1枚シリーズ（科学技術週間Webサイト）

初期表示はセチリジン（cetirizine；(R)-体と(S)-体）の同時表示）

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
　
背景・黒　灰　白　紺
メチルエフェドリン（methylephedrine；異性体あり）
サルブタモール（salbutamol；異性体あり）
ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）　→ 別トピック
テノホビル（テノフォビル，tenofovir；フマル酸テノホビルが抗HIV薬）　→ HIVとエイズ
オセルタミビル（oseltamivir）｜ GS4071（オセルタミビルが変化した薬効成分）　→ インフルエンザ情報｜ GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
エスシタロプラム（escitalopram，MLD-55）｜セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤の分類
ピオグリタゾン（pioglitazone）　→ 日本発の医薬品
ベンダムスチン（bendamustine）
フェノフィブラート（fenofibrate）
ソリフェナシン（solifenacin）
セレコキシブ（celecoxib）
セチリジン（cetirizine；上が(R)-体で下が(S)-体）｜ヒスタミン（histamine）
エルロチニブ（erlotinib）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤｜関連タンパク質例
コルヒチン（colchicine）　→ 別トピック
ペメトレキセド（pemetrexed）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤｜葉酸（folate，ビタミンM）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
ベンゼン）　→ 日本発の医薬品
ラロキシフェン（raloxifene）｜ 17β-エストラジオール（17β-Estradiol）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝｜多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
ロスバスタチン（rosuvastatin）｜メバロン酸（mevalonic acid）　→ 日本発の医薬品
※その他の掲載分子：　エタノール（ethanol）　ベンゼン（benzene）　アスピリン（Aspirin，アセチルサリチル酸）　

今月の分子 184: グルカゴン（Glucagon）（PDBj，2015/04）｜ Molecule of the Month（PDB）

PDBデータ 4ers（抗体Fab領域が結合したグルカゴン受容体）
［Glucagon receptor - Wikipedia，Glucagon - Wikipedia］

4ers（グルカゴン受容体；抗体Fab領域が結合）　 A鎖（グルカゴン受容体）選択
4l6r（グルカゴン受容体；GPCR）
1kx6のModel 1（グルカゴン）　→ Journal of Molecular Biology論文（1983/10/05）
1gcn（グルカゴン）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］グルカゴン（glucagon）1kx6のModel 1　［中］同1gcn　［右］抗体Fab領域が結合したグルカゴン受容体4ers

グルカゴンのアミノ酸配列（PDB 1KX6・1GCN共通）

His Ser Gln Gly Thr Phe Thr Ser Asp Tyr Ser Lys Tyr Leu Asp Ser Arg Arg Ala Gln Asp Phe Val Gln Trp Leu Met Asn Thr

新潟大とエーザイ、アルツハイマー型認知症患者の認知機能変化を血液マーカーで測定（dot.，2015/04/06）

コレステロール（上）とデスモステロール（下）の同時表示
［Desmosterol - Wikipedia］

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
　
背景・黒　灰　白　紺

デスモステロール（desmosterol）
コレステロール（cholesterol）
コレステロールとデスモステロールの同時表示

RCSB PDB 2015/04/08 新規公開データより：3wxw Crystal structure of the human adiponectin receptor 2　※他に3wxv（adiponectin receptor 1）。

PDBデータ 3wxwのChain A（アディポネクチン受容体2；AdipoR2）
［Adiponectini - Wikipedia］

3wxvのChain A（アディポネクチン受容体1；AdipoR1）　同PDBsumデータ3wxv_ZN$
3wxwのChain A（アディポネクチン受容体2；AdipoR2）　同PDBsumデータ3wxw_ZN（HOH 515(A)を追加）$*　水分子選択

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

3wxvおよび3wxwのA鎖（左）と各々のPDBsumデータ（右）

カロテンの優れた金属捕捉機能を発見－β-カロテン分子が多数の金属原子を挟み込む－（村橋Ｇ、柳井Ｇら）（分子科学研究所，2015/04/14）

β-カロテン
［beta-Carotene - Wikipedia］

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
　
背景・黒　灰　白　紺

β-カロテン（β-カロチン）｜参考： 11-cis-レチナール，all-trnas-レチナール，11-cis-ビタミンA，all-trnas-ビタミンA，β-カロテンの同時表示

Nature Communications論文より

自閉症などの神経発達障害に関連するタンパク質が神経細胞同士を適切につなぐ仕組み（SPring-8，2015/04/24）　※RCSB PDBの2015/05/06新規公開データ4yh6・4yh7（下掲）・4yfc・4yfd・4yfe・4yfg

PDBデータ 4yh7（PTPδ-IL1RAPL1複合体）
［PTPRD - Wikipedia，IL1RAPL1 - Wikipedia］

4yh7

RCSB PDB 2015/05/13 新規公開データより：3j9t Yeast V-ATPase state 1　※他に3j9u，3j9v。

PDBデータ 3j9t（V-ATPase）
［V-ATPase - Wikipedia］

3j9t（V-ATPase）
2cyd（V-ATPaseのrotor ring）
3vr3（V₁-ATPase〈A₃B₃複合体〉）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

3j9t

危険ドラッグの成分827物質を新たに指定薬物に包括指定　～指定薬物等を定める省令を公布しました～（厚生労働省，2015/05/01）

新規指定薬物827物質の基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one（2-amino-1-phenyl-1-propanone）

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
　
背景・黒　灰　白　紺

基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one（2-amino-1-phenyl-1-propanone）；異性体あり　…●の部分が置換
参考： (S)-2-amino-1-phenyl-1-propanone（カチノン，cathinone）　［カチノン - Wikipedia］
参考（指定済みの薬物例）： 4F-Octedrone（異性体あり；2014/12/25指定）

厚生労働省別紙 [PDF]

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」