◆ Jmolで見るトピックス分子(17-4) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. RCSB PDB 2018/09/19 新規公開データより:6czi Structure of a redesigned beta barrel, mFAP1, bound to DFHBI [NEW!] ※他に6czg・6czh・6czj・6d0t公開

    PDBデータ 6cziのChain A(DFHBIが結合したデノボデザインによるβ-バレルタンパク質mFAP1)
    6cziのChain A(DFHBIが結合したβ-バレルタンパク質mFAP1) 同PDBsumデータ6czi_38E$PDBsumデータ6czh_38E$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    DFHBIが結合したデノボデザインによるβ-バレルタンパク質mFAP1 6cziのChain Aおよび6czh6cziのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 新しいオピオイド鎮痛薬の開発(和歌山県立医科大学,2018/09/06) [NEW!]

    AT-121
    AT-121 - Wikipedia
    AT-121
    スフェンタニル(sufentanil) [Sufentanil - Wikipedia
    モルヒネ/モルフィン(morphine)
    オキシコドン(oxycodone) → 別トピック
    ※参考(μオピオイド受容体の例): 6ddf(Giタンパク質とアゴニストDAMGOが結合したμオピオイド受容体) Chain D(アゴニストDAMGO)選択 同PDBsumデータ6ddf_DAMGO$ [μ-opioid receptor - WikipediaDAMGO - Wikipedia
    ※参考(ノシセプチン受容体の例): 4ea3*(ノシセプチン/オルファニンFQ(N/OFQ)受容体;nociception opioid (NOP) receptor) 同Chain A リガンド0NN選択 PDBsumデータ(0NN,A鎖)$ → 別トピック [Nociceptin receptor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]AT-121 [右]スフェンタニル(sufentanil)


    オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl,κ 4djh,δ 4ej4,および関連するノシセプチンオピオイド受容体(NOP) 4ea3 → 別トピック


  3. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2018 [NEW!]

    PDBデータ 5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1)
    Nivolumab - WikipediaProgrammed cell death protein 1 - Wikipedia

    5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1) Chain Y(PD-1))選択
    5ggq(ニボルマブのFab)
    3bik(PD-1/PD-L1複合体) Chain C(PD-1)選択 …本庶らによるPDBデータ(他にPD-L1のみの3bis

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]5ggr(ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1) [右]3bik(PD-L1が結合したPD-1)


  4. The Nobel Prize in Chemistry 2018 [NEW!]

    PDBデータ 6cuzのChain A・B(TrpBからの人工合成によるPfTrpB7E6;(2S,3R)-ethylserineが結合)

    6cuzのChain A・B(TrpBからの人工合成によるPfTrpB7E6;(2S,3R)-ethylserineが結合) …Frances H. Arnoldらによる → Angew. Chem. Int. Ed. Engl.論文ArnoldらによるPDBデータ一覧同PDBsumデータ6cuz_FEV$
    5opu(CHK1キナーゼ変異体;ピロロピリジンLRRK2阻害剤が結合) …George P. Smithらによる → J. Med. Chem.論文同PDBsumデータ5opu_A3K$
    4nylのChain L・H(アダリムマブのFabフラグメント) …Gregory P. Winterらによるファージディスプレイ技術で見出されたとされる抗リウマチ抗体医薬adalimumabの構造例(Chem-Station記事参照)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]6cuzのChain A・B(TrpBからの人工合成によるPfTrpB7E6;(2S,3R)-ethylserineが結合)とそのPDBsumデータ
    [中]5opu(CHK1キナーゼ変異体;ピロロピリジンLRRK2阻害剤が結合)とそのPDBsumデータ
    [右]4nyl(抗リウマチ抗体医薬adalimumabのFabフラグメント)


  5. 今月の分子 226: アミノグリコシド系抗生物質と耐性(Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)(PDBj,2018/10) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5cfu(アデニリル-2''-トブラマイシンが結合したアミノグリコシドヌクレオチジルトランスフェラーゼ2''-Ia)
    5cfu(アデニリル-2''-トブラマイシンが結合したアミノグリコシドヌクレオチジルトランスフェラーゼ2''-Ia) 51H(アデニリル-2''-トブラマイシン)選択 同PDBsumデータ5cfu_51H$
    ※参考(他のアミノグリコシド系抗生物質が結合したPDBデータ例):1ei2のModel 1(ネオマイシンが結合したRNA) 同PDBsumデータ1ei2_NMY$
    トブラマイシン(tobramycin)
    ストレプトマイシン(streptomycin)
    ネオマイシン(neomycin B)

    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5cfu(アデニリル-2''-トブラマイシンが結合したアミノグリコシドヌクレオチジルトランスフェラーゼ2''-Ia)とそのPDBsumデータ


  6. RCSB PDB 2018/10/10 新規公開データより:5z8y The crystal structure of BtuM cobalamin transporter [NEW!] ※他に5z8x公開

    PDBデータ 5z8yのChain A・B(ニューレキシン-1-β(Nrxn1β)とロイシンリッチリピート膜タンパク質2(LRRTM2)の複合体)
    Neurexin - WikipediaLRRN2 - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 ロイシン選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ニューレキシン-1-β(Nrxn1β)とロイシンリッチリピート膜タンパク質2(LRRTM2)の複合体5z8y


  7. 書籍紹介: 福岡伸一,「新版 動的平衡2 生命はなぜそこに宿るのか」,小学館新書(2018) [NEW!] ※池田善昭・福岡伸一,「福岡伸一、西田哲学を読む 生命をめぐる思索の旅 動的平衡と絶対矛盾的自己同一」,明石書店(2017) の続編 → 別トピック

    PDD(pregna-4,20-dien-3,6-dione)
    Pregna-4,20-dien-3,6-dione - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 
    p.54ほか DNA:(以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
    p.54ほか エピジェネティックス: → 関連別トピック
    p.80 二〇種類のアミノ酸:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式) |  → アミノ酸
    p.92 グルタミン酸:グルタミン酸(glutamic acid)
    p.100 BCAA:BCAA(Ile,Leu,Val;mol形式) → アミノ酸
    p.105 Cの時代からNの時代へ/アンモニア:アンモニア(ammmonia) → 窒素から見る生命の世界
    p.147 ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集
    p.161 セントラルドグマ/p.164 RNAワールド/p.202 コドン: → コドンと遺伝暗号表
    p.179 ボンビコール:ボンビコール(bombykol)
    p.195 PDD:PDD(pregna-4,20-dien-3,6-dione)
    p.198 澱粉:アミロース(デンプンの部分構造例) グルコース環×4〔マルトース単位×2〕 グルコース環×8〔マルトース単位×4〕 → 代表的な高分子
    p.198 ブドウ糖:α-グルコース(α-glucose) β-グルコース(β-glucose) → 甘味物質の秘密
    p.198 ナイロン:ナイロン6(nylon 6) ナイロン66(nylon 6,6) → 代表的な高分子
    p.226ほか ヒスタミン:ヒスタミン(histamine)
    p.226ほか 抗ヒスタミン剤: 抗ヒスタミン剤(第2世代)の例 セチリジン(cetirizine;上が(R)-体で下が(S)-体)
    p.227ほか ヒスタミンレセプター: ヒスタミンH1受容体の例 3rze*(第1世代抗ヒスタミン剤のドキセピン含む;5EHとD7Vの2構造重ね合わせ) 5EH(3E体)消去 D7V(3Z体)消去 同PDBsumデータ3rze_5EH-D7V$ 5EH(3E体)のみ表示 D7V(3Z体)のみ表示 → GPCR
    p.234 二酸化炭素:二酸化炭素(carbon dioxide) → 温室効果ガス

        
    [左]20種類のアミノ酸p.80) [中]BCAA(p.100) [右]PDD(pregna-4,20-dien-3,6-dione;p.195

      
    ヒスタミンH1受容体3rze中のドキセピン(3E体3Z体)(p.226ほか
    花粉症・アレルギーの発症因子の立体構造を世界で初めて解明−副作用を抑えた治療薬の探索・設計が可能に−(京都大学,2011/06/23)


  8. イルカに化学物質が蓄積、プラスチック添加剤 生殖への影響や発がん性も懸念されるフタル酸エステル、米国(ナショナル ジオグラフィック,2018/09/12) [NEW!]

    フタル酸ジエチルヘキシル(di-2-ethylhexyl phthalate;bis(2-ethylhexyl) phthalate;DEHP)
    Phthalate - WikipediaEndocrine disruptor - Wikipedia
    フタル酸ジエチル(diethyl phthalate,DEP)
    フタル酸ジエチルヘキシル(di-2-ethylhexyl phthalate,DEHP) | ※参考(代謝物例): MEHHP(mono(2-ethyl-5-hydroxyhexyl) phthalate) MEOHP(mono(2-ethyl-5-oxohexyl) phthalate)
    ※参考(フタル酸エステルが結合したPDBデータ例):4g5i(ブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉;フタル酸ジブチル〈DBP〉が結合) 同PDBsumデータ4g5i_DB7$ [ホスホリパーゼA2 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]フタル酸ジエチルヘキシル(di-2-ethylhexyl phthalate,DEHP) [右]環境ホルモンと目される化合物としてのフタル酸エステル類

  9. ホタルのゲノム解読に成功 〜ホタルの光の遺伝子の進化が明らかに〜(基礎生物学研究所,2018/10/16) [NEW!] ※“アシルCoA合成酵素と呼ばれる脂肪酸代謝酵素の遺伝子が進化の過程で何度も重複を起こして複数のコピーが存在するようになり、そのひとつが発光活性を持つルシフェラーゼに進化したことがわかりました”。

    PDBデータ 2d1s(ゲンジボタルルシフェラーゼ;野生型,DLSA結合)
    Luciferase - WikipediaFirefly luciferin - Wikipedia
    2d1s(ゲンジボタルルシフェラーゼ;野生型〈黄緑色型〉,DLSA結合) Ile288選択 同PDBsumデータ2d1s_SLU$
    2d1t(ゲンジボタルルシフェラーゼ;S286N変異体〈赤色型〉,DLSA結合) 同PDBsumデータ2d1t_SLU$
    ホタルルシフェリン(firefly luciferin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 ロイシン選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ゲンジボタルルシフェラーゼ(野生型〈黄緑色型〉,DLSA結合) 2d1s [右]同PDBsumデータと2d1t(ゲンジボタルルシフェラーゼ;S286N変異体〈赤色型〉,DLSA結合)のPDBsumデータの比較


  10. Redox-dependent rearrangements of the NiFeS cluster of carbon monoxide dehydrogenase(Elife,2018/10/02) [NEW!] ※2018/10/02公開データ6b6v・6b6w(下掲)・6b6x・6b6y・6dc2

    PDBデータ 6b6wのChain A(NiFeSクラスターを含む一酸化炭素デヒドロゲナーゼ)
    Carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) - Wikipedia
    6b6wのChain A(一酸化炭素デヒドロゲナーゼ) XCC(CUVと重なり)消去 同PDBsumデータ6b6w_CUV$PDBsumデータ6b6v_XCC$ PDBsumデータ6b6x_XCC$ PDBsumデータ6b6y_CUV$

    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]NiFeSクラスターを含む一酸化炭素デヒドロゲナーゼ6b6wのChain A [右]6b6v6b6w6b6x6b6yのPDBsumデータ比較


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