◆ Jmolで見るトピックス分子(19-1) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. RCSB PDB 2019/09/25新規公開データより:6pw4 Cryo-EM Structure of Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in Detergent [NEW!] ※他に6pw5公開

    PDBデータ 6pw4(温度感受性TRPチャネルTRP1)
    Transient receptor potential channel - Wikipedia
    6pw4(温度感受性TRPチャネルTRP1) PIO(PIP2)選択 同PDBsumデータ6pw4_PIO$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    温度感受性TRPチャネルTRP1 6pw4とそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 新型の光応答性タンパク質であるヘリオロドプシンの構造を解明(JST,2019/09/26) [NEW!] ※2019/09/25公開PDBデータ6is6

    PDBデータ 6is6(ヘリオロドプシン)
    6is6(ヘリオロドプシン) RET(レチナール)選択 Lys238選択 同PDBsumデータ6is6_RET(1-オレオイル-R-グリセロールが結合)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘリオロドプシン6is6(all-transレチナールはLys238に結合)とそのPDBsumデータ(レチナール;1-オレオイル-R-グリセロールが結合)


  3. 今月の分子 238: リボヌクレオチド還元酵素(Ribonucleotide Reductase)(PDBj,2019/10) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3uus(dATPが結合したリボヌクレオチド還元酵素)
    Ribonucleotide reductase - WikipediaDeoxyadenosine triphosphate - Wikipedia
    3uus(dATPが結合したリボヌクレオチド還元酵素) 同PDBsumデータ3uus_DTP[800(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    dATPが結合したリボヌクレオチド還元酵素3uusとそのPDBsumデータ


  4. 書籍紹介:鈴木 聡 編著,「分子でよむ環境汚染」,東海大学出版会(2009) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。

        

    初期表示:蛍光増白剤 DAS1(2ナトリウム塩)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    p.2・171ほか ポリ塩化ビフェニル(PCBs)/p.3ほか コプラナーPCBs:3,3',4,4',5-PeCB(コプラナーPCBの例) → ダイオキシン類
    p.2ほか DDT:p,p'-DDT o,p'-DDT
    p.3ほか PCDDs/p.172 2,3,7,8-TCDD:2,3,7,8-TCDD(PCDDの例) → ダイオキシン類
    p.3ほか PCDFs:2,3,7,8-TCDF(PCDFの例〈p.204ほか〉) → ダイオキシン類
    p.3ほか PBDE(ポリ臭化ジフェニルエーテル)/p.23ほか PBDEs:デカブロモジフェニルエーテル(DBDE〈p.71〉;PBDEの例) → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤)
    p.3・49ほか パーフルオロオクタンスルホン酸塩(PFOS)/p.49 フッ素系界面活性剤(Perfluoroalkyl Surfactants: PFSs):パーフルオロオクタンスルホン酸ナトリウム(PFSの例) → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤;PFAS関連記事も参照) ※PFSsは“Polyfluorinated Surfactants”と表記する場合が多い
    p.5・58・72・130・191ほか ベンゾ[a]ピレン:ベンゾ[a]ピレン ※参考 代謝物 benzo[a]pyrene diol epoxide の例 → 環境ホルモン例発がん性化合物と生体分子 ※参考 バイオレメディエーション
    p.5・178 トリブチルスズ(TBT):塩化トリブチルスズ(TBTC) → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例
    p.6ほか ヘキサクロロシクロヘキサン(HCHs):HCH(リンデン,リンダン,lindane,γ-BHC) → 新規POPs
    p.6ほか クロルデン(CHLs):trans-クロルデン cis-クロルデン → 環境ホルモン例
    p.8・123ほか チトクロームP-450系:2hi4(シトクロムP450構造例,P450 1A2) BHF(2-phenyl-4H-benzo[h]chromen-4-one)選択 同2hi42hi4_BHF$ → P450データ集メニュー ※参考 バイオレメディエーション
    p.12ほか DDE:p,p'-DDE o,p'-DDE → 環境ホルモンとして疑われている化合物例
    p.49ほか PFOA:PFOA → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤)
    p.49ほか PFHS:PFHS → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤)
    p.55 蛍光増白剤/DAS1:DAS1(2ナトリウム塩) → 染料の種類
    p.56 直鎖アルキルベンゼンスルホン酸塩(LAS):ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム(C12H25-(C6H4)SO3Na;LASの例,ナトリウム塩) → 界面活性剤の種類
    p.56ほか ノニルフェノール:4-ノニルフェノール(4-nonylphenol,p-ノニルフェノール)〔分岐型の例〕  同〔直鎖〕 → 環境ホルモンとして疑われている化合物例
    p.73 セルロース:セルロースの部分構造例(グルコース環×4〔セロビオース単位(繰り返し単位)×2〕) → 代表的な高分子
    p.71ほか 多環芳香族炭化水素(PAHs)/p.190 ナフタレン/p.190 アントラセン:PAHsの例 naphthalene(ナフタレン) anthracene(アントラセン) → モノはなぜ見える
    p.107ほか コレステロール ほか/p.131ほか エストロゲン:コレステロール テストステロン(testosterone) エストラジオール-17β(17β-estradiol) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.124・221ほか フェノール:フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
    p.132 フェノバルビタール:フェノバルビタール(phenobarbital)
    p.133 リファンピシン:リファンピシン(rifampicin) → 抗生物質を含むPDBデータ別トピック例
    p.134 エリスロマイシン:エリスロマイシン(erythromycin) → 抗生物質を含むPDBデータ
    p.142ほか ルシフェラーゼ/ルシフェリン:2d1s(ルシフェラーゼ構造例,DLSA結合ゲンジボタルルシフェラーゼ;野生型〈黄緑色型〉) 同PDBsumデータ2d1s_SLU$ホタルルシフェリン(firefly luciferin,ルシフェリン構造例) → 別トピック
    p.165 ATP:ATP → 生体分子の構成元素
    p.165 グルコース:α-グルコース(α-glucose) β-グルコース(β-glucose) → 甘味物質の秘密
    p.177 メチル水銀:塩化メチル水銀(methylmercuric chloride) → 水俣病
    p.178 トリフェニルスズ(TPT):塩化トリフェニルスズ(TPTC) → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例
    p.181 メチシリン:メチシリン(methicillin) → 抗生物質分子データ集
    p.181 バンコマイシン:バンコマイシン(vancomycin) → 抗生物質分子データ集
    p.183 アンピシリン:アンピシリン(ampicillin) → 抗生物質分子データ集
    p.194 トルエン:トルエン(toluene) → 化学物質過敏症・シックハウス情報
    p.197 メタンハイドレート:メタンハイドレート(methanehydrate)の構造例 メタン選択 → メタンハイドレート
    p.204 ジクロロメタン:ジクロロメタン(dichloromethane) → 気候変動と適応
    p.204 1,2-ジクロロエタン:1,2-ジクロロエタン(1,2-dichloroethane) → PRTR/新潟県のデータから
    p.207 フラーレン:フラーレン(fullerene,C60) → フラーレン
    p.208 アンモニア:アンモニア(ammonia) → 窒素から見る生命の世界
    p.221 2,3-ジメトキシ-1,4-ナフトキノン(DMNQ):2,3-ジメトキシ-1,4-ナフトキノン(2,3-dimethoxy-1,4-naphthoquinone,DMNQ)
    p.221 N-ニトロソジメチルアミン(DMN):N-ニトロソジメチルアミン(N-nitrosodimethylamine,DMN)


    蛍光増白剤 DAS1(2ナトリウム塩)(上掲書p.55参照)


  5. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2019 - NobelPrize.org [NEW!] ※“The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2019 was awarded jointly to William G. Kaelin Jr, Sir Peter J. Ratcliffe and Gregg L. Semenza "for their discoveries of how cells sense and adapt to oxygen availability."”。

    PDBデータ 1h2nの2量体(Chain A×2;HIF-1αインヒビター)
    1h2nの2量体(Chain A×2;HIF-1αインヒビター,Sir Peter J. Ratcliffeらによる) → Journal of Biological Chemistry誌論文 [HIF1A - Wikipedia
    1lm8(HIF-1α-VHLタンパク質-エロンギンB-エロンギンC複合体,William G. Kaelin Jr.らによる) H鎖(HIF-1α)選択 V鎖(VHLタンパク質)選択 → Science誌論文 [Von Hippel-Lindau tumor suppressor - Wikipedia
    ※参考(エリスロポエチン関連): 1eer(エリスロポエチン〈erythropoietin〉と受容体) A鎖(エリスロポエチン)選択 [Erythropoietin - WikipediaErythropoietin receptor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]HIF-1αインヒビター1h2nの2量体(Chain A×2;Sir Peter J. Ratcliffeらによる)
    [右]HIF-1α-VHLタンパク質-エロンギンB-エロンギンC複合体1lm8(William G. Kaelin Jr.らによる)


  6. 世界初! 大腸菌「呼吸酵素」の精密立体構造を解明(九州工業大学,2019/10/04) [NEW!] ※2029/10/16公開データ6rko(下掲)

    PDBデータ 6rko(シトクロムbd型呼吸酵素)
    6rko(シトクロムbd型呼吸酵素) OXY(酸素分子)選択 同PDBsumデータ6rko_OXY$(リガンドHDDが結合)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    シトクロムbd型呼吸酵素6rkoとそのPDBsumデータ


  7. 片頭痛の新たな急性期治療薬「REYVOW」、米国で承認−米リリー(LifePro医療ニュース,2019/10/18) [NEW!] ※“米国食品医薬品局(FDA)が…経口薬「REYVOW(TM)」(一般名:Lasmiditan)を世界で初めて承認したと発表”,“その治療効果は5-HT1F受容体での作用によるものと考えられるが、正確な機序は不明”。

    ラスミディタン(lasmiditan)
    Lasmiditan - Wikipedia5-HT1F receptor- Wikipedia
    ラスミディタン(lasmiditan)
    ※参考(5-HT1受容体の例;5-HT1F受容体データは現在なし):6g79(5-HT1B受容体;Goタンパク質とアゴニストのドニトリプタンが結合) 同PDBsumデータ6g79_EP5$ [Donitriptan - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ラスミディタン(lasmiditan)


  8. RCSB PDB 2019/10/30新規公開データより:6in3 Crystal structure of DOT1L in complex with 18-Crown-6 [NEW!] ※他に6in4(DAPK1)・6in2(BRD1)・6in1(BRD4)・6in0(EphA3)・6imz(MTH1)公開

    PDBデータ 6in3(18-クラウン-6が結合したDOT1L)
    DOT1L - Wikipedia
    6in3(18-クラウン-6が結合したDOT1L) O4B(18-クラウン-6)選択 同PDBsumデータ6in3_O4B$
    18-クラウン-6(18-crown-6)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    18-クラウン-6が結合したDOT1Lタンパク質6in3とそのPDBsumデータ


  9. 今月の分子 239: ホスホリパーゼA2(Phospholipase A2)(PDBj,2019/11) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1pobのChain A(コブラ毒由来のホスホリパーゼA2)
    Phospholipase A2 - Wikipedia
    1pobのChain A(コブラ毒由来のホスホリパーゼA2) 同PDBsumデータ1pob_GEL$
    4g5i(フタル酸ジブチル〈DBP〉が結合したブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉;) 同PDBsumデータ4g5i_DB7$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    コブラ毒由来のホスホリパーゼA2 1pobのChain A(黄色球はシステイン中の硫黄原子)とそのPDBsumデータ


  10. RCSB PDB 2019/11/06新規公開データより:6shs Abeta fibril (Morphology I) [NEW!]

    PDBデータ 6shs(アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質)
    Amyloid beta - Wikipedia
    6shs(アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質;残基番号1-40)
    ※参考(in vitroでのアミロイドβ線維構造例):2naoのModel 1(42残基のアミロイドβ線維;残基番号1-42)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質6shs<(残基番号1-40 → Nature Communications論文
    [右]in vitroでのアミロイドβ構造例2naoのModel 1(残基番号1-42 → PNAS論文


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