◆ Jmolで見るトピックス分子（14-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが，Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。

  1. 「タンスの中」から「電池の中」へ　〜大環状有機分子から全固体リチウムイオン電池の大容量負電極が誕生〜』 （JST，2016/05/14）

    穴あきグラフェン分子（CNAP）の歪み構造例

    		穴あきグラフェン分子（CNAP）；歪み構造例 ｜ 同；平面構造例
    ナフタレン（naphthalene）　→ モノはなぜ見える
    グラフェン（graphene）　→ 分子モデルで見るノーベル賞
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    穴あきグラフェン分子（CNAP）の歪み構造例

  2. 胃がんの新規抗がん物質を同定 ―ゴルジ体を標的とした新しい治療法開発へ道−（がん研究会，2016/05/11）

    M-COPA（2-methylcoprophilinamide；AMF-26）

    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    M-COPA（2-メチルコプロフィリンアミド；AMF-26）

  3. RCSB PDB 2016/05/18 新規公開データより：4zry Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of human intermediate filament proteins keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10)

    PDBデータ 4zryの4量体（Chain A・B×2；中間径フィラメント〈KRT1〉とケラチン10〈KRT10〉の複合体）
    ［Keratin - Wikipedia，Intermediate filament - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］4zryの4量体（Chain A・B×2）；中間径フィラメント（KRT1）とケラチン10（KRT10）の複合体（●はシステインのS原子）
    ［右］参考図：羊毛の階層構造（epicuticleはケラチンタンパク質から成る）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  4. 抗生物質： 新規マクロライド系抗生物質に向けて（Nature ハイライト，2016/05/19）

    ソリスロマイシン（solithromycin；マクロライド系抗生物質）
    ［Solithromycin - Wikipedia，Macrolide - Wikipedia］

    		ソリスロマイシン（solithromycin）
    エリスロマイシン（erythromycin）
    ※参考（エリスロマイシン結合タンパク質例）： 3aoc（エリスロマイシンAが結合した多剤排出タンパク質AcrB）　同PDBsumデータ3aoc_ERY（エリスロマイシンA）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］ソリスロマイシン（solithromycin）　［中］ソリスロマイシンが結合した大腸菌リボソーム4www（上にはデータ未掲載）　［右］エリスロマイシンA（erythromycin A）が結合した多剤排出タンパク質AcrB3aocのPDBsumデータ

  5. 構造生物学： 抗生物質の標的の構造（Nature ハイライト，2016/05/26）

    PDBデータ 5ckr（ムライマイシンD2が結合した酵素ホスホ-MurNAc-ペンタペプチドトランスロカーゼ〈phospho-MurNAc-pentapeptide translocase；MraY〉）
    ［Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase - Wikipedia］

    		5ckr（ムライマイシンD2が結合した酵素MraY）　同PDBsumデータ5ckr_57M$
    ムライマイシンD2（muraymycin D2，MD2）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ムライマイシンD2（muraymycin D2，MD2）　［右］ムライマイシンD2が結合した酵素ホスホ-MurNAc-ペンタペプチドトランスロカーゼ（MraY）5ckrとそのPDBsumデータ

  6. RCSB PDB 2016/06/01 新規公開データより：5hys Structure of IgE complexed with omalizumab

    PDBデータ 5hysのChain A・B・H・J・K・L（抗IgE抗体オマリズマブ〈omalizumab〉と結合したIgE）
    ［Omalizumab - Wikipedia，Immunoglobulin E - Wikipedia］

    		5hysのChain A・B・H・J・K・L（オマリズマブ〈omalizumab〉と結合したIgE）
    6tcm（オマリズマブ〈omalizumab〉Fab）
    ※参考（IgGの構造例）：1igt（IgG2a）　［Immunoglobulin G - Wikipedia］ ｜ 8btb（IgG3，FLJ00385タンパク質）
    バックボーン　二次構造
    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］抗IgE抗体オマリズマブ（omalizumab）と結合したIgE 5hysのChain A・B・H・J・K・L　［右］オマリズマブ（omalizumab）Fab 6tcm

      
    ［左］IgG2a構造例1igt　［右］IgG3構造例8btb

  7. RCSB PDB 2016/06/08 新規公開データより：5it1 Streptomyces peucetius CYP105P2 complex with biphenyl compound

    PDBデータ 5it1のChain A（ビスフェノールAが結合したP450〈CYP105P2〉）
    ［Cytochrome P450 - Wikipedia，Bisphenol A - Wikipedia］

    		5it1のChain A（ビスフェノールAが結合したP450〈CYP105P2〉）　同PDBsumデータ5it1_2OH$
    ビスフェノールA（bisphenol A）　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物例
    ※参考（ビスフェノールAが結合した他のPDBデータ例）：2e2r（ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ）　同PDBsumデータ2e2r_2OH$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］5it1のChain A（ビスフェノールAが結合したP450〈CYP105P2〉）　［右］5it1と2e2rのPDBsumデータ

  8. 今月の分子 198: β-ガラクトシダーゼ（Beta-galactosidase）（PDBj，2016/06） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 1jz8（アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ）
    ［Beta-galactosidase - Wikipedia，Allolactose - Wikipedia］
    		1jz8（アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ）　LAK（アロラクトース）選択　同PDBsumデータ1jz8_LAK$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Pb選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ1jz8

  9. 構造生物学： 0.48Å分解能で得られた金属タンパク質の構造（Nature ハイライト，2016/06/09）

    PDBデータ 5d8v（高電位鉄硫黄タンパク質 HiPIP）
    ［High potential iron-sulfur protein - Wikipedia］

    		5d8v（高電位鉄硫黄タンパク質）　SF4（鉄硫黄クラスター）選択　同PDBsumデータ5d8v_SF4$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    高電位鉄硫黄タンパク質（HiPIP）5d8vとそのPDBsumデータ

  10. 世界初　高効率でCO2を還元する鉄触媒を開発、炭素資源化を促進 中部大学 （大学ジャーナル，2016/06/14）　※“一酸化炭素デヒドロゲナーゼ（CODH）”の構造例PDB 4UDXを以下に。

    PDBデータ 4udxの2量体（一酸化炭素デヒドロゲナーゼ）
    ［Carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) - Wikipedia］

    		4udxの2量体（一酸化炭素デヒドロゲナーゼ）　WCC（Fe3NiS4クラスター）選択　SF4（鉄硫黄クラスター）選択　同PDBsumデータ4udx_WCC（CO2，Fe含む）$
    ※鉄ポルフィリン類の例　→ 窒素から見る生命の世界｜ヘモグロビン
    2hhbのChain AのPDBsumデータ2hhb_HEM_A（ヒトのデオキシヘモグロビンのヘム）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    一酸化炭素デヒドロゲナーゼ構造例4udxの2量体とそのPDBsumデータ（Fe3NiS4クラスター-Fe-CO2）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」