Jmolで見るトピックス分子（18-5）

◆ Jmolで見るトピックス分子（18-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

今月の分子 236: サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ（Cyclin and Cyclin-dependent Kinase）（PDBj，2019/08）｜ Molecule of the Month（PDB）

Crystal structure of the p27^Kip1 cyclin-dependent-kinase inibitor bound to the cyclin A-Cdk2 complex（Nature，1996/07/25）　※下掲1jsuについて
Spectrum and Degree of CDK Drug Interactions Predicts Clinical Performance（Molecular Cancer Therapeutics，2016/10/01）　※下掲5l2tについて（他に5l2i・5l2s・5l2w）
- リボシクリブ（ribociclib）関連ニュース例：リボシクリブが乳癌患者の全生存期間を延長（日経メディカル，2019/06/26）
サイクリン - Wikipedia

PDBデータ 1jsu（p27^Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2複合体）
［Cyclin - Wikipedia，Cyclin-dependent kinase - Wikipedia］

1jsu（p27^Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2複合体）
5l2t（リボシクリブ〈ribociclib〉が結合したサイクリン依存性キナーゼ6）　F18（CAN508）選択　同PDBsumデータ 5l2t_6ZZ$　［Ribociclib - Wikipedia］｜リボシクリブ（ribociclib）
※上記「今月の分子」掲載以外のデータ例
3tn8（阻害剤CAN508が結合したサイクリンT-サイクリン依存性キナーゼ9複合体） *　　A鎖（CDK9）選択　F18（CAN508）選択　同PDBsumデータ 3tn8_F18$　→ JCI誌論文（3tn8, 3blq, 3blr）／京都大学プレスリリース｜ FIT-039

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　（*印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］p27^Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2（CDK2）複合体 1jsu
［中・右］リボシクリブ（ribociclib）が結合したサイクリン依存性キナーゼ6（CDK6） 5l2t とそのPDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

磁石にくっつく貝？　深海研究の鍵を握る「奇妙な生物」が絶滅危機！（ブルーバックス | 講談社，2019/08/06）　※“鉄の衣の正体は、鉄と硫黄の化合物であるパイライトとグレイジャイト。グレイジャイトは磁性を持つため、スケーリーフットは磁石に吸い寄せられる”のパイライト結晶構造例を以下に

Red Listing can protect deep-sea biodiversity（Nature Ecology & Evolution，2019/07/22）
Ocean snail is first animal to be officially endangered by deep-sea mining（Nature News，2019/07/22）
スケーリーフットが絶滅危惧種に認定　―IUCNレッドリスト登録に基づく深海生物多様性保全への第一歩―（JAMSTEC，2019/07/23）
奇妙な深海生物スケーリーフットが絶滅危惧種に（ナショナルジオグラフィック，2019/07/23）
スケーリーフットが身にまとう硫化鉄の生成機構を解明（JAMSTEC，2019/09/10）
Sclerite formation in the hydrothermal-vent "scaly-foot" gastropod-possible control of iron sulfide biomineralization by the animal（ScienceDirect，2006/02/15）
ニック・レーン著，斉藤隆央訳，「生命の跳躍　進化の10大発明」，みすず書房(2010)
American Mineralogist Crystal Structure Databaseによるパイライト（pyrite）とグレイジャイト（greigite）の結晶構造例（JSmolによる）：pyrite ｜ greigite
ウロコフネタマガイ - Wikipedia ｜黄鉄鉱｜硫化鉄 ∥ Scaly-foot gastropod ｜ Greigite　※“ It is protected by scale-shaped sclerites composed of iron sulfides greigite and pyrite”，グレイジャイト（「無機化合物・錯体辞典」ではグレイギット，Fe₃S₄）と黄鉄鉱（FeS₂）。
川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型（本サイト）｜鉄硫黄クラスター

初期表示は水分子パイライト（pyrite，黄鉄鉱）結晶構造例

黄鉄鉱（pyrite；FeS₂）部分構造｜ Fe₂S₂・Fe₄S₄・Fe₃S₄（以上2wqyより），Fe₈S₇（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示　→ 2014年は世界結晶年！｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
Jmol色　Rasmol色
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］パイライト（pyrite，黄鉄鉱）の結晶とその川上モデルによる構造例　［右］American Mineralogist Crystal Structure Databaseによるグレイジャイト（greigite）の結晶構造例（JSmolによる）

コンゴのエボラ熱治療薬試験、2種類が最高生存率90％と好結果（ロイター，2019/08/13）　※“米製薬リジェネロン・ファーマシューティカルズ(REGN.O)が開発する「REGN-EB3」と「mAb114」”。

PDBデータ 5fha（モノクローナル抗体 mAb114）
［mAb114 - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

モノクローナル抗体 mAb114 の構造 5fha

RCSB PDB 2019/08/21新規公開データより：6op9 HER3 pseudokinase domain bound to bosutinib

PDBデータ 6op9（ボスチニブに結合したHER3タンパク質）
［ERBB3 - Wikipedia］

6op9（ボスチニブに結合したHER3タンパク質）　同PDBsumデータ 6op9_DB8$
ボスチニブ（bosutinib）

ボスチニブに結合したHER3タンパク質6op9とそのPDBsumデータ（左・中），およびボスチニブ（bosutinib，右）

RCSB PDB 2019/08/28新規公開データより：6k7m Cryo-EM structure of the human P4-type flippase ATP8A1-CDC50 (E2Pi-PL state)　※他に6k7g～6k7l・6k7n公開

PDBデータ 6k7m（ATP8A1-CDC50a複合体）
［ATPase - Wikipedia，Flippase - Wikipedia］

6k7m（ATP8A1-CDC50a複合体）　D39（ホスファチジルセリン）選択　ALF（[AlF₄]^-イオン）選択　同PDBsumデータ 6k7m_D39$　同PDBsumデータ 6k7m_ALF$

バックボーン　二次構造
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

ATP8A1（P4-ATPアーゼ）-CDC50a複合体 6k7mおよびそのPDBsumデータ（ホスファチジルセリンと[AlF₄]^-イオン）

今月の分子 237: ナノディスクと高密度リポタンパク質（Nanodiscs and HDL）（PDBj，2019/09）｜ Molecule of the Month（PDB）

PDBデータ 6clzのModel 1（膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1〈MT1-MMP，MMP14〉の膜結合ドメイン）
［MMP14 - Wikipedia，Nanodisc - Wikipedia］

6clzのModel 1（膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1〈MT1-MMP〉の膜結合ドメイン）　Chain A（マトリックスメタロプロテアーゼ14）選択
※他のナノディスクの例
2mscのModel 1（脂質二重膜ナノディスクに結合したGTPアーゼKRas）　　Chain B（GTPアーゼKRas）選択　→ 別トピック

膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1（MT1-MMP，MMP14）の膜結合ドメイン6clzのModel 1

RCSB PDB 2019/09/11新規公開データより：6iy9 Crystal structure of aminoglycoside 7"-phoshotransferase-Ia (APH(7")-Ia/HYG) from Streptomyces hygroscopicus complexed with hygromycin B

PDBデータ 6iy9のChain A（ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia〈ハイグロマイシンB 7''-O-ホスホトランスフェラーゼ-Ia〉）
［Hygromycin-B kinase - Wikipedia，Hygromycin B - Wikipedia］

6iy9のChain A（ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia）　同PDBsumデータ 6iy9_HY0$

［左・中］ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia 6iy9のChain AとそのPDBsumデータ　［右］リガンドのHY0（ハイグロマイシンB変異体）とHYG（ハイグロマイシンB）の比較

これまでのがん治療薬は見当違いの対象を攻撃していた可能性が高い（GIGAZINE，2019/09/13）　※“MELK阻害剤OTS167”，“TOPKというたんぱく質を標的にした阻害剤のOTS964”。“シェルツァー氏は、その理由を「従来の治療薬がCRISPRより精度が低いRNA干渉技術を利用して作られたため」だと考えています”。

初期表示はMELK阻害剤OTS167

MELK阻害剤OTS167
TOPK阻害剤OTS964（塩酸塩）
※以下参考
MELK（Maternal embryonic leucine zipper kinase）の例： 4bky（MELK）　同PDBsumデータ 4bky_82B$　［MELK - Wikipedia］
TOPK（T-LAK cell-originated protein kinase）の例： 5j0aのChain A（PDZ-binding kinase/T-LAK cell-originated protein kinase (PBK/TOPK) ）

［左］MELK阻害剤OTS167とTOPK阻害剤OTS964（塩酸塩）　［右］MELK構造例4bkyとTOPK構造例5j0aのChain A

さくらももこさんの命を奪った乳がん…再発時の治療薬の選び方（ヨミドクター，2018/08/29）　※“がんが大きくなるのを防ぐアロマターゼ阻害薬（アリミデックス、アロマシン、フェマーラ）”。一般名はそれぞれアナストロゾール（anastrozole），エキセメスタン（exemestane），レトロゾール（letrozole）。

初期表示はアロマターゼ阻害薬アナストロゾール（anastrozole）

アナストロゾール（anastrozole）　［Anastrozole - Wikipedia］
エキセメスタン（exemestane）　［Exemestane - Wikipedia］
レトロゾール（letrozole）　［Letrozole - Wikipedia］
男性ホルモンの例：テストステロン（testosterone）
女性ホルモンの例： 17β-エストラジオール（17β-estradiol）
アロマターゼ（aromatase，CYP19A1）の例： 5jkw（テストステロンが結合したアロマターゼ）　TES（テストステロン）選択　同PDBsumデータ 5jkw_TES$　［Aromatase - Wikipedia，Aromatase inhibitor - Wikipedia］

［左］アロマターゼ阻害薬例アナストロゾール，エキセメスタン，レトロゾール　［中・右］アロマターゼの構造例と働き

RCSB PDB 2019/09/18新規公開データより：6o5e Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain

PDBデータ 6o5eのChain A（ビトロネクチン）
［Vitronectin - Wikipedia，Hemopexin - Wikipedia］

ビトロネクチン 6o5eのChain A

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」