◆ 2014年は世界結晶年! ◆
ecosci.jpサイト内の結晶関係コンテンツ例の紹介します!
世界結晶年2014日本委員会iycr2014
2015年は国際光年! [NEW!]

サイエンスアゴラ2014(2014/11/7-9,東京お台場地域)に出展する日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2014のテーブル展示(11/8-9の2日間)が世界結晶年2014日本委員会の共催で催されました。 ※IYCr2014の国内イベント情報からもリンク。


タンパク質構造解析の心臓部(中央が試料取付け・照射部で左はCCD検出器;SPring-8
日本コンピュータ化学会年会2007秋季年会参加記録


水(雪と氷)と塩化ナトリウム(食塩)の結晶様々な結晶構造光合成を司る光化学系 II 複合体DNAの二重らせん構造
トピックス参考ページ・文献


水(H2O;雪と氷)の結晶構造
水素結合着色表示
空間充填 球棒  スティック
   
背景・黒 灰 白 

塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造
 
空間充填 球棒 スティック
   
背景・黒 灰 白 

【参考】
◎本サイト内:
分子とは? - もっと数を増やすとサイエンスカフェにいがた第6回『雪と氷の不思議な魅力』



中谷ダイアグラムと氷の結晶構造
Fascination of Snow Crystals −How are their beautiful patterns created?より
中谷宇吉郎 - Wikipedia



「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」
によるNaCl結晶構造



ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
水(氷,雪)・塩化ナトリウムの結晶構造とスクロース・グルタミン酸ナトリウムの同時表示 水(氷,雪)の結晶構造のみ表示水素結合着色表示
炭素(C)の同素体:ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン(C60),カーボンナノチューブ(アームチェア型の例) → フラーレン
金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 | 金(Au) 銀(Ag) 銅(Cu)
様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき[1] [NEW!]同[2] [NEW!] Mg,Si,Ca,Mn,Fe,Co,Cu,Ga,As,Mo,Te,W,Au,を球80%表示し元素記号表示 → 生命を知り生命に学ぶ
黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 [NEW!] …Pyrite – Virtual Museum of Molecules and Mineralsのデータを加工 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例

バックボーン 二次構造
空間充填 球棒 球40% 球60% スティック 針金

背景・黒 灰 白 


Jmol colors

    
    
  
  
  



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 A鎖選択 リガンド選択
Mn4CaO5クラスター選択
(一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ)

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 
光合成光化学系IIの構造例PDB 3ARC(3ARCは現在3WU2に更新されています)

【参考】
光合成酸素発生の謎を解明(SPring-8,2011/04/18)関連動画
◎新情報:光化学系II複合体の正確な三次元原子構造を解明 −人工光合成開発への糸口に−(SPring-8,2014/11/27) [NEW!]Jmolトピックス
◎本サイト内:光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例光合成に関係する生体分子のSITE例



    

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!




バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 DNA backbone選択
N選択 O選択 P選択 S選択
CPK色
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
水素結合表示
 
背景・黒 灰 白 
DNAの構造例PDB 1D66のChain D・E

【参考】
◎本サイト内:
DNAとRNAのいろいろな姿DNAの脆弱性と強靭性DNA修復



DNA構造解明の歴史
Molecular Configuration in Sodium Thymonucleate - Nature [PDF]



3a38のArg28およびTrp74のみ
全選択 Arg28選択
空間充填 球棒 スティック 消去
CPK色 アミノ色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3a38_SF4_h (高電位鉄イオウタンパク質;PDBsumデータにH原子追加)
I'/O'=0.3789
リガンド選択
空間充填 球棒 スティック 消去
CPK色 アミノ色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 


高電位鉄イオウタンパク質(HiPIP)のPDBsumデータ3a38_SF4(H原子追加)


PDBデータ 3wg7(チトクロム〔シトクロム〕酸化酵素)
Cytochrome c oxidase - Wikipedia; Redirected from Cytochrome oxidase]

3wg7
同PDBsumデータ 3wg7_PER(過酸化物イオン)$

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
PER(過酸化物イオン)選択 HEA(ヘムa)選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 


※今後も追記予定です! → 参考;Googleによるecosci.jp内“結晶”検索結果




iycr2014International Union of Crystallography - YouTube



The fascinating world of crystallography - YouTube



What is a Protein? Learn about the 3D shape and function of macromolecules - YouTube



Salt, Diamonds and DNA: 5 Surprising Facts About Crystals - YouTube


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