◆ Jmolで見るトピックス分子 ◆
Vol.12345
※初期表示はToll様受容体の構造例3ciy(二重らせんRNAを含む)
※2012年1月20日以前のデータはVol.5に移しました!
※ブラウザはInternet Explorerを推奨します。

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
※話題50件ごとにデータをアーカイブに移動します。
 → Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)
  1. PDBデータ 2fk0のChain A-F#(H5N1インフルエンザウイルスのヘマグルチニン) Chain A・B# A鎖のAsn158・Asn224・Gln226・Thr318選択 [Hemagglutinin (influenza) - Wikipedia
  2. PDBデータ 3sn6(β2アドレナリン受容体(β2AR)-Gsタンパク質複合体;GPCR) 同PDBsumデータ 3sn6_P0G [Adrenergic receptor - WikipediaG protein - WikipediaG protein-coupled receptor - Wikipedia
  3. PDBデータ 1ewkのChain A#(代謝型グルタミン酸受容体;グルタミン酸が結合) 同PDBsumデータ 1ewk_G39(下記論文の甘味物質結合部分ではない) リガンドGLU選択 [Glutamate receptor - Wikipedia
  4. PDBデータ 2az5のChain A・B(TNF-α〈腫瘍壊死因子α〉;阻害剤含む) Leu選択(消去用;C末端のLeu) [Tumor necrosis factors - Wikipedia
  5. PDBデータ 5p21(Rasタンパク質) [Ras subfamily - Wikipedia
  6. PDBデータ 2hu4のChain A(N1ノイラミニダーゼ;オセルタミビル〈タミフル〉の活性代謝物GS4071が結合) 同PDBsumデータ 2hu4_G39 [Neuraminidase - WikipediaOseltamivir - Wikipedia
  7. PDBデータ 3vkhのChain A・C(ダイニン) [Dynein - Wikipedia
  8. PDBデータ 4dww(ナットウキナーゼ) [Nattokinase - Wikipedia
  9. PDBデータ 1e79(ATP合成酵素 F1サブユニット;ミトコンドリア由来) F1β(D-F鎖)選択 同D鎖 同PDBsumデータ 1e79_ATP$ [ATP synthase - Wikipedia
  10. PDBデータ 1f88のChain A#(ウシロドプシン) [Rhodopsin - Wikipedia
  11. カプロン酸エチル(ethyl caproate;ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate) [Ester - Wikipedia
  12. PDBデータ 3u6y(Alba2-DNA複合体)
  13. PDBデータ 3rze*(ヒスタミンH1受容体;ドキセピン含む(5EHとD7Vの2構造重ね合わせ)) 5EH(3E体)消去 D7V(3Z体)消去 同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V$  5EH(3E体)のみ表示 D7V(3Z体)のみ表示 [Histamine H1 receptor - WikipediaDoxepin - Wikipedia
  14. PDBデータ 3ciy#(Toll様受容体;二重らせんRNAを含む) [Toll-like receptor - Wikipedia
  15. PDBデータ 1l8t(アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ;カナマイシンAが結合) カナマイシンA選択 [Phosphotransferase - WikipediaCategory:Aminoglycoside antibiotics - Wikipedia
  16. エベロリムス(everolimus) [Everolimus - Wikipedia
  17. PDBデータ 3vg9(アデノシンA2a受容体と抗体フラグメントFabの複合体) [G protein-coupled receptor - WikipediaAdenosine A2A receptor - Wikipedia
  18. PDBデータ 3ayg(一酸化窒素レダクターゼ) [Nitric-oxide reductase - Wikipedia
  19. PDBデータ 3ug9の2量体(チャネルロドプシン,光駆動性陽イオンチャネル) レチナール選択 同PDBsumデータ 3ug9_RET 3ug9_RETs(3ug9_RETにGlu162追加) [Channelrhodopsin - Wikipedia

 (適宜追加します)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



アーカイブ:Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)

「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」