◆ Jmolで見るトピックス分子 ◆
Vol.12345678
※初期表示は抗体(免疫グロブリン IgG2a)の構造例(PDB 1IGT)。
※Java仕様変更に対応して順次修正します。
No.401-410421〜(411-420は作成中)
※2013年12月23日以前のデータはVol.8に移しました!
書庫掲載データ名一覧を公開しました! [NEW!]

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
※話題50件ごとにデータをアーカイブに移動します。現在の表示データは書庫移動後はNo.401-450になります。
Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)6(251-300)7(301-350)8(351-400)
  1. PDBデータ 1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択 [Oct-4 - Wikipedia
  2. PDBデータ 1it3(ヌタウナギのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) 同Chain A 同PDBsumデータ 1it3_HEM-CMO(A鎖) $ [Hagfish - Wikipedia
  3. PDBデータ 3w8oのChain A(ヘム獲得タンパク質HasAp;鉄フタロシアニンが結合) 同PDBsumデータ 3w8o_WPC(鉄フタロシアニン結合)$ [Phthalocyanine - Wikipedia
  4. ファビピラビル(favipiravir,T-705,商品名アビガン;RNAポリメラーゼ阻害剤) | PDBデータ 4kn6(ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ;T-705-リボース-5'-一リン酸が結合〈T-705は活性体の三リン酸体に変換されて阻害作用〉) 同PDBsumデータ 4kn6_1RP$ [Favipiravir - WikipediaHypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase - Wikipedia
  5. PDBデータ 3wktのChain A・C(NADPH-シトクロムP450還元酵素とヘムオキシゲナーゼの複合体) [Cytochrome P450 reductase - WikipediaHeme oxygenase - Wikipedia
  6. PDBデータ 3waz(DNAグリコシラーゼ活性を示す制限酵素R.PabIとDNAの複合体)
  7. クロザピンN-オキシド(clozapine N-oxide) [Clozapine - Wikipedia
  8. 長沼 毅・井田 茂,「地球外生命 われわれは孤独か」,岩波新書(2014) より
    p.19 チューブワームの“スーパー・ヘモグロビン”:チューブワーム由来ヘモグロビン1YHU(左)とヒトヘモグロビン1HHO(4量体;右) → チューブワーム関連データのSITE例ヘモグロビン
    p.51 パイライト仮説に関連して:PDBデータ 2wqyのA-D鎖より(Fe2S2,Fe4S4,Fe3S4のデータをまとめたもの)
     → 鉄硫黄クラスター/Fe4S4,Fe2S2,Fe3S4等を含む生体分子のSITE例
  9. 窒素(窒素分子) [Nitrogen - Wikipedia
  10. PDBデータ 4l9iのChain A(Gタンパク質共役受容体キナーゼ1〈GRK1〉;パロキセチンが結合) 同PDBsumデータ 4l9i_8PR$ [G protein-coupled receptor kinase - WikipediaParoxetine - Wikipedia
  11. マラチオン(malathion,マラソン) [Malathion - Wikipedia
  12. PDBデータ 4fl5のChain A・P(14-3-3σタンパク質とタウタンパク質;P鎖がタウ〈synthetic construct〉) P鎖選択 [Tau protein - Wikipedia14-3-3 protein - Wikipedia
  13. PDBデータ 1igt#(抗体〈免疫グロブリン,IgG2a〉) [Antibody - Wikipedia
  14. D-プシコース | β-D-プシコピラノース [Psicose - Wikipedia
  15. PDBデータ 4mju(インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ;新規スピロラクタム系抗ウイルス剤が結合) 同PDBsumデータ 4mju_27S$ [Neuraminidase - Wikipedia
  16. ペランパネル(perampanel) [Perampanel - Wikipedia
  17. PDBデータ 2cvdのChain A・D(造血器型プロスタグランジンD合成酵素;阻害剤HQL-79結合) 同PDBsumデータ 2cvd_HQL$(グルタチオン含む) HQL(阻害剤HQL-79)選択 [PGDS - Wikipedia] ‖ プロスタグランジンD2(PGD2
  18. ピロリジン(pyrrolysine,PYL) | セレノシステイン(selenocysteine,SEC) ‖ 参考(ピロリジンを含むPDBデータ): 2zce(ピロリジル-tRNA合成酵素;ピロリジンとATPアナログが結合) 同PDBsumデータ 2zce_PYH$ PYH(ピロリジン;旧3文字記号)選択  [Pyrrolysine - WikipediaSelenocysteine - Wikipedia
  19. 3a38*(高電位鉄イオウタンパク質〈HiPIP〉) Arg28およびTrp74選択 同 Arg28およびTrp74のみ Arg28選択 同PDBsumデータ 3a38_SF4$ 3a38_SF4にH原子追加$
  20. (S)-ケタミン((S)-ketamine) | (R)-ケタミン ‖ 参考((R)-ケタミンを含むPDBデータ): 4f8h*(リガンド開口型イオンチャネル〈GLIC〉) 同PDBsumデータ 4f8h_RKE$ RKE((R)-ケタミン)選択  [Ketamine - WikipediaEsketamine - Wikipedia
  21. PDBデータ 4ncoのChain A・B・E・F・I・J#(HIV外被糖タンパク質) gp120(A・E・I鎖)選択 [Envelope glycoprotein GP120 - WikipediaGp41 - Wikipedia
  22. ラニナミビルオクタン酸エステル水和物(CS-8958;ラニナミビルのプロドラッグ) ラニナミビル | PDBデータ 3ti3のChain A#(H1N1インフルエンザウイルスのイラミニダーゼ〈N1〉;ラニナミビルが結合) 同PDBsumデータ 4a7u_LNV$ LNV(ラニナミビル)選択 [Laninamivir - Wikipedia
  23. テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC) [Tetrahydrocannabinol - Wikipedia
  24. PDBデータ 4g1q(HIV-1ウイルスの逆転写酵素;非核酸系逆転写酵素阻害剤リルピビリン〈リルピヴィリン/rilpivirine/TMC-278〉が結合) T27(リルピビリン)選択 [Rilpivirine - Wikipedia
  25. PDBデータ 1yy9#(上皮増殖因子受容体に結合したセツキシマブ) C・D鎖(Cetuximab Fab)選択 [Cetuximab - Wikipedia
    ※以下作業用
  • PDBデータ 3hcdのChain A

 (今後の新規データ追加はこちらで行います)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



アーカイブ
Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)
6(251-300)7(301-350)8(351-400)

「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」