◆ 今週の分子 ◆
連載95(2005/09/01〜):
DNAのG-四重らせん構造の例(PDBデータ2A5Rより)
= テロメアと『テロメアの帽子』の話題を含めて =
Chime版DNAとRNAのいろいろな姿


DNAのG-四重らせん構造例1kf1
Telomere - Wikipediaに画像掲載のデータ

 今年6月に創刊されたNature Chemical Biologyの最新トピック(無料の利用者登録が必要)の中に,

という記事が出ていたのを参考に,見慣れている二重らせん構造とは異なったDNAの一面を表現してみた。なお,四重らせん構造(四重鎖構造)は,テロメア(telomere)DNAでも見ることができ,こちらではG-四量体の中央にK+イオンが存在する。


※参考:生体分子のかたちの不思議/DNAの2つの姿


DNAのG-四重らせん構造の例 初期表示(1組のG-四量体の強調)
2A5RのModel 1(初期表示;ポルフィリン含む)
※1組のG-四量体を空間充填表示,ポルフィリン(ポルフィン)誘導体をスティック表示
2A5PのModel 1(ポルフィリンなし)
 G-四量体例選択(2A5R・2A5P共通)
  その1(6,15,19,24),その2(5,9,14,18),その3(4,8,13,17),1〜3

参考(ヒトのテロメアDNAの例;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG
1KF1* “テロメアの帽子”表示(話の種参照)
 G-四量体例選択(1KF1)
  その1(4,10,16,22),その2(3,9,15,21),その3(2,8,14,20),テロメア配列TTAGGG選択(1KF1)
  その1(5-10),その2(11-16),その3(17-22),1〜3

1K8P*
 G-四量体例選択(1K8P)
  その1(5,11,17,23),その2(4,10,16,22),その3(3,9,15,21),1〜3

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択
DNA/RNA選択 同バックボーン選択 RNA選択
リガンド選択 
空間充填 球棒 同(球大き目)
スティック スティック(太) 針金
DNA/RNA(ATGCU
アミノ色 CPK色 | 濃赤 濃青
Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE


※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

# アミノ酸のコンホメーション選択性参照。



2A5Rより(画像はChime版で作成,クリックで拡大)


  
〔左〕絵本「テロメアの帽子」のサイト
〔右〕1KF1データで作成したテロメアの“帽子”(テロメアの繰り返しTTAGGG×3を球棒表示,G-四量体×3とK+イオンを空間充填表示)


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