◆ コラーゲンの例(Jmol版) ◆
Chime版


:Gly :Pro :ヒドロキシPro

 PDBj「今月の分子」から商品広告でもよく目にするコラーゲン。骨,腱,皮膚などを形成している硬タンパク質の一種で,3本のタンパク質が三つ編みのようになっている三重ヘリックスでできているのが強さの秘密です。種類によってアミノ酸組成などが異なりますが,グリシン(Gly)を周期的に含み,プロリン(Pro)やヒドロキシプロリン(Hyp)も特徴的に含まれます。

コラーゲンの例 1BKVはグリシン)

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
Gly選択 Pro選択 ヒドロキシPro選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク  

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 

参考:1BKVのアミノ酸配列;3残基ごとに改行
※Sequence:PXGPXGPXGITGARGLAGPXGPXGPXGPXG(A・B・C鎖共通)
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Ile Thr Gly
Ala Arg Gly
Leu Ala Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly
Pro Hyp Gly


コラーゲン様ペプチドの例 1CAGはグリシン)

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
Gly選択 Pro選択 ヒドロキシPro選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク  

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 


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