●:Gly ●:Pro ●:ヒドロキシPro
PDBj「今月の分子」から商品広告でもよく目にするコラーゲン。骨,腱,皮膚などを形成している硬タンパク質の一種で,3本のタンパク質が三つ編みのようになっている三重ヘリックスでできているのが強さの秘密です。種類によってアミノ酸組成などが異なりますが,グリシン(Gly)を周期的に含み,プロリン(Pro)やヒドロキシプロリン(Hyp)も特徴的に含まれます。
参考:1BKVのアミノ酸配列;3残基ごとに改行
※Sequence:PXGPXGPXGITGARGLAGPXGPXGPXGPXG(A・B・C鎖共通)
Pro | Hyp | Gly |
---|---|---|
Pro | Hyp | Gly |
Pro | Hyp | Gly |
Ile | Thr | Gly |
Ala | Arg | Gly |
Leu | Ala | Gly |
Pro | Hyp | Gly |
Pro | Hyp | Gly |
Pro | Hyp | Gly |
Pro | Hyp | Gly |
コラーゲン様ペプチドの例 1CAG(●はグリシン)
= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG