◆ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン ◆
Jmol版(詳細情報含む)


ビタミンの分子モデル例(初期表示はビタミンC)

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
光沢表示  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
原子球・白  OFF(CPK)
背景・黒  背景・灰  背景・白
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●水溶性ビタミン
ビタミンC〈L-アスコルビン酸〉
ビタミンB1〈チアミン〉 ※2008/03/02,データを差替えました。
ビタミンB2〈リボフラビン〉
ビタミンB6〈ピリドキシン〉
ピロロキノリンキノン(PQQ,ビタミンB群;ビタミンとすることに異論も)
 理研記事1ChemFinder参照
ビタミンM〈ビタミンB9;葉酸,folic acid〉
ナイアシン〈ニコチン酸〉
  ナイアシンアミド〈ニコチン酸アミド〉)
パントテン酸
●脂溶性ビタミン
ビタミンA〈all-trans-ビタミンA〉  11-cis-ビタミンA
  all-trans-レチナール  11-cis-レチナール)
ビタミンD2〈カルシフェロール,エルゴカルシフェロール〉
ビタミンD3〈コレカルシフェロール〉  活性型
ビタミンE〈トコフェロール〉
ビタミンK2〈メナキノン〉の例;メナキノン-6



◆参考:補酵素の例
コエンザイム A(CoA)
コエンザイム Q10(CoQ10)〈ユビデカレノン,ユビキノン 10〉

※参考:本間善夫・川端潤,「パソコンで見る動く分子事典」,pp.75-80,講談社ブルーバックス(1999)


ビタミン関連分子を含んだタンパク質例(初期表示はレチナールを含む1E0Pの基底状態)
PDB部分データ集でタンパク質についてより詳細な表示指定ができます。
※〈 〉内はLigandとして含むビタミン関連分子(または補酵素),
 →でオリジナルPDBデータ表示(詳細はSummary Informationに記載)
1E0PのModel 1(基底状態)〈Vit.A(レチナール)〉 1E0P(Photoreceptor)
1F88のChain A〈Vit.A(レチナール)〉 1F88(Signaling Protein)
1IG0〈Vit.B1〉 1IG0(Transferase)
1BU5のChain A〈Vit.B2〉 1BU5(Electron Transport)
1BJNのChain A〈Vit.B6〉 1BJN(Aminotransferase)
1N2ZのChain A〈Vit.B12〉 1N2Z(Transport Protein)
1C9UのChain A〈PQQ;上掲記事とは無関係〉 1C9U(Oxidoreductase)
1J78のChain B〈Vit.D〉 1J78 ※eF-siteデータ
1IE9〈活性型Vit.D3〉 1IE9 ※活性化経路
1FE7のChain A〈Vit.E〉 1FE7(Toxin)
◆参考:補酵素を含んだPDBデータ例
1cm0のChain B〈CoA〉 1CM0(Signaling Protein)
7reqのChain A〈CoB12〉 7REQ(Isomerase)
1ezvのChain C〈CoQ6〉 1EZV(Oxidoreductase/Electron Transport)
Backbone 2nd Structure Termini
DNA/RNA(ATGCU
Ligands表示 OFF
Water表示(*印データのみ)  OFF

全選択 Ligand選択 Protein選択
DNA/RNA全選択 同backbone選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順
Dot Surface表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

※上記データはProtein Data Bank (RCSB PDB)の公開データから,chain1つを切り取って作成したものです.詳細はオリジナルデータ情報を参照してください.また,リンクしてある“Chime分子”表示ページはEric Martzによるもので,モデルの表示変更に用いたスクリプトも同氏のものを一部参考にしました.


※詳細情報はJmol版に移しました。


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