◆ Jmolで見るトピックス分子(19-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。


  1. 【解ければ化学者】オリーブオイルの主成分はどれ?【脂肪の素ってどんな分子? そして脂と油の差は?】(Chem-Station,2020/01/31) ※同記事1〜4の分子構造を以下に

    初期表示はDHA(ドコサヘキサエン酸,docosahexaenoic acid)
    1:酢酸(acetic acid) → 酢酸分子の形と軌道
    2:ステアリン酸(stearic acid;オクタデカン酸,octadecanoic acid)
    3:オレイン酸(oleic acid) → 別トピック
    4:カフェイン(caffeine) → 別トピック
    NHK記事掲載の分子例
    DHA(ドコサヘキサエン酸,docosahexaenoic acid) → 別トピック ‖ 参考(DHA結合PDBsumデータ例) 1fdq_HXA$(脳の脂肪酸結合タンパク質)
    EPA(エイコサペンタエン酸,eicosapentaenoic acid) → 別トピック ‖ 参考(EPA結合PDBsumデータ例) 1igx_EPA$(プロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左・中]DHA(ドコサヘキサエン酸,docosahexaenoic acid)とDHAが結合した脳の脂肪酸結合タンパク質1fdqPDBsumデータ
    [右]EPAが結合したプロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素1igxのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. プラスチック摂食により、海鳥は化学添加剤に汚染される(東京農工大学,2020/01/28) ※“5種類の化学添加剤(1種類の難燃剤と4種類の紫外線吸収剤)”。高田秀重教授らによる。

    紫外線吸収剤 UV-326(2-(2-hydroxy-3-tert-butyl-5-methylphenyl)-5-chlorobenzotriazole)
    UV degradation - Wikipedia
    難燃剤 DBDE(2,2',3,3',4,4',5,5',6,6'-decabromodiphenyl ether) → 新規POPs有害物質リスト
    紫外線吸収剤 UV-326(2-(2-hydroxy-3-tert-butyl-5-methylphenyl)-5-chlorobenzotriazole)
    紫外線吸収剤 UV-327(2-(3,5-di-tert-butyl-2-hydroxyphenyl)-5-chlorobenzotriazole)
    紫外線吸収剤 UV-328(2-(3,5-di-tert-amyl-2-hydroxyphenyl) benzotriazole)
    紫外線吸収剤 UV-329(2-(2H-benzotriazol-2-yl)-4-(1,1,3,3-tetramethylbutyl)phenol)
    紫外線吸収剤 BP-12(2-hydroxy-4-octyloxybenzophenone)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


    難燃剤 DBDE

      
    左から 紫外線吸収剤 UV-326・UV-328・UV-329


  3. RCSB PDB 2020/01/22新規公開データより:6pvt Influenza B M2 Proton Channel in the Open State - SSNMR Structure at pH 4.5 ※他にClosed Stateの6pvr公開

    PDBデータ 6pvtのModel 1(B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル)
    M2 proton channel - Wikipedia
    6pvtのModel 1(B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル) His19・Trp23選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル6pvtのModel 1


  4. ノンレム睡眠とレム睡眠のバランスを調節する脳回路と神経ペプチドを同定(筑波大学,2020/02/03) ※ニューロテンシン(neurotensin)構造例2lneを以下に

    PDBデータ 2lneのModel 1(ヒトのニューロテンシン)
    Neurotensin - Wikipedia
    2lneのModel 1(ヒトのニューロテンシン) → Biophysical Chemistry誌論文(2012)
    ※参考(ニューロテンシン結合タンパク質例):4grv(ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉;ニューロテンシン〈部分,6残基/13残基〉結合) Chain B(neurotensin 8-13)選択 同PDBsumデータ4grv_RRPYIL[Chain B]$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ヒトのニューロテンシン2lneのModel 1
    [中・右]参考(ニューロテンシン結合タンパク質例):ニューロテンシン受容体1(NTSR1,ニューロテンシン〈部分,neurotensin 8-13結合)とそのPDBsumデータ

    ニューロテンシン2lneのアミノ酸配列(13塩基,有機概念図I/O値順着色)
    Glu Leu Tyr Glu Asn Lys Pro Arg Arg Pro Tyr Ile Leu


  5. RCSB PDB 2020/02/12 新規公開データより:6jez Covalent labeling of rVDR-LBD by turn-on fluorescent probe mediated by conjugate addition and cyclization ※ビタミンD3受容体。他にペルオキシソーム増殖剤活性化受容体の6jey・6jf0公開。

    PDBデータ 6jez(ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD3受容体)
    Fluorophore - WikipediaVitamin D - WikipediaCalcitriol receptor - Wikipedia
    6jez(ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD3受容体) YSV(蛍光プローブ)選択 Chain C(リガンド結合ドメイン)選択 同PDBsumデータ6jez_YSV$
    ※参考(他のビタミンD3受容体構造例)
    1ie9(活性型ビタミンD3が結合したビタミンD3受容体) 同PDBsumデータ1ie9_VDX [151(A)]$
    7vqp(リトコール酸誘導体が結合したビタミンD3受容体) YSV(蛍光プローブ)選択 Chain C選択 同PDBsumデータ7vqp_7SW(H原子付加)$
    ビタミンD2(カルシフェロール,エルゴカルシフェロール) | ビタミンD3{コレカルシフェロール} 活性型ビタミンD3

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD3受容体6jezとそのPDBsumデータ


    リトコール酸誘導体が結合したビタミンD3受容体7vqpとそのPDBsumデータ(リガンドにH原子付加)


  6. RCSB PDB 2020/02/19新規公開データより:6kae Closslinked alpha(Fe-CO)-beta(Ni) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Light ※他に6ka9・6kah・6kai・6kao〜6kav・6l5v〜6l5y・6lcw・6lcx公開

    PDBデータ 6kaeのChain A-D(一酸化炭素が結合した Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン)
    Hemoglobin - Wikipedia
    6kaeのChain A-D(Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン) CMO(一酸化炭素)選択 Fe・Ni選択 同PDBsumデータ6kae_HEM$ 同PDBsumデータ6kae_HNI$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    一酸化炭素が結合した Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン6kaeのChain A-DとそのPDBsumデータ(Chain A〈CO結合〉・B)


  7. ビオチン生合成に関わる1回しか反応できない酵素の発見!―「自殺酵素」におけるユニークな多段階反応機構の解明(東京大学,2020/02/18) ※2020/02/26公開PDBデータ6ir4・6itd・6k36(下掲)・6k37・6k38

    PDBデータ 6k36(新規生合成酵素BioU)
    6k36(新規生合成酵素BioU) 同PDBsumデータ 6k36_CWF$
    ※参考(ビオチン結合タンパク質例): 1avdのChainA(鶏卵白のアビジン) 同PDBsumデータ 1avd_BTN$ [Avidin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    新規生合成酵素BioU 6k36とそのPDBsumデータ(Lys124については上掲論文・プレスリリース参照)


  8. 今月の分子 243: 電位依存性ナトリウムチャネル(Voltage-gated Sodium Channels)(PDBj,2020/03)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 6j8j(テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル)
    Sodium channel - WikipediaTetrodotoxin - Wikipedia
    6j8j(テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル) 9SR(テトロドトキシン)選択 同PDBsumデータ 6j8j_9SR$テトロドトキシン(tetrodotoxin,TTX)
    ※他の電位依存性ナトリウムチャネルの例
    6nt4(α-サソリ毒とジギトニンが結合したヒト-ゴキブリ ハイブリッドNavチャネル) L0A(ジギトニン)選択 同PDBsumデータ6nt4_L0A$ → 別トピック
    6sxfの4量体(Chain A×4;タモキシフェンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル) CTX(タモキシフェン)選択 同PDBsumデータ6sxf_CTX$タモキシフェン(tamoxifen) → 話題の制がん剤・抗がん剤
    7w9pのChain A(サキシトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7) 9SL(サキシトキシン)選択 同PDBsumデータ7w9pA_lp$ [Nav1.7 - WikipediaSaxitoxin - Wikipedia
    7we4(遮断剤A-803467が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.8) 95T(A-803467)選択 同PDBsumデータ7we4_lp$ [Nav1.8 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル6j8jとそのPDBsumデータ
    [右]フグ毒テトロドトキシンの作用機序模式図


    タモキシフェン(tamoxifen)が結合した電位依存性ナトリウムチャネル6sxfの4量体(Chain A×4)とそのPDBsumデータ


    サキシトキシン(saxitoxin)が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 7w9pのChain AとそのPDBsumデータ


    遮断剤A-803467が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.87we4とそのPDBsumデータ


  9. 目に見える光がなくても大丈夫!? 遠赤色光で光合成を行えるシアノバクテリアの秘密を解明 〜光化学系Iにおける、クロロフィルfの位置と機能の特定〜(東京理科大学,2020/01/15) ※2020/01/15公開6kmxを下掲(クロロフィルf含まない6kmw同時公開)

    PDBデータ 6kmxのChain Aa(クロロフィルfを含むシアノバクテリアの光化学系I)
    Chlorophyll f - Wikipedia
    6kmxのChain Aa(クロロフィルfを含むシアノバクテリアの光化学系I) F6C(クロロフィルf)選択 CLA(クロロフィルa)選択 CL0(クロロフィルaアイソマー)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]クロロフィルfa・同アイソマーを含むシアノバクテリアの光化学系I 6kmxのChain Aa [右]参考:クロロフィルabの吸収スペクトル例


  10. From nature ダイジェスト『強力な抗生物質をAIで発見』,日経サイエンス,2020年5月号収載

    ハリシン(halicin,SU-3327)
    Halicin - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


    ハリシン(halicin,SU-3327)


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