◆ Jmolで見るトピックス分子(19-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 金属タンパク質の活性発現に必要な一酸化炭素を生合成する仕組み(SPring-8,2019/11/07)

    PDBデータ 6j1j([NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素 HypX)
    6j1j([NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素 HypX) COA(補酵素A)選択 THG((6S)-5,6,7,8-テトラヒドロ葉酸)選択 同PDBsumデータ6j1j_COA$
    ※参考([NiFe]型ヒドロゲナーゼの酵素活性中心構造例):5xvd(鉄硫黄クラスター・NiFe活性中心ほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ)のPDBsumデータ5xvd_NFV(C3FeN2NiO2$ 同PDBsumデータ5xvd_8JU-SF4-F3S-NFV-MG(3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・NiFe活性中心・Mgイオン)$ → 全体構造

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中][NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素HypX 6j1jとそのPDBsumデータ
    [右][NiFe]型ヒドロゲナーゼの酵素活性中心構造例;5xvdのPDBsumデータ(黄色球はCysのS原子)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 作物の耐乾性を付与する分子の開発に成功 -化合物の投与で様々な植物の耐乾性と節水性の制御が可能に-(宇都宮大学,2019/10/25)

    オパバクチン(opabactin)
    オパバクチン(opabactin)
    アブシシン酸(アブシジン酸,abscisic acid) [Abscisic acid - Wikipedia
    ※参考(アブシシン酸〈アブシジン酸〉結合PDBsumデータ例):6g79のPDBsumデータ3jrq_A8S$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    オパバクチン(opabactin)


  3. RCSB PDB 2019/11/13新規公開データより:6mp4 Human liver FABP1 bound to tetrahydrocannabinol

    PDBデータ 6mp4のChain A(テトラヒドロカンナビノールが結合したヒト肝臓の脂肪酸結合タンパク質1)
    Fatty acid-binding protein - WikipediaTetrahydrocannabinol - Wikipedia
    6mp4のChain A(テトラヒドロカンナビノールが結合した脂肪酸結合タンパク質1) 同PDBsumデータ6mp4_TCI$
    テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    テトラヒドロカンナビノールが結合したヒト肝臓の脂肪酸結合タンパク質1 6mp4のChain AとそのPDBsumデータ


  4. RCSB PDB 2019/11/20新規公開データより:6jqr Crystal structure of FLT3 in complex with gilteritinib

    PDBデータ 6jqr(ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3)
    CD135 - WikipediaGilteritinib - Wikipedia
    6jqr(ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3) C6F(ギルテリチニブ)選択 同PDBsumデータ6jqr_C6F$
    ギルテリチニブ(gilteritinib)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3 6jqrとそのPDBsumデータ [右]ギルテリチニブ(gilteritinib)


  5. RCSB PDB 2019/11/27新規公開データより:6s4t LXRbeta ligand binding domain in comlpex with small molecule inhibitors ※他に6s4u・6s4n・6s5k(これのみ2019/12/18未公開)

    PDBデータ 6s4t(阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β)
    Liver X receptor - Wikipedia
    6s4t(阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β) 同PDBsumデータ6s4t_KVB[501(A)]$
    ※他の肝臓X受容体βの構造例:1p8dのChain A・C → J.Biol.Chem.誌論文

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β6s4tとそのPDBsumデータ


  6. 武田薬品 抗うつ薬トリンテリックスを発売 ルンドベックは日本で営業活動開始(ミクスOnline,2019/11/28) ※“一般名:ボルチオキセチン臭化水素酸塩”,“トリンテリックスはセロトニン再取り込み阻害作用ならびにセロトニン受容体調節作用(セロトニン3受容体、セロトニン7受容体及びセロトニン1D受容体のアンタゴニスト作用、セロトニン1B受容体部分アゴニスト作用、セロトニン1A受容体アゴニスト作用)を有し…”。

    ボルチオキセチン(vortioxetine)
    Vortioxetine - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


    ボルチオキセチン(vortioxetine)。ボルチオキセチン臭化水素酸塩が国内では2019年11月発売の新規抗うつ薬。


  7. 元気なのに足切断 悪夢の耐性菌、脅威広げる「運び屋」(朝日,2019/12/25) ※“副作用の強いコリスチンぐらいしかなかった。カルバペネムなどと一緒に使ったが、症状は抑えられず…”。

    コリスチン(colistin;ポリミキシンE,polymyxin E)
    Colistin - Wikipedia
    コリスチン(colistin;ポリミキシンE,polymyxin E)
    ※カルバペネム系抗生物質の例:イミペネム(imipenem)・パニペネム(panipenem)・メロペネム(meropenem)の同時表示(上から) → 個別には 抗生物質分子データ集
    ※コリスチン結合PDBデータ例:5l3g(コリスチンが結合したLSD1-CoREST1結合体) Chain C(コリスチン)選択 → Science Advances誌論文

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]コリスチン(colistin;ポリミキシンE,polymyxin E) [右]コリスチンが結合したLSD1-CoREST1結合体5l3g


  8. RCSB PDB 2019/12/18新規公開データより:6st8 Crystal structure of the strawberry pathogenesis-related 10 (PR-10) Fra a 1.02 protein ※他に変異体の6st9(D48R)・6sta(E46A)・6stb(Q64W)

    PDBデータ 6st8のChain A(イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02)
    Oral allergy syndrome - WikipediaStrawberry #Allergy - Wikipedia
    6st8のChain A(イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02) Asp48・Glu46・Gln64(3種の変異体6st9(D48R)・6sta(E46A)・6stb(Q64W)の変異部分)選択
    ※他のアレルゲンタンパク質例:1pxzのChain A(スギ花粉のアレルゲンタンパク質例Jun a 1)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02 6st8のChain A [右]スギ花粉のアレルゲンタンパク質例Jun a 1 1pxz
    のChain A


  9. RCSB PDB 2019/12/25新規公開データより:6sek Crystal Structure of Ancestral Flavin-containing monooxygenase (FMO) 5 ※他に6sem・6sf0・6se3公開

    PDBデータ 6sekのChain A(先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5)
    Flavin-containing monooxygenase - WikipediaFMO5 - Wikipedia
    6sekのChain A(先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5) FAD(フラビンアデニンジヌクレオチド)選択 NAP(ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸〈NADP〉)選択 同PDBsumデータ6sek_NAP$PDBsumデータ6sf0_NAP$PDBsumデータ6se3_NAP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5(AncFMO5)6sekのChain Aおよび同PDBsumデータ(AncFMO2 6sf0,AncFMO3-6 6se3との比較)


  10. RCSB PDB 2020/01/01新規公開データより:6uz0 Cardiac sodium channel with flecainide

    PDBデータ 6uz0(フレカイニドが結合した心臓ナトリウムチャネル)
    Sodium channel - WikipediaFlecainide - Wikipedia
    6uz0(フレカイニドが結合した心臓ナトリウムチャネル) K4D(フレカイニド)選択 同PDBsumデータ6uz0_K4D$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    抗不整脈薬フレカイニド(flecainide)が結合した心臓ナトリウムチャネル6uz0および同PDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」