◆ Jmolで見るトピックス分子（23-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Discovery and Characterization of a Novel Allosteric Small-Molecule Inhibitor of NADP+-Dependent Malic Enzyme 1（Biochemistry，2022/07/12）　※2022/07/20公開データ7x11（下掲）・7x12

    NADP+依存性リンゴ酸酵素1（ME1）7x11のChain A
    ［ME1 (gene) - Wikipedia］
    		7x11のChain A　86I（阻害剤AS1134900）選択　同PDBsumデータ7x11A_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤AS1134900が結合したNADP+依存性リンゴ酸酵素1（ME1）7x11のChain AとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Architecture of the human erythrocyte ankyrin-1 complex（Nature Structural & Molecular Biology，2022/07/14）　※2022/07/20公7uz3・7uze・7uzq・7uzs・7uzu・7uzv・7v07・7v0k（下掲）・7v0m・7v0q・7v0s・7v0t・7v0u・7v0x・7v0y・7v19・8crq・8crr・8crt・8cs9・8csv・8csw・8csx・8csy・8ct2・8ct3・8csl・8cte　※Ankyrin repeatについてはExtended Data Fig. 7参照

    ヒト赤血球アンキリン1複合体7v0kのChain H・K・L・W・Q
    ［Ankyrin-1 - Wikipedia，Ankyrin repeat - Wikipedia］
    		7v0kのChain H・K・L・W・Q（ヒト赤血球アンキリン1複合体） 同Chain H（ankyrin-1）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択
    リガンド選択　HB選択（$印のみ）　　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ヒト赤血球アンキリン1複合体7v0kのChain H・K・L・W・Qおよび同Chain H（アンキリン1）

    7V0K Chain H（アンキリン1）のアミノ酸配列《11-461；BCAA（Leu Ile Val）とCysを着色》
    1-10
    		 Asp Ala Ala Thr Ser Phe Leu Arg Ala Ala Arg Ser Gly Asn Leu Asp Lys Ala Leu Asp His Leu Arg Asn Gly Val Asp Ile Asn Thr Cys Asn Gln Asn Gly Leu Asn Gly Leu His
    Leu Ala Ser Lys Glu Gly His Val Lys Met Val Val Glu Leu Leu His Lys Glu Ile Ile Leu Glu Thr Thr Thr Lys Lys Gly Asn Thr Ala Leu His Ile Ala Ala Leu Ala Gly Gln Asp Glu Val Val Arg Glu Leu Val Asn Tyr
    Gly Ala Asn Val Asn Ala Gln Ser Gln Lys Gly Phe Thr Pro Leu Tyr Met Ala Ala Gln Glu Asn His Leu Glu Val Val Lys Phe Leu Leu Glu Asn Gly Ala Asn Gln Asn Val Ala Thr Glu Asp Gly Phe Thr Pro Leu Ala Val
    Ala Leu Gln Gln Gly His Glu Asn Val Val Ala His Leu Ile Asn Tyr Gly Thr Lys Gly Lys Val Arg Leu Pro Ala Leu His Ile Ala Ala Arg Asn Asp Asp Thr Arg Thr Ala Ala Val Leu Leu Gln Asn Asp Pro Asn Pro Asp
    Val Leu Ser Lys Thr Gly Phe Thr Pro Leu His Ile Ala Ala His Tyr Glu Asn Leu Asn Val Ala Gln Leu Leu Leu Asn Arg Gly Ala Ser Val Asn Phe Thr Pro Gln Asn Gly Ile Thr Pro Leu His Ile Ala Ser Arg Arg Gly
    Asn Val Ile Met Val Arg Leu Leu Leu Asp Arg Gly Ala Gln Ile Glu Thr Lys Thr Lys Asp Glu Leu Thr Pro Leu His Cys Ala Ala Arg Asn Gly His Val Arg Ile Ser Glu Ile Leu Leu Asp His Gly Ala Pro Ile Gln Ala
    Lys Thr Lys Asn Gly Leu Ser Pro Ile His Met Ala Ala Gln Gly Asp His Leu Asp Cys Val Arg Leu Leu Leu Gln Tyr Asp Ala Glu Ile Asp Asp Ile Thr Leu Asp His Leu Thr Pro Leu His Val Ala Ala His Cys Gly His
    His Arg Val Ala Lys Val Leu Leu Asp Lys Gly Ala Lys Pro Asn Ser Arg Ala Leu Asn Gly Phe Thr Pro Leu His Ile Ala Cys Lys Lys Asn His Val Arg Val Met Glu Leu Leu Leu Lys Thr Gly Ala Ser Ile Asp Ala Val
    Thr Glu Ser Gly Leu Thr Pro Leu His Val Ala Ser Phe Met Gly His Leu Pro Ile Val Lys Asn Leu Leu Gln Arg Gly Ala Ser Pro Asn Val Ser Asn Val Lys Val Glu Thr Pro Leu His Met Ala Ala Arg Ala Gly His Thr
    Glu Val Ala Lys Tyr Leu Leu Gln Asn Lys Ala
    462-1931
    Ile = 20
    Val = 35
    Leu = 61
    Cys = 5
    Total = 451

  3. RCSB PDB 2022/07/20新規公開データより：7fdx X-ray structure of the human heart fatty acid-binding protein complexed with the fluorescent probe 8-Anilino-1-naphthalenesulfonic acid (ANS)　※他に7fcg・7fcx・7fd7・7fdt・7fdu公開

    ANSが結合した心臓由来脂肪酸結合タンパク質7fdx
    ［Heart-type fatty acid binding protein - Wikipedia，8-Anilinonaphthalene-1-sulfonic acid - Wikipedia（ANS），Fluorescent tag - Wikipedia］
    		7fdx（ANSが結合した心臓由来脂肪酸結合タンパク質）　同PDBsumデータ7fdx_2AN$ ｜ PDBsumデータ7fcg_IMN（インドメタシン）$
    ※参考（インドメタシンの構造）： インドメタシン（indomethacin）　→ 分子の科学（第12章）：人類の遺産
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    蛍光プローブANSが結合した心臓由来脂肪酸結合タンパク質7fdxとそのPDBsumデータ（インドメタシン結合の7fcgとの比較）

  4. RCSB PDB 2014/08/06公開データより：4qwo 1.52 Angstrom Crystal Structure of A42R Profilin-like Protein from Monkeypox Virus Zaire-96-I-16　…サル痘ウイルス由来

    サル痘ウイルスのプロフィリン様タンパク質4qwoのChain A
    ［Monkeypox virus - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    サル痘ウイルスのプロフィリン様タンパク質4qwoのChain A

  5. Mechanisms and inhibition of Porcupine-mediated Wnt acylation（Nature，2022/07/13）　※2022/07/20公開7ura・7urc・7urd（下掲）・7ure・7urf

    阻害剤LGK974とWNT3Aが結合したポーキュパイン（PORCN）7urdのChain A・B
    ［PORCN - Wikipedia，WNT3A - Wikipedia］
    		7urdのChain A・B（阻害剤LGK974とWNT3Aが結合したポーキュパイン〈PORCN〉）　O50（LGK974）選択　同PDBsumデータ7urd_O50$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    阻害剤LGK974とWNT3Aが結合したポーキュパイン（PORCN）7urdのChain A・BとそのPDBsumデータ

  6. Membrane-anchored HDCR nanowires drive hydrogen-powered CO2 fixation（Nature，2022/07/20）　※邦題『生化学：膜に係留されたHDCRナノワイヤーは水素を原動力とするCO2固定を推進する』（Nature Japan v607 n7920），2022/07/06公開7qv7（下掲）

    水素依存性二酸化炭素レダクターゼ（HDCR）7qv7のChain A・B・P・V・Y
    		7qv7のChain A・B・P・V・Y（水素依存性二酸化炭素レダクターゼ〈HDCR〉）　同PDBsumデータ7qv7_402-SF4[503(V),504(V)]$
    ※参考（“二重らせんの中心に銀イオン（灰色の球）を捕えるように設計した塩基配列を持つDNAの短い断片”の別データ例）：5ix7の2量体（Chain A×2） [DNA-銀ハイブリッドナノワイヤー] → 上智大学 生物物理学研究室 ｜ DNAとRNAのいろいろな姿
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    水素依存性二酸化炭素レダクターゼ（HDCR）7qv7のChain A・B・P・V・YとそのPDBsumデータ

      
    ［左］DNA-銀ハイブリッドナノワイヤー5ix7の2量体（Chain A×2）
    ［右］DNA-銀ハイブリッドナノワイヤーの3Dプリンタ模型（川上モデル；スタジオミダス製作）

  7. 今月の分子 272: 非相同末端結合超複合体（Non-Homologous End Joining Supercomplexes）（PDBj，2022/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※「今月の分子 273」は旧JmolトピックNo.738に，「同274」は旧JmolトピックNo.1132に，

    分泌型免疫グロブリンA（sIgA）の中心部分構造6ue7
    ［Immunoglobulin A - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    分泌型免疫グロブリンA（sIgA）の中心部分構造6ue7

  8. ビタミンKの新たな作用とその還元酵素を発見 50年来の謎を解明（東北大学，2022/08/04）

    ビタミンK1（フィロキノン，phylloquinone）
    		ビタミンK1（フィロキノン，phylloquinone） ｜ ビタミンK2（メナキノン-4，menaquinone-4）　ビタミンK2（メナキノン-6，menaquinone-6）
    R-ワルファリン（R-warfarin）とS-ワルファリン（S-warfarin）の同時表示　R-ワルファリン（R-warfarin）　S-ワルファリン（S-warfarin）
    コエンザイム Q10（CoQ10）（ユビデカレノン，ユビキノン 10）
    ※グルタチオンペルオキシダーゼ 4（GPX4）の構造例：6hkq　G9N（共有結合阻害剤ML162）選択　同PDBsumデータ6hkq_G9N$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ビタミンK1（フィロキノン，phylloquinone）とビタミンK2の例（メナキノン-4，menaquinone-4）
    ［右］R-ワルファリン（R-warfarin）とS-ワルファリン（S-warfarin）


    参考データ：共有結合阻害剤ML162が結合したグルタチオンペルオキシダーゼ 4（GPX4）の構造例6hkqとそのPDBsumデータ

  9. コレラ菌の生存に必須である呼吸鎖酵素の構造を解明　病原性細菌に対する新しい抗菌剤の開発研究へ貢献（大阪大学，2022/07/26）　※2022/07/20公開7xk3・7xk4・7xk5・7xk6・7xk7（下掲）

    ナトリウム輸送性NADH-ユビキノン酸化還元酵素Bサブユニット7xk7のChain B
    		7xk7のChain B（ナトリウム輸送性NADH-ユビキノン酸化還元酵素Bサブユニット）　IQT（コロルミシン）選択　同PDBsumデータ7xk7_IQT$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    コロルミシン（korormicin）が結合したナトリウム輸送性NADH-ユビキノン酸化還元酵素Bサブユニット7xk7のChain BとそのPDBsumデータ

  10. Peptide-to-Small Molecule: A Pharmacophore-Guided Small Molecule Lead Generation Strategy from High-Affinity Macrocyclic Peptides（Journal of Medicinal Chemistry，2022/07/29）　※2022/08/31公開7wmt（下掲）

    ニコチンアミド-N-メチルトランスフェラーゼ7wmt
    ［Nicotinamide N-methyltransferase - Wikipedia］
    		7wmt（ニコチンアミド-N-メチルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ7wmt_1IV$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ニコチンアミド-N-メチルトランスフェラーゼ7wmtとそのPDBsumデータ（枠囲みアミノ酸残基は文献Figure S2参照）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」